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多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用 被引量:13
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作者 刘祥 许彦梅 +6 位作者 王斌 邓建平 肖波 孙松松 周阳 熊衍文 王红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1033-1036,共4页
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等... 目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。 展开更多
关键词 多位点序列分型技术(mlst) 艾伯特埃希菌 新病原
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多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用 被引量:15
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作者 苏运钦 叶聪秀 +3 位作者 车玉传 刘菊珍 邹海珠 余广超 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期360-362,共3页
目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增g... 目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD 7个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库比对分析,利用eBURST软件绘制不同基因型之间的进化关系图。结果 107株鲍曼不动杆菌被分为4个基因型,分别是ST-136(31株)、ST-195(7株)、ST-208(58株)和一个新的基因型(11株),其中ST136、ST195和ST208基因型具有同源相关性。结论我院ICU病房的鲍曼不动杆菌具有水平传播特征,多位点序列分型技术可用于临床鲍曼不动杆菌的基因分型。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 多位点序列分型技术 同源性
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重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较 被引量:2
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作者 魏冰 刘锦燕 +1 位作者 史册 项明洁 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1445-1448,共4页
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较... 目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 多位点序列分型技术 重复序列聚合酶链反应 基因分型
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多位点序列分型技术在凝结芽孢杆菌菌株分类中的应用 被引量:1
4
作者 冯海霞 王金龙 +2 位作者 吕伟 刘胜利 马艳艳 《中国饲料》 北大核心 2022年第3期39-42,共4页
本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中M... 本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中MLST采用5个管家基因:adk、recF、sucC、rpoB和spoOA,结合参考凝结芽孢杆菌菌株DSM1的已知管家基因序列,用CE Design V1.04软件设计引物进行PCR扩增,测序结果剪接、串联后,做系统进化树分析。结果显示:16S rRNA基因显示所有菌株的基因序列相似性在99%以上,无法区分菌株间的差异性。而MLST结果显示,国内大部分凝结芽孢杆菌菌株G1-G9、E21和Y1、Y2为第一类别(Bootstrap值≥99),Y3、Y4、Y5三个菌株为第二类别(Bootstrap值≥99),参考菌株DSM1和国内凝结芽孢杆菌菌株差异较大为第三类别。 展开更多
关键词 凝结芽孢杆菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因 亲缘关系
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浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株多位点序列分型研究 被引量:6
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作者 梅玲玲 龚璞 +2 位作者 占利 张俊彦 张云怡 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期278-281,共4页
目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧... 目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNA Star软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析。结果 62株副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型(3,4,19,4,29,4,22),1株菌为ST-121型(3,2,82,52,4,78,66),1株菌为新的ST型(5,10,34,27,77,49,23),1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型(3,5,22,12,20,22,25)一致。结论浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 03 K6血清型 多位点序列分型(mlst)
