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基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建
被引量：
2
1
作者
金鹰
邓小元
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2009年第1期91-94,共4页
基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Per...
基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构.通过该方法,可构建相关物种的Exon/Intron数据库(EID),其主要内容包括内含子的相位,Exon或Intron的数量和大小,剪接位点的模式以及选择性剪接(Alternative splicing,AS)的相关信息.
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关键词
编码序列
外显子
内含子
外显子/内含子
数据库
选择性剪接
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职称材料
家蚕Bm-mrg15基因的克隆与序列分析
2
作者
孔卫青
杨金宏
朱勇
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第6期56-61,共6页
含MRG结构域的基因大多在基因的转录调节中起着重要作用.利用电子克隆,在家蚕中得到了一个含MRG结构域的基因Bm-MRG15,并对其进行了克隆测序和序列分析.该基因cDNA长1113bp,有6个外显子,编码区长1020bp,序列的1091bp处有2个重叠的poly(A...
含MRG结构域的基因大多在基因的转录调节中起着重要作用.利用电子克隆,在家蚕中得到了一个含MRG结构域的基因Bm-MRG15,并对其进行了克隆测序和序列分析.该基因cDNA长1113bp,有6个外显子,编码区长1020bp,序列的1091bp处有2个重叠的poly(A)加尾信号.推定的蛋白质编码339个氨基酸,N端含有一个染色质域,序列内有5个保守的结构域.RT-PCR显示该基因在所检测家蚕的各时期和组织中均有表达.
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关键词
家蚕
MRG域
染色质域
外显子/内含子
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职称材料
人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
3
作者
罗冬梅
金鹰
+1 位作者
邓小元
刘海
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期87-92,共6页
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列...
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因.
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关键词
非冗余
外显子/内含子
数据库
RefSeq
Homo.sapiens
编码序列
非翻译区
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职称材料
题名
基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建
被引量：
2
1
作者
金鹰
邓小元
机构
华南师范大学信息光电子科技学院
出处
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2009年第1期91-94,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(30470495)
文摘
基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构.通过该方法,可构建相关物种的Exon/Intron数据库(EID),其主要内容包括内含子的相位,Exon或Intron的数量和大小,剪接位点的模式以及选择性剪接(Alternative splicing,AS)的相关信息.
关键词
编码序列
外显子
内含子
外显子/内含子
数据库
选择性剪接
Keywords
coding sequence （CDS）
exon
intron
EID
alternative splicing
分类号
Q34 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
家蚕Bm-mrg15基因的克隆与序列分析
2
作者
孔卫青
杨金宏
朱勇
机构
西南大学蚕学与生物技术学院
出处
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第6期56-61,共6页
基金
重庆市教委基金资助项目(040208).
文摘
含MRG结构域的基因大多在基因的转录调节中起着重要作用.利用电子克隆,在家蚕中得到了一个含MRG结构域的基因Bm-MRG15,并对其进行了克隆测序和序列分析.该基因cDNA长1113bp,有6个外显子,编码区长1020bp,序列的1091bp处有2个重叠的poly(A)加尾信号.推定的蛋白质编码339个氨基酸,N端含有一个染色质域,序列内有5个保守的结构域.RT-PCR显示该基因在所检测家蚕的各时期和组织中均有表达.
关键词
家蚕
MRG域
染色质域
外显子/内含子
Keywords
Bombyx mori
MRG domain
chromodomain
exon/intron
分类号
S851.347.31 [农业科学—预防兽医学]
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职称材料
题名
人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
3
作者
罗冬梅
金鹰
邓小元
刘海
机构
华南师范大学生物光子学研究院
华南师范大学计算机学院
出处
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期87-92,共6页
基金
国家自然科学基金专项项目/科学部主任基金项目(30940020)
国家自然科学基金项目(30470495)
文摘
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因.
关键词
非冗余
外显子/内含子
数据库
RefSeq
Homo.sapiens
编码序列
非翻译区
Keywords
non-redundant exon/intron database
RefSeq
Homo.sapiens
coding sequence
untrans cated region
分类号
Q34 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建
金鹰
邓小元
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2009
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
家蚕Bm-mrg15基因的克隆与序列分析
孔卫青
杨金宏
朱勇
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2007
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
罗冬梅
金鹰
邓小元
刘海
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010
0
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职称材料
已选择
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