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基因表达模式分析及软件系统 被引量:4
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作者 谢建明 孙啸 +1 位作者 谢雪英 陆祖宏 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第2期201-204,共4页
研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据... 研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能 .对于同一组基因表达数据 ,可通过不同的聚类算法的组合 ,提供更多的基因分类信息 。 展开更多
关键词 基因表达模式 聚类分析 软件系统 模糊聚类 生物信息学软件 两两平均连锁聚类法 系统聚类法 自组织特征映射法
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cDNA微阵列检测萌发期水稻重要代谢基因表达模式 被引量:3
2
作者 孙亮先 董海涛 李德葆 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期299-303,共5页
使用含 2 2 0 0条水稻表达序列标签的 c DNA微阵列检测了萌发期水稻胚芽、胚轴 (含糊粉层和盾片 )、胚根的基因表达模式 ,得到 10 32个有效的基因表达数据。其中 ,在胚芽、胚根、胚轴中特异表达的基因数分别为 5 5、10 6和 36个。以胚... 使用含 2 2 0 0条水稻表达序列标签的 c DNA微阵列检测了萌发期水稻胚芽、胚轴 (含糊粉层和盾片 )、胚根的基因表达模式 ,得到 10 32个有效的基因表达数据。其中 ,在胚芽、胚根、胚轴中特异表达的基因数分别为 5 5、10 6和 36个。以胚轴为参比 ,70个基因在胚芽、胚根中均表达上调 ,包括延伸因子 1和多个核糖体蛋白基因 ,这些基因与顶端生长点的细胞分化和生长有关。胚轴特异表达的基因有 36个 ,大部分参与胚乳贮藏物质的代谢 ,如聚泛蛋白基因。 展开更多
关键词 CDNA微阵列 萌发期 基因表达模式 水稻 物质代谢 胚芽 胚轴 胚根
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桃果实采后乙烯合成及乙烯受体ETR1同源基因表达模式的研究 被引量:5
3
作者 谢永红 陈学年 +2 位作者 吕斌 丁志祥 欧毅 《西南园艺》 2005年第3期1-3,共3页
研究了温度和乙烯吸收剂对“南京白凤”桃(AmygdaluspersicaL.)果实采后乙烯生成和乙烯受体ETR1同源基因表达的影响。结果表明,低温和乙烯吸收剂处理降低了果实乙烯释放量,延缓乙烯释放高峰期。定量PCR分析表明,ETR1的mRNA表达水平受温... 研究了温度和乙烯吸收剂对“南京白凤”桃(AmygdaluspersicaL.)果实采后乙烯生成和乙烯受体ETR1同源基因表达的影响。结果表明,低温和乙烯吸收剂处理降低了果实乙烯释放量,延缓乙烯释放高峰期。定量PCR分析表明,ETR1的mRNA表达水平受温度和乙烯吸收剂调节,随着乙烯合成能力的增强,ETR1同源基因的表达水平增加,在桃果实乙烯信号传导过程中呈正向表达模式。 展开更多
关键词 ETR1 乙烯受体 果实采后 基因表达模式 乙烯合成 乙烯吸收剂 mRNA表达 乙烯释放量 定量PCR 乙烯生成 合成能力 同源基因 信号传导 高峰期 分析表 桃果实 温度 水平
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水稻化感抑草的基因表达模式研究(摘要)
4
作者 方长旬 徐铁城 +2 位作者 王大红 沈荔花 林文雄 《中国稻米》 2013年第4期147-147,共1页