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多位点序列分型在食源性金黄色葡萄球菌分型中的应用研究 被引量:9
6
作者 吕国平 卫沛楠 +1 位作者 徐保红 芦飞 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第3期30-34,共5页
对食源性金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型(MLST)分析,了解其基因型特征,并与流行病学资料进行对比分析。应用MLST方法对2012年石家庄市分离出的18株食源性金葡菌进行基因分型,并对该地区食源性金葡菌分子特性和流行病学特性进行分析... 对食源性金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型(MLST)分析,了解其基因型特征,并与流行病学资料进行对比分析。应用MLST方法对2012年石家庄市分离出的18株食源性金葡菌进行基因分型,并对该地区食源性金葡菌分子特性和流行病学特性进行分析。18株食源性金葡菌通过MLST分析得到10个ST序列型,其中ST5序列型最多,共5株;其次为ST464序列型,共3株;ST7型和ST15各2株;ST6型、ST9型、ST59型和ST2138型各1株,有2个菌株是2个新的ST型其ST码分别为287-1-1-8-1-1-1和10-14-8-6-278-3-2。本地区食源性金葡菌的ST型别丰富,主要流行克隆系为ST5和ST464,ST6、ST7、ST9、ST15、ST59和ST2138等克隆系也有分布。 展开更多
关键词 多位点序列分型(mlst) 金黄色葡萄球菌 食源性致病菌 克隆系 分子流行病学
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31个SNP位点多重PCR扩增和芯片分型技术的建立及其法医学应用 被引量:10
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作者 李莉 李荣宇 +5 位作者 李成涛 柳燕 林源 阙庭志 孙美倩 李瑶 《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第2期90-95,共6页
目的对SNP基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据SNP不同等位基因的序列设计探针,制成分型芯片。采用4个复合PCR体系,用末端标记了Cy5的引物进行复合PCR扩增,产物与寡核苷酸探针进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定... 目的对SNP基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据SNP不同等位基因的序列设计探针,制成分型芯片。采用4个复合PCR体系,用末端标记了Cy5的引物进行复合PCR扩增,产物与寡核苷酸探针进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在各SNP位点的基因型。将这一方法应用于109份样本的分型,根据基因型分布统计分析31个SNP位点的法医学应用价值。同时,进行家系调查和方法灵敏度分析。结果方法的灵敏度为1ng;所检测的31个SNP位点的累积个体识别率为0.9999999999979(偶合率为2.13×10-12),二联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9609,三联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9970。家系调查的结果表明,这些位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论上述31个SNP位点为中高信息量位点,适用于法医学个体识别,可作为当前STR系统的补充。 展开更多
关键词 SNP位点 PCR扩增 法医学应用 分型技术 芯片 非父排除率 多重 寡核苷酸探针 等位基因 应用价值 个体识别 家系调查 亲子鉴定 复合PCR 灵敏度分析 基因型分布 序列设计 基因分型 末端标记 统计分析 方法应用 光信号 lng
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婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量:2
8
作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页
为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(mlst) 基因序列(ST)
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成人粪便中长双歧杆菌长亚种的分离鉴定及多位点序列分型分析 被引量:4
9
作者 刘瑞娜 周雪 +4 位作者 梁玉 贺菁 赵鹏昊 赵桉 孟祥晨 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第21期65-71,共7页
为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性... 为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌长亚种的基因多态性。从12个健康成人体内分离得到24株厌氧的细菌菌株,经形态学观察、生理生化试验、16S rDNA及hsp60同源性分析发现,其中14株分离株为长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium longum subsp.longum)。MLST结果表明:14株长双歧杆菌长亚种可分为10种基因型,且均与Bifidobacterium longum subsp.longum ATCC 15707为不同基因型。健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种具有较大的基因多态性。 展开更多
