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应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控 被引量:2
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作者 殷冬梅 陈颖 +5 位作者 黄超兰 杜青青 吴娟娟 许玲莉 陆璐 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期140-146,共7页
Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2... Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点. 展开更多
关键词 PINK1 基因表达数量性状基因 帕金森病
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家禽数量性状基因座定位的研究进展 被引量:8
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作者 黄银花 李宁 +1 位作者 孙汉 黄路生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期588-592,共5页
近二十年来 ,各种DNA标记技术及相关生物技术的发展和完善为高密度、覆盖面广的连锁图谱的构建及QTL的定位奠定了基础 ,本文就目前世界上建立的几个较有影响的资源家系、各种DNA标记技术、家禽中定位的QTL及存在问题等方面作一综述。
关键词 家禽 数量性状 基因定位 研究进展
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水稻异株克生抗杂草的数量性状及其基因定位研究 被引量:6
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作者 徐正浩 余柳青 +4 位作者 赵明 张旭 魏兴华 郭龙彪 叶元林 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期40-42,共3页
水稻异株克生抗杂草的特性是受数量性状控制的。异株克生抗靶杂草水稻材料与非异株克生抗靶杂草的杂种二代 (F2 )经生物检测 ,靶杂草的根或芽长的表型呈现正态分布。通过常规育种很难获得更强的异株克生作用亲本的杂种 ,因与水稻异株克... 水稻异株克生抗杂草的特性是受数量性状控制的。异株克生抗靶杂草水稻材料与非异株克生抗靶杂草的杂种二代 (F2 )经生物检测 ,靶杂草的根或芽长的表型呈现正态分布。通过常规育种很难获得更强的异株克生作用亲本的杂种 ,因与水稻异株克生相关的效应基因数不多。目前唯一的有关水稻异株克生基因定位的研究报道表明 ,有 4个数量性状位点 (QTLs)分别位于第 2、3、3、8条染色体上。异株克生主效应的QTLs与根形态的主效应不在同一个位点。对产生异株克生物质的酶作定位标记 ,可对QTLs作进一步精细定位 。 展开更多
关键词 异株克生 基因定位 水稻 异株克生抗杂草 数量性状
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自然储存条件下水稻种子耐储藏性状QTL的定位
4
作者 陈文凤 黄浩 +9 位作者 丁晓雯 林晋军 姚威 陈倩茹 黄希来 刘雄伦 吴俊 陈哲红 程计华 刘金灵 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期1-5,35,共6页
为了筛选出新的水稻耐储藏种质,以在自然条件下储存4年的由粳稻‘魔王谷’(MWG)和籼稻‘CO39’杂交后代衍生的重组自交系群体种子为材料,对群体种子发芽表型进行分析,并利用复合区间作图法对该群体种子耐储藏性状QTL进行定位。结果表明:... 为了筛选出新的水稻耐储藏种质,以在自然条件下储存4年的由粳稻‘魔王谷’(MWG)和籼稻‘CO39’杂交后代衍生的重组自交系群体种子为材料,对群体种子发芽表型进行分析,并利用复合区间作图法对该群体种子耐储藏性状QTL进行定位。结果表明:101份重组自交系中,67%的株系种子的发芽率、发芽势和发芽指数为0,其余株系3个发芽性状指标分别为0~82.67%、0~46.00%和0~6.48;鉴定到1个发芽率达82.67%的高耐储株系;QTL分析定位到3个控制发芽性状(发芽率、发芽势、发芽指数)的QTL,分别为qGR7、q GP7和qGI7,其中qGR7位于SSR标记RM6344与RM5720区间18.43c M的区域,qGP7和qGI7均位于标记RM5672与RM8261区间35.74 cM的区域,3个QTL的LOD值为2.52~2.56,表型贡献率为12.02%~12.22%。 展开更多
关键词 水稻 耐储藏性 重组自交系群体 数量性状基因位点 基因定位
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德系黑白花奶牛数量性状基因定位研究初报 被引量:8
5
作者 徐宁迎 傅衍 《浙江农业大学学报》 CSCD 北大核心 1999年第1期107-110,共4页
在德系黑白花奶牛中,对产奶量、乳蛋白量、乳脂量和奶中体细胞数四个数量性状进行基因定位,试验采用祖孙女设计法。试验动物为16个父系半同胞家系共755头种公牛,试验共测定了8对染色体上的64颗微卫星,父代公牛四个性状的育... 在德系黑白花奶牛中,对产奶量、乳蛋白量、乳脂量和奶中体细胞数四个数量性状进行基因定位,试验采用祖孙女设计法。试验动物为16个父系半同胞家系共755头种公牛,试验共测定了8对染色体上的64颗微卫星,父代公牛四个性状的育种值由孙代母牛估算得到。连锁分析采用回归间距定位法,临界F值由置换试验法得到。 展开更多
关键词 数量性状 祖孙女设计法 基因定位 黑白花奶牛
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基于最小二乘估计的数量性状基因座的复合区间定位法 被引量:25
6
作者 吴为人 李维明 卢浩然 《福建农业大学学报》 CSCD 1996年第4期394-399,共6页
