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鸽ADSL基因组织表达谱分析、SNP检测及其与肉质性状的关联分析
1
作者 董丽艳 王清艳 +4 位作者 魏彩霞 吴春琴 李瑞萍 陈晓燕 温积辉 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期22-26,共5页
为研究腺苷酸琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的组织表达谱及该基因对鸽肉质性状的影响,试验1以6只白羽王鸽的16个组织为研究材料,采用荧光定量PCR进行组织表达谱研究;试验2以140个白羽王鸽个体为研究材料,采用直接测序法筛选ADSL基因序列SNPs,... 为研究腺苷酸琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的组织表达谱及该基因对鸽肉质性状的影响,试验1以6只白羽王鸽的16个组织为研究材料,采用荧光定量PCR进行组织表达谱研究;试验2以140个白羽王鸽个体为研究材料,采用直接测序法筛选ADSL基因序列SNPs,采集这140个个体的胸肌进行剪切力、肉色、pH值、电导率等肉质指标测定,采用索氏抽提法测定肌内脂肪含量;采用气相色谱-质谱联用法测定脂肪酸含量。结果显示:ADSL基因呈组成性表达模式,其在肝脏、胸肌、腿肌中的表达水平最高。ADSL基因序列中有11个突变位点,其中T2305C、G2476A、C2664T位点SNPs与多不饱和脂肪酸、肌内脂肪以及肌苷酸有显著或极显著相关性。说明ADSL基因这些SNPs可以作为肉质性状的分子标记,为肉鸽的育种提供基础资料。 展开更多
关键词 鸽 腺苷酸琥珀酸裂解酶基因 组织表达谱 单核苷酸多态性 肉质性状
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人牙髓干细胞与骨髓间充质干细胞基因表达谱分析
2
作者 高小丽 王左敏 程茜 《中国医学前沿杂志(电子版)》 北大核心 2025年第3期33-40,共8页
目的 探究牙髄干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)作为组织工程种子细胞的分子遗传学优势和临床应用潜能。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Onibus,GEO)中下载包含DPSCs与骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem ... 目的 探究牙髄干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)作为组织工程种子细胞的分子遗传学优势和临床应用潜能。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Onibus,GEO)中下载包含DPSCs与骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BM-MSCs)的基因表达微阵列数据集GSE217636。使用R软件中的“limma”包筛选DPSCs与BM-MSCs的差异表达基因;对DPSCs高表达差异基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;建立蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选关键差异基因;最后结合文献筛选DPSCs表达谱中归一化值大于4的各组织细胞特征性mRNA。结果 与BM-MSCs相比,DPSCs显著高表达肺部发育相关基因膜金属内肽酶(membrane metallo endopeptidase,MME)以及抗氧化相关的基因硫氧还蛋白(thioredoxin,TXN);DPSCs高表达差异基因的功能主要富集在细胞增殖以及蛋白质、脂质、核酸代谢上。结论 DPSCs与BM-MSCs相比在分子遗传学上存在优势,DPSCs可能是潜在的组织工程理想种子细胞。 展开更多
关键词 牙髓干细胞 骨髓间充质干细胞 基因表达谱
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疏肝益肾方对乳腺癌肺转移微环境基因表达谱及免疫相关基因表达的影响
3
作者 李心怡 崔闯 +1 位作者 陈皖晴 朱为康 《南京中医药大学学报》 北大核心 2025年第3期352-362,共11页
目的通过研究疏肝益肾方对乳腺癌小鼠肺部微环境基因表达的影响,探讨疏肝益肾方抑制乳腺癌肺转移的作用机制。方法构建乳腺癌原位移植瘤高转移模型,随机分为生理盐水组,疏肝益肾低、中、高(0.5、1、2 g·kg^(-1))剂量以及多西他赛组... 目的通过研究疏肝益肾方对乳腺癌小鼠肺部微环境基因表达的影响,探讨疏肝益肾方抑制乳腺癌肺转移的作用机制。方法构建乳腺癌原位移植瘤高转移模型,随机分为生理盐水组,疏肝益肾低、中、高(0.5、1、2 g·kg^(-1))剂量以及多西他赛组(5 mg·kg^(-1)),干预28 d。HE染色观察肺组织结构情况;对转移灶进行转录组分析,通过生物信息学分析基因表达谱的GO和KEGG通路特点,筛选关键差异基因表达情况,采用qPCR和Western blot分析关键免疫基因的表达。流式细胞术检测髓源抑制细胞(Myeloid suppressor cells,MDSCs)表达情况;ELISA法检测细胞因子和趋化因子Cxcl2、GM-CSF的表达。结果与生理盐水组相比,疏肝益肾方中、高剂量组与多西他赛组肺组织转移结节数量均有相应减少;HE染色提示肺部病理程度有所改善。