目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝...目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。展开更多
目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—201...目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—2014年间分离自食品的91株Lm进行14个可变数目串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats,VNTR)位点的检测,评估最优检测位点组合并分析检测结果。结果通过采用软件分析,由LMV1、LMV2、LMV7、Lm10、Lm11、Lm23、LM-TR6、TR3和Lm15等9个VNTR位点组成的位点组合为最优MLVA检测位点,可以将91株Lm分离株分为70个型别,分型能力达到0.987 1。结论本研究建立的基于全自动毛细管电泳的由9个检测位点组成的Lm的MLVA分型方法,具有操作简便、快速、结果客观、操作标准化、易于在不同实验室间比较的优势,可作为一线检测方法用于李斯特菌病的暴发确认和溯源检测。展开更多
目的了解不同血清群致病性钩体的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型特征。方法应用PFGE方法对65株不同血清群致病性钩体国际、国内参考菌株和疫苗株进行分型,并以此聚类分析,同时与菌株的多位点序列分型(multi...目的了解不同血清群致病性钩体的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型特征。方法应用PFGE方法对65株不同血清群致病性钩体国际、国内参考菌株和疫苗株进行分型,并以此聚类分析,同时与菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、多位点串联重复序列数变化分析(multilocus VNTR analysis,MLVA)分型结果进行比较研究。结果不同血清群致病性钩体基因组DNA经NotⅠ酶切电泳后,获得了较高清晰度酶切图谱,各条带分离良好。65株钩体菌株分为61种PFGE型别。相同的血清群的钩体菌株的PFGE型别不尽相同。比较分析结果显示尽管PFGE、MLST和MLVA之间的分型结果不尽相同,但都具有较高的分辨率。聚类分析显示这些菌株可形成11个大小不一进化簇,呈现多点分散进化特征。结论获得致病性钩体分子分型的第一手资料,为后续钩体分子溯源及流行病学研究提供科学指导。展开更多
目的了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进...目的了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.0软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果聚类分析发现,6株炭疽芽胞杆菌株可分为2个基因型。对于炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有高度相似性。结论炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发事件中的病原体溯源上具有重要的意义。展开更多
文摘目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。
文摘目的掌握江苏省2018年人感染布鲁氏菌主要流行株的种型和基因型。方法运用普通PCR及AMOS多重PCR确认分离株的生物种型;采用多位点序列分型(Multilocus sequence analysis,MLSA)和多位点串联重复序列分析(Multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)鉴定基因型,并与国内外流行株进行聚类分析。结果2018年共分离到56株布鲁氏菌,MLSA分型显示一株菌为猪种布鲁氏菌ST(Sequence type)17型,其他均为羊种布鲁氏菌ST8型。MLVA将56株菌分为47个基因亚型(46个羊种,1个猪种),聚类显示羊种布鲁氏菌全部为“东地中海簇”。结论2018年江苏省人感染布病主要为“东地中海簇”的ST8型羊种布鲁氏菌,并首次发现一例人感染ST17型猪种布鲁氏菌。
文摘目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—2014年间分离自食品的91株Lm进行14个可变数目串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats,VNTR)位点的检测,评估最优检测位点组合并分析检测结果。结果通过采用软件分析,由LMV1、LMV2、LMV7、Lm10、Lm11、Lm23、LM-TR6、TR3和Lm15等9个VNTR位点组成的位点组合为最优MLVA检测位点,可以将91株Lm分离株分为70个型别,分型能力达到0.987 1。结论本研究建立的基于全自动毛细管电泳的由9个检测位点组成的Lm的MLVA分型方法,具有操作简便、快速、结果客观、操作标准化、易于在不同实验室间比较的优势,可作为一线检测方法用于李斯特菌病的暴发确认和溯源检测。
文摘目的了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.0软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果聚类分析发现,6株炭疽芽胞杆菌株可分为2个基因型。对于炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有高度相似性。结论炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发事件中的病原体溯源上具有重要的意义。