关键词 成人粪便 长双歧杆菌长亚种 分离鉴定 热应激蛋白60( hsp60) 多位点序列分型( mlst) 序列型( ST)
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87株多重耐药鲍曼不动杆菌多位点序列分型 被引量:3
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作者 林吴兵 叶英 李家斌 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2017年第10期1480-1484,共5页
目的了解安徽地区近年来临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、菌群结构和流行菌株,分析其基因同源性及亲缘进化关系,为临床抗菌药物应用提供一定的实验室依据。方法收集安徽地区临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌87株,采用琼脂稀释... 目的了解安徽地区近年来临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、菌群结构和流行菌株,分析其基因同源性及亲缘进化关系,为临床抗菌药物应用提供一定的实验室依据。方法收集安徽地区临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌87株,采用琼脂稀释法测定其对11种临床常见抗菌药物的最小抑菌浓度。通过多位点序列分型方法,反映菌株间进化关系,利用BioN umerics软件构建聚类图,从而进行基因分型。结果87株鲍曼不动杆菌对亚胺培南、美罗培南的耐药率分别为74.7%、66.7%,对其他常用抗菌药物耐药率都很高。其分为42个ST型,其中6个型别是数据库里原来有的,36个型别为新的型别(暂时命名为STnew01~ST-new36)。ST2包含37株菌,是优势型别,其属于克隆复合体CC1。结论多重耐药鲍曼不动杆菌对11种常见临床抗菌药物均呈现出较高的耐药率,ST2为安徽地区多重耐药鲍曼不动杆菌主要的流行克隆,安徽地区主要的流行株ST2与世界上主要的流行克隆具有高度的同源性。 展开更多
关键词 多重耐药鲍曼不动杆菌 MIC 多位点序列分型(mlst) 管家基因 PCR
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乳房链球菌多位点序列分型和遗传进化特征分析 被引量:1
11
作者 扶绍东 仇亚伟 +5 位作者 温晨 张毅豪 陈伟 罗振华 张金秋 苗晋锋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1535-1543,共9页
为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框... 为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框架测序,获取38株菌耐药性、耐药基因及毒力基因等相关信息;通过多位点序列分型技术(multilocus sequence typing,MLST)分析了7个管家基因的等位基因谱、序列型(sequence type,ST)和克隆复合体(clonal complexes,CCs),并构建系统进化树。MIC试验共采用15种抗生素,除头孢噻呋和氟苯尼考外,38株乳房链球菌对其中13种抗生素具有不同程度耐药,且江苏地区的耐药性明显强于新疆地区;耐药和毒力基因比对后发现,仅24株菌携带耐药基因,剩余14株则不携带耐药基因且属新疆地区分离株,与MIC试验结果相符;15种毒力基因中,除cfu、hasA/B和lbp外,余下12种毒力基因的携带率均高达100%。MLST结果表明,38株乳房链球菌共属于17个ST型,其中有15个ST型从未报道,仅supan011株菌属于ST-5 CCs。进化树结果揭示,38株分离株之间的亲缘性较远,分布呈地区依赖性,且中国部分地区当前流行的乳房链球菌与西方国家流行的菌株差异较大。本研究丰富了乳房链球菌的MLST分型数据库,为了解中国乳房链球菌遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多
关键词 乳房链球菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因
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利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究 被引量:7
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作者 叶菊莲 占利 +3 位作者 梅玲玲 罗芸 姚苹苹 姜理平 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期901-904,共4页
目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌... 目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)~0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157 多位点序列分型(mlst) 管家基因 分子流行病学
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浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析 被引量:2
13
作者 杨华 何祥祥 +3 位作者 肖英平 钱鸣蓉 张巧艳 唐标 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期888-893,共6页
大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱... 大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 细菌耐药性 多位点序列分型(mlst) 系统发育树