疏肝益肾方高剂量组与生理盐水组的肺组织微环境有814个差异表达基因,其中713个基因下调,101个基因上调;筛选疏肝益肾组中关键炎性介质基因Nfkbiz、Tnfaip3、Maff、Hspa1a、Hspb1、Cxcl2,与生理盐水组相比,疏肝益肾方组炎性基因显著下调(P<0.05,P<0.01),最终其结果与转录组结果趋势相符。采用Western blot在蛋白质层面进行验证,发现与生理盐水组相比,疏肝益肾方组Nfkbiz、Tnfaip3、Maff、Hspa1a和Cxcl2蛋白表达水平下降(P<0.05,P<0.01),但Hspb1蛋白表达上调(P<0.01)。疏肝益肾方组和多西他赛组能够抑制MDSCs表达(P<0.001),一定程度降低Cxcl2、GM-CSF的表达(P<0.05,P<0.01)。结论疏肝益肾方能抑制乳腺癌肺转移,并且调控肺部免疫微环境基因,其调控范围较广。 展开更多
关键词 乳腺癌 肺部微环境 基因表达谱 炎性介质 疏肝益肾方
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小麦种子发芽期内源激素、种子活力与相关基因表达分析
4
作者 王玉泉 付丽娜 +1 位作者 胡喜贵 刘明久 《山西农业科学》 2025年第2期132-141,共10页
激素在种子活力调控中发挥重要作用。为了解种子发芽不同时期内源激素含量的变化及其与种子活力的关系,比较分析了小麦育成品种和地方品种的种子活力差异,并利用液相色谱的方法检测了发芽6、12、24、48、72 h的内源赤霉素、生长素、玉... 激素在种子活力调控中发挥重要作用。为了解种子发芽不同时期内源激素含量的变化及其与种子活力的关系,比较分析了小麦育成品种和地方品种的种子活力差异,并利用液相色谱的方法检测了发芽6、12、24、48、72 h的内源赤霉素、生长素、玉米素、脱落酸含量。结果表明,地方品种发芽指数、幼苗长度分别分布在47~50、10~14 cm,活力指数、幼苗鲜质量分别分布在2.5~3.5、5~7 g,而育成品种发芽指数、幼苗长度分布在45~49、9~12 cm,活力指数、幼苗鲜质量分别分布在2.5~4.0、5~9 g;育成品种幼苗长度、幼苗鲜质量、活力指数显著高于地方品种。在种子发芽的过程中,育成品种和地方品种种子中赤霉素和生长素含量呈现增加的趋势,脱落酸含量呈现下降的趋势,玉米素含量变化较小。相关性分析结果发现,赤霉素、生长素和玉米素与种子活力呈显著正相关关系,脱落酸含量与种子活力呈显著负相关关系。种子发芽12 h和48 h的α-淀粉酶和TaGA3ox2基因表达量在育成品种的表达量显著高于地方品种。 展开更多
关键词 地方品种 育成品种 种子活力 内源激素 液相色谱 相关性分析 基因表达分析
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高原肺水肿大鼠肺组织基因表达谱分析
5
作者 徐刚 吴刚 +6 位作者 孙滨达 刘宝 高志奇 陈建 高钰琪 高文祥 陈德伟 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1235-1243,共9页
目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组... 目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组、脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)组、低压低氧(Hypoxia)组和低压低氧复合低剂量LPS(HL)组。LPS组和HL组按照每100 g体质量尾静脉注射0.1 mL浓度为0.05%的LPS溶液,NC组和Hypoxia组给予等量生理盐水;Hypoxia组和HL组进行模拟海拔5000 m低压低氧处理6 h,NC组和LPS组于舱外同时饲养。检测肺组织的湿/干质量比(wet/dry mass ratio,WDR)、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)蛋白含量,HE染色观察肺组织病理改变。提取肺组织总RNA,采用Affymetrix基因芯片检测mRNA表达谱,采用Metascape在线基因注释和分析系统(http://metascape.org)对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路聚类分析。结果HL组大鼠肺组织表现出明显的充血、水肿、肺泡间隔增宽。与NC组比较,HL组大鼠肺WDR显著增加(P<0.01),BALF蛋白含量显著升高(P<0.05)。基因表达检测发现,相对NC组,Hypoxia组有79个基因表达上调,59个基因表达下调,LPS组473个基因表达上调,695个基因表达下调,HL组669个基因表达上调,1253个基因表达下调。GO和KEGG信号通路聚类分析显示:HL组差异表达上调基因主要富集于细胞因子介导的信号通路、对IL-1的反应、炎症反应调节等生物学过程,以及细胞因子-细胞因子受体相互作用、TNF、NF-κB、IL-17、补体和凝血级联反应等信号通路;表达下调的基因主要富集到细胞外基质组织、内皮细胞迁移调控、细胞-基质黏附等生物学过程,以及黏着斑、Wnt、cGMP-PKG、PI3K-Akt、Rap1等信号通路。HL组大鼠肺组织中NF-κB、TNF-α、IL-1β以及IL-6的mRNA表达均显著上调(P<0.01)。结论低氧复合低剂量LPS可稳定复制大鼠HAPE模型,低氧可显著增强LPS诱导的炎症、免疫反应,显著增强炎症介质的表达,促进HAPE的发生发展。 展开更多
