大肠癌相关基因ST13转录启动区的增强子研究 被引量：1

1

作者 陈功星 张佳炜 郑树 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 2004年第5期385-389,共5页

目的 :探讨大肠癌相关基因 ST13上游 5 '近端调控区 (- 5 95～ + 74 )中增强子碱基序列。方法 :设计系列缺失 PCR引物 ,扩增 ST13基因 5 '近端碱基序列片段 ,p GEMT- EASY克隆、测序 ,再亚克隆到 p GL 2系列瞬间报告载体上 ,等... 目的 :探讨大肠癌相关基因 ST13上游 5 '近端调控区 (- 5 95～ + 74 )中增强子碱基序列。方法 :设计系列缺失 PCR引物 ,扩增 ST13基因 5 '近端碱基序列片段 ,p GEMT- EASY克隆、测序 ,再亚克隆到 p GL 2系列瞬间报告载体上 ,等量转染 SW6 2 0细胞 ,检测荧光酶活性。结果 :系列扩增碱基序列片段 6 6 9bp、2 6 3bp、16 3bp对p GL2 - Basic中的荧光素酶基因均具有较强的启动表达作用 ,片段 10 1bp、4 7bp则几乎没有启动下游基因表达的作用。而 10 1bp片段与系列报告载体 p GL 2重组的分子 ,在其中含有启动子的报告基因表达载体中具有明显的增强作用 (P<0 .0 1) ,但作用强度小于阳性对照 p GL2 - Control(P<0 .0 5 )。结论 :位于 ST13基因上游 5 '近端调控区的碱基序列 10 1bp片段 (- 5 95～ - 494 ) 。 展开更多

关键词 ST13基因 增强子元件(遗传学) 碱基序列

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以EGFP为报告基因的增强子鉴定质粒载体的构建及鉴定 被引量：3

2

作者 石秦东 张蓬勃 +4 位作者 康前雁 陈新林 田玉梅 刘建新 刘勇 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1834-1837,共4页

目的构建以EGFP为报告基因的增强子鉴定质粒载体,并对其进行鉴定。方法以pEGFP-N1质粒为模板,PCR法扩增获得EGFP基因片段,并将其亚克隆入PGL3-promoter质粒骨架,得到以EGFP为报告基因的增强子鉴定质粒pEGFP-enhancer。人工合成不同拷贝... 目的构建以EGFP为报告基因的增强子鉴定质粒载体,并对其进行鉴定。方法以pEGFP-N1质粒为模板,PCR法扩增获得EGFP基因片段,并将其亚克隆入PGL3-promoter质粒骨架,得到以EGFP为报告基因的增强子鉴定质粒pEGFP-enhancer。人工合成不同拷贝的缺氧反应元件(HRE)增强子序列,插入到pEGFP-enhancer多克隆位点获得重组质粒pEGFP-HRE、pEGFP-5HR,以脂质体Lipofectamine 2000转染Hela细胞,常氧与缺氧处理后以荧光显微镜及流式细胞仪观察EGFP荧光表达。结果构建的不同拷贝HRE的增强子鉴定质粒pEGFP-HRE、pEGFP-5HRE转染Hela细胞后,常氧处理绿色荧光表达无差异,缺氧处理后随HRE拷贝数增加绿色荧光表达强度增加。结论成功构建了增强子表达质粒pEGFP-enhancer,通过EGFP的表达强度可以反应增强子活性。 展开更多

关键词 增强子 绿色荧光蛋白 载体 缺氧反应元件 HELA细胞

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人Toll样受体4基因5'远端增强子样区定位及反式作用因子鉴定 被引量：1

3

作者 彭建亮 冯凯 +3 位作者 路浩军 张军 郑燕华 景青萍 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期394-399,共6页

