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基于DDRT-PCR研究茶树对茶尺蠖取食诱导的基因表达谱差异 被引量：10
1
作者 韦朝领 高香凤 +2 位作者 叶爱华 杨云秋 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期133-140,共8页
利用DDRT-PCR技术初步研究了茶树被害虫茶尺蠖取食后基因表达谱差异。结果表明:接头引物A3、A4、A6、A7和A8分别与随机引物R1-R8,R12组合扩增后,总共得到222条差异片段,占总条带数的32.8%。在所鉴定的20个差异片段中,有8个片段序列没有... 利用DDRT-PCR技术初步研究了茶树被害虫茶尺蠖取食后基因表达谱差异。结果表明:接头引物A3、A4、A6、A7和A8分别与随机引物R1-R8,R12组合扩增后,总共得到222条差异片段,占总条带数的32.8%。在所鉴定的20个差异片段中,有8个片段序列没有发现同源序列;有5个片段序列与未知功能蛋白相关;其余7个差异表达的片段序列可分为6类,即分别与光合系统II色素蛋白(C15)、非生物抗性诱导蛋白(D22)、糖苷代谢酶(A45)、核酸和蛋白转录调控因子(A12,D63)、生长素调节蛋白(E94)和营养性抗虫蛋白(D73)。其中差异表达片段C15、A45、D22、D73和E94在植物与害虫相互作用相关分子机制研究中首次被发现。 展开更多
关键词 茶树 茶尺蠖 取食诱导 基因表达谱差异显示
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经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析 被引量：6
2
作者 张劭俣 刘云海 +5 位作者 倪和民 王灏 顾美超 阎芃 杨菲 郭勇 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2012年第5期15-19,F0003,共6页
目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关... 目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。 展开更多
关键词 小鼠 休眠胚胎 程序化冷冻 基因表达谱差异分析
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一株产红色素沙雷氏菌基因表达谱差异分析
3
作者 李靖宇 张肖冲 +4 位作者 李艳楠 袁存霞 刘建利 金多 马志山 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期38-44,共7页
利用转录组测序技术对分离纯化获得的一株产红色素沙雷氏菌在不同生长阶段(产色素和不产色素)中基因表达谱差异特征进行分析,该菌株不同生长阶段基因表达谱共获得显著差异基因2512个,其中:显著上调基因1317个,基于该基因集的KEGG Pathwa... 利用转录组测序技术对分离纯化获得的一株产红色素沙雷氏菌在不同生长阶段(产色素和不产色素)中基因表达谱差异特征进行分析,该菌株不同生长阶段基因表达谱共获得显著差异基因2512个,其中:显著上调基因1317个,基于该基因集的KEGG Pathway富集分析表明,参与群体感应功能的基因存在显著富集趋势,产色素阶段高表达自诱导物AI-2激酶lsrK以及LuxR家族转录调节因子sdiA;显著下调基因1195个,基于该基因集的KEGG Pathway富集分析表明,参与核糖体、鞭毛组装、TCA循环、肽聚糖生物合成、氨酰tRNA生物合成、原核生物碳固定、阳离子抗菌肽耐药性、细菌趋化性、细菌分泌系统、氧化磷酸化,以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等功能的基因存在显著富集趋势。 展开更多
关键词 红色素 沙雷氏菌 转录组 基因表达谱差异 群体感应
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水分胁迫条件下“洛旱2号”小麦根系的基因表达谱 被引量：11
4
作者 李永春 孟凡荣 +5 位作者 王潇 陈雷 任江萍 牛洪斌 李磊 尹钧 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2126-2133,共8页
为探讨小麦水分胁迫反应的分子调控机制,以抗旱小麦品种"洛旱2号"根系为材料,采用Affymetrix小麦基因芯片比较了20%PEG6000溶液处理后根系及对照的基因表达谱。结果表明,洛旱2号根系中受水分胁迫诱导而上调和下调表达的基因... 为探讨小麦水分胁迫反应的分子调控机制,以抗旱小麦品种"洛旱2号"根系为材料,采用Affymetrix小麦基因芯片比较了20%PEG6000溶液处理后根系及对照的基因表达谱。结果表明,洛旱2号根系中受水分胁迫诱导而上调和下调表达的基因分别有3743个(4074个探针组)和4573个(5043个探针组),下调表达的基因远远多于上调表达的基因,其中上调2倍以上的1593个(1716个探针组),下调2倍以上的2238个(2451个探针组)。通过Affymetrix的Net Affx Analysis Center查询和NCBI的BLASTx分析,差异表达2倍以上的基因中有619个已注释了功能,利用MIPS数据库将注释基因分为10类,包括生物代谢、逆境胁迫反应、细胞组分生成、蛋白合成、细胞信号交流、细胞运输、转录相关、细胞分裂和蛋白质加工等。差异表达16倍以上的基因中有32个已注释了功能,其中与逆境胁迫反应相关的基因16个,与生物代谢相关的基因5个。利用实时定量RT-PCR对8个代表性候选基因在水分胁迫条件下的差异表达特性分析表明,其结果和芯片杂交分析的结果基本一致。 展开更多