关键词 高原肺水肿 低氧 基因表达谱 基因芯片
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牦牛FABP3基因克隆及组织表达谱分析 被引量：3
6
作者 戴荣凤 黄纯 +3 位作者 扎老 路建卫 唐月琴 梁春年 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2024年第1期1-8,共8页
【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区... 【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区序列(CDS)进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR),检测FABP3基因在成年牦牛和胎牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织的表达水平。【结果】牦牛FABP3基因编码区序列长度为402 bp,编码133个氨基酸;蛋白质的高级结构主要是β-转角和延伸链;牦牛FABP3蛋白不存在跨膜区域和信号肽,属于具有一定亲水性的稳定蛋白;牦牛FABP3基因CDS区核苷酸及其编码氨基酸序列的同源性分析显示,FABP3基因在牛属动物中具有一定的保守性;系统进化树分析表明,牦牛与野牦牛和瘤牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,FABP3基因在成年牦牛和胎牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织中均有表达,但在胎牛肝脏、脾脏、肾脏和肌肉中的表达水平显著或极显著高于成年牦牛,在成年牦牛肺脏中的表达水平极显著高于胎牛。【结论】克隆了牦牛FABP3基因,探究了FABP3基因在牦牛中的组织表达规律,为进一步研究该基因在牦牛脂肪沉积中的作用提供了基础数据。 展开更多
关键词 美仁牦牛 FABP3 基因克隆 生物信息学 组织表达谱
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棘胸蛙Clock基因克隆及其转录表达分析
7
作者 袁鸿 汪小冬 +4 位作者 魏秀英 王加品 陈以芳 姚红艳 陈敦学 《广西师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第3期201-212,共12页
生物钟在生物体内出现昼夜周期性震荡,影响着生物的生长发育。棘胸蛙Quasipaa spinosa作为一种重要的两栖类动物,蝌蚪期主要在白天活动,而变态后则主要在夜间活动,出现相反的昼夜节律特征。目前关于棘胸蛙Clock基因的昼夜变化特征尚不... 生物钟在生物体内出现昼夜周期性震荡,影响着生物的生长发育。棘胸蛙Quasipaa spinosa作为一种重要的两栖类动物,蝌蚪期主要在白天活动,而变态后则主要在夜间活动,出现相反的昼夜节律特征。目前关于棘胸蛙Clock基因的昼夜变化特征尚不清楚。因此,本研究克隆棘胸蛙的Clock基因,发现其蛋白序列含有1个HLH结构域、2个PAS结构域和1个PAC结构域,且这些结构域在不同物种中高度保守。进化分析表明,鱼类Clock基因可以分为2个不同的组:Clock A组和Clock B组,两栖类Clock基因不分亚型地聚在一起,其中棘胸蛙与高山倭蛙Clock基因紧密聚在一起。为了探索节律基因在棘胸蛙体内的转录特征,选择5个关键节律基因(Clock、Bmal1、Per2、Cry1和RoRα)研究它们不同发育阶段和不同组织中的表达谱。结果显示:Clock基因在所有组织和所有发育阶段中均存在本底表达,且在变态阶段的表达水平最高。节律表达谱显示Clock和Bmal1基因的表达较为一致,均在夜间观察到表达峰值,Per2和Cry1都在一天开始的时候出现表达高峰。但Per2和Cry1的表达模式具有组织特异性,Cry1基因在T4阶段的肌肉、脑、肝和心脏组织中呈现另一个短暂的表达峰,这可能与夜间褪黑素水平的增加或实验动物的行为模式有关。实验结果有助于深刻理解两栖类动物错综复杂的昼夜节律系统。 展开更多
关键词 棘胸蛙 CLOCK基因 昼夜节律 进化 表达谱 协同作用
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九疑山兔FGF 10基因克隆、生物信息学及组织表达分析
8
作者 黄念旎 黄子珂 +7 位作者 李聪聪 刘晗 马诗语 宋果 蒋亮 彭为波 杨联熙 黄生强 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1001-1010,共10页
【目的】探讨九疑山兔成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)基因的分子结构特征及其在九疑山兔不同日龄、不同组织中的表达模式。【方法】试验以九疑山兔背最长肌为材料,对九疑山兔FGF 10基因编码区序列(CDS)进行克... 【目的】探讨九疑山兔成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)基因的分子结构特征及其在九疑山兔不同日龄、不同组织中的表达模式。【方法】试验以九疑山兔背最长肌为材料,对九疑山兔FGF 10基因编码区序列(CDS)进行克隆,利用MegAlign软件分析FGF10氨基酸序列相似性,并使用Mega 11.0软件构建系统进化树。