杂草危害是水稻产量的主要生物限制因子之一,利用水稻化感作用来控制田间杂草的这种环境友好型技术可望在可持续农业发展中发挥作用。基因表达调控是水稻化感抑草作用形成的核心过程。本研究发现在稗草胁迫下,化感水稻P1312777的PAL... 杂草危害是水稻产量的主要生物限制因子之一,利用水稻化感作用来控制田间杂草的这种环境友好型技术可望在可持续农业发展中发挥作用。基因表达调控是水稻化感抑草作用形成的核心过程。本研究发现在稗草胁迫下,化感水稻P1312777的PAL基因家族的多数成员基因均上调表达, 展开更多
关键词 基因表达模式 水稻产量 化感作用 摘要 基因表达调控 环境友好型 限制因子 杂草危害
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跨平台基因表达模式分析软件系统 被引量:1
5
作者 胡弘 谢建明 +1 位作者 汪德正 孙啸 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2004年第10期146-148,共3页
构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查... 构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查询、计算结果可视化等功能。软件使用Java作为开发平台,具有良好的可移植性,为在高性能计算机上进行基因表达模式分析打下了良好的基础。 展开更多
关键词 基因表达模式分析 跨平台 软件系统
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果蝇tap基因表达模式的测定
6
作者 王越 胡澍 +2 位作者 汪欣怡 张明炎 蒋豫 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期35-38,共4页
果蝇tap基因因具有和哺乳动物ngn基因极高的碱基序列相似度,被定性为ngn同源基因。近二十年来,在已知ngn同源基因中,除tap以外,其他基因的功能和调控基本都得到了比较充分的研究,而对tap基因的相应研究几乎停滞。直到利用同源重组技术,... 果蝇tap基因因具有和哺乳动物ngn基因极高的碱基序列相似度,被定性为ngn同源基因。近二十年来,在已知ngn同源基因中,除tap以外,其他基因的功能和调控基本都得到了比较充分的研究,而对tap基因的相应研究几乎停滞。直到利用同源重组技术,将tap基因的编码序列准确地替换成Gal4蛋白的编码序列,培育出tap Gal4品系,并与UAS-GFP品系杂交,通过对子代果蝇中GFP进行荧光染色,明确了tap基因在蕈形体发育过程的表达模式。进而通过量化分析,确定了tap基因在蕈形体发育中不具有原神经功能,而是对神经轴突的生长和靶向延伸起重要作用。主要展示了tap基因在大脑,复眼发育过程中的表达模式,利于针对性地在这些器官中敲除、敲低或过量表达Tap蛋白,进而根据由此产生的表型改变,探究tap基因在这些器官发育中的功能和调控。 展开更多
关键词 果蝇 tap基因表达模式 Gal4系统 免疫荧光染色
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不同浓度氮处理毛竹水通道蛋白基因表达模式及其调控网络
7
作者 朱成磊 林泽铭 +1 位作者 李天阔 高志民 《世界竹藤通讯》 2022年第6期21-29,共9页
氮和水分平衡对植物生长发育具有重要作用,在长期进化过程中植物体内形成了氮运输和水分平衡的复杂调控网络。为揭示竹子速生的内在调控机制,研究了不同浓度氮处理下毛竹根中水通道蛋白(AQP)基因的表达模式,并预测了其表达调控网络。结... 氮和水分平衡对植物生长发育具有重要作用,在长期进化过程中植物体内形成了氮运输和水分平衡的复杂调控网络。为揭示竹子速生的内在调控机制,研究了不同浓度氮处理下毛竹根中水通道蛋白(AQP)基因的表达模式,并预测了其表达调控网络。结果表明,在不同浓度氮处理下,在毛竹根的转录本中共鉴定到30个差异表达的PeAQP s,包括14个PePIP s、8个PeTIP s、7个PeNIP s和PeSIP 2-1;随着氮浓度的提高,PeAQP s的表达模式主要分为2类:一类呈上调表达,另一类呈下调表达。在这些差异表达AQP基因的启动子中鉴定到了许多转录因子(TF)的结合元件,同时通过筛选差异表达TFs,构建了差异表达TFs和PeAQP s的共表达网络。代表性差异表达TFs和PeAQP s表达的相关性分析和共表达结果表明,这些TF可能参与调控毛竹中水分和氮的协调运输。研究结果可为深入解析毛竹快速生长的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 毛竹 氮处理 水通道蛋白 基因表达模式 表达网络