关键词 水分胁迫 洛旱2号 基因差异表达谱 实时定量RT-PCR 基因芯片
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大样本芯片数据分析亚洲人乳腺癌差异表达基因及可能信号通路 被引量：4
5
作者 陈路嘉 叶长生 +6 位作者 黄仲曦 李欣 姚广裕 刘民锋 胡晓磊 董建宇 郭昭泽 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期807-812,共6页
目的初步分析亚洲人乳腺癌差异表达基因及可能涉及的信号通路。方法从GEO数据库下载5套亚洲人乳腺癌基因芯片数据集(GSE6367、GSE9309、GSE15852、GSE33447和GSE45255),共获得318例乳腺癌和60例正常乳腺组织的基因表达谱数据,进行基因... 目的初步分析亚洲人乳腺癌差异表达基因及可能涉及的信号通路。方法从GEO数据库下载5套亚洲人乳腺癌基因芯片数据集(GSE6367、GSE9309、GSE15852、GSE33447和GSE45255),共获得318例乳腺癌和60例正常乳腺组织的基因表达谱数据,进行基因差异表达谱和信号通路分析,并用荧光定量PCR法检测32对乳腺癌患者癌和癌旁标本,验证其中部分基因的差异表达。结果大样本芯片数据分析显示,436个基因在乳腺癌组织出现差异表达,其中上调的有259个,下调的有177个。Pathway分析发现代谢相关的信号通路可能参与了亚洲人乳腺癌发生发展过程。经荧光定量PCR验证,KRT19、ADIPOQ、CFD、RBP4、LPL、ABCA8、CD36基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论本研究比较完整地揭示了亚洲人乳腺癌基因差异表达谱特征和所涉及的重要信号通路,其中CD36基因可能与亚洲人乳腺癌发病密切相关,ABCA8基因可能是亚洲人乳腺癌新的致病基因。 展开更多
关键词 乳腺癌 亚洲人 基因差异表达谱
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利用基因芯片分析小麦茎秆伸长过程中的基因表达谱
6
作者 王创云 吴曦 +3 位作者 王陆军 赵丽 侯雅静 李海燕 《山西农业科学》 2012年第11期1132-1135,共4页
为研究小麦茎秆伸长过程中的分子调控机制,以郑麦9023为材料,采用Affymetrix小麦基因芯片比较了小麦茎秆拔节前期及后期基部茎节组织的基因表达谱。通过对拔节后期和前期的数据比较,以共同上调表达2倍以上的基因为标准,找出了参与小麦... 为研究小麦茎秆伸长过程中的分子调控机制,以郑麦9023为材料,采用Affymetrix小麦基因芯片比较了小麦茎秆拔节前期及后期基部茎节组织的基因表达谱。通过对拔节后期和前期的数据比较,以共同上调表达2倍以上的基因为标准,找出了参与小麦茎秆伸长调控的候选基因172个(172个探针组);利用Affymetrix的NetAffx Analysis Center查询和NCBI的BLASTx分析,其中有29个基因已注释了功能;利用MIPS数据库将注释基因分为6类,包括转录、糖代谢、细胞组分生成、植物光合作用、病程相关蛋白基因及钙离子结合蛋白。 展开更多
关键词 小麦 茎秆伸长 基因差异表达谱 基因芯片
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小鼠肾脏缺血-再灌注损伤miRNAs差异表达谱研究
7
作者 吴奥 王水良 +1 位作者 祝玲 杨顺良 《器官移植》 CAS CSCD 2017年第2期138-143,共6页
目的筛选小鼠肾脏缺血-再灌注损伤(IRI)差异性表达的微小核糖核酸(miRNAs),为进一步深入阐明肾脏IRI发生、发展的分子机制奠定基础。方法应用微型动脉夹夹闭小鼠双侧肾动脉制备急性肾缺血损伤模型,将15只小鼠分为IRI组和假手术组(E组),... 目的筛选小鼠肾脏缺血-再灌注损伤(IRI)差异性表达的微小核糖核酸(miRNAs),为进一步深入阐明肾脏IRI发生、发展的分子机制奠定基础。方法应用微型动脉夹夹闭小鼠双侧肾动脉制备急性肾缺血损伤模型,将15只小鼠分为IRI组和假手术组(E组),IRI组再分为A组(缺血时间45 min,再灌注时间24 h)、B组(缺血时间25 min,再灌注时间24 h)、C组(缺血时间45 min,再灌注时间4 h)、D组(缺血时间25 min,再灌注时间4 h),每组3只。