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圈养野生动物源产气荚膜梭菌分离株的MLST分型及毒力基因分析
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作者 徐春忠 徐锋 王建 《野生动物学报》 北大核心 2025年第3期674-680,共7页
为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A... 为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A型产气荚膜梭菌,分属于6个新的ST型,并携带有大量的毒力基因,包括plc(α毒素)、pfoA(θ毒素)等16种主要的毒力因子,以及hlyⅢ、hlyB等22种可能来源于其他菌属的毒力基因。研究发现,动物园的产气荚膜梭菌以A型为主,但存在遗传多样性、宿主多样性等特点,同时携带大量的毒力因子对人和动物均存在较大的风险。 展开更多
关键词 动物园 产气荚膜梭菌 多位点序列分型 致病性
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多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用 被引量:13
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作者 刘祥 许彦梅 +6 位作者 王斌 邓建平 肖波 孙松松 周阳 熊衍文 王红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1033-1036,共4页
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等... 目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。 展开更多
关键词 多位点序列分型技术(mlst) 艾伯特埃希菌 新病原
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河北省两类奶牛场大肠杆菌耐药性检测及多位点序列分型分析 被引量:1
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作者 魏玉杰 李莹洁 +2 位作者 王旭丹 梁春彩 刘聚祥 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期82-90,96,共10页
为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类... 为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类奶牛场大肠杆菌的耐药表型和基因型的差异性。结果显示,从174个肛拭子样品中分离到了173株大肠杆菌,达标场84株,非达标场89株,总体分离率为99.4%。耐药性检测发现,达标场和非达标场大肠杆菌耐药率无显著性差异(P>0.05)。分离株中共有23株大肠杆菌具有多重耐药性,多数五重及以上耐药菌株来自于非达标场。除QnrB基因达标场检出率高于非达标场外(P<0.05),两类奶牛场其他耐药基因检出率差异不显著(P>0.05)。MLST分型发现25种ST类型,其中20种为已知ST型,5种新ST型。达标场大肠杆菌的优势型为ST109型,非达标场大肠杆菌的优势型为ST10和ST1307型。奶牛场大肠杆菌的耐药表型、基因型与ST型之间无相关性。 展开更多
关键词 大肠杆菌 耐药性 耐药基因 多位点序列分型
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浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株多位点序列分型研究 被引量:6
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作者 梅玲玲 龚璞 +2 位作者 占利 张俊彦 张云怡 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期278-281,共4页
目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧... 目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNA Star软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析。结果 62株副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型(3,4,19,4,29,4,22),1株菌为ST-121型(3,2,82,52,4,78,66),1株菌为新的ST型(5,10,34,27,77,49,23),1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型(3,5,22,12,20,22,25)一致。结论浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 03 K6血清型 多位点序列分型(mlst)
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多位点序列分型在食源性金黄色葡萄球菌分型中的应用研究 被引量:9
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作者 吕国平 卫沛楠 +1 位作者 徐保红 芦飞 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第3期30-34,共5页
对食源性金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型(MLST)分析,了解其基因型特征,并与流行病学资料进行对比分析。应用MLST方法对2012年石家庄市分离出的18株食源性金葡菌进行基因分型,并对该地区食源性金葡菌分子特性和流行病学特性进行分析... 对食源性金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型(MLST)分析,了解其基因型特征,并与流行病学资料进行对比分析。应用MLST方法对2012年石家庄市分离出的18株食源性金葡菌进行基因分型,并对该地区食源性金葡菌分子特性和流行病学特性进行分析。18株食源性金葡菌通过MLST分析得到10个ST序列型,其中ST5序列型最多,共5株;其次为ST464序列型,共3株;ST7型和ST15各2株;ST6型、ST9型、ST59型和ST2138型各1株,有2个菌株是2个新的ST型其ST码分别为287-1-1-8-1-1-1和10-14-8-6-278-3-2。本地区食源性金葡菌的ST型别丰富,主要流行克隆系为ST5和ST464,ST6、ST7、ST9、ST15、ST59和ST2138等克隆系也有分布。 展开更多
