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应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控 被引量：2
1
作者 殷冬梅 陈颖 +5 位作者 黄超兰 杜青青 吴娟娟 许玲莉 陆璐 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期140-146,共7页
Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2... Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点. 展开更多
关键词 PINK1 基因表达数量性状基因座 帕金森病
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鸽ADSL基因组织表达谱分析、SNP检测及其与肉质性状的关联分析
2
作者 董丽艳 王清艳 +4 位作者 魏彩霞 吴春琴 李瑞萍 陈晓燕 温积辉 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期22-26,共5页
为研究腺苷酸琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的组织表达谱及该基因对鸽肉质性状的影响,试验1以6只白羽王鸽的16个组织为研究材料,采用荧光定量PCR进行组织表达谱研究;试验2以140个白羽王鸽个体为研究材料,采用直接测序法筛选ADSL基因序列SNPs,... 为研究腺苷酸琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的组织表达谱及该基因对鸽肉质性状的影响,试验1以6只白羽王鸽的16个组织为研究材料,采用荧光定量PCR进行组织表达谱研究;试验2以140个白羽王鸽个体为研究材料,采用直接测序法筛选ADSL基因序列SNPs,采集这140个个体的胸肌进行剪切力、肉色、pH值、电导率等肉质指标测定,采用索氏抽提法测定肌内脂肪含量;采用气相色谱-质谱联用法测定脂肪酸含量。结果显示:ADSL基因呈组成性表达模式,其在肝脏、胸肌、腿肌中的表达水平最高。ADSL基因序列中有11个突变位点,其中T2305C、G2476A、C2664T位点SNPs与多不饱和脂肪酸、肌内脂肪以及肌苷酸有显著或极显著相关性。说明ADSL基因这些SNPs可以作为肉质性状的分子标记,为肉鸽的育种提供基础资料。 展开更多
关键词 鸽 腺苷酸琥珀酸裂解酶基因 组织表达谱 单核苷酸多态性 肉质性状
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不同心皮数量棉花心皮发育特征、基因表达及相关性状比较
3
作者 王为然 杨静 +3 位作者 王萌 周子馨 朱家辉 孔杰 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期373-384,共12页
【目的】探究棉花心皮发育特征,不同心皮数量的差异表达基因与植物激素含量,以及心皮数量与棉铃发育的关系。【方法】以3心皮(C3)、4心皮(C4)、5心皮(C5)棉花材料为研究对象,观察棉花心皮发育过程,统计不同杂交组配后代的心皮数量。花... 【目的】探究棉花心皮发育特征,不同心皮数量的差异表达基因与植物激素含量,以及心皮数量与棉铃发育的关系。【方法】以3心皮(C3)、4心皮(C4)、5心皮(C5)棉花材料为研究对象,观察棉花心皮发育过程,统计不同杂交组配后代的心皮数量。花芽发育5 d、10 d和开花当天分别进行转录组测序及激素含量测定,并在不同发育时期测定棉铃的表型。【结果】花蕾长度为2~3 mm时,心皮原基发育起始;花蕾长度为4~5 mm时,心皮融合形成合生心皮。心皮原基的发育早于雌蕊器官。C3、C4、C5两两杂交F1的平均心皮数量介于双亲之间。C3、C4和C5中差异表达基因主要富集于生物学过程。花芽发育5 d、10 d和开花当天,富集通路中心皮发育相关基因AP1、AGL6、WUS、MYB21和ARF6在C5中的表达量高于C4,且显著高于C3。花芽发育5 d、10 d,C5的茉莉酸含量显著高于C3、C4,吲哚乙酸含量显著低于C3、C4;C4的脱落酸含量显著低于C3、C5。开花后20 d、35 d和60 d,C5的棉铃直径、棉铃鲜物质质量、棉瓣厚度以及纤维和胚珠鲜物质质量显著高于C3、C4。【结论】3、4、5心皮棉花亲本的杂交组配后代中,心皮数量介于双亲之间。多个心皮发育相关基因在C5中的表达量更高。开花前,C5中茉莉酸含量最高,吲哚乙酸含量最低。心皮数量增多利于增加棉铃直径、鲜物质质量,同时增加纤维和胚珠鲜物质质量。 展开更多
