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海南杂草稻的落粒基因SH4和qSH1落粒SNP位点的序列分析
1
作者 夏启玉 孔华 +6 位作者 邹玲敏 吴清娟 姜晓琦 贺萍萍 曹扬 张雨良 赵辉 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1584-1593,共10页
种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料... 种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料,采集13块水稻田中的杂草稻及其对应栽培稻种子,从中选择144株表型有差异的杂草稻种子及13株对应栽培稻种子进行萌发种植,测定它们的种子落粒率,并对SH4和qSH1的落粒SNP位点进行PCR扩增及序列分析。结果表明:SH4基因的落粒SNP位点为野生落粒型G的杂草稻有77株,突变难落粒型T的杂草稻有48株,杂合型G/T的有19株;所有栽培稻的SH4的落粒SNP位点均为T。落粒率测定发现,SH4基因的落粒SNP位点为G和G/T的96株杂草稻都具有极高的落粒率,而SH4基因的落粒SNP位点为T的48株杂草稻中,40株为中度落粒率,8株为低落粒率。所有杂草稻和栽培稻样品的qSH1落粒SNP位点均为野生落粒型G。以上结果表明,海南杂草稻和栽培稻之间的落粒率差异与qSH1基因的落粒SNP位点无关,而与SH4基因的落粒SNP位点显著相关;SH4基因的落粒SNP位点均为T型的杂草稻和栽培稻间的落粒率差异可能由其他未知的基因或位点的差异导致。本研究结果可为海南杂草稻种子落粒的分子机制提供分子依据。 展开更多
关键词 杂草稻 SH4 qSH1 落粒SNP位点 序列分析
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大豆花叶病毒山西半夏分离物全基因组序列分析
2
作者 崔丽艳 杨佼丽 +4 位作者 柳建丽 侯钥 郭成英 王德富 牛颜冰 《山西农业科学》 2025年第4期109-120,共12页
大豆花叶病毒(SMV)在大豆生产中会造成产量和品质的严重下降,具有传播广泛和致病性强的特点,但宿主范围相对较窄,以豆科植物为主。近年来研究却表明,SMV能够跨科侵染天南星科植物半夏(Pinellia ternata)。为明确侵染山西半夏的大豆花叶... 大豆花叶病毒(SMV)在大豆生产中会造成产量和品质的严重下降,具有传播广泛和致病性强的特点,但宿主范围相对较窄,以豆科植物为主。近年来研究却表明,SMV能够跨科侵染天南星科植物半夏(Pinellia ternata)。为明确侵染山西半夏的大豆花叶病毒分离物(SMV-SXBX)的基因组特征,采用生物信息学软件对侵染山西半夏的SMV-SXBX进行了序列相似性分析、系统进化分析、氨基酸功能位点分析和重组分析。序列相似性分析结果表明,SMV-SXBX与SMV-Hangzhou分离物(GenBank登录号:AJ507388.2)的相似性最高,核苷酸序列相似性为92.09%,氨基酸序列相似性为95.91%;系统进化分析结果显示,SMV-SXBX与SMVHangzhou分离物聚为一簇,亲缘关系最近。在SMV-SXBX基因组中,P1蛋白的序列差异性最大,核苷酸和氨基酸序列差异性分别为34.93%和36.28%。突变与氨基酸功能分析结果表明,SMV-SXBX氨基酸序列中存在多个氨基酸突变位点;重组分析结果表明,SMV-SXBX在3 056—6 895 bp处有重组事件的发生,主要亲本为SMV-HZ1分离物(GenBank登录号:AJ628750.1),次要亲本为SMV-XFQ008分离物(GenBank登录号:KP710873.1)。综上研究结果,明确了SMV-SXBX的基因组特征,其发生的氨基酸突变及基因重组可能是导致大豆花叶病毒跨科侵染半夏的原因之一。 展开更多
关键词 大豆花叶病毒 半夏 全序列分析 系统进化分析 氨基酸功能位点分析 重组分析
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多位点序列分析揭示我国16SrI组植原体不同株系间遗传变异和系统发育关系（英文） 被引量：6
3
作者 于少帅 李永 +4 位作者 任争光 宋传生 林彩丽 朴春根 田国忠 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第3期105-118,共14页
【目的】16SrI组植原体对我国作物和生态植物危害严重。目前植原体尚不能分离培养,对于我国植原体不同株系间遗传变异和种群结构尚不清晰,通过多位点序列分析(MLSA)揭示我国不同地区16SrI组不同植原体株系的遗传多样性及其地理分布特征... 【目的】16SrI组植原体对我国作物和生态植物危害严重。目前植原体尚不能分离培养,对于我国植原体不同株系间遗传变异和种群结构尚不清晰,通过多位点序列分析(MLSA)揭示我国不同地区16SrI组不同植原体株系的遗传多样性及其地理分布特征,比较不同植原体株系间不同持家基因的变异程度,为我国不同植原体株系的检测、分类鉴定和系统发育研究提供一定的参考方法和依据。【方法】应用rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB共10个持家基因序列,结合16S rDNA序列,以全基因序列已完成的洋葱黄化植原体(OY-M)、翠菊黄化丛枝植原体(AYWB)、澳大利亚葡萄黄化植原体(CPA)、草莓致死黄化植原体(SLY)和苹果簇生植原体(CPM)共5种植原体株系为参照,分析我国10个省(市)苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系(共18株)的遗传变异规律和系统发育关系,通过多重序列比对分析不同基因片段的序列多态性和变异程度。