关键词 多位点序列分型(mlst) 金黄色葡萄球菌 食源性致病菌 克隆系 分子流行病学
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171株儿童侵袭性肺炎链球菌血清分型和多位点序列分型研究 被引量:35
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作者 钱婧 薛莲 +15 位作者 谢贵林 郑跃杰 王传清 尚云晓 王惠云 万莉雅 刘岚 李昌崇 季伟 徐樨巍 王亚亭 徐佩茹 姚开虎 俞桑洁 沈叙庄 杨永弘 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期187-191,共5页
目的了解侵袭性肺炎链球菌在中国儿童中的多位点序列分型(MLST)状况。方法对2006—2008年中国11家儿童医院分离的171株侵袭性肺炎链球菌,采用简易棋盘式肺炎链球菌分型试剂盒进行血清型分型,用聚合酶链反应(PCR)扩增7个看家基因并测序,... 目的了解侵袭性肺炎链球菌在中国儿童中的多位点序列分型(MLST)状况。方法对2006—2008年中国11家儿童医院分离的171株侵袭性肺炎链球菌,采用简易棋盘式肺炎链球菌分型试剂盒进行血清型分型,用聚合酶链反应(PCR)扩增7个看家基因并测序,根据7个基因型的组合确定序列分型(ST)。结果 171株侵袭性肺炎链球菌常见的血清型为19F(19.9%),14(19.3%),19A(18.1%),6B(9.4%)和23F(6.4%),其中有5株(2.0%)用丹麦抗血清无法确定血清型。共检出65种ST,12个克隆群,有1株因未扩增出aroe位点的等位基因无法分型。其中ST320最常见,占17.5%,其次为ST271(13.5%)、ST876(10.5%)。常见的ST同源复合群是CC320(33.9%)和CC876(13.3%)。发现20种新的ST型,已被MLST数据库录入,并有3个新的等位基因序列。结论分离自中国儿童的侵袭性肺炎链球菌主要为ST320、ST271和ST876等3种,流行的克隆群为CC271、CC876。 展开更多
关键词 肺炎链球菌 血清分型 多位点序列分型 儿童
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非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究 被引量:24
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作者 白向宁 赵爱兰 +2 位作者 夏胜利 熊衍文 徐建国 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期544-548,560,共6页
目的对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。方法根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株非O... 目的对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。方法根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型(Sequence type,ST),使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别(34.48%)。同时研究发现2个新等位基因型(fumC376、recA214)和3个新序列型(ST2460、ST2467、ST2468)。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。 展开更多
关键词 非O157产志贺毒素大肠杆菌 多位点序列分型 序列
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多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用 被引量:15
8
作者 苏运钦 叶聪秀 +3 位作者 车玉传 刘菊珍 邹海珠 余广超 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期360-362,共3页
目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增g... 目的了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD 7个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库比对分析,利用eBURST软件绘制不同基因型之间的进化关系图。结果 107株鲍曼不动杆菌被分为4个基因型,分别是ST-136(31株)、ST-195(7株)、ST-208(58株)和一个新的基因型(11株),其中ST136、ST195和ST208基因型具有同源相关性。结论我院ICU病房的鲍曼不动杆菌具有水平传播特征,多位点序列分型技术可用于临床鲍曼不动杆菌的基因分型。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 多位点序列分型技术 同源性
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牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究 被引量:7
9
作者 孙晖 白向宁 +3 位作者 赵爱兰 孟琼 熊衍文 卢珊 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1137-1142,共6页
目的对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法根据E.coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mls... 目的对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法根据E.coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。 展开更多
关键词 产志贺毒素大肠杆菌 多位点序列分型 序列 牦牛
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临床分离的肺炎链球菌耐药性分析及多位点序列分型 被引量:10
10
作者 陈文标 朱焱 +4 位作者 黄东红 陈丽霞 陈淑增 邱丹缨 许秀秀 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期60-63,共4页