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牛源多杀性巴氏杆菌血清分型及毒力相关基因的检测研究 被引量:23
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作者 邬琴 张星星 +6 位作者 顾晓晓 陶乔孝慈 黄新 韩猛立 吴桐忠 周霞 钟发刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第6期1910-1920,共11页
为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多... 为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多位点序列分型法(MLST)及PCR方法检测17株Pm分离株的荚膜型、脂多糖型、MLST型及7类共25个毒力相关基因的分布情况。结果显示,13株Pm的荚膜脂多糖型为A∶L3型,ST型均为ST1型,4株Pm荚膜脂多糖型为B∶L2型,ST型均为ST44;17株Pm毒力相关基因(exbB、exbD、fimA、fur、hgbA、hsf2、nanB、oma87、ompA、ompH、plpB、psl、ptfA、sodA、sodC、tonB和tbpA)的检出率高达100%,toxA基因的检出率为0。结果表明,从新疆北疆部分地区规模化牛场疑似病例中分离的Pm主要血清型为A∶L3∶ST1型。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌(Pm) 荚膜 脂多糖 多位点序列分型(mlst) 毒力相关基因
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江西省2005-2015年脑膜炎奈瑟菌血清分型和分子分型分析 被引量:5
15
作者 杨梦 周海健 +4 位作者 徐晓倩 熊长辉 王鹏 刘晓青 袁辉 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期996-1000,共5页
目的对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉... 目的对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST),使用BioNumerics软件构建最小生成树。分析不同来源、不同年份分离株的血清型和分子型别以及变迁情况。结果 200株脑膜炎奈瑟菌中,有168株可鉴定为已知血清群,包括C群(101株)、B群(50株)、A群(12株)、W135群(2株)、Y群(2株)和X群(1株),另外32株为不可分群菌株。临床病人、密切接触者和健康人群分离株中分别有100%、86.0%和28.9%的菌株为C群。针对健康人群分离株,2005年、2007年、2008年、2012年分离的菌株中,C群分别占1.9%、58.8%、81.5%和0%。95株C群菌株分为14个PFGE型,其中NMNh.JX0001和NMNh.JX0002为优势带型,分别包含46和30株菌。NMNh.JX0001型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为97.2%、28.6%、10.0%;而NMNh.JX0002型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为2.8%、57.1%、90.0%。挑选优势带型以及相似带型的33株菌株进行MLST分型,均为ST-4821型。结论江西省2005-2015年的流脑病例均为C群菌株引起。在健康人群中存在C群脑膜炎奈瑟菌。虽然近10年流行的C群菌株MLST序列型未发生改变,但是PFGE型别发生了变迁,提示菌株基因组存在微进化。PFGE型别的变迁有可能导致流行模式发生改变,所以有必要开展持续监测,密切关注新型菌株在人群中的传播扩散以及引起的流脑病例。 展开更多
关键词 细菌性脑膜炎 脑膜炎奈瑟菌 血清群 分子分型技术 多位点序列分型
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新疆克拉玛依地区奶牛源致病性大肠杆菌的血清型、系统进化群及MLST分析 被引量:7
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作者 江婉琳 马勋 +2 位作者 王静 平丽莹 蔡思奇 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第4期1414-1422,共9页
试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美... 试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美蓝琼脂培养基对大肠杆菌进行分离纯化鉴别,通过PCR方法鉴定,获得55株大肠杆菌分离株,对这些分离株进行致病性大肠杆菌血清型鉴定、系统进化群及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析,利用goeBURST和Mega 7.0生物学软件进行聚类和进化研究,并进行流行病学分析。结果显示,106头健康荷斯坦奶牛的新鲜粪便中大肠杆菌的检出率为51.89%,55株大肠杆菌分离株共鉴定出9种与致病性相关的血清型,检出率为54.55%,其中肠致病性大肠杆菌(EPEC)、肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)和肠产毒性大肠杆菌(ETEC)血清型检出率分别为21.82%、18.81%和14.55%,优势血清型为O142∶K86(B)和O124∶K72(均为10.91%),前者属于肠致病性大肠杆菌,后者属于肠侵袭性大肠杆菌,而肠出血性大肠杆菌(EHEC)血清型检出率为0;系统发育群结果表明,55株大肠杆菌中B1群所占比例最高,为70.91%,其次为A群,占21.82%,D群所占比例较少,占7.27%,B2群未检测出;MLST分析可知,分离株中存在24个ST型,其中优势ST型为ST154(18.18%);进化树分析显示有7个进化分支。结果表明,新疆克拉玛依地区健康成年奶牛粪便大肠杆菌多样性丰富,不仅存在多种致病性大肠杆菌,而且大肠杆菌菌株之间还存在一定的进化关系。因此,健康成年奶牛粪便也具有潜在的安全风险,应加强对奶牛粪便致病性大肠杆菌的检测和监控。 展开更多
