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基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
1
作者
刘志豪
王会青
+1 位作者
李浩琳
韩家乐
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期106-113,共8页
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Paralle...
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Parallel BiGRU Attention Network),分别通过卷积子网络和双层双向门循环单元(BiGRU)注意子网络提取序列的细粒度、粗糙粒度特征。基于EPIs普遍存在的细胞特异性,在不同细胞系进行粒度选择,选定最优粗糙粒度,同时通过双层BiGRU注意网络提取元件子序列中存在的多种关联特征。实验结果表明,EPI-PBGA在6个基准数据集表现出较好性能,有效预测EPIs。
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关键词
增强子-启动子相互作用
多粒度
双向门循环单元
特征融合
注意力机制
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职称材料
抑制EZH2表达对宫颈癌细胞凋亡的影响及机制
被引量：
4
2
作者
段继惠
杨磊
+1 位作者
穆红
唐志琴
《山东医药》
CAS
2019年第11期1-4,共4页
目的观察抑制人类Zest同源增强子(EZH2)表达对宫颈癌细胞凋亡及凋亡相关蛋白表达的影响。方法选择人宫颈癌细胞系Siha和C33A细胞,采用MTT法确定EZH2抑制剂3-去氮腺嘌呤(DZNep)在两种细胞中的半数抑制浓度(IC_(50))。将两种细胞分为DMSO...
目的观察抑制人类Zest同源增强子(EZH2)表达对宫颈癌细胞凋亡及凋亡相关蛋白表达的影响。方法选择人宫颈癌细胞系Siha和C33A细胞,采用MTT法确定EZH2抑制剂3-去氮腺嘌呤(DZNep)在两种细胞中的半数抑制浓度(IC_(50))。将两种细胞分为DMSO组、1/2 IC_(50)组和IC_(50)组,分别以DZNep终浓度0、3、6μmol/L处理Siha细胞各组,以0、2、4μmol/L处理C33A细胞各组。培养48 h后收集各组细胞,采用流式细胞仪检测细胞早期凋亡情况,采用Western blotting法检测EZH2蛋白、抗凋亡蛋白B淋巴细胞瘤-X基因长片段(Bcl-xL)、促凋亡蛋白Bcl-2家族细胞凋亡相互作用因子(Bim)、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3(Caspase-3)表达。结果在Siha、C33A细胞中,1/2 IC_(50)组、IC_(50)组早期凋亡率均高于DMSO组,IC_(50)组早期凋亡率均高于1/2 IC_(50)组(P均<0. 05)。IC_(50)组EZH2蛋白表达均低于1/2 IC_(50)组、DMSO组(P均<0. 05); IC_(50)组Bcl-xL蛋白表达均低于1/2 IC_(50)组、DMSO组,Bim和Caspase-3蛋白表达均高于1/2 IC_(50)组、DMSO组(P均<0. 05)。结论利用DZNep抑制宫颈癌细胞EZH2的表达后,能够诱导宫颈癌细胞早期凋亡,其机制可能与下调Bcl-xL蛋白表达并上调Bim和Caspase-3蛋白表达有关。
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关键词
人类Zest同源
增强子
宫颈癌
细胞凋亡
EZH2抑制剂
B淋巴细胞瘤
-
X基因长片段
促凋亡蛋白Bcl
-
2家族细胞凋亡
相互作用
因子
半胱氨酸
-
天冬氨酸蛋白酶3
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职称材料
题名
基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
1
作者
刘志豪
王会青
李浩琳
韩家乐
机构
太原理工大学信息与计算机学院
出处
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期106-113,共8页
基金
山西省自然科学基金基金(202203021211121)。
文摘
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Parallel BiGRU Attention Network),分别通过卷积子网络和双层双向门循环单元(BiGRU)注意子网络提取序列的细粒度、粗糙粒度特征。基于EPIs普遍存在的细胞特异性,在不同细胞系进行粒度选择,选定最优粗糙粒度,同时通过双层BiGRU注意网络提取元件子序列中存在的多种关联特征。实验结果表明,EPI-PBGA在6个基准数据集表现出较好性能,有效预测EPIs。
关键词
增强子-启动子相互作用
多粒度
双向门循环单元
特征融合
注意力机制
Keywords
enhancer
-
promoter interaction
multi
-
grain
BiGRU
feature fusion
attention mechanism
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
抑制EZH2表达对宫颈癌细胞凋亡的影响及机制
被引量：
4
2
作者
段继惠
杨磊
穆红
唐志琴
机构
天津市第一中心医院
出处
《山东医药》
CAS
2019年第11期1-4,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(81602403)
文摘
目的观察抑制人类Zest同源增强子(EZH2)表达对宫颈癌细胞凋亡及凋亡相关蛋白表达的影响。方法选择人宫颈癌细胞系Siha和C33A细胞,采用MTT法确定EZH2抑制剂3-去氮腺嘌呤(DZNep)在两种细胞中的半数抑制浓度(IC_(50))。将两种细胞分为DMSO组、1/2 IC_(50)组和IC_(50)组,分别以DZNep终浓度0、3、6μmol/L处理Siha细胞各组,以0、2、4μmol/L处理C33A细胞各组。培养48 h后收集各组细胞,采用流式细胞仪检测细胞早期凋亡情况,采用Western blotting法检测EZH2蛋白、抗凋亡蛋白B淋巴细胞瘤-X基因长片段(Bcl-xL)、促凋亡蛋白Bcl-2家族细胞凋亡相互作用因子(Bim)、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3(Caspase-3)表达。结果在Siha、C33A细胞中,1/2 IC_(50)组、IC_(50)组早期凋亡率均高于DMSO组,IC_(50)组早期凋亡率均高于1/2 IC_(50)组(P均<0. 05)。IC_(50)组EZH2蛋白表达均低于1/2 IC_(50)组、DMSO组(P均<0. 05); IC_(50)组Bcl-xL蛋白表达均低于1/2 IC_(50)组、DMSO组,Bim和Caspase-3蛋白表达均高于1/2 IC_(50)组、DMSO组(P均<0. 05)。结论利用DZNep抑制宫颈癌细胞EZH2的表达后,能够诱导宫颈癌细胞早期凋亡,其机制可能与下调Bcl-xL蛋白表达并上调Bim和Caspase-3蛋白表达有关。
关键词
人类Zest同源
增强子
宫颈癌
细胞凋亡
EZH2抑制剂
B淋巴细胞瘤
-
X基因长片段
促凋亡蛋白Bcl
-
2家族细胞凋亡
相互作用
因子
半胱氨酸
-
天冬氨酸蛋白酶3
Keywords
EZH2
Cervical cancer
Apoptosis
EZH2 inhibitor
分类号
R737.31 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
刘志豪
王会青
李浩琳
韩家乐
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
抑制EZH2表达对宫颈癌细胞凋亡的影响及机制
段继惠
杨磊
穆红
唐志琴
《山东医药》
CAS
2019
4
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职称材料
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