目的了解泉州地区临床分离的肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,SP)的耐药性特征及多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)。方法针对45株临床分离的SP用E-test法和纸片扩散法检测菌株对14种常用抗菌素的敏感性,以PCR方法检... 目的了解泉州地区临床分离的肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,SP)的耐药性特征及多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)。方法针对45株临床分离的SP用E-test法和纸片扩散法检测菌株对14种常用抗菌素的敏感性,以PCR方法检测耐药基因erm B、mef E、mef A及转座子家族int Tn916/Tn1545转座酶基因,采用多位点序列分型(MLST)技术分析菌株序列型(ST)。结果 SP对红霉素、克林霉素、复方磺胺甲噁唑、四环素、青霉素、头孢噻肟、头孢吡肟、美罗培南、阿莫西林、氯霉素、左氧氟沙星的耐药率分别97.8%、93.3%、73.3%、82.2%、26.7%、44.4%、42.1%、26.7%、24.4%、11.1%和4.4%,未见对替考拉宁、利奈唑胺和万古霉素的耐药性;耐药基因erm B、mef E、mef A及转座子家族int Tn916/Tn1545转座酶检出率分别为97.78%、51.11%、44.44%和91.11%;MLST共分出21个ST型,存在一个优势型别ST271,占44.4%(20/45);ST271在mef耐药基因检出率要高于其它散在STs,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论本地区分离的SP耐药较为严重,且更多的表现为多重耐药;耐药机制主要表现为erm B编码的23S r RNA甲基化酶致靶位改变以及int Tn916/Tn1545接合性转座子介导的耐药传播;ST271是本地区分离SP的主要ST型,并且以多重耐药为主。 展开更多
关键词 肺炎链球菌 耐药性 多位点序列分型
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碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌多位点序列分型和不同ST分型感染患者的临床特点 被引量:8
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作者 吴娜 田素飞 +6 位作者 褚云卓 陈佰义 刘丽文 张智洁 王晶 肖晓光 路娟 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期509-515,共7页
目的对临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CR-KPN)进行多位点序列分型(MLST),同时研究不同ST分型感染患者的临床特点。方法收集2013年1月-2015年6月辽宁省为主5所医院临床分离的61株CR-KPN,采用微量肉汤稀释法测定受试菌株对14种抗... 目的对临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CR-KPN)进行多位点序列分型(MLST),同时研究不同ST分型感染患者的临床特点。方法收集2013年1月-2015年6月辽宁省为主5所医院临床分离的61株CR-KPN,采用微量肉汤稀释法测定受试菌株对14种抗菌药物的敏感性。应用PCR基因扩增技术及DNA测序方法对受试菌株进行碳青霉烯酶基因检测。通过对受试菌株进行MLST,探讨其克隆相关性和分子流行病学特征。同时分析不同ST分型下CR-KPN的耐药特点、耐药机制及菌株感染的临床特点。结果 MLST分型显示61株CR-KPN共有18种ST分型,ST11为优势型别(53.3%),研究同时发现这部分ST11型菌株更容易对碳青霉烯类抗生素耐药且MIC值较高,大部分产KPC-2型碳青霉烯酶。单因素分析提示ST11组患者在ICU接受治疗所占的比例及机械通气的使用率高于非ST11组,差异具有统计学意义。其他ST型中ST2033、ST2135、ST2193、ST2194、ST2195、ST2196为世界范围内首次注册,其中ST2193、ST2194、ST2195与ST11有密切的亲缘性。临床资料提示同一所医院同一时期以相同克隆流行为主。结论 MLST显示CR-KPN共有18种ST型别,ST11为优势型别,结合临床资料发现同一所医院同一时期以相同克隆流行为主,提示CR-KPN有局部播散的风险。鉴于临床资料分析提示接受过ICU治疗和机械通气的患者容易发生CR-KPN菌株(特别是ST11型)感染的风险,此类患者应引起临床的广泛重视。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 多位点序列分型 碳青霉烯酶
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中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 赵帆 宋秀平 +3 位作者 栗冬梅 黄儒婷 李志芳 刘起勇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期592-596,共5页
目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(se... 目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(sequence type,ST),其中ST1占90%(72/80),ST9占8.75%(7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1(clonal complex 1)。结论与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。 展开更多
关键词 汉赛巴尔通体 多位点序列分型 序列 克隆群
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内蒙古炭疽芽胞杆菌多位点串联重复序列分型分析 被引量:4
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作者 海岩 王文瑞 +5 位作者 郭卫东 李昕 跃华 张慧娟 魏建春 武利涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期975-977,共3页
炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要... 炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要的炭疽自然疫源地,每年都有病例发生.炭疽杆菌是一种相对保守的细菌,很多基因分型方法都不能对其分型,Keim等[1]首次将MLVA8方法用于炭疽芽抱杆菌基因分子分型中,其选择6个染色体上VNTR多态性位点和2个质粒上VNTR多态性位点联合建立了MLVA8分析方法,是比较有效的区别不同炭疽芽胞杆菌的方法. 展开更多
