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跨平台基因表达模式分析软件系统
被引量：
1
1
作者
胡弘
谢建明
+1 位作者
汪德正
孙啸
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2004年第10期146-148,共3页
构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查...
构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查询、计算结果可视化等功能。软件使用Java作为开发平台,具有良好的可移植性,为在高性能计算机上进行基因表达模式分析打下了良好的基础。
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关键词
基因表达模式分析
跨平台
软件系统
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职称材料
蒺藜苜蓿GPAT基因家族的全基因组鉴定、序列变异和表达分析
被引量：
8
2
作者
杨成兰
段瑞君
+3 位作者
武雄雄
祁存英
马银花
熊辉岩
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期1966-1974,共9页
甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicag...
甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)作为豆科模式植物具有基因组小、生长周期短、遗传转化效率高等特点。为了解GPAT基因在苜蓿抗逆尤其是在耐盐中的作用,本研究选择蒺藜苜蓿基因组为研究对象,采用Blastp和Hmm结构域搜索方法,共鉴定出24个mtGPAT基因。根据系统进化、基因结构和结构域差异将其分成3个亚家族。同时染色体定位分析发现,24个mtGPAT基因不均匀分布在7条苜蓿染色体上,每条染色体上分布有2~5个基因。基因表达谱分析表明:蒺藜苜蓿GPAT基因具有器官特异性,并且会参与盐胁迫反应。这些结果可为进一步深入研究蒺藜苜蓿GPAT家族基因的功能提供理论基础。
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关键词
蒺藜苜蓿
基因
家族
甘油-3-磷酸酰基转移酶
系统进化
分析
基因表达模式分析
染色体定位
盐胁迫
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职称材料
题名
跨平台基因表达模式分析软件系统
被引量：
1
1
作者
胡弘
谢建明
汪德正
孙啸
机构
东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2004年第10期146-148,共3页
基金
国家"863"计划资助项目(2002AA231071)
江苏省自然科学基金资助项目(BK2002057)
文摘
构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查询、计算结果可视化等功能。软件使用Java作为开发平台,具有良好的可移植性,为在高性能计算机上进行基因表达模式分析打下了良好的基础。
关键词
基因表达模式分析
跨平台
软件系统
Keywords
Gene Expression Profile Analysis
Portability
Software System
分类号
TP311.52 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
蒺藜苜蓿GPAT基因家族的全基因组鉴定、序列变异和表达分析
被引量：
8
2
作者
杨成兰
段瑞君
武雄雄
祁存英
马银花
熊辉岩
机构
青海大学生态环境工程学院
青海大学农牧学院
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期1966-1974,共9页
基金
国家自然科学基金(31560052)
青海省科技厅应用基础研究项目(2019-ZJ-7049)。
文摘
甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)作为豆科模式植物具有基因组小、生长周期短、遗传转化效率高等特点。为了解GPAT基因在苜蓿抗逆尤其是在耐盐中的作用,本研究选择蒺藜苜蓿基因组为研究对象,采用Blastp和Hmm结构域搜索方法,共鉴定出24个mtGPAT基因。根据系统进化、基因结构和结构域差异将其分成3个亚家族。同时染色体定位分析发现,24个mtGPAT基因不均匀分布在7条苜蓿染色体上,每条染色体上分布有2~5个基因。基因表达谱分析表明:蒺藜苜蓿GPAT基因具有器官特异性,并且会参与盐胁迫反应。这些结果可为进一步深入研究蒺藜苜蓿GPAT家族基因的功能提供理论基础。
关键词
蒺藜苜蓿
基因
家族
甘油-3-磷酸酰基转移酶
系统进化
分析
基因表达模式分析
染色体定位
盐胁迫
Keywords
Medicago truncatula
gene family
glycerin-3-phosphate acyltransferase
phylogenetic analysis
gene expression pattern
chromosome location
salt stress
分类号
S541 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
跨平台基因表达模式分析软件系统
胡弘
谢建明
汪德正
孙啸
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2004
1
在线阅读
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职称材料
2
蒺藜苜蓿GPAT基因家族的全基因组鉴定、序列变异和表达分析
杨成兰
段瑞君
武雄雄
祁存英
马银花
熊辉岩
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
8
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