利用ProtParam、SOPMA等在线网站对FGF10蛋白的理化性质、二级结构和三级结构等进行预测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测FGF 10基因在1、35、84、180日龄九疑山兔的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌中的表达量。【结果】九疑山兔FGF 10基因CDS区长度为663 bp,共编码220个氨基酸,其编码的氨基酸序列与家兔、欧洲兔、鸡、蟾蜍、绵羊、家牛、马、人、小鼠的相似性分别为100.0%、99.5%、87.3%、73.1%、97.2%、97.2%、99.1%、99.0%、93.8%,系统进化树结果显示九疑山兔与马的亲缘关系较近。九疑山兔FGF10蛋白属于亲水性不稳定蛋白,存在1个跨膜区域和1个信号肽,其结构域包括跨膜区、低复杂度区域和FGF家族同源结构域等结构,并含有2个糖基化位点和40个磷酸化位点。其二级结构以无规则卷曲为主(49.55%),其次为延伸链(25.91%),三级结构与二级结构的预测结果一致。蛋白互作预测发现FGF10蛋白还与KL、FGFR2、FGFR4等蛋白存在互作。实时荧光定量PCR结果表明,FGF 10基因在4个日龄九疑山兔的肺脏中表达量均为最高,肾脏其次,而在肝脏中表达量最低。此外,FGF10基因在九疑山兔背最长肌组织中的表达水平随着时间的延长呈现下降趋势,在84日龄时达到最低点。【结论】九疑山兔FGF10蛋白与家兔和欧洲兔的相似性最高,为不稳定的亲水蛋白,存在跨膜区、信号肽、糖基化位点和磷酸化位点。FGF 10基因在九疑山兔不同日龄、不同组织中差异表达。试验结果为深入研究FGF 10基因在肌肉发育中的潜在作用提供了重要的参考依据。 展开更多
关键词 九疑山兔 FGF 10基因 克隆 分子特性 时空表达谱
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凤梨薄荷SDR基因家族全基因组鉴定及表达分析
9
作者 吴娅 姚润 +4 位作者 杨含婷 刘微 杨帅 宋驰 陈士林 《生物技术通报》 北大核心 2025年第5期175-185,共11页
【目的】短链脱氢酶/还原酶(SDR)属于NADPH依赖性氧化还原酶超家族,是植物代谢研究中重要的基因家族。对凤梨薄荷(Mentha suaveolens‘Variegata’)中SDR基因家族进行全基因组鉴定和分析,为解析SDR基因功能与薄荷醇生物合成研究提供理... 【目的】短链脱氢酶/还原酶(SDR)属于NADPH依赖性氧化还原酶超家族,是植物代谢研究中重要的基因家族。对凤梨薄荷(Mentha suaveolens‘Variegata’)中SDR基因家族进行全基因组鉴定和分析,为解析SDR基因功能与薄荷醇生物合成研究提供理论依据。【方法】基于凤梨薄荷单倍型基因组数据,利用生物信息学方法鉴定凤梨薄荷SDR基因家族,并进行理化特性、保守基序、染色体定位等分析,结合转录联合代谢组数据将SDR基因与薄荷醇合成途径上重要基因及化合物进行共表达分析,以及RT-qPCR分析与单萜类化合物强烈正相关的MsSDR基因表达模式。【结果】共鉴定出142个MsSDRs基因不均匀分布在12条染色体上,编码232-765个氨基酸。系统发育分析将MsSDRs蛋白分为5种类型:经典型(C)、延伸型(E)、非经典型(A)、发散型(D)以及未知型(U)。此外,MsSDRs的启动子序列分析识别出与光响应和胁迫反应相关的顺式作用元件。基因表达图谱显示超过一半MsSDRs至少在一个组织中表达。共表达分析发现32个SDR基因与单萜类化合物呈现较强相关性,RT-qPCR结果与RNA-Seq数据趋势基本一致。【结论】对凤梨薄荷SDR基因家族的全面分析发现142个MsSDRs基因参与了凤梨薄荷生长发育的多个阶段,多个MsSDRs基因与薄荷醇生物合成途径上的单萜类化合物相关,推测其可能参与薄荷醇的生物合成。 展开更多
关键词 凤梨薄荷 SDR基因家族 功能分析 表达谱 薄荷醇生物合成
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东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-11248及其靶基因SGT1的生物信息学和表达谱研究 被引量：1
10
作者 张凯遥 赵浩东 +7 位作者 张艺琼 赵萧 高旭泽 邹培缘 张奎昊 陈大福 郭睿 牛庆生 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2024年第2期32-39,共8页
【目的】对前期鉴定所获得的东方蜜蜂微孢子虫的nce-miR-11248进行表达和序列验证,预测、分析其靶基因,并检测nce-miR-11248及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱,为进一步开展nce-miR-11248调控东方蜜蜂微孢... 【目的】对前期鉴定所获得的东方蜜蜂微孢子虫的nce-miR-11248进行表达和序列验证,预测、分析其靶基因,并检测nce-miR-11248及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱,为进一步开展nce-miR-11248调控东方蜜蜂微孢子虫侵染的功能及作用机制研究提供参考。【方法】利用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-11248的真实性;利用相关生物信息学软件预测nce-miR-11248的靶基因,并分析其编码蛋白的分子特性;使用MEME和TBtools软件预测SGT1蛋白的保守基序和结构域,通过Mega 11.0软件进行氨基酸序列多重比对,采用邻接法构建系统进化树。