关键词 炭疽芽胞杆菌 内蒙古地区 分型分析 串联重复序列 基因分型方法 自然疫源地 多态性位点 VNTR
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儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型 被引量:6
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作者 王均 黄延风 +1 位作者 张爱华 许红梅 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第13期1408-1410,共3页
目的了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable numbertandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合。方法采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTRanalysis,MLVA)分型方法,选择... 目的了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable numbertandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合。方法采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTRanalysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR位点,对101例结核分枝杆菌临床分离株DNA进行检测,结果采用BioNumerics 6.1数据库软件进行聚类分析和单位点Hunter-Gaston分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)分析,并比较分析国际推荐的分组(12、15、24位点)的基因分型鉴定能力。结果 MLVA分析结果显示24个VNTR位点在不同菌株中存在明显的多态性,101例结核分枝杆菌临床分离株可分为1个基因群83种基因型,其中69种基因型只有1个菌株,占68.32%(69/101),另有32株临床分离株表现出14种基因型,占31.68%(32/101),成簇率为17.82%;24个VNTR位点的HGI具有较大差异(0.168~0.829),HGI能达到0.5以上的VNTR位点数有16个;24个VNTR位点进行不同的位点组合:12、15个和24个位点组合的HGI分别为0.995、0.996、0.996。结论 重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌存在基因多态性,国际推荐的15个VNTR位点组合的MLVA分型方法适用于其流行病学的研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型
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血流感染和皮肤软组织感染金黄色葡萄球菌耐药特征及多位点序列分型 被引量:4
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作者 温伟洪 徐令清 +3 位作者 李玉珍 李介华 汤英贤 黄延峰 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期515-520,共6页
目的了解血流和皮肤软组织感染金黄色葡萄球菌(金葡菌)耐药特征及多位点序列分型(MLST)特征。方法采用BD Phoenix^(TM) 100进行金葡菌鉴定与药敏检测,采用WHONET 5.6软件及SPSS 19.0软件对细菌耐药率进行统计分析,采用MLST方法对金葡菌... 目的了解血流和皮肤软组织感染金黄色葡萄球菌(金葡菌)耐药特征及多位点序列分型(MLST)特征。方法采用BD Phoenix^(TM) 100进行金葡菌鉴定与药敏检测,采用WHONET 5.6软件及SPSS 19.0软件对细菌耐药率进行统计分析,采用MLST方法对金葡菌进行分子分型。结果共收集47株血流感染金葡菌和62株皮肤软组织感染金葡菌,血流和皮肤软组织感染金葡菌中MRSA检出率分别为21.3%(10株)和61.3%(38株),未发现对万古霉素、利奈唑胺、替考拉宁、夫西地酸和高水平莫匹罗星耐药菌株。血流感染MRSA株MLST分型以ST59为主(40.0%,4/10),MSSA株以ST7、ST188为主(各16.2%,6/37)。皮肤软组织感染MRSA株以ST338为主(47.4%,18/38),MSSA株以ST5、ST88为主(各12.5%,3/24)。结论血流感染MRSA检出率低于皮肤软组织感染(P<0.05),血流感染和皮肤软组织感染MRSA株优势ST分别为ST59和ST338,MSSA株ST呈多样化分布。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 耐药性 多位点序列分型 血流感染 皮肤软组织感染
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禽源多杀性巴氏杆菌多位点序列分型研究 被引量:7
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作者 李伟杰 田野 +3 位作者 岂晓鑫 蒋颖 魏财文 蒋桃珍 《中国兽药杂志》 北大核心 2017年第2期1-6,共6页
为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源... 为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源多杀性巴氏杆菌分为5种ST型,其中ST129为主要流行型,占94.0%(79/84)。本研究为我国禽源多杀性巴氏杆菌的流行病学监测和基因多样性提供了数据支持。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 荚膜分型 多位点序列分型
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出入境动物源性食品中单增李斯特菌的多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 刘二龙 袁慕云 +6 位作者 邓建英 幸芳 吕英姿 蒋原 薛峰 邵景东 许龙岩 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第12期212-216,共5页