【结果】我国18株苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系的rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB多位点序列共有15种序列类型,从而揭示16SrI组不同植原体株系间丰富的遗传多样性。基于rp等10个基因多位点序列分析可将16SrI-B、D亚组的不同植原体株系清晰地分开。10株苦楝丛枝植原体株系与2株桑萎缩植原体株系系统发育关系最近,多位点序列分析可将这2种基于16S rDNA序列难以区分的植原体株系清晰地区分。10株苦楝丛枝植原体株系分为4个进化枝,其多位点序列存在8种序列类型,这4个分枝与植原体株系的地理分布关系密切。与我国长春花绿变和泡桐丛枝植原体株系相比,福建三明2株莴苣黄化植原体株系与日本洋葱黄化植原体株系OY-M系统发育关系较近。在已检测分析的植原体不同基因序列片段中,dnaK基因序列片段的变异水平最高。【结论】多位点序列分析可做为一种对植原体鉴定、区分以及株系遗传多样性全面检测的有效、可靠方法。在以后的研究中该方法可广泛应用于深入探讨植原体不同组间或亚组间株系的遗传变异和系统发育关系。 展开更多
关键词 植原体 多位点序列分析(mlsa) 遗传变异 序列类型(ST) 系统发育
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鼠疫耶尔森菌pgm位点及其侧翼序列遗传变异的比较分析 被引量：4
4
作者 童宗中 周冬生 +17 位作者 宋亚军 张玲 韩延平 裴德翠 庞昕 李敏 崔百忠 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 杨焕明 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期300-306,共7页
目的　研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法　比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然... 目的　研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法　比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然分离株和 7株假结核耶尔森菌。结果　除锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株外 ,其他菌株均缺失了YP16 6 6的 70～ 87bp之间的 18bp碱基。 14 0 6bp处T的缺失仅存在于东方型菌株中。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点下游都没有IS10 0插入 ;锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株的色素沉着区有 1个IS2 85插入 ,在其下游 3kb区域还有 1个IS10 0插入。冈底斯山型和昆仑山A、B型菌株的 pgm位点上游侧翼区与其他菌株不同。36株菌的 pgm位点缺失 ,缺失的菌株主要集中在鄂尔多斯高原型 ,松辽平原B型 ,昆仑山A、B型 4种生态型菌株中。结论　北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株是中国鼠疫耶尔森菌中比较古老的菌株。锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株是一个独特的分支 ,建议归为第 4个生物型———田鼠型。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点 ,由于在其下游没有IS10 0插入 ,所以稳定、不易缺失? 展开更多
关键词 鼠疫 耶尔森菌 pgm位点 侧翼序列 遗传变异 比较分析
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老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析 被引量：6
5
作者 张媛媛 徐雅萍 +5 位作者 杜鹏程 强裕俊 张雯 陈晨 于季红 郭军 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期434-437,共4页
目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bi... 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。 展开更多
关键词 老年住院患者 感染 肺炎克雷伯菌 多位点可变数目串联重复序列分析
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对中国4个不同地区幽门螺杆菌菌株的多位点序列分析研究 被引量：3
6
作者 廖亚玲 邹全明 +2 位作者 张卫军 刘晓菲 钟情 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1049-1051,共3页
目的了解国内4个不同地区(北京、上海、重庆和广州)收集的幽门螺杆菌(H.pylori)临床株的遗传背景和可能的来源。方法从胃肠疾病患者黏膜标本中分离培养幽门螺杆菌,应用多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)对鉴定阳性的菌... 目的了解国内4个不同地区(北京、上海、重庆和广州)收集的幽门螺杆菌(H.pylori)临床株的遗传背景和可能的来源。方法从胃肠疾病患者黏膜标本中分离培养幽门螺杆菌,应用多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)对鉴定阳性的菌株进行ST分型比较,并且以PCR方法测定vacA基因型。结果30株临床分离的幽门螺杆菌菌株,vacAs1a阳性25株(83.3%),vacA s1b阳性5株(16.7%),vacA m2阳性为30株(100%),未发现s2型菌株,其中标准株NCTC11637为vacAs1a/m1型。共确定了28种ST型。结论MLST作为幽门螺杆菌分型方法,分辨率高,结果准确,易于标准化。通过信息学分析可以将MLST分型、vacA基因型和遗传背景、临床来源结合起来,适于进行分子进化学研究。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 多位点序列分析 VACA基因