目的对人Toll样受体4(TLR4)基因5'远端增强子样区进行定位,并鉴定参与其转录调控的反式作用因子。方法采用PCR克隆方法,将TLR4基因5'旁侧-1337^-683序列及其缺失片段与荧光素酶报告基因载体pGL-3-promoter进行重组,构建pGL-3--1... 目的对人Toll样受体4(TLR4)基因5'远端增强子样区进行定位,并鉴定参与其转录调控的反式作用因子。方法采用PCR克隆方法,将TLR4基因5'旁侧-1337^-683序列及其缺失片段与荧光素酶报告基因载体pGL-3-promoter进行重组,构建pGL-3--1337^-683-promoter重组质粒及其系列缺失质粒。将构建成功的质粒转染入人白血病K562细胞,检测各质粒的荧光素酶活性,根据缺失序列对荧光素酶活性的影响来确定TLR4基因5'远端增强子样区的位置。采用转录因子数据库检索和电泳迁移率实验(EMSA)两种方法对TLR4基因5'远端增强子样区反式作用因子进行鉴定。结果 TLR4基因5'远端增强子样区位于-923～-679的245bp范围内,并再细化为-923～-742和-721～-679两个功能单元。EMSA和转录因子数据库检索证实激活蛋白-1(AP1)是与-721～-679功能单元结合的转录因子,淋巴增强因子-1(LEF-1)可能是与该功能单元结合的另一个转录因子。结论 TLR4基因5'远端增强子样区中的一个功能单元定位在-721～-679的43bp片段中,AP1是与该区域结合的反式作用因子,可能与LEF-1共同起到转录增强作用。 展开更多

关键词 TOLL样受体4 反式激活因子类 增强子元件(遗传学) 脓毒症

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后生动物非编码保守元件 被引量：2

4

作者 冯俊 李光 王义权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期35-44,共10页

生物体基因组中除了编码序列之外,还存在大量的非编码调控序列。比较基因组学研究发现:脊椎动物、尾索动物、头索动物、果蝇、线虫等基因组中存在保守的非编码调控序列。这些非编码保守元件通常分布在与转录调控发育相关的基因上下游区... 生物体基因组中除了编码序列之外,还存在大量的非编码调控序列。比较基因组学研究发现:脊椎动物、尾索动物、头索动物、果蝇、线虫等基因组中存在保守的非编码调控序列。这些非编码保守元件通常分布在与转录调控发育相关的基因上下游区域,作为基因调控网络核心的一部分,常常在基因表达过程中扮演转录增强子的角色。文章总结了近年来有关后生动物非编码保守元件的发现和主要特点,并进一步就非编码保守元件在大规模基因组倍增之后的演化及其在生物躯体图式进化过程中的影响进行了综述。 展开更多

关键词 顺式调控 非编码保守元件 比较基因组学 增强子 躯体图式

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哺乳动物生物钟的遗传和表观遗传研究进展 被引量：16

5

作者 岳敏 杨禹 +1 位作者 郭改丽 秦曦明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1122-1137,共16页

生物钟对生物机体的生存与环境适应具有着重要意义,其相关研究近年来受到人们的广泛关注。生物钟的重要性质之一是内源节律的周期性,当前的研究认为这种周期性是由生物钟相关基因转录翻译的多反馈环路构成核心机制调控着近似24 h的节律... 生物钟对生物机体的生存与环境适应具有着重要意义,其相关研究近年来受到人们的广泛关注。生物钟的重要性质之一是内源节律的周期性,当前的研究认为这种周期性是由生物钟相关基因转录翻译的多反馈环路构成核心机制调控着近似24 h的节律振荡。哺乳动物的生物钟系统存在一个多层次的结构,包括位于视交叉上核的主时钟和外周器官和组织的子时钟。虽然主时钟和子时钟存在的组织不同,但是参与调节生物钟的分子机制是一致的。近年来,通过正向、反向遗传学方法和表观遗传学的研究方法,对生物钟的分子机制的解析和认知愈发深入。本文在简单回顾生物钟基因发现历史的基础上,重点从遗传学和表观遗传学两个方面,从振荡周期的角度,对哺乳动物生物钟分子机制的研究进展进行了综述性介绍,以期为靶向调节生物钟来改善机体的稳态系统的研究提供参考,同时希望能促进时间生物学领域与更多其他领域形成交叉研究。 展开更多

关键词 生物钟 近日节律 生物钟基因 转录翻译反馈环路 顺式作用元件 转录因子 表观遗传学

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嗜肺军团菌环介导等温扩增检测法的建立 被引量：6

6

作者 吕沁风 郑伟 +3 位作者 罗鹏 吴忠华 李禾 沈建根 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期305-310,共6页