对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。... 对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。将测序结果截成标准序列的长度后上传到MLST数据库进行比对分析,获得7个管家基因的等位基因谱和序列分型编码,并将结果采用不加权算术平均组对(unweighted pair group method using arithmetic averages,UPGMA)法进行聚类分析。89株单增李斯特菌共获得51个STs,其中26个为新获得的STs(STnew1-STnew26);数量最多的5个STs为ST8(9.0%),ST121(9.0%)、ST7(5.6%)、ST87(5.6%)及新发现的STnew3(7.8%);其中ST456、ST34、ST343、ST19、ST517、ST201、ST98、ST330和ST73为在国内首次获得。采用UPGMA算法得到的进化树可将89株菌株分为3大类群,分类的结果与单增李斯特菌血清学家系分类结果一致。MLST结果对了解出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌的亲缘关系及流行病学溯源有重要意义。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 多位点序列分型 亲缘关系
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致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究 被引量:4
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作者 李喆 张影 +3 位作者 杜宗利 辛晓芳 叶强 徐颖华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期95-101,共7页
目的通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化。方法应用16S rRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株... 目的通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化。方法应用16S rRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1238株致病性钩体的基因种与MLST数据进行种群结构分析。结果16S rRNA基因测序分析结果显示7株钩体国际参考菌株和47株国内菌株基因种主要为问号基因种,分别占比71.4%和59.6%。7株国际参考菌株呈现7种不同ST型。而在47株中国钩体分离株中,发现15种ST型及24种尚未报道的新ST型。MLST聚类分析发现问号、波氏和卫氏基因种菌株均各自形成单独分支。7株不同ST的疫苗株也位于问号基因种内不同亚分支中。系统发育进化树表明世界范围内近百年分离的1238株钩体菌株主要包括16个进化簇,分别为ST17、ST34、ST149、ST1和ST37等,而中国236株钩体菌株可分为4个主要进化簇,主要流行基因型为ST1、ST128、ST17和ST143;不同国家流行菌株的基因种和ST型不尽相同。致病性钩体可在不同宿主物种广泛地交叉感染,不同国家间相互传播。结论获得我国致病性钩体基因种和MLST基因多态性资料,并系统地了解国内和全球致病性钩体种群结构和遗传进化关系,为后续致病性钩体监测和溯源提供科学指导。 展开更多
关键词 致病性钩体 多位点序列分型 16S rRNA基因测序 进化簇 系统发育
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宁波副溶血性弧菌临床株毒力基因与多位点序列分型研究 被引量:4
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作者 高红 宋启发 +2 位作者 徐景野 郑剑 沈玄艺 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期240-243,共4页
目的了解宁波地区副溶血性弧菌临床分离株毒力基因分布以及分子分型特征。方法收集来源于食物中毒和散发腹泻患者副溶血弧菌菌株,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关... 目的了解宁波地区副溶血性弧菌临床分离株毒力基因分布以及分子分型特征。方法收集来源于食物中毒和散发腹泻患者副溶血弧菌菌株,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh),利用多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)进行分子分型。结果2006—2012年共分离临床株248株,选择48株进行毒力基因和MLST分型研究。42株tdh+,为93.75%;11株trh+,为22.92%。48株菌株可分为9个ST型和一个未分型,ST3有32株,占66.67%;ST265有5株,占10.42%;ST120有3株,占6.25%。ST3克隆群中tdh+/trh-菌株有25株,占78.16%。与全国其他地区比较,在宁波临床株中发现ST262。结论 tdh+型是宁波地区副溶血性弧菌优势菌株。有9种ST型,以ST3克隆为主,其次为ST265和ST120。ST3克隆中以tdh+/trh-型为主。另发现1个独特的ST262菌株。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 耐热直接溶血素基因 耐热直接溶血素相关溶血素基因 多位点序列分型
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多位点序列分型法在感染性疾病中的应用 被引量:4
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作者 谢蟪旭 王萍 刘敏川 《国际口腔医学杂志》 CAS 2009年第5期557-560,共4页
多位点序列分型(MLST)是近年来发展较快的以核苷酸序列分析为基础的病原菌分型的分子生物学方法,具有较高的分辨能力。通过对6~7个管家基因中长度约为470bp的核心片段的核苷序列的分析,MLST技术已广泛应用于感染性疾病病原微生物的分... 多位点序列分型(MLST)是近年来发展较快的以核苷酸序列分析为基础的病原菌分型的分子生物学方法,具有较高的分辨能力。通过对6~7个管家基因中长度约为470bp的核心片段的核苷序列的分析,MLST技术已广泛应用于感染性疾病病原微生物的分型鉴定,不同抗生素抵抗株及其毒力或其抗原相关性特殊基因型以及新的变异株引起的疾病流行等微生物流行病学分析。笔者下面就MLST的理论及其应用作一综述。 展开更多
关键词 多位点序列分型 管家基因 分型鉴定 感染性疾病
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