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多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用
被引量：
15
1
作者
苏运钦
叶聪秀
+3 位作者
车玉传
刘菊珍
邹海珠
余广超
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期360-362,共3页
目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增g...
目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD 7个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库比对分析,利用eBURST软件绘制不同基因型之间的进化关系图。结果 107株鲍曼不动杆菌被分为4个基因型,分别是ST-136(31株)、ST-195(7株)、ST-208(58株)和一个新的基因型(11株),其中ST136、ST195和ST208基因型具有同源相关性。结论我院ICU病房的鲍曼不动杆菌具有水平传播特征,多位点序列分型技术可用于临床鲍曼不动杆菌的基因分型。
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关键词
鲍曼不动杆菌
多位点序列分型技术
同源性
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职称材料
重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较
被引量：
2
2
作者
魏冰
刘锦燕
+1 位作者
史册
项明洁
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第11期1445-1448,共4页
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较...
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。
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关键词
白假丝酵母菌
多位点序列分型技术
重复
序列
聚合酶链反应
基因
分型
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职称材料
多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用
被引量：
13
3
作者
刘祥
许彦梅
+6 位作者
王斌
邓建平
肖波
孙松松
周阳
熊衍文
王红
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期1033-1036,共4页
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等...
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。
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关键词
多位点序列分型技术
(MLST)
艾伯特埃希菌
新病原
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职称材料
题名
多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用
被引量：
15
1
作者
苏运钦
叶聪秀
车玉传
刘菊珍
邹海珠
余广超
机构
暨南大学附属第一医院临床检验中心
中山大学附属第三医院
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期360-362,共3页
文摘
目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD 7个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库比对分析,利用eBURST软件绘制不同基因型之间的进化关系图。结果 107株鲍曼不动杆菌被分为4个基因型,分别是ST-136(31株)、ST-195(7株)、ST-208(58株)和一个新的基因型(11株),其中ST136、ST195和ST208基因型具有同源相关性。结论我院ICU病房的鲍曼不动杆菌具有水平传播特征,多位点序列分型技术可用于临床鲍曼不动杆菌的基因分型。
关键词
鲍曼不动杆菌
多位点序列分型技术
同源性
Keywords
Acinetobacter baumannii
Multilocus sequence typing
Homology
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较
被引量：
2
2
作者
魏冰
刘锦燕
史册
项明洁
机构
上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科
上海交通大学医学院附属瑞金医院卢湾分院放射免疫检验科
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第11期1445-1448,共4页
基金
上海市卫生局资助项目(2009239)
上海市科委生物医药资助项目(11411960500)
上海市医学重点专科建设项目(2012年A类21号)~~
文摘
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。
关键词
白假丝酵母菌
多位点序列分型技术
重复
序列
聚合酶链反应
基因
分型
Keywords
Candida albicans
multilocus sequence typing
repetitive sequence-based polymerase chain reaction
genotyping
分类号
R379 [医药卫生—病原生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用
被引量：
13
3
作者
刘祥
许彦梅
王斌
邓建平
肖波
孙松松
周阳
熊衍文
王红
机构
四川省自贡市疾病预防控制中心
中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期1033-1036,共4页
基金
自贡市重点科技计划项目(No.2013S06)
四川省卫生和计划生育委员会科研课题(No.150259)~~
文摘
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。
关键词
多位点序列分型技术
(MLST)
艾伯特埃希菌
新病原
Keywords
multilocus sequence typing （MLST）
E. agbertii
new pathogens
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用
苏运钦
叶聪秀
车玉传
刘菊珍
邹海珠
余广超
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013
15
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较
魏冰
刘锦燕
史册
项明洁
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2013
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用
刘祥
许彦梅
王斌
邓建平
肖波
孙松松
周阳
熊衍文
王红
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
13
在线阅读
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