目的:建立一种快速简便的嗜肺军团菌分子检测方法。方法:运用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),设计一套引物特异性识别嗜肺军团菌毒力基因——mip基因的6个特殊区域,在恒温条件下,对8株嗜肺军团菌和5... 目的:建立一种快速简便的嗜肺军团菌分子检测方法。方法:运用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),设计一套引物特异性识别嗜肺军团菌毒力基因——mip基因的6个特殊区域,在恒温条件下,对8株嗜肺军团菌和5株其它细菌进行检测,并与普通PCR方法进行比对,验证该方法的特异性和灵敏度。结果:所有嗜肺军团菌扩增产物均产生肉眼可见的白色沉淀,而其它不同菌株均不产生沉淀;加入荧光染料smart green后,嗜肺军团菌扩增产物均产生强绿色荧光,其它菌株呈弱荧光。与普通PCR(检出限约为57.6 pg,)比,LAMP扩增反应的灵敏度大100倍左右,基因组DNA检出限为576 fg,阳性水样检出限为8 cfu/ml。结论:LAMP技术可在简易的实验环境中快速、特异、灵敏地检测嗜肺军团菌。 展开更多

关键词 军团病杆菌 嗜肺 军团杆菌病/诊断 基因扩增 聚合酶链反应/方法 增强子元件(遗传学)

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Iα1基因hs1,2区B等位基因与IgA肾病的易感性相关 被引量：1

7

作者 古宏标 李幼姬 +4 位作者 杜勇 黄玮俊 李彩霞 陈素琴 王一鸣 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期2221-2224,共4页

目的研究Iα1hs1,2VNTR多态性与我国IgA肾病的相关关系。方法采集419例肾活检证实的IgA肾病患者及其一级亲属、条件相当的201例健康志愿者血样,提取基因组DNA。用PCR产物直接电泳法鉴定Iα1hs1,2VNTR基因型,采用以家庭为基础的传递/不... 目的研究Iα1hs1,2VNTR多态性与我国IgA肾病的相关关系。方法采集419例肾活检证实的IgA肾病患者及其一级亲属、条件相当的201例健康志愿者血样,提取基因组DNA。用PCR产物直接电泳法鉴定Iα1hs1,2VNTR基因型,采用以家庭为基础的传递/不平衡分析(TDT)和单倍型相对危险度(HRR),以及病例-对照研究分析Iα1hs1,2VNTR多态性与我国IgA肾病的相关关系。结果①TDT分析结果显示Iα1hs1,2VNTR B等位基因从杂合子父母向患者传递的频率显著高于预期值(101Trios,χ2=6.818,P<0.01,扩展TDT分析也得到相同结果(164家庭,χ2=7.583,P<0.01)。②与TDT结果一致,HRR分析同样显示Iα1hs1,2VNTR B等位基因的过度传递(P<0.05,χ2=4.122,HRR=1.180),而BB基因型具有更强的患病倾向(P<0.05,χ2=4.411,OR=1.538)。③病例-对照研究显示IgA肾病组B等位基因频率显著高于正常对照组(χ2=6.968,P<0.05)。结论Iα1hs1,2VNTR基因多态性与我国IgA肾病患者的易感性相关。 展开更多

关键词 肾小球肾炎 IGA 免疫球蛋白A 增强子元件(遗传学) 可变数量串联重复 多态性现象(遗传学)

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补阳还五汤提高血管性痴呆大鼠海马CREB、C/EBP的DNA结合活性 被引量：12

8

作者 张泓波 高维娟 +2 位作者 钱涛 唐敬龙 李君 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1166-1170,共5页

目的观察补阳还五汤对血管性痴呆大鼠海马CREB(cAMP反应元件结合蛋白)、C/EBP(CCAAT/增强子结合蛋白)DNA结合活性的影响。方法实验分为假手术组、模型组、补阳还五汤组和尼莫地平组。采用改良的4血管法制备血管性痴呆模型,分别给予生理... 目的观察补阳还五汤对血管性痴呆大鼠海马CREB(cAMP反应元件结合蛋白)、C/EBP(CCAAT/增强子结合蛋白)DNA结合活性的影响。方法实验分为假手术组、模型组、补阳还五汤组和尼莫地平组。采用改良的4血管法制备血管性痴呆模型,分别给予生理盐水、补阳还五汤、尼莫地平灌胃干预,用凝胶电泳迁移率改变分析法(EMSA)测定各组大鼠CREB和C/EBP的DNA结合活性。结果与假手术组比较,模型组大鼠海马组织CREB的DNA结合活性明显降低(P<0.01);与模型组比较,尼莫地平组与补阳还五汤组明显升高(P<0.01);尼莫地平组与补阳还五汤组之间差异无显著性(P>0.05)。结论补阳还五汤可提高VD大鼠海马组织CREB、C/EBP与DNA的结合活性。 展开更多