关键词 奶牛源大肠杆菌 血清型 系统发育群 多位点序列分型(mlst)
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粪肠球菌分子分型特点及其与泰利霉素敏感性的关系 被引量:3
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作者 黄震 胥志超 +9 位作者 张波 王红燕 陈重 白冰 潘伟光 李桂秋 徐广健 余治健 邓启文 李多云 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期708-712,共5页
目的了解临床分离的粪肠球菌分子分型特征及其与泰利霉素药物敏感性之间的关系。方法收集深圳市南山医院2010-2016年不同临床标本分离的粪肠球菌320株,采用多位点序列分型技术进行分型,用微量肉汤稀释法测定菌株对泰利霉素的最低抑菌浓... 目的了解临床分离的粪肠球菌分子分型特征及其与泰利霉素药物敏感性之间的关系。方法收集深圳市南山医院2010-2016年不同临床标本分离的粪肠球菌320株,采用多位点序列分型技术进行分型,用微量肉汤稀释法测定菌株对泰利霉素的最低抑菌浓度,采用PCR检测耐药基因ermB的分布。结果 320株粪肠球菌分为48个ST型和56株新的ST分型,以ST16、ST179型为主。ST16型85株(26.6%),其中72株(84.7%)ermB阳性,29株(34.1%)对泰利霉素敏感,10株(11.8%)中介,46株(54.1%)耐药;ST179型80株(25.0%),其中71株(88.8%)ermB阳性,15株(18.8%)对泰利霉素敏感,4株(5.0%)中介,61株(76.3%)耐药。结论该院粪肠球菌以ST16、ST179为优势菌株,该两型菌群高比例携带ermB基因,对泰利霉素耐药率较高。 展开更多
关键词 粪肠球菌 泰利霉素 耐药 ermB 多位点序列分型(mlst)
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甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析
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作者 马永辉 曹青 +11 位作者 范子秋 赵学慧 芝吉 马金锐 何曾文 张浩浩 邓静 崇倩 张坤中 宋维丽 苟惠天 薛惠文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3566-3576,共11页
[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。... [目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。 展开更多
关键词 沙门菌 屠宰场 血清型 生物被膜 多位点序列分型(mlst)
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婴儿粪便长双歧杆菌的分离与多样性分析 被引量:13
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作者 张秋雪 刘晓婵 +4 位作者 朱宗涛 万峰 孙思睿 贾芳芳 孟祥晨 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第24期8-14,共7页
本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩... 本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌多态性。实验从11个婴儿体内分离得到18株厌氧的细菌菌株,经形态学分析、生理生化实验、16S rDNA测序及hsp60测序实验发现,其中7株为长双歧杆菌长亚种,3株为长双歧杆菌婴儿亚种。RAPD和MLST结果表明:7株长双歧杆菌长亚种为6个基因型,3株长双歧杆菌婴儿亚种为2个基因型,上述结果说明不同人源婴儿粪便长双歧杆菌基因型差异较大。 展开更多
关键词 长双歧杆菌 热应激蛋白60基因(hsp60) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 多位点序列分型(mlst)
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动物源沙门菌的耐药表型、基因型及流行特征研究 被引量:9
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作者 岂晓鑫 陈建晧 +3 位作者 张小荣 曹永忠 巢国祥 吴艳涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期150-157,164,共9页
目的研究动物源沙门菌耐药及流行特征。方法对116株动物源沙门菌进行血清学分型、药物敏感试验、耐药基因(簇)检测和多位点序列(MLST)分析。结果鸡源沙门菌多为ST11克隆肠炎沙门菌和ST17克隆印第安那沙门菌,猪源沙门菌多属于ST40克隆德... 目的研究动物源沙门菌耐药及流行特征。方法对116株动物源沙门菌进行血清学分型、药物敏感试验、耐药基因(簇)检测和多位点序列(MLST)分析。结果鸡源沙门菌多为ST11克隆肠炎沙门菌和ST17克隆印第安那沙门菌,猪源沙门菌多属于ST40克隆德尔卑沙门菌。ST11克隆主要表现为对氨苄青霉素、萘啶酸、四环素、头孢哌酮耐药,且多数为多重耐药(MDR);ST17克隆多数对9种以上的药物特别是头孢类及氟喹诺酮类耐药,为超级耐药(Super-MDR)克隆。ST11克隆中blaTEM-1-like携带率最高,ST17克隆中blaOXA-1-like、blaCTX-M、blaTEM-1-like及floR、aadA2、sul1及aac(6′)-1b高携带率是其成为超级耐药克隆的主要原因。结论抗菌药物特别是头孢类、氟喹诺酮类药物在动物生产中应当控制使用,对控制耐药菌的产生及传播有重要意义。 展开更多
关键词 沙门菌 多位点序列分型(mlst) 多重耐药 Β-内酰胺酶基因
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