采集东方蜜蜂微孢子虫孢子侵染1,2,4,6和8 d的意蜂工蜂中肠组织,采用RT-qPCR检测nce-miR-11248及其靶基因SGT1的表达谱。【结果】nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在,其序列长度为25 bp。nce-miR-11248的靶基因为SGT1。SGT1蛋白分子式为C_(765)H_(1213)N_(195)O_(241)S_(4),分子质量约为17.10 ku,脂溶系数为82.67,等电点为5.50,亲水系数为-0.709,不含典型的信号肽和跨膜结构域,可同时定位于细胞核、线粒体和过氧化物酶体。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、泛胞虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1中均含有4个保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3和Motif 4)和1个结构域(SGT1超家族结构域)。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1聚为一支,且东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1进化距离最近。相较于侵染东方蜜蜂微孢子虫后1 d,侵染后2,4,6和8 d nce-miR-11248的表达量均显著下调(P<0.05);侵染后2,4,6和8 d SGT1的表达量均下调,其中侵染后4,6和8 d的表达量与2 d的差异达显著水平(P<0.05)。【结论】nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在;东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1亲缘关系最近;随着侵染时间的延长,nce-miR-11248及其靶基因SGT1在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达量均呈持续下降;nce-miR-11248和SGT1是潜在的参与调控微孢子虫侵染过程的因子。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 意大利蜜蜂 nce-miR-11248 SGT1基因 表达谱
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滞育诱导下苹果蠹蛾蝗抗利尿肽基因CpNP的表达分析
11
作者 赵津津 伊嘉雯 +2 位作者 李梅梅 刘万学 张育平 《中国动物保健》 2025年第4期178-180,共3页
本研究旨在分析苹果蠹蛾Cydia pomonella蝗抗利尿肽基因(neuroparsin,CpNP)在滞育诱导下的表达模式。RT-qPCR结果表明,CpNP基因在滞育诱导幼虫体内表达量显著高于正常发育幼虫。当幼虫进入5龄后,CpNP基因表达量呈上升趋势,且在滞育诱导... 本研究旨在分析苹果蠹蛾Cydia pomonella蝗抗利尿肽基因(neuroparsin,CpNP)在滞育诱导下的表达模式。RT-qPCR结果表明,CpNP基因在滞育诱导幼虫体内表达量显著高于正常发育幼虫。当幼虫进入5龄后,CpNP基因表达量呈上升趋势,且在滞育诱导5龄虫中显著高于正常发育虫。5龄幼虫不同组织表达分析发现,CpNP基因在肠道组织中表达量最高,且在滞育诱导的5龄幼虫前肠中表达量显著高于正常发育幼虫。本研究结果表明CpNP基因在苹果蠹蛾幼虫滞育中发挥重要调控作用。 展开更多
关键词 苹果蠹蛾 滞育 蝗抗利尿肽 基因表达谱
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基于全基因表达谱的中药组分川栀方抗巨噬细胞炎性损伤作用机制研究 被引量：1
12
作者 江杰 安婉丽 +2 位作者 杨智倩 程文慧 杨鸿 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第3期175-182,共8页
目的:分析中药组分川栀方(ZGC)对脂多糖(LPS)激活RAW264.7细胞炎性反应模型的全基因组表达谱影响,从整体水平探讨该方对巨噬细胞炎性损伤的可能作用机制及核心靶标。方法:构建LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型,采用基因芯片技术检测ZGC干预... 目的:分析中药组分川栀方(ZGC)对脂多糖(LPS)激活RAW264.7细胞炎性反应模型的全基因组表达谱影响,从整体水平探讨该方对巨噬细胞炎性损伤的可能作用机制及核心靶标。方法:构建LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型,采用基因芯片技术检测ZGC干预对炎性巨噬细胞全基因组表达的影响,对各组间显著差异表达基因进行GO/KEGG富集分析。结果:全基因组表达谱芯片分析结果显示ZGC干预组相对LPS模型组,上调C4bp等5个基因的表达,抑制Mgat3、Psma6、Siglecg等22个基因的表达。GO富集分析结果显示ZGC主要参与白细胞介导免疫调节、前列腺素分泌调节、突触膜、唾液酸结合、免疫受体活性等发挥对抗细胞炎症作用。KEGG信号通路分析结果显示,ZGC主要通过细胞因子受体相互作用、C型凝集素受体(CTLs)信号通路等发挥作用。结论:ZGC可干预炎性巨噬细胞27个基因的异常表达,相关基因可能通过影响细胞因子受体相互作用、CTLs信号通路及TLR4/NF-κB等信号通路而发挥抗炎作用。 展开更多