关键词 棉花 心皮数量 花芽发育 差异表达基因 激素含量 棉铃
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ALX4基因与滩羊羊毛性状的关联及在皮肤组织的中表达
4
作者 马丽娜 田进阳 +2 位作者 王锦 赵正伟 马青 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第2期8-15,共8页
【目的】滩羊成无根状同源异型盒-4(ALX4)基因组织表达和多态性及其与羊毛性状的关联性,为滩羊裘皮分子标记辅助选育提供依据。【方法】针对前期研究中筛选出的位点采用SNP分型技术和RT-PCR技术对107只滩羊进行ALX4基因多态性检测,并与... 【目的】滩羊成无根状同源异型盒-4(ALX4)基因组织表达和多态性及其与羊毛性状的关联性,为滩羊裘皮分子标记辅助选育提供依据。【方法】针对前期研究中筛选出的位点采用SNP分型技术和RT-PCR技术对107只滩羊进行ALX4基因多态性检测,并与初生期和二毛期羊毛性状进行关联分析。【结果】在滩羊ALX4基因上筛选出3个SNPs位点,分别为g.72453265 T>C、g.72455864 T>C和g.72476712 T>C,其中g.72453265 T>C位点产生TT、TC和CC 3种基因型,g.72455864 T>C位点产生TT、TC 2种基因型,g.72476712 T>C位点产生TT、TC 2种基因型;基因多态性分析表明,3个SNPs位点属于低度多态,SNP1位点均处于非Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),SNP2和SNP3位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);关联分析结果显示:SNP1Chr15:72453265位点CC基因型出生侧部弯曲数显著大于其他基因型(P<0.05),SNP3 chr15:72476712位点TT基因型二毛侧部毛长显著大于其他基因型(P<0.05);组织表达分析表明,出生时期滩羊皮肤组织中ALX4基因的表达量极显著高于二毛期滩羊的皮肤组织(P<0.01)。【结论】ALX4基因多态性与滩羊羊毛性状显著相关,可作为滩羊羊毛性状选育的候选基因,其中Chr15:72453265位点和chr15:72476712位点可能是影响滩羊羊毛弯曲和毛长的潜在候选SNP位点,可作为滩羊羊毛性状的遗传分子标记。 展开更多
关键词 滩羊 ALX4基因 基因多态性 生长性状 关联分析 表达
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棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选 被引量：1
5
作者 乔丹 白冰楠 +12 位作者 葛群 刘小芳 栾玉娟 牛皓 龚举武 巩万奎 闫浩亮 李俊文 刘爱英 石玉真 Elsamman Elameer 陈全家 袁有禄 《中国棉花》 2024年第4期25-34,共10页
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个... 棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。 展开更多
关键词 陆地棉 棉籽大小 全基因组关联分析 重组自交系群体 单核苷酸多态性 数量性状核苷酸 候选基因
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基于高通量测序筛选鸽子下丘脑和卵巢组织早熟性状相关基因
6
作者 蔡倩楠 施文莉 +8 位作者 赵邦哲 李丽 章琳俐 辛清武 缪中纬 朱志明 陈孝秋 吴进伟 郑嫩珠 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第9期10-19,共10页