关键词 补阳还五汤 血管性痴呆 海马组织 CAMP反应元件结合蛋白 CCAAT/增强子结合蛋白 DNA结合活性

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细胞衰老相关分泌表型因子及其分子调控机制研究进展 被引量：7

9

作者 王瑜 朱振新 蔡清萍 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期422-427,共6页

细胞衰老是增殖细胞脱离细胞周期呈永久性生长停滞的状态,其显著特点之一是分泌大量生物活性物质,即细胞衰老相关分泌表型(SASP)因子。SASP因子的分泌大致可分为DNA损伤快速旁分泌期、SASP早期、SASP成熟期3个阶段。SASP因子的分子调控... 细胞衰老是增殖细胞脱离细胞周期呈永久性生长停滞的状态,其显著特点之一是分泌大量生物活性物质,即细胞衰老相关分泌表型(SASP)因子。SASP因子的分泌大致可分为DNA损伤快速旁分泌期、SASP早期、SASP成熟期3个阶段。SASP因子的分子调控机制复杂,涉及DNA损伤反应、p38丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、核因子κB(NF-κB)及CCAAT/增强子结合蛋白β(C/EBPβ)激活、SASP基因表观遗传学改变、基因转录后调控和自噬等。SASP因子能改变细胞微环境导致的多种病理状态的发生,已成为调节衰老效应的药物靶标,为肿瘤和年龄相关性疾病提供了新的治疗方向。基于此,本文对SASP因子进行了分类,总结了其在生物过程中的作用,并深入探讨其调控机制。 展开更多

关键词 细胞衰老 衰老相关分泌表型 DNA损伤 P38蛋白 核因子ΚB CCAAT/增强子结合蛋白β 表观遗传学 自噬

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染色质隔离子研究进展 被引量：5

10

作者 章波 刘昕 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期551-555,共5页

染色质隔离子是真核生物染色质上的顺式调控元件,它将染色质隔离成不同的转录功能域,使其一侧的基因免受另一侧调控元件的影响。染色质隔离子发挥作用是通过与其相结合的蛋白质来实现,它能阻断增强子和沉默子的作用,并使插入在两个隔离... 染色质隔离子是真核生物染色质上的顺式调控元件,它将染色质隔离成不同的转录功能域,使其一侧的基因免受另一侧调控元件的影响。染色质隔离子发挥作用是通过与其相结合的蛋白质来实现,它能阻断增强子和沉默子的作用,并使插入在两个隔离子间的外源基因不受染色体位置效应影响。目前存在多种有关隔离子的作用机理的假说,比较成熟的是loop假说。随着研究的深入,染色质隔离子的应用也将受到更大的重视。 展开更多

关键词 染色质隔离子 增强子 沉默子 染色质边界元件

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转录因子互作调控鸡脂肪细胞分化研究 被引量：5

11

作者 武春艳 张志威 +4 位作者 王秋实 王宇祥 王宁 李玉茂 李辉 《中国家禽》 北大核心 2014年第8期8-13,共6页

哺乳动物的CAAT增强子结合蛋白α(C/EBPα)、CAAT增强子结合蛋白β(C/EBPβ)、过氧化物酶体增殖物激活型受体γ(PPARγ)和胆固醇调节元件结合蛋白质1(SREBP1)是脂肪细胞分化调控的重要因子,鸟类脂肪细胞分化的分子调控网络目前还不清楚... 哺乳动物的CAAT增强子结合蛋白α(C/EBPα)、CAAT增强子结合蛋白β(C/EBPβ)、过氧化物酶体增殖物激活型受体γ(PPARγ)和胆固醇调节元件结合蛋白质1(SREBP1)是脂肪细胞分化调控的重要因子,鸟类脂肪细胞分化的分子调控网络目前还不清楚。本研究利用荧光素酶报告基因检测发现,C/EBPα、C/EBPβ和SREBP1过表达促进鸡PPARγ基因启动子活性(P<0.05);C/EBPβ和SREBP1过表达抑制鸡C/EBPα基因启动子活性(P<0.05);PPARγ过表达促进鸡FAS基因启动子的活性(P<0.05),并抑制鸡LPL和AFABP基因启动子活性(P<0.05),但对鸡C/EBPα基因启动子活性没有显著影响(P>0.05)。本研究结果为进一步阐明鸡脂肪细胞分化的转录调控网络奠定了基础。 展开更多