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使用RNA测序的基因表达模式分析长双歧杆菌BBMN68酸胁迫应答的机制获得进展
8
《中国乳业》 2013年第3期44-44,共1页
中国农业大学金君华等通过高通量的RNA测序方法分析了长双歧杆菌BBMN68酸诱导后基因表达的变化。研究发现,在pH值4.5条件下培养2h后的菌株,再在致死酸环境pH值3.5下培养2h,与直接在pH值3.5下培养2h相比,存活率增加了70倍,293个... 中国农业大学金君华等通过高通量的RNA测序方法分析了长双歧杆菌BBMN68酸诱导后基因表达的变化。研究发现,在pH值4.5条件下培养2h后的菌株,再在致死酸环境pH值3.5下培养2h,与直接在pH值3.5下培养2h相比,存活率增加了70倍,293个基因的表达上调超过2倍,245个基因下调超过2倍。这说明细菌面对酸胁迫时,增强了细胞壁的完整性,改变了细胞膜的通透性, 展开更多
关键词 基因表达模式 长双歧杆菌 测序方法 RNA 胁迫应答 机制 中国农业大学 PH值
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山新杨谷胱甘肽转移酶基因的生物信息学与表达模式分析
9
作者 黄颖 遇文婧 +1 位作者 刘雪峰 刁桂萍 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期248-256,共9页
【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆... 【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆了3个PdbGST基因家族成员,分别命名为PdbGST1、PdbGST2和PdbGST3,cDNA全长分别为678、660和690 bp,编码氨基酸分别为225、219和229个,形成的蛋白质均为稳定亲水酸性蛋白,且均定位于细胞质。同时,这3个蛋白质均具有谷胱甘肽转移酶的典型结构,且其启动子区域具有能够响应生物或非生物胁迫以及植物激素的元件。此外,这3个基因的表达不同程度地受外源植物激素或非生物胁迫诱导。【结论】3个PdbGST基因均能够不同程度地响应非生物胁迫或外源植物激素的诱导,可能参与到杨树对逆境胁迫的响应过程中。 展开更多
关键词 谷胱甘肽转移酶 生物信息学分析 基因表达模式 山新杨
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铁皮石斛糖苷水解酶GH3基因家族鉴定及表达模式分析 被引量:1
10
作者 李亚萍 金福来 +5 位作者 黄宗贵 张涛 段晓婧 姜武 陶正明 陈家栋 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期790-799,共10页
利用生物信息学方法对铁皮石斛GH3基因家族成员进行筛选、鉴定,对其基因结构、蛋白理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质二级结构及跨膜预测、基序及染色体定位进行分析,同时分析GH3基因家族在不同组织以及低磷与正常磷水平下的表达... 利用生物信息学方法对铁皮石斛GH3基因家族成员进行筛选、鉴定,对其基因结构、蛋白理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质二级结构及跨膜预测、基序及染色体定位进行分析,同时分析GH3基因家族在不同组织以及低磷与正常磷水平下的表达模式。在铁皮石斛全基因组中筛选得到13个GH3家族基因,其中一个基因存在可变剪切,表达为14个GH3蛋白。GH3基因家族蛋白可分为3个亚家族,各亚家族中不同基因相对保守;各成员均含有内含子与外显子,内含子相位在0~2,13个基因分布在8染色体上。