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌基因检测及多位点序列分析 被引量：8
7
作者 金亮 王启 王术艺 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第24期4156-4160,共5页
目的探讨2016年1-6月耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)高分离率的原因、耐药机制及同源性,为医院感染控制提供依据。方法收集秦皇岛市第一医院2016年1-6月分离的CRKP,采用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型的确认,用PCR方法扩增碳青霉烯... 目的探讨2016年1-6月耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)高分离率的原因、耐药机制及同源性,为医院感染控制提供依据。方法收集秦皇岛市第一医院2016年1-6月分离的CRKP,采用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型的确认,用PCR方法扩增碳青霉烯酶基因,并对扩增产物测序确定其基因型,通过多位点序列分型(MLST)分析其同源性。结果 2016年1-6月临床共分离非重复性KPN89株,其中CRKP41株,分离率为46.07%,CRKP主要分离自重症医学科、神经外科、呼吸科等,标本类型为痰、血液、尿液、脑脊液标本,41株CRKP除对多粘菌素100%敏感、对替加环素95.12%敏感和对米诺环素4.88%敏感外,对其余23种抗菌药物均耐药,41株CRKP菌株改良Hodge试验均阳性,测序确认全部携带KPC-2型碳青霉烯酶,MLST分型结果均属于ST11型。结论我院本次暴发流行CRKP为MLST分型ST11型,耐药情况严重,可能为同一克隆菌株在不同病区不同患者之间传播,主要耐药机制是产KPC-2型碳青霉烯酶,各相关部门应及时进行流行病学调查,做好防控工作,谨防此类事件再次发生。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯酶 耐药机制 多序列位点分析
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内蒙古炭疽芽胞杆菌多位点串联重复序列分型分析 被引量：4
8
作者 海岩 王文瑞 +5 位作者 郭卫东 李昕 跃华 张慧娟 魏建春 武利涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期975-977,共3页
炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要... 炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要的炭疽自然疫源地,每年都有病例发生.炭疽杆菌是一种相对保守的细菌,很多基因分型方法都不能对其分型,Keim等[1]首次将MLVA8方法用于炭疽芽抱杆菌基因分子分型中,其选择6个染色体上VNTR多态性位点和2个质粒上VNTR多态性位点联合建立了MLVA8分析方法,是比较有效的区别不同炭疽芽胞杆菌的方法. 展开更多
关键词 炭疽芽胞杆菌 内蒙古地区 分型分析 串联重复序列 基因分型方法 自然疫源地 多态性位点 VNTR
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紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析 被引量：4
9
作者 梁燕妮 黄银霞 +1 位作者 魏诗琴 陈秋雨 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第3期42-48,共7页
以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索。使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析。结果表明,共在10 ... 以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索。使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析。结果表明,共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11 482个,出现频率为6.93%,平均距离为20.92 kb,平均长度为20.80 bp。紫芽六堡茶转录组SSR中,双碱基重复是主要的重复类型,占总SSR的19.03%,GA/TC、GAA/TTC、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT分别是双碱基、三碱基、四碱基、五碱基的优势重复单元。序列长度大于20 bp的SSR位点数占总SSR的44.05%,其中长度为24 bp的SSR位点数最多,占SSR总数的16.01%。说明紫芽六堡茶转录组SSR种类丰富、可用性高、多态性高。通过对SSR位点的分布特征和序列特征进行分析,可为后续六堡茶的进化、品种鉴定、分子育种等研究提供依据。 展开更多