数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行... 数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行估计,但其复杂费时的计算使得这些经验方法显得不实用.本文给出基于最小二乘估计的复合区间定位法,它保持了复合区间定位的基本性质,但在计算上要比基于最大似然估计的方法简单和快速得多.由于它对性状的分布无需特殊的要求,因而有更广的适用范围.通过消除模型中冗余的标记,可使数值计算速度进一步提高.这样,用经验方法估计显著临界值就变得可行了.另外,消除冗余标记还可提高QTL定位的准确性,改进QTL效应的估值. 展开更多
关键词 数量性状基因 复合区间定位 最小二乘法
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运用混合线性模型定位复杂数量性状基因的方法 被引量:77
7
作者 朱军 《浙江大学学报(自然科学版)》 CSCD 1999年第3期327-335,共9页
运用混合线性模型分析原理,提出了复杂数量性状基因定位的方法,可以分析QTL复杂的遗传效应及QTL×环境互作效应.采用混合线性模型随机效应的无偏预测方法,可以预测基因型值和基因型×环境互作效应值,再运用区间作图... 运用混合线性模型分析原理,提出了复杂数量性状基因定位的方法,可以分析QTL复杂的遗传效应及QTL×环境互作效应.采用混合线性模型随机效应的无偏预测方法,可以预测基因型值和基因型×环境互作效应值,再运用区间作图法或复合区间作图法间接分析QTL的加性、显性遗传主效应及其与环境的互作效应,还能定位在特定发育阶段表达的QTL.基于混合模型的复合区间作图法(MCIM法)可以分析多环境的遗传实验资料,直接分析包括上位性效应的遗传主效应及其与环境的互作效应.Markov链蒙特卡罗(MCMC)分析方法可用于推断QTL的统计特征. 展开更多
关键词 数量性状基因 混合线性模型 数量遗传 基因定位
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家蚕F_2群体数量性状基因定位的区间作图法 被引量:1
8
作者 何克荣 夏建国 黄健辉 《浙江农业学报》 CSCD 1999年第5期253-256,共4页
本文简要地叙述了家蚕F2 群体数量性状基因定位区间作图法的原理和方法。并通过了计算机模拟验证。
关键词 区间作图 家蚕 数量性状 基因定位
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畜禽数量性状基因座位的精细定位 被引量:7
9
作者 鲁绍雄 连林生 《中国牛业科学》 2006年第1期38-42,共5页
数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小... 数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小QTL定位的置信区间,人们相继提出并发展了一系列新的QTL定位方法。本文在分析畜禽QTL定位的基本方法及影响畜禽QTL定位精度的主要因素基础上,对提高QTL定位精确性的策略和方法进行了相应的探讨。 展开更多
关键词 畜禽 数量性状基因座位 精细定位 标记辅助选择 QTL
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家畜数量性状基因位点定位的常用统计方法 被引量:2
10
作者 徐宁迎 傅衍 章胜乔 《浙江农业科学》 北大核心 2000年第3期146-149,共4页
本文讨论了线性模型为基础的方差分析和回归分析及以似然函数为基础的最大似然法是家畜数量性状基因定位的常用统计方法。其中回归分析灵活多变适应范围广 ,在区间定位时能同时估计数量性状基因位点的位置和效应值 ,计算简单、实用 ,可... 本文讨论了线性模型为基础的方差分析和回归分析及以似然函数为基础的最大似然法是家畜数量性状基因定位的常用统计方法。其中回归分析灵活多变适应范围广 ,在区间定位时能同时估计数量性状基因位点的位置和效应值 ,计算简单、实用 ,可利用许多现成的统计软件 ,是目前家畜数量性状基因位点定位的首选方法 ;最大似然法虽然估计较为正确 ,但计算过程复杂 。 展开更多
关键词 回归分析法 最大似然法 数量性状 基因定位 家畜
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数量性状基因定位的混合线性模型分析方法 被引量:10
11
作者 朱军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1998年第S1期139-140,共2页
数量性状基因定位的混合线性模型分析方法①朱军(浙江农业大学生物数学研究中心,杭州310029)作物产量、品质和抗逆等重要的农艺性状大多为数量性状基因所控制。近十年来,随着分子标记检测技术的发展,有关数量性状基因座位(... 数量性状基因定位的混合线性模型分析方法①朱军(浙江农业大学生物数学研究中心,杭州310029)作物产量、品质和抗逆等重要的农艺性状大多为数量性状基因所控制。近十年来,随着分子标记检测技术的发展,有关数量性状基因座位(QuantitativeTrait... 展开更多
关键词 混合线性模型 数量性状 基因定位 基因型×环境互作 区间作图法 复合区间作图 环境互作效应 遗传主效应 分析方法 预测方法
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基因标记定位在猪数量性状改良中的应用(综述) 被引量:11
12
作者 刘顺德 《养猪》 北大核心 1999年第2期28-30,共3页
近年来分子遗传的理论和技术进展迅速,为猪数量性状的研究与改良开拓了新的空间。本文就猪数量性状基因的标记、定位在选种上的应用状况作一综述。
关键词 数量性状 基因标记 基因定位 选种 改良 良种
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数量遗传性状基因定位方法研究进展 被引量:2
13
作者 田玉 马春红 +3 位作者 宋丽华 温之雨 董文琦 赵璞 《河北农业科学》 2021年第5期88-91,97,共5页