GH3基因家族在铁皮石斛的8个组织中均有表达,其中白根和花蕾表达量高,茎和唇瓣低,推测GH3基因家族可能参与铁皮石斛根系生长以及开花现蕾。低磷与正常磷水平表达结果表明,低磷水平下叶中基因LOC 110110392、LOC 110100144表达上调,根中基因LOC 110095762、LOC 110107269表达上调。该研究对铁皮石斛糖苷水解酶GH3基因家族成员生物信息学、在不同组织以及正常磷与低磷条件下的表达水平进行研究分析,筛选响应低磷信号的糖苷水解酶基因,为后期研究糖苷水解酶参与低磷条件下铁皮石斛多糖代谢调节机制提供研究基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 糖苷水解酶GH3 生物信息学分析 基因表达模式
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保幼激素环氧水解酶基因在蠋蝽滞育过程中的表达模式及其功能研究
11
作者 王胜男 张茂森 +5 位作者 周磊 井晓宇 张洪志 李玉艳 吴惠惠 张礼生 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第6期43-51,共9页
保幼激素(juvenile hormone,JH)缺乏是引发昆虫生殖滞育的主要原因,保幼激素环氧水解酶(JHEH)作为JH的主要降解酶,通过调控JH滴度水平在昆虫滞育中发挥重要作用。为研究JHEH在蠋蝽生殖滞育中的调控功能,克隆获得了蠋蝽JHEH基因(AcJHEH)... 保幼激素(juvenile hormone,JH)缺乏是引发昆虫生殖滞育的主要原因,保幼激素环氧水解酶(JHEH)作为JH的主要降解酶,通过调控JH滴度水平在昆虫滞育中发挥重要作用。为研究JHEH在蠋蝽生殖滞育中的调控功能,克隆获得了蠋蝽JHEH基因(AcJHEH),该基因编码452个氨基酸,具有典型环氧水解酶结构特征,无跨膜结构域,存在1个信号肽位点。同源性及系统进化分析结果表明,AcJHEH在不同物种间具有较高保守性,与茶翅蝽(Halyomorpha halys)的JHEH相似性较高,达65.46%。利用RT-qPCR技术测定了AcJHEH在蠋蝽不同组织及滞育不同时期的表达量,发现AcJHEH表达量在滞育诱导期先下降后升高,滞育诱导20 d时表达量最低;滞育初期(诱导40 d)表达量最高,滞育维持期(诱导50~60 d)的表达量稳定在较高水平,与成虫初羽化时水平接近。AcJHEH在滞育蠋蝽的头部表达量最高,其次是中后肠和脂肪体,在卵巢中表达量最低。利用RNAi敲降蠋蝽初羽化成虫的JHEH基因表达后,雌虫体内的卵黄蛋白原(vitelliogenin,Vg)基因表达量上升,卵黄沉积明显,推测滞育诱导期高表达的JHEH基因可能通过抑制Vg基因的表达,抑制卵黄蛋白沉积和卵巢发育,从而促进蠋蝽的生殖滞育。本研究结果为解析JHEH在生殖滞育中的调控作用提供了参考依据。 展开更多
关键词 蠋蝽 生殖滞育 保幼激素环氧水解酶 基因表达模式 基因功能
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玉米IQM基因家族全基因组鉴定及胁迫表达分析
12
作者 王子铭 司吉浩 +2 位作者 张文治 孟成 王哲 《华北农学报》 北大核心 2025年第4期1-9,共9页
IQM基因家族是Ca^(2+)不依赖型钙调素结合蛋白中的重要成员,在植物生长发育以及多种胁迫反应中发挥着重要作用。为了研究玉米IQM基因家族的特征及潜在功能,采用生物信息学的方法在玉米全基因组中鉴定IQM基因,并对其蛋白性质、系统进化... IQM基因家族是Ca^(2+)不依赖型钙调素结合蛋白中的重要成员,在植物生长发育以及多种胁迫反应中发挥着重要作用。为了研究玉米IQM基因家族的特征及潜在功能,采用生物信息学的方法在玉米全基因组中鉴定IQM基因,并对其蛋白性质、系统进化关系、基因结构、染色体位置、基因复制、顺式作用元件、组织特异性表达和多种胁迫下表达模式进行研究。结果表明,在玉米全基因组中共鉴定出11个ZmIQMs基因,根据其在染色体上的位置,将其命名为ZmIQM1~ZmIQM11。ZmIQMs基因分为3个亚家族,亚家族内部基因结构具有相似性,片段复制在玉米IQM基因家族扩增和进化中发挥主要作用。