关键词 中药组分川栀方(ZGC) RAW264.7细胞 炎症因子 基因表达谱
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九香虫脂肪酸合酶基因克隆、生物信息学分析及时序表达谱研究 被引量：1
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作者 冯芷汀 尹志勇 郭建军 《山地农业生物学报》 2024年第3期15-20,共6页
九香虫Aspongopus chinensis Dallas,1851是中国传统药食两用资源昆虫,其需求量日增。然其存在严格的生殖滞育现象,脂肪酸合酶(Fatty Acid Synthase,FASN)与昆虫滞育关系密切。本文根据九香虫转录组数据设计了FASN特异性引物,提取九香虫... 九香虫Aspongopus chinensis Dallas,1851是中国传统药食两用资源昆虫,其需求量日增。然其存在严格的生殖滞育现象,脂肪酸合酶(Fatty Acid Synthase,FASN)与昆虫滞育关系密切。本文根据九香虫转录组数据设计了FASN特异性引物,提取九香虫总RNA,利用PCR技术克隆出九香虫脂肪酸合酶基因(AcFASN),利用生物信息学软件对其进行了生物信息学和同源进化树分析,并通过实时荧光定量试验获取了AcFASN在九香虫中的时序表达图谱。结果显示:九香虫AcFASN基因全长7092 bp,编码2363个氨基酸;九香虫AcFASN是亲水性蛋白质,亚细胞主要定位于细胞质,是一种无信号肽、非跨膜、非分泌型蛋白。同源进化树分析表明,AcFASN氨基酸序列与茶翅蝽Halyomorpha halys的FASN氨基酸序列进化关系较近。时序表达谱显示AcFASN基因在滞育期表达量较高,预示着AcFASN基因极可能通过改变九香虫体内AcFASN的表达量来影响九香虫滞育等生命活动。 展开更多
关键词 脂肪酸合酶 九香虫 基因克隆 时序表达谱
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东方蜜蜂微孢子虫侵染过程中nce-miR-15338及候选靶基因的表达谱
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作者 王思懿 高旭泽 +7 位作者 赵浩东 荆欣 刘小玉 冯佩林 宋宇轩 刘彩珍 陈大福 郭睿 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期89-95,共7页
【目的】本研究旨在为探究nce-miR-15338调控东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂的功能及作用机制提供参考和依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-15338的存在和表... 【目的】本研究旨在为探究nce-miR-15338调控东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂的功能及作用机制提供参考和依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-15338的存在和表达。利用相关软件预测nce-miR-15338的靶基因并进行数据库注释。通过RT-qPCR检测nce-miR-15338及其候选靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染过程中的表达谱。【结果】nce-miR-15338在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在和表达;nce-miR-15338共靶向LCFAL 2和20s PS等16个基因;分别有16、7、8、3个靶基因可注释到Nr、Swiss-Prot、GO和KEGG数据库;相较于接种后1 d,nce-miR-15338的表达量在2 d极显著上调,在4、6、8 d均极显著下调;LCFAL 2的表达量在接种2、4、6、8 d后皆为极显著下调;20s PS在接种2、4、6、8 d的表达水平均为极显著下调。【结论】研究结果证实了nce-miR-15338的真实存在和表达,并明确了东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中nce-miR-15338及其候选靶基因LCFAL 2和20s PS的表达规律。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 蜜蜂 意大利蜜蜂 nce-miR-15338 靶基因 表达谱
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春尺蠖抗逆基因AcinHsp90的克隆与表达模式分析
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作者 陈龙 朱圣杰 +2 位作者 郝水源 赵嘉庆 崔阔澍 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期1088-1095,共8页