关键词 CAAT增强子结合蛋白α(C EBPα) CAAT增强子结合蛋白β(C EBPβ) 过氧化物酶体增殖物激活型受体γ(PPARγ) 胆固醇调节元件结合蛋白质1(SREBP1) 启动子活性

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Alu家族在法医DNA分析中的应用 被引量：2

12

作者 赵贵森 常林 莫耀南 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第1期47-50,共4页

Alu家族是灵长类特有的短散在重复序列,在人类基因组内含量丰富,分布广泛,甲基化程度高,有种属特异性和插入变异,为法医DNA分析面临的许多问题提供了潜在的解决途径。目前,Alu元件在法医DNA分析中的应用包括:DNA定量、种属鉴定、种族鉴... Alu家族是灵长类特有的短散在重复序列,在人类基因组内含量丰富,分布广泛,甲基化程度高,有种属特异性和插入变异,为法医DNA分析面临的许多问题提供了潜在的解决途径。目前,Alu元件在法医DNA分析中的应用包括:DNA定量、种属鉴定、种族鉴定、性别鉴定、个体识别和亲子鉴定,以及全基因组扩增等。本文总结各种基于Alu元件的法医DNA分析技术的原理和特点,探讨Alu元件的法医学研究和应用前景,供相关学者参考。 展开更多

关键词 法医遗传学 Alu元件 综述[文献类型】

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姜黄素通过减少CREB转录活性抑制前脂肪细胞分化 被引量：1

13

作者 陈洁 刘一然 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1564-1569,共6页

目的探讨姜黄素对3T3-L1前脂肪细胞分化的影响及其作用机制。方法选取3T3-L1前脂肪细胞为研究对象,姜黄素(10、20、40μmol·L^(-1))处理3T3-L1前脂肪细胞并同步诱导细胞分化,采用MTT法检测3T3-L1前脂肪细胞增殖情况,油红O染色方法... 目的探讨姜黄素对3T3-L1前脂肪细胞分化的影响及其作用机制。方法选取3T3-L1前脂肪细胞为研究对象,姜黄素(10、20、40μmol·L^(-1))处理3T3-L1前脂肪细胞并同步诱导细胞分化,采用MTT法检测3T3-L1前脂肪细胞增殖情况,油红O染色方法检测胞质脂质堆积情况,实时荧光定量PCR法及蛋白印迹法检测3T3-L1脂肪细胞环磷腺苷效应元件结合蛋白(CREB)、CCAAT/增强子结合蛋白β(C/EBPβ)、CCAAT/增强子结合蛋白α(C/EBPα)、过氧化物体增殖剂活化受体γ(PPARγ)的mRNA及蛋白表达水平。结果 MTT结果显示,姜黄素对3T3-L1前脂肪细胞增殖具有明显抑制作用,且呈现一定剂量、时间依赖性;油红O染色显示,姜黄素可抑制3T3-L1前脂肪细胞分化,且呈现一定剂量依赖性;0、20、40μmol·L-1姜黄素处理3T3-L1前脂肪细胞,p-CREB、C/EBPβ、C/EBPα、PPARγmRNA水平及蛋白水平随姜黄素剂量升高均呈现明显下降趋势(P<0.05)。结论姜黄素可有效抑制3T3-L1前脂肪细胞增殖分化,其机制可能为姜黄素抑制CREB转录活性,从而抑制C/EBPβ、C/EBPα、PPARγ表达。 展开更多

关键词 姜黄素 环磷腺苷效应元件结合蛋白 前脂肪细胞 细胞分化 CCAAT/增强子结合蛋白β CCAAT/增强子结合蛋白α 过氧化物体增殖剂活化受体γ

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非编码DNA序列的功能及其鉴定 被引量：5

14

作者 秦丹 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1253-1264,共12页

非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机... 非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述,介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术,并对非编码DNA未来的研究进行了展望。 展开更多

关键词 非编码DNA序列 基因表达调控 功能元件 转录因子结合位点 非编码RNA 表观遗传学

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ADD1和脂肪分化相关基因的关系及其营养调控

15

作者 吴秀群 黄志清 陈小玲 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第7期1423-1425,共3页

脂肪细胞定向和分化因子1(ADD1)是脂肪细胞分化的一种重要核转录因子,与脂肪分化相关基因共同调控脂肪代谢相关酶基因的表达,并可作为动物肉质性状的候选基因。综述了ADD1基因的结构和功能、ADD1与脂肪分化相关基因的关系及营养对ADD1... 脂肪细胞定向和分化因子1(ADD1)是脂肪细胞分化的一种重要核转录因子,与脂肪分化相关基因共同调控脂肪代谢相关酶基因的表达,并可作为动物肉质性状的候选基因。综述了ADD1基因的结构和功能、ADD1与脂肪分化相关基因的关系及营养对ADD1基因表达的调控作用。 展开更多