顺式作用元件分析发现,ZmIQMs基因启动子区含有多个与激素和胁迫响应相关的元件。对ZmIQMs基因的表达模式进行研究,发现ZmIQMs基因在不同组织中的表达模式不同,在不同非生物和生物胁迫下,多个ZmIQMs基因表达量发生变化。qRT-PCR结果显示,在干旱胁迫下,ZmIQM3、ZmIQM4和ZmIQM10上调表达;ZmIQM3、ZmIQM4、ZmIQM5、ZmIQM10和ZmIQM11响应小斑病病原菌的侵染。以上结果表明,ZmIQMs基因在胁迫响应中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 玉米 IQM 基因鉴定 基因表达模式
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小菜蛾热休克蛋白基因的鉴定及其表达模式分析 被引量:13
13
作者 夏晓峰 林海兰 +2 位作者 郑丹丹 杨广 尤民生 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期457-464,共8页
热休克蛋白(heat shock protein,HSP)在昆虫应对外界胁迫刺激时起着重要作用。为了系统研究小菜蛾Plutella xylostella HSP基因家族,根据家蚕的HSP蛋白序列,采用本地Blast程序对小菜蛾全基因组数据库进行同源序列检索,从小菜蛾基因组数... 热休克蛋白(heat shock protein,HSP)在昆虫应对外界胁迫刺激时起着重要作用。为了系统研究小菜蛾Plutella xylostella HSP基因家族,根据家蚕的HSP蛋白序列,采用本地Blast程序对小菜蛾全基因组数据库进行同源序列检索,从小菜蛾基因组数据库中鉴定了25个HSP基因,包括2个HSP90、8个HSP70和15个sHSP(small heat shock protein,sHSP)基因。小菜蛾、家蚕Bombyx mori、黑腹果蝇Drosophila melanogaster和赤拟谷盗Tribolium castaneum的HSP系统进化分析显示,昆虫的小分子量热休克蛋白sHSP具有很强的种属特异性,HSP70家族的保守性比sHSP强。小菜蛾HSP基因表达模式分析显示,与敏感品系对比,抗性品系(抗毒死蜱和抗氟虫氰品系)中HSP基因具有不同的表达模式。小菜蛾1,2和3龄幼虫HSP基因表达模式较为接近,而与4龄幼虫中的表达模式相差较大;4龄幼虫和蛹中的表达模式相近;雌成虫和雄成虫中的表达模式显著不同,与果蝇精子形成有关的两个热休克蛋白HSP23和HSP27基因[分别为CCG003980.1(Px23.5)和CCG005412.2(Px27.5)],在小菜蛾雄成虫中的表达量显著高于雌成虫。研究结果表明小菜蛾HSP基因不仅在杀虫剂抗性、发育分化,甚至在生殖上均可能起着重要的作用。本研究为深入研究小菜蛾HSP与生长发育、抗逆行为的相互关系奠定了基础。 展开更多
关键词 小菜蛾 热休克蛋白 比较基因 杀虫剂抗性 基因表达模式
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烟夜蛾性肽受体基因的克隆与表达模式分析 被引量:2
14
作者 范荫荫 安世恒 +4 位作者 王琼 刘孝明 李为争 郭线茹 原国辉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1281-1288,共8页
【目的】克隆烟夜蛾Helicoverpa assulta(Guenée)性肽受体基因并分析其表达模式,为深入研究性肽与交配后反应的关系奠定基础。【方法】采用RT-PCR方法,从烟夜蛾雌蛾性信息素腺体中得到性肽受体基因c DNA全序列。利用荧光定量PCR方... 【目的】克隆烟夜蛾Helicoverpa assulta(Guenée)性肽受体基因并分析其表达模式,为深入研究性肽与交配后反应的关系奠定基础。【方法】采用RT-PCR方法,从烟夜蛾雌蛾性信息素腺体中得到性肽受体基因c DNA全序列。利用荧光定量PCR方法,分析该基因的表达模式。【结果】序列分析结果显示,烟夜蛾性肽受体基因c DNA全长2 048 bp,命名为Hass SPR(Gen Bank登录号:AFH53182.1)。