关键词 茶树 六堡茶 转录组 SSR位点 序列分析
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山羊源3种不同形态阴门盖捻转血矛线虫雌虫的多位点序列分析 被引量：2
10
作者 梁高星 荣诗琪 +4 位作者 王俊伟 李媛 杨新 赵光辉 宋军科 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期3140-3148,共9页
旨在解析3种不同形态阴门盖捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的遗传进化差异,本研究从养殖场山羊皱胃中分离到捻转血矛线虫虫体,采用普通光学显微镜观察71条雌虫虫体阴门盖的形态结构特征,并基于捻转血矛线虫ITS-1、ITS-2和nad4基因... 旨在解析3种不同形态阴门盖捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的遗传进化差异,本研究从养殖场山羊皱胃中分离到捻转血矛线虫虫体,采用普通光学显微镜观察71条雌虫虫体阴门盖的形态结构特征,并基于捻转血矛线虫ITS-1、ITS-2和nad4基因位点,采用PCR法对不同阴门盖的虫体进行扩增,通过比对多位点序列进行遗传进化分析。经显微镜观察发现,本研究分离到的捻转血矛线虫雌虫阴门盖存在舌瓣形、亚球形和舌-球混合形3种形态,所占比例分别为45.07%(32/71)、50.70%(36/71)和4.23%(3/71)。对43条雌虫全长和阴门至虫体末端长度进行测量和统计分析,结果显示,3种不同形态阴门盖的捻转血矛线虫全长统计学差异不显著(P>0.05),而3种不同形态阴门盖的捻转血矛线虫阴门至虫体末端的长度存在显著性差异(P<0.05)。基于捻转血矛线虫ITS-1、ITS-2和nad4基因进行的序列分析结果显示,不同形态阴门盖虫体的9个样品在3个基因位点上存在不同程度的碱基差异,多态性位点分别为10、13和43个,核苷酸多态性分别为0.85%、1.34%和1.97%。基于ITS-1和ITS-2构建的遗传进化树显示,研究中所用样品与GenBank上H.contortus的参考序列处于同一进化支,表明本研究所分离到的虫体均属捻转血矛线虫。捻转血矛线虫雌虫的阴门盖存在形态学差异,不同形态阴门盖虫体在ITS-1、ITS-2和nad4基因位点上均存在不同程度的碱基差异,此研究结果为捻转血矛线虫的种类鉴定和遗传进化提供了参考数据。 展开更多
关键词 捻转血矛线虫 阴门盖 形态学 基因位点 序列分析
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婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量：2
11
作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页
为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(MLST) 基因序列(ST)
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多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用 被引量：4
12
作者 闫瑞 杨捷琳 +3 位作者 陈翠玲 钮冰 徐之雯 蒋原 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2019年第9期9-14,共6页
克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-lociMLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequencetype,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-lociMLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。 展开更多
关键词 克罗诺杆菌 多位点序列分型 全基因组分型 溯源分析
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江西省首例ST-7962型B群流行性脑脊髓膜炎病例病原学分析 被引量：1
13
作者 方欢 廖勇 +7 位作者 胡晓军 雷琼 钟小荣 王珏鑫 王素萍 唐满妹 吴雨宸 邬楚楚 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第1期47-52,共6页
目的对江西省赣州市2024年2月发现的1例B群流行性脑脊髓膜炎病例进行病原学特征分析,为流行病学调查与临床用药提供依据。方法采集病例血液和密切接触者咽拭子进行分离培养,分离株进行血清分群、药敏试验和全基因组测序及多位点序列分析... 目的对江西省赣州市2024年2月发现的1例B群流行性脑脊髓膜炎病例进行病原学特征分析,为流行病学调查与临床用药提供依据。方法采集病例血液和密切接触者咽拭子进行分离培养,分离株进行血清分群、药敏试验和全基因组测序及多位点序列分析,分析菌株遗传进化关系。结果从病例血液中分离出1株脑膜炎奈瑟菌,为B群。MLST分型为ST-7962型,无克隆群归属,为江西省首次报道发现。进化树结果显示与1977年上海携带者分离株(id-52231)遗传关系较近。药敏结果显示菌株对阿奇霉素、头孢噻肟、米诺环素、头孢曲松、氯霉素、美罗培南、利福平、氨苄青霉素8种药物敏感,对复方新诺明、左氧氟沙星、环丙沙星耐药,对青霉素中介。结论该病例为江西省内发现的首例ST-7962型B群流脑病例,应加强对本地区健康人群脑膜炎奈瑟菌携带情况、耐药及菌株分子特征的监测,为流脑感染病原菌的临床用药和溯源调查与控制提供实验室支持。 展开更多