解析数量遗传性状基因是作物遗传改良的重要手段。分子生物学、各种组学和基因组测序技术的不断突破促进了分子育种技术的快速发展,分子标记技术也不断更新,逐渐成为数量遗传性状基因挖掘的重要方式之一。简要介绍了数量遗传性状基因定... 解析数量遗传性状基因是作物遗传改良的重要手段。分子生物学、各种组学和基因组测序技术的不断突破促进了分子育种技术的快速发展,分子标记技术也不断更新,逐渐成为数量遗传性状基因挖掘的重要方式之一。简要介绍了数量遗传性状基因定位方法分子标记技术的发展历程和现状,并展望了分子标记技术的发展方向。 展开更多
关键词 分子标记 数量性状 基因定位
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单细胞精度的表达数量性状位点研究进展 被引量:1
14
作者 徐晓鹏 范小英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期795-806,共12页
表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整... 表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。 展开更多
关键词 表达数量性状位点 基因组关联研究 单细胞转录组测序 调控元件 细胞类型特异性
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水稻株高及其构成因素数量性状基因座位的分子标记定位 被引量:52
15
作者 林鸿宣 庄杰云 +5 位作者 钱惠荣 陆军 闵绍楷 熊振民 郑康乐 黄宁 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第3期257-263,共7页
应用具有89个标记位点的F_2群体的RFLP图谱,对控制水稻株高及其构成因素的数量性状基因座位(QTL)进行定位等研究.共定位了32个QTLs,其中涉及株高的有7个、穗长有3个、第一节间长有2个、第二节间长和第三节间长各3个、第四节间长有6个、... 应用具有89个标记位点的F_2群体的RFLP图谱,对控制水稻株高及其构成因素的数量性状基因座位(QTL)进行定位等研究.共定位了32个QTLs,其中涉及株高的有7个、穗长有3个、第一节间长有2个、第二节间长和第三节间长各3个、第四节间长有6个、节间数和第一节间干重各有4个.分别位于第1、2、3、4、5、8、12染色体的7个QTLs对株高的联合贡献率高达79%.此外,估算了每个QTL的贡献率、加性与显性效应值. 展开更多
关键词 水稻 株高 数量性状 基因座位 基因定位
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近交群体数量性状基因位点定位的原理
16
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 1999年第4期39-40,共2页
关键词 家畜 数量性状 近交群体 基因位点 定位 原理
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远交群体数量性状基因位点定位的原理
17
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 2000年第1期46-47,共2页
关键词 数量性状 基因位点 定位 家畜遗传育种 远交群体
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数量性状基因位点定位的常用试验设计方法
18
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 2000年第2期42-43,共2页
关键词 数量性状 基因定位 试验设计 近交群体 远交群体
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数量性状基因位点定位的最大似然分析法
19
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 2001年第1期42-42,共1页
关键词 数量性状 基因定位 最大似然分析 似然函数 显著性检验
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水稻灌浆期耐热害的数量性状基因位点分析 被引量:36
20
作者 朱昌兰 肖应辉 +3 位作者 王春明 江玲 翟虎渠 万建民 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期117-121,共5页
利用由98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系群体及其分子连锁图谱,以粒重感热指数[(适温粒重-高温粒重)/适温粒重×100]为评价指标,采用混合线性模型的QTL定位方法,对水稻灌浆期耐热性的主效、上位性数量... 利用由98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系群体及其分子连锁图谱,以粒重感热指数[(适温粒重-高温粒重)/适温粒重×100]为评价指标,采用混合线性模型的QTL定位方法,对水稻灌浆期耐热性的主效、上位性数量性状基因位点及其与环境的互作进行分析。共检测到3个灌浆期耐热性主效QTL,分别位于第1、4和7染色体上,LOD值为8.16、11.08和12.86,贡献率8.94%、17.25%和13.50%。其中位于第4染色体标记C1100-R1783之间的QTL,没有显著的上位性和环境互作效应,表明在不同环境和遗传背景中的表达较为稳定,在水稻耐热性育种中可能具有较大的利用价值,其耐热性等位基因来自亲本Kasalath,高温热害时可减少粒重损失3.31%。位于第1染色体标记R1613-C970之间的QTL和第7染色体标记C1226-R1440之间的QTL,耐热性等位基因来自亲本Nipponbare,分别可减少粒重损失2.38%和2.92%。这两个QTL均具有与环境的互作效应,其中第7染色体上的QTL还和其他基因位点有互作。检测到8对加性×加性上位性互作QTL,分布于第1、2、3、5、7、8、10和12染色体上。没有检测到上位性QTL与环境的互作效应。 展开更多
关键词 QTL定位 灌浆期 数量性状基因位点 互作 水稻 粒重 上位性 染色体 加性 遗传背景
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