该基因的开放阅读框长1 275 bp,编码424个氨基酸残基,序列中含有7个跨膜域结构,预测分子量和等电点分别为48.6 k Da和9.25。序列比对分析表明,Hass SPR与近缘种棉铃虫H.armigera和其他蛾类性肽受体的氨基酸序列一致性分别达98.35%和超过84%,与已经报道的其他昆虫的性肽受体的氨基酸序列一致性也在64%以上。不同组织表达分析表明,Hass SPR在测定的1日龄雌蛾不同组织中均有表达,以在脑中的表达量最高。时序表达分析表明,在羽化前1天至羽化后6日龄雌蛾的信息素腺体中均有表达,以3日龄表达量最高。雌蛾交配后,Hass SPR在性信息素腺体和脑中的表达量显著上调,而在交配囊和卵巢中的表达量显著下调。【结论】从烟夜蛾雌蛾性信息素腺体中克隆得到性肽受体基因Hass SPR,其表达模式提示该基因的表达水平与雌蛾的生殖生理和生殖行为有关。 展开更多
关键词 烟夜蛾 性肽 性肽受体 性信息素腺体 基因表达模式 交配
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2型糖尿病相关基因在人和食蟹猴外周血白细胞中的表达模式 被引量:2
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作者 季芳 张艳春 +7 位作者 靳丽莎 郝香芬 夏机良 李学家 张秀娟 饶军华 刘晓明 彭白露 《四川动物》 CSCD 北大核心 2012年第2期185-190,共6页
2型糖尿病(T2DM)是一种多因素相关的复杂的代谢性疾病。采用实时PCR技术了解51个T2DM相关基因mRNA在健康和糖尿病人/食蟹猴外周血白细胞中的表达模式。结果表明,与健康组相比,糖尿病猴中有34个基因表达量差异显著(P<0.05),约为66.7%... 2型糖尿病(T2DM)是一种多因素相关的复杂的代谢性疾病。采用实时PCR技术了解51个T2DM相关基因mRNA在健康和糖尿病人/食蟹猴外周血白细胞中的表达模式。结果表明,与健康组相比,糖尿病猴中有34个基因表达量差异显著(P<0.05),约为66.7%,其中24个基因表达上调(P<0.05);而糖尿病人中有26个基因表达量差异显著(P<0.05),约为50.1%,其中16个基因表达上调(P<0.05),这些基因表达受到糖代谢、脂肪代谢、炎症等方面的影响。糖尿病人与食蟹猴样本中有18个基因都存在差异性表达(P<0.05),表达模式基本一致。因此,食蟹猴可以作为研究糖尿病的较理想的模式动物,外周血白细胞基因的表达模式可以为糖尿病早期诊断和预后评价提供重要指标。 展开更多
关键词 2型糖尿病 基因表达模式 白细胞 人类 食蟹猴
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全基因组范围禾本科植物GPX基因家族的进化分析和表达模式研究 被引量:3
16
作者 杨雪 刘翠晶 杨美英 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第10期176-183,192,共9页
【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列... 【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列特点、基因结构和系统进化关系;采用反转录PCR(RT-PCR)方法,分析18个GPX基因在正常生长以及1-氯-2,4-二硝基苯(CDNB)、双氧水(H2O2)、莠去津(Atrazine)和水杨酸(SA)处理后,水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘,以及正常生长条件下发芽2d后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出6,5,7个GPX基因,这些基因编码长度为168-251个氨基酸的蛋白,分子质量介于18.44-27.42ku。系统发生分析发现,3个物种至少有7个最近的共同祖先GPX基因,物种分化之后水稻和短柄草分别丢失1个和2个GPX基因。序列相似性分析发现,3个物种GPX蛋白具有较高的序列相似性,介于38.0%-95.2%,且不同基因簇中GPX序列的分化速率不同。3个物种GPX基因具有保守的基因结构,但SbGPX7发生了内含子插入事件,预示着其与其他GPX基因之间功能的分化。表达模式分析发现,3个物种的18个GPX基因中有15个在所有检测样品中均为组成型表达,3个GPX基因(水稻2个、高粱1个)为选择性表达,表达模式的分化预示着功能的分化。【结论】作为植物保护细胞免受氧化损伤的重要酶类,禾本科3个物种的GPX基因在进化过程中发生了功能分化。 展开更多