关键词 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 B群 药敏试验 多位点序列分析 ST-7962
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1型CRISPR位点间区序列分析在嗜热链球菌菌株分型中的应用 被引量：1
14
作者 张璐璐 严兴 赵勇 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2016年第6期29-34,共6页
为了建立适用于嗜热链球菌菌株资源多样性调查的菌株分型方法,尝试将1型CRISPR位点间区序列分析用于嗜热链球菌的菌株分型,并与常用ERIC-PCR指纹图谱方法进行了比较。结果表明,1型CRISPR位点间区序列分析可以把30株从三个不同样品中分... 为了建立适用于嗜热链球菌菌株资源多样性调查的菌株分型方法,尝试将1型CRISPR位点间区序列分析用于嗜热链球菌的菌株分型,并与常用ERIC-PCR指纹图谱方法进行了比较。结果表明,1型CRISPR位点间区序列分析可以把30株从三个不同样品中分离的嗜热链球菌分成三种差异明显的类型:不同类型菌株之间没有相同的间区序列;而同一类型菌株之间,间区序列的组成和排列则基本一致,并且上述分型的结果与用ERIC-PCR指纹图谱技术获得的结果完全一致。因此,1型CRISPR位点间区序列分析是嗜热链球菌分型鉴定的可靠方法,并适用于大量菌株的分型鉴定和多样性调查。 展开更多
关键词 嗜热链球菌 1型CRISPR位点 间区序列分析 ERIC—PCR指纹图谱 菌株分型
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条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 被引量：1
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作者 王孟强 胡景杰 +3 位作者 庄昀筠 刘玮 杨春 茅云翔 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期234-234,共1页
利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为... 利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 展开更多
关键词 EST序列 微卫星位点 条斑紫菜 相关分析 筛查 计算机 SSR标记 表达序列标签
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闽北地区牛乳源金黄色葡萄球菌分子流行特征、耐药谱和进化分析
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作者 周双辉 傅德江 +1 位作者 陈思琪 陈立文 《福建农业学报》 北大核心 2025年第6期619-627,共9页
【目的】明确闽北地区规模化牧场中牛乳源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的分子分型组成、耐药谱结构及进化特征。【方法】对2023—2024年从闽北地区14家牧场分离的59株菌株开展Illumina高通量全基因组测序,进行多位点序列分型(... 【目的】明确闽北地区规模化牧场中牛乳源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的分子分型组成、耐药谱结构及进化特征。【方法】对2023—2024年从闽北地区14家牧场分离的59株菌株开展Illumina高通量全基因组测序,进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)与spa分型、耐药基因检测及药物敏感性试验;构建基于核心基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的系统发育树,并结合全球公开数据绘制最小生成树(minimum spanning tree,MST)。【结果】首次在闽北乳源样本中发现ST59-t437型畜禽相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus,LA-MRSA),并鉴定出区域性新分型ST9784-t189。优势型为ST1-t114(25.4%)和ST9784-t189(20.3%)。菌株总体耐药率为45.8%,其中青霉素与氨苄西林耐药率最高(28.8%),但低于国内其他地区。spa分型在菌株微进化解析中显示出较高分辨力。基于PubMLST数据库全球分离物最小生成树分析,ST398和ST1为跨洲传播双核心型,其他ST型传播受地域限制。多重耐药(multidrug resistance,MDR)菌株耐药基因种类更为丰富,分型与基因型之间存在显著关联。【结论】福建北部牛乳源金黄色葡萄球菌群体结构呈现多样化特征,整体耐药水平相对较低,但新发现的ST9784及区域首次报道的LA-MRSA ST59-t437可能具备较强的传播风险,应加强跨宿主监测。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 乳源 分子流行病学 多位点序列分型 抗生素耐药 系统发育分析
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猪H-FABP基因多态片段的序列分析 被引量：25
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作者 曹红鹤 张桂香 +2 位作者 王立贤 李宏滨 郑友民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期146-148,共3页