采用肾脏组织形态学改变和肾功能评估结果来鉴定各组小鼠的IRI程度;采用miRNAs芯片聚类分析对小鼠IRI特定缺血时间(25、45 min)和再灌注时间(4、24 h)下肾脏差异性表达差异表达的miRNAs进行筛选鉴定;采用实时定量逆转录聚合酶链反应(q RT-PCR)对小鼠IRI后差异表达miRNAs芯片miR-695与miR-145进行验证。结果肾脏组织形态学改变和肾功能评估结果显示成功建立IRI模型。与假手术组相比,肾脏IRI组共检出71种差异性表达显著的miRNAs,其中30种下调表达,41种上调表达。q RT-PCR法检测结果表明,以E组特定miRNAs的表达量标准化为1,miR-695及miR-145在肾脏IRI组的相对表达量分别为11.82和0.31(均为P<0.05),与芯片结果基本一致。结论肾脏IRI后,miRNAs表达谱发生差异性改变,这些差异性表达的miRNAs将可作为肾脏IRI的分子标志物而具有潜在的临床及科研应用价值。 展开更多
关键词 肾组织 肾动脉夹闭 缺血-再灌注损伤 微小核糖核酸(miRNAs) 芯片 miR-695 MIR-145 基因差异表达谱 实时定量逆转录-聚合酶链反应
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茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关酶基因发掘 被引量：2
8
作者 王让剑 李慧玲 高香凤 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2313-2325,共13页
为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结... 为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结果表明,COG功能比对共获得39 037个注释,包括25个功能类别,其中防御机制功能类别包含的单基因数为316个;KEGG功能比对共获得27 075个注释,包括363个生物代谢通路;从COG比对结果的防御机制功能类别中筛选出差异表达酶单基因簇8个,均上调表达,涉及的代谢通路包括MAPK信号路径、类黄酮生物合成、丙酮酸代谢、萜类生物合成、苯丙氨酸代谢,基于KEGG代谢通路分析,初步归纳了8个防御机制相关酶之间的关系。RT-qPCR分析结果表明,8个酶单基因在茶丽纹象甲取食茶树新梢叶片后72 h内均上调表达,其中双特异性磷酸酶3、双特异性MAP激酶磷酸酶、花色素还原酶、二氢黄酮醇4-还原酶、NADPH依赖的丙酮醛还原酶基因表达差异主要由机械损伤作用导致。本研究结果为进一步深入开展茶丽纹象甲危害诱导的茶树分子防御机制研究及其抗性茶树种质鉴定提供了参考。 展开更多
关键词 茶树 茶丽纹象甲 防御机制 差异基因表达谱 转录组测序
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茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御反应分析 被引量：2
9
作者 高香凤 李慧玲 王让剑 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1943-1951,共9页
基于转录组测序,获得了茶树新梢叶片被茶丽纹象甲为害前后的差异基因表达谱,并从信号监测与转导、转录因子、次生代谢物生成等方面分析了相关基因的表达变化情况,为进一步研究茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御机制奠定基础。结果表明:(1)... 基于转录组测序,获得了茶树新梢叶片被茶丽纹象甲为害前后的差异基因表达谱,并从信号监测与转导、转录因子、次生代谢物生成等方面分析了相关基因的表达变化情况,为进一步研究茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御机制奠定基础。结果表明:(1)茶丽纹象甲为害茶树新梢叶片后共检测到显著上调表达基因309个,显著下调表达基因297个,这些显著差异表达基因共分成23类。(2)检测到信号监测与转导过程中合计17个单基因上调表达2.0~2.8倍,包括富含亮氨酸重复序列的类受体蛋白激酶基因、促分裂原活化蛋白激酶级联信号系统蛋白激酶基因、茉莉酸信号通路基因、钙离子信号基因、水杨酸代谢通路基因;检测到21个转录因子单基因上调表达1.8~2.8倍,包括bHLH、WRKY、bZIP、MYB、UAF等转录因子;检测到苯丙类、类黄酮及萜类物质代谢过程中合计8个单基因上调表达2.1~2.5倍,包括苯丙酮酸互变异构酶基因、肉桂酰辅酶A还原酶基因、二氢黄酮醇还原酶基因、花色素还原酶基因、法尼基二磷酸合成酶基因、法尼醇脱氢酶基因。研究认为,茶丽纹象甲为害诱导信号转导、转录因子及次生代谢过程中的基因增量表达以机械损伤作用为主,昆虫口腔分泌物对这些基因的诱导表达具有协同促进作用。 展开更多
关键词 茶树 茶丽纹象甲 信号转导 转录因子 次生代谢 差异基因表达谱 转录组测序
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