关键词 谷胱甘肽过氧化物酶 禾本科 基因进化分析 基因表达模式
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松墨天牛肌球蛋白轻链2基因的鉴定及表达模式 被引量:2
17
作者 吴华俊 蔡紫玲 +1 位作者 罗淋淋 林同 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期25-30,共6页
为阐明松墨天牛肌肉收缩机理和相关基因表达模式,用构建c DNA文库方法,从松墨天牛c DNA中克隆到松墨天牛肌球蛋白轻链2基因,命名为Ma MLC-2(Gen Bank:KM371003)。该基因c DNA为882 bp,其中开放阅读框(ORF)为618 bp,编码205个氨基酸... 为阐明松墨天牛肌肉收缩机理和相关基因表达模式,用构建c DNA文库方法,从松墨天牛c DNA中克隆到松墨天牛肌球蛋白轻链2基因,命名为Ma MLC-2(Gen Bank:KM371003)。该基因c DNA为882 bp,其中开放阅读框(ORF)为618 bp,编码205个氨基酸,推测的蛋白等电点为4.66,分子量为22.26 k Da。Ma MLC-2的氨基酸序列与赤拟谷盗同源性最高,为96%,与东方蝼蛄等8种昆虫同源性为85%-88%。松墨天牛与赤拟谷盗处在系统发育树的同一分支上。Ma MLC-2属于亲水性氨基酸,存在2个EF-hand结构域,长度均为29个氨基酸,其中第1个EF-hand结构域含有Ca2+结合位点。SWISS-MODEL预测结果显示,Ma MLC-2有2个螺旋-环-螺旋结构。用RT-q PCR分析了Ma MLC-2基因的相对表达量,结果显示:蛹和幼虫的表达量高于成虫;成虫中足表达量最高,腹部表达量最低,各部位均有表达,且有显著差异(P〈0.05)。 展开更多
关键词 松墨天牛 肌球蛋白轻链2 基因表达模式 RT-q PCR
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棉花蔗糖合成酶基因家族在纤维发育期时空表达模式分析 被引量:5
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作者 黄圣 何鹏 +1 位作者 田莉莉 俞嘉宁 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期317-328,共12页
蔗糖合成酶(Sucrose Synthase)是调控植物糖类代谢的关键酶之一,在植物生长发育及渗透调节过程中起着重要的作用。该酶为多基因家族,各成员在植物不同组织及不同发育阶段发挥不同的作用。陆地棉(Gossypium hirsutum)中有15个Sus成员... 蔗糖合成酶(Sucrose Synthase)是调控植物糖类代谢的关键酶之一,在植物生长发育及渗透调节过程中起着重要的作用。该酶为多基因家族,各成员在植物不同组织及不同发育阶段发挥不同的作用。陆地棉(Gossypium hirsutum)中有15个Sus成员,本研究利用转录组高通量测序及实时定量PCR技术,检测了该基因家族的表达模式。结果表明,Gh Sus1D、Gh Sus3A、Gh Sus3D和Gh Sus6D在起始期(0~3 DPA)大量表达;GhSus7D在10 DPA的纤维中表达量快速增加,达到同期突变体胚珠的4.7倍;Gh Sus1A、Gh Sus5D在纤维伸长期(5~15 DPA)表达量显著高于胚珠,分别在10 DPA、15 DPA时达到峰值;Gh Sus3A、Gh Sus3D、和Gh Sus6D在纤维发育(15 DPA)时表达量重新上升,且在20 DPA时仍处于较高表达水平。Sus基因家族组织表达模式分析表明,它们在陆地棉品种徐州142野生型和突变体中的组织表达模式基本相同,根、茎、叶、花中没有显著差异。但不同Sus基因具有不同的组织表达特异性。 展开更多