利用PCR RFLP方法在猪H FABP基因内确定了 3个变异酶切位点 ,分别为 5′ -上游区HinfI RFLP、内含子 2的HaeIII RFLP和HinfI RFLP(HinfI和HinfI 代表不同区域的HinfI酶切反应 )。对每个多态片段进行克隆测序分析 ,结果表明 ,5′ -上游... 利用PCR RFLP方法在猪H FABP基因内确定了 3个变异酶切位点 ,分别为 5′ -上游区HinfI RFLP、内含子 2的HaeIII RFLP和HinfI RFLP(HinfI和HinfI 代表不同区域的HinfI酶切反应 )。对每个多态片段进行克隆测序分析 ,结果表明 ,5′ -上游区HinfI RFLP是由于 132 4位的碱基T→C的突变引起 ;在内含子 2中 ,HaeIII RFLP变异酶切位点在 1811位 ,发生了C到G的突变 ;HinfI RFLP是由于 展开更多
关键词 H-FABP基因 猪 序列分析 脂肪沉积 基因位点 品种
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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 被引量：15
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作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多
关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析
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H1N1猪流感广东株血凝素基因的克隆与序列分析 被引量：7
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作者 胡永浩 姚学萍 +3 位作者 李海燕 赵有淑 杨焕良 陈化兰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期172-176,共5页
用RT- PCR方法扩增H1N1亚型猪流感病毒广东分离株 A/Swine/GuangDong/711/2001 HA基因,对其进行了克隆和测序。结果显示,HA基因全长 1 771 bp,共编码 579 个氨基酸。A/Swine/GuangDong/711/2001HA基因编码的氨基酸序列中有 8 个糖基化... 用RT- PCR方法扩增H1N1亚型猪流感病毒广东分离株 A/Swine/GuangDong/711/2001 HA基因,对其进行了克隆和测序。结果显示,HA基因全长 1 771 bp,共编码 579 个氨基酸。A/Swine/GuangDong/711/2001HA基因编码的氨基酸序列中有 8 个糖基化位点,5 个位于 HA1 基因的第 27、28、40、104 和 287 位点,3 个位于HA2基因的21、153和213位点。与H1N1亚型猪流感经典毒株比较后发现,血凝素糖基化位点并不是高度保守的。将A/Swine/GuangDong/711/2001与自GenBank读取的1918年人流感毒株 A/South Carolina/1/18、1991 年人流感毒株A/MD/12/91和1997年猪流感毒株 A/Swine/Wisconsin/238/97 等进行核苷酸同源性比较分析,A/Swine/GuangDong/711/2001与A/South Carolina/1/18、A/MD/12/91和 A/Swine/Wisconsin/238/97 等毒株的核苷酸同源性分别为 93. 9%、94. 7%和 93. 9%。从系统发生树来看, A/Swine/GuangDong/711/2001 与 A/SouthCarolina/1/18和A/Swine/Wisconsin/238/97的亲缘关系相近。 展开更多
关键词 猪流感病毒 HA基因 位点 毒株 广东株 l基因 序列分析 人流感 血凝素基因 亚型
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长白山区中华蜜蜂mtDNA非编码区至COII基因PCR及序列分析 被引量：6
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作者 李志勇 薛运波 赵惠燕 《湖北农业科学》 北大核心 2009年第5期1051-1054,共4页
为了揭示长白山区中华蜜蜂种型的分子特点,选取其线粒体DNA(mtDNA)非编码区至COII基因段的序列为研究对象,设计并合成了一种理想的用于扩增中华蜜蜂mtDNA非编码区至COII基因段的引物对E2’/H2’,结果可以获得418bp有效的核酸序列;该序列... 为了揭示长白山区中华蜜蜂种型的分子特点,选取其线粒体DNA(mtDNA)非编码区至COII基因段的序列为研究对象,设计并合成了一种理想的用于扩增中华蜜蜂mtDNA非编码区至COII基因段的引物对E2’/H2’,结果可以获得418bp有效的核酸序列;该序列上A+T含量占84.45%,而G+C的含量只有15.55%,序列里长白山区中华蜜蜂与意大利蜜蜂在核苷酸水平上的种间序列相似性为81.71%,并且序列具有丰富的限制性核酸内切酶的酶切位点,其中,52位上的MseI的酶切位点属于长白山区中华蜜蜂的特异酶切位点,53位处出现一个SNP位点,属于由碱基C转换为碱基T的转换型突变,这也进一步证明了蜜蜂mtDNA非编码区是进化速度较快的区域。长白山区中华蜜蜂mtDNA非编码区至COII基因段序列结果已经获得美国国家生物信息(NCBI)网站GenBank的登录号,登录号为FJ494922。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 线粒体DNA 序列分析 SNPs位点
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