【目的】探究逆境胁迫基因Hsp90在春尺蠖(Apocheima cinerarius)应对外界不利环境中的作用。【方法】基于春尺蠖3龄幼虫转录组数据,克隆获取春尺蠖Hsp90基因,对其进行生物信息学分析,采用qPCR技术检测Hsp90基因在3龄幼虫不同温度胁迫(-1... 【目的】探究逆境胁迫基因Hsp90在春尺蠖(Apocheima cinerarius)应对外界不利环境中的作用。【方法】基于春尺蠖3龄幼虫转录组数据,克隆获取春尺蠖Hsp90基因,对其进行生物信息学分析,采用qPCR技术检测Hsp90基因在3龄幼虫不同温度胁迫(-10、-5、0、5和25℃)中回温与不回温、4℃不同时间处理(0、0.5、1、3、5和7 h)。4龄幼虫不同饥饿时间(0、6、12、24、48和72 h)和不同温度胁迫(-5、0、5、25和30℃)的表达谱。【结果】克隆获取1条Hsp90基因,命名为AcinHsp90(Gene Bank登录号:OP750250),CDS全长2151 bp,编码716个氨基酸,蛋白质预测等电点5.05,蛋白质分子量82.37 kDa,无信号肽和跨膜结构。序列一致性分析表明,春尺蠖AcinHsp90与棉铃虫(Helicoverpa armigera)的序列一致性最高,为96.23%;系统进化结果表明,春尺蠖Hsp90基因与家蚕(Bombyx mori)亲缘关系最近。基因表达结果显示,AcinHsp90基因在3龄幼虫不同温度处理下,所有温度胁迫下表达量均无显著差异(P>0.05);在4℃条件下处理0~7 h内,AcinHsp90基因的表达呈上升—下降—上升—下降趋势。AcinHsp90基因在4龄幼虫饥饿处理0~72 h内,在72 h后表达量水平达到最大值,在低温(-5~5℃)处理下AcinHsp90基因表达量很低,25℃时显著升高。【结论】AcinHsp90基因在春尺蠖对环境胁迫的响应中起关键作用,其表达动态的变化可能与春尺蠖的生存策略和适应性密切相关,研究结果为进一步研究春尺蠖的抗逆分子机制提供重要的分子基础。 展开更多
关键词 春尺蠖 热激蛋白90基因 低温胁迫 饥饿胁迫 表达谱
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化学感受蛋白基因OasiCSP4在亚洲小车蝗型变过程中的表达谱分析
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作者 石慧娟 李艳艳 +2 位作者 王莉莉 霍志家 庞保平 《北方农业学报》 2024年第4期19-28,共10页
【目的】揭示化学感受蛋白基因OasiCSP4在亚洲小车蝗两型转变过程中的表达模式,为OasiCSP4功能研究奠定基础。【方法】将亚洲小车蝗雌、雄虫分别在群居型散居化处理和散居型群居化处理0、1、6、12、24、72 h后解剖为头、胸、腹、翅、触... 【目的】揭示化学感受蛋白基因OasiCSP4在亚洲小车蝗两型转变过程中的表达模式,为OasiCSP4功能研究奠定基础。【方法】将亚洲小车蝗雌、雄虫分别在群居型散居化处理和散居型群居化处理0、1、6、12、24、72 h后解剖为头、胸、腹、翅、触角、前足、中足、后足8个组织,采用实时荧光定量PCR技术测定雌、雄虫不同时间、不同组织中的OasiCSP4表达谱并对其表达趋势进行分析。【结果】在群居型散居化处理过程中,雄虫前足OasiCSP4相对表达水平显著高于其他组织(P<0.05);处理0、6、24、72 h雌虫前足OasiCSP4相对表达水平均显著高于其他组织(P<0.05),处理1 h雌虫头部OasiCSP4相对表达水平最高,处理12 h雌虫中足OasiCSP4相对表达水平显著高于其他组织(P<0.05);雄虫头、触角和中足OasiCSP4相对表达水平随处理时间延长而降低,处理6 h雄虫翅、前足和雌虫头、翅、触角、前足OasiCSP4相对表达水平最高。在散居型群居化处理过程中,OasiCSP4在雌虫前足的相对表达水平与其他组织相比差异显著(P<0.05);除处理0、1、72 h OasiCSP4在雄虫中足高表达外,其他处理时间下均在雄虫前足高表达;OasiCSP4在雄虫头、翅和雌、雄虫触角、前足中的相对表达水平随处理时间延长而降低,处理6 h雌虫头和中足OasiCSP4相对表达水最高。【结论】化学感受蛋白基因OasiCSP4在亚洲小车蝗两型转变过程中差异表达。 展开更多
关键词 亚洲小车蝗 化学感受蛋白基因 表达谱 型变
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基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究 被引量：28
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作者 金钢 胡先贵 +6 位作者 应康 李瑶 唐榕 唐岩 景在平 谢毅 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期819-822,共4页
目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 ... 目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 3例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因 398条 ,其中新基因 2 89条 ,老基因 10 9条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因 37条 ,其中在胰腺癌组织中上调基因 2 0条 ,下调基因 17条。 结论 :运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析 ,能够有效筛查出新的胰腺癌相关基因。 展开更多
关键词 微矩阵基因芯片 基因表达谱 胰腺肿瘤 基因筛选
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中华蜜蜂OBP3基因的克隆、原核表达及组织表达谱 被引量：13