关键词 棉花纤维 棉花 基因表达模式 蔗糖合成酶
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Cwc15家族同源基因mED1在小鼠早期胚胎发育中的表达模式(英文) 被引量:1
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作者 端家忠 张靖溥 +1 位作者 朱少侠 李勇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期637-642,共6页
RNA选择性剪接机制涉及基因表达模式的多样性、胚胎发育的调控和疾病的发展与转归.Cwf15/Cwc15蛋白家族与RNA剪接体的功能相关,其基因序列在很多物种之间是十分保守的.然而,在哺乳类,Cwf15/Cwc15基因的表达模式和生物学功能研究至今未... RNA选择性剪接机制涉及基因表达模式的多样性、胚胎发育的调控和疾病的发展与转归.Cwf15/Cwc15蛋白家族与RNA剪接体的功能相关,其基因序列在很多物种之间是十分保守的.然而,在哺乳类,Cwf15/Cwc15基因的表达模式和生物学功能研究至今未见实验性研究报道.本文首次报道了Cwc15家族同源基因mED1在小鼠早期胚胎发育过程中的表达规律.RT-PCR结果表明,mED1基因的转录水平从小鼠桑葚胚到器官形成期呈逐渐上升趋势;整体原位杂交结果显示mED1基因主要在小鼠6.5-dpc胚胎的ICM、8.5-dpc胚胎的神经褶衍生物和10.5-dpc的头部、鳃弓和体节中表达.说明mED1基因参与了小鼠胚胎的早期发育.此外,GFP-融合蛋白的亚细胞定位实验表明,mED1蛋白具有核定位的功能(剪接体蛋白的必要特性),验证了其核定位序列(NLS)的预测.本文是关于Cwc15家族基因的首次实验研究报道. 展开更多
关键词 mED1 基因表达模式 Cwf15/Cwc15超家族 小鼠胚胎发育 NLS
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一个光敏色素B调控的水稻NBS-LRR基因的表达模式分析 被引量:1
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作者 杨慧 薛彦久 +2 位作者 王莹莹 马汇泉 谢先芝 《山东农业科学》 2011年第6期1-9,共9页
利用水稻基因芯片比较野生型、phyA和phyB突变体受连续红光照射后的基因表达图谱,从中筛选到一个受光敏色素B(phyB)介导的红光信号特异诱导的、编码NBS-LRR类蛋白的基因,命名为PB-LRR(phyB-regu lated NBS-LRR)。为了揭示PB-LRR基因在... 利用水稻基因芯片比较野生型、phyA和phyB突变体受连续红光照射后的基因表达图谱,从中筛选到一个受光敏色素B(phyB)介导的红光信号特异诱导的、编码NBS-LRR类蛋白的基因,命名为PB-LRR(phyB-regu lated NBS-LRR)。为了揭示PB-LRR基因在水稻生长发育中的作用,对该基因表达的器官特异性及其对不同激素的应答反应进行了分析。结果表明,PB-LRR基因在叶中表达水平最高,在茎中最低。光对PB-LRR基因表达的诱导是由phyB调控的,与phyA无关。此外PB-LRR基因的表达受外源ABA的抑制,并且受环境因子的调控。构建PB-LRR启动区∶GUS植物表达载体,转化至野生型和phyB突变体中,GUS染色结果表明,在phyB突变体转基因植株中的GUS活性明显低于野生型,而且GUS活性主要出现在叶片上部。这表明PB-LRR基因的表达不仅受phyB介导的光信号调控,而且受发育调控。本研究结果为进一步分析PB-LRR基因在phyB介导的光反应和水稻抗病反应中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 光敏色素 NBS-LRR 基因表达模式 抗病性
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