关键词 ADD1 过氧化物酶体增殖物激活受体 CCAAT元件增强子结合蛋白 营养调控

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补阳还五汤对VD大鼠海马CREB和C/EBP的影响

16

作者 张泓波 高维娟 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2042-2042,共1页

关键词 CREB 大鼠海马 补阳还五汤 C/EBP VD 模型组 血管性痴呆 增强子结合蛋白 反应元件 CCAAT

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低密度脂蛋白受体与代谢综合征的相关性研究进展 被引量：4

17

作者 金文媛 赵正言 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期101-107,共7页

低密度脂蛋白受体（LDLR）与代谢综合征（MS）关系密切。LDLR的表达量、反馈调节水平和降解水平的变化，LDLR缺陷对血脂水平的影响，LDLR在胰岛β细胞损伤和胆固醇稳态失调中的作用， LDLR基因核转录因子的表达以及基因片段的多态性等均... 低密度脂蛋白受体（LDLR）与代谢综合征（MS）关系密切。LDLR的表达量、反馈调节水平和降解水平的变化，LDLR缺陷对血脂水平的影响，LDLR在胰岛β细胞损伤和胆固醇稳态失调中的作用， LDLR基因核转录因子的表达以及基因片段的多态性等均与MS特定组分的发生、发展存在一定的相关性。近年来，多个与LDLR及MS相关的靶点和干预机制得到了广泛研究。了解LDLR与MS的相关性，对MS的防治具有十分重要的意义。本文就LDLR与MS的相关性研究进展作一综述。 展开更多

关键词 受体 LDL/遗传学 脂蛋白类 LDL胆固醇 代谢综合征X 基因 转录因子 胆固醇调节元件结合蛋白质类 综述

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基于基因及调控区进化保守性评估细胞和组织发育潜能的定量分析

18

作者 王志明 童冉 +6 位作者 杨晨 焦慧媛 王一好 李林颖 王烨欣 张丰 李令杰 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1384-1395,共12页

目的在DNA序列的保守度层面探讨物种进化与发育之间的关系及其内在规律。方法分析编码基因的氨基酸序列在100个物种中的保守程度,并建立保守率(conservation rate,CR)这一量化基因进化保守程度的指标,进一步使用胚胎干细胞通路特征基因... 目的在DNA序列的保守度层面探讨物种进化与发育之间的关系及其内在规律。方法分析编码基因的氨基酸序列在100个物种中的保守程度,并建立保守率(conservation rate,CR)这一量化基因进化保守程度的指标,进一步使用胚胎干细胞通路特征基因验证保守率与发育潜能的关系。分析早期三胚层(内胚层、中胚层、外胚层)及其对应的成熟器官(肝脏、心脏和大脑等)的转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,寻找差异表达基因,研究其保守性特点。收集人类早期胚层和成熟器官H3组蛋白第27位赖氨酸乙酰化(histone H3 acetylated at lysine 27,H3K27ac)这一增强子表观遗传标志物的染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)数据,寻找增强子位点,使用ROSE程序鉴定各种细胞和组织中的超级增强子(super enhancer,SE)。使用基因通路富集分析研究超级增强子调控的基因与对应的细胞特征的身份相关性,以明确所鉴定的超级增强子是否符合已有研究报道的特点。使用PhastCons程序计算非编码调控区的DNA保守性评分(conservation score,CS),研究其与发育潜能的关系。结果在基因编码区,成功建立保守率这一对基因保守程度进行量化的指标。早期三胚层和成熟器官的基因表达数据分析显示:保守率越高的基因与干性和早期发育过程相关性越大,基因保守率指标能区分出发育前后的组织差异。在基因非编码区,发现调控区的保守性也与发育具有相关性:发育早期三胚层的超级增强子序列的保守性评分显著高于对应的成熟器官的超级增强子序列;但细胞特异的普通增强子(typical enhancer,TE)没有呈现出这样的趋势。结论随着发育进行,在基因编码区特异表达的基因在进化中的保守率下降,非编码调控区的超级增强子DNA保守性评分下降。 展开更多

关键词 胚胎发育 物种进化 超级增强子 发育遗传学 DNA保守性

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