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作者 吉挺 沈芳 +3 位作者 梁勤 吴黎明 刘振国 罗岳雄 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期897-904,共8页
【目的】气味结合蛋白质(odorant binding proteins,OBPs)参与气味分子的识别,在蜜蜂嗅觉中扮演重要的角色。本研究旨在克隆中华蜜蜂Apis cerana cerana OBP3基因,以制备多克隆抗体。【方法】运用RT-PCR技术从中华蜜蜂头部总RNA中扩增O... 【目的】气味结合蛋白质(odorant binding proteins,OBPs)参与气味分子的识别,在蜜蜂嗅觉中扮演重要的角色。本研究旨在克隆中华蜜蜂Apis cerana cerana OBP3基因,以制备多克隆抗体。【方法】运用RT-PCR技术从中华蜜蜂头部总RNA中扩增OBP3基因,将该基因亚克隆入原核表达载体pET-28a并转入大肠杆菌Escherichia coli Rosetta(DE3)中诱导表达获得融合蛋白质,融合蛋白质经纯化后免疫新西兰白兔制备多克隆抗体,最后分别用间接ELISA和Western Blot检测抗体的效价和特异性,并采用荧光定量PCR检测OBP3基因在中蜂不同组织中的表达。【结果】克隆得到了中华蜜蜂OBP3基因AccOBP3(GenBank登录号KJ026357),大小为444 bp。SDS-PAGE结果显示融合蛋白成功表达。制备的多克隆抗体效价高于1∶40 000,且具有很高的特异性。荧光定量PCR结果表明,AccOBP3基因在腿部和触角中显著高表达(P<0.01),胸部中次之(P<0.01),头部和腹部中显著低表达,后两者表达量差异不显著(P>0.05)。【结论】OBP3基因在中蜂触角有高转录活性。本研究实现了中蜂OBP3基因的原核表达,并制备了兔抗中蜂OBP3多克隆抗体,为深入研究中蜂OBP3基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 OBP3基因 基因克隆 原核表达 组织表达谱 抗体制备
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花生干旱胁迫响应基因的数字表达谱分析 被引量：22
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作者 孙爱清 张杰道 +3 位作者 万勇善 刘风珍 张昆 孙利 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1045-1053,共9页
以抗旱性强的花生品种丰花5号为材料,利用Solexa高通量测序技术对15%PEG处理后的花生叶片cDNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,转录组基因表达表现出高度的不均一性和冗余性,低于10个拷贝的标签占总标签种类的73.1%,但其表达量只... 以抗旱性强的花生品种丰花5号为材料,利用Solexa高通量测序技术对15%PEG处理后的花生叶片cDNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,转录组基因表达表现出高度的不均一性和冗余性,低于10个拷贝的标签占总标签种类的73.1%,但其表达量只占总标签表达量的9.0%。根据已知序列信息鉴定出935个差异表达基因,其中64.5%下调表达。基因功能分析表明,差异表达基因广泛涉及糖、蛋白、核酸和脂类等生物大分子代谢、能量代谢以及次生代谢过程。在花生干旱响应基因表达谱分析中,发现9个类黄酮代谢相关基因在干旱胁迫下显著上调表达,其中4个编码类黄酮合成酶类,3个编码甲基转移酶,2个编码MYB转录因子。通过半定量RT-PCR对花生苯丙氨酸解氨酶基因(AhPAL)表达分析表明,15%PEG干旱胁迫6h诱导该基因显著表达。推测类黄酮代谢在花生干旱胁迫响应中起重要作用。 展开更多
关键词 花生 干旱 高通量测序 基因表达谱
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人颈椎间盘退变基因表达谱的研究 被引量：14
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作者 张小卫 郭团茂 +1 位作者 刘淼 张银刚 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期340-343,347,共5页
目的探讨人的颈椎间盘组织基因表达谱的变化,分析椎间盘退变的发生机制。方法改进的一步法抽取6例退变和6例正常颈椎间盘髓核的总RNA,用Cy3、Cy5荧光标记制成cDNA探针,再与22 575个cDNA基因表达芯片杂交,激光扫描荧光信号,对差异基因表... 目的探讨人的颈椎间盘组织基因表达谱的变化,分析椎间盘退变的发生机制。方法改进的一步法抽取6例退变和6例正常颈椎间盘髓核的总RNA,用Cy3、Cy5荧光标记制成cDNA探针,再与22 575个cDNA基因表达芯片杂交,激光扫描荧光信号,对差异基因表达谱进行分析。结果进行6次扫描,退变和正常椎间盘髓核组织共有570个基因发生了差异表达,其中上调550个,下调20个。结论多种基因表达异常与颈椎间盘退变相关。 展开更多
关键词 颈椎间盘 退变 基因芯片 基因表达谱 差异表达
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