【目的】解析调控鸽子早熟性状的关键基因和信号通路,丰富鸽子早熟性状研究数据。【方法】选取同一批次180日龄开产和未开产大宝鸽各4只,处死后采集下丘脑和卵巢组织进行高通量测序分析,筛选与鸽子早熟性状相关的差异表达基因(different... 【目的】解析调控鸽子早熟性状的关键基因和信号通路,丰富鸽子早熟性状研究数据。【方法】选取同一批次180日龄开产和未开产大宝鸽各4只,处死后采集下丘脑和卵巢组织进行高通量测序分析,筛选与鸽子早熟性状相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行GO和KEGG富集分析。从DEGs中选取P值由小到大的前1000个基因进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)分析,筛选早熟性状相关DEGs。采用qRT-PCR方法检测早熟相关DEGs的转录水平,验证高通量测序数据的可靠性。【结果】①下丘脑和卵巢共鉴定出685个DEGs。相比于未开产鸽子,已开产鸽子下丘脑中存在上调基因159个,下调基因201个;卵巢中存在上调基因118个,下调基因207个。②GO富集分析发现,DEGs显著富集于微管运动、神经系统过程、膜筏、细胞死亡和免疫反应等;KEGG分析显示,DEGs在ECM-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、焦点黏连、MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等信号通路显著富集。这些信号通路和生物学过程涉及多个与卵泡形成和发育密切相关的基因。③筛选到AKR1D1、COL1A1、FAS、PRLR和TGFBR2等5个早熟性状相关DEGs,其中AKR1D1在开产鸽子下丘脑中上调表达,其他4个在卵巢中下调表达。④对5个DEGs进行qRT-PCR验证,结果与高通量测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】试验揭示了开产和未开产大宝鸽下丘脑和卵巢DEGs及相关信号通路,筛选到5个可能调控鸽子早熟性状的关键基因。 展开更多
关键词 鸽子 下丘脑 卵巢 早熟性状 差异表达基因 高通量测序
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武定鸡GHRL基因克隆、组织表达及多态性分析
7
作者 周滟 高瑞霞 +3 位作者 黄丽鸽 范新阳 保志鹏 苗永旺 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5299-5309,共11页
【目的】克隆武定鸡胃饥饿素(ghrelin,GHRL)基因,阐明其组织表达差异及其功能性单核苷酸多态性(SNP)位点对生长性状的影响。【方法】克隆武定鸡GHRL基因编码区(CDS)并进行生物信息学分析,探究其分子结构和功能特性;利用实时荧光定量PCR... 【目的】克隆武定鸡胃饥饿素(ghrelin,GHRL)基因,阐明其组织表达差异及其功能性单核苷酸多态性(SNP)位点对生长性状的影响。【方法】克隆武定鸡GHRL基因编码区(CDS)并进行生物信息学分析,探究其分子结构和功能特性;利用实时荧光定量PCR检测GHRL基因在不同发育阶段(50、120和365日龄)不同组织中的表达差异,通过PCR产物直接测序技术检测GHRL基因内含子3、外显子4(652 bp)区域的SNP位点,分析其与武定鸡生长性状的关联性。【结果】成功克隆武定鸡GHRL基因CDS序列,其长度为351 bp,编码116个氨基酸。生物信息学分析显示,GHRL蛋白为亲水性不稳定蛋白,含有信号肽序列和跨膜结构域,且该蛋白包含Motilin_ghrelin和Motilin_assoc 2个保守结构域。实时荧光定量PCR结果显示,不同日龄武定鸡GHRL基因在腺胃中表达量显著高于其他组织(P<0.05),且120日龄时表达量显著高于50、365日龄(P<0.05)。在GHRL基因内含子3中检测到3个SNPs位点(g.4374 C>T、g.4375 C>T、g.4431 G>T),在外显子4中检测到1个SNP(g.4629 G>A)为异义替换。关联分析结果显示,g.4374 C>T和g.4629 G>A位点与武定鸡公鸡胫长及母鸡龙骨长和胸角显著相关(P<0.05)。【结论】武定鸡GHRL基因在调节食欲和能量代谢、促进生长激素分泌和释放方面具有重要作用,其多态性与生长性状显著相关。研究结果为武定鸡的分子育种提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 武定鸡 GHRL基因 组织表达 生长性状 关联分析
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薄皮甜瓜茎粗和节间长性状主基因+多基因遗传分析
8
作者 陈英达 孙浩 +6 位作者 于文慧 刘瑞梅 荣维瑞 韩靖漪 潘玉朋 刘振宁 张宁 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第4期922-931,共10页
【目的】旨在探究薄皮甜瓜茎粗和节间长性状的遗传基础,为甜瓜茎粗和节间长性状的遗传改良提供理论指导,为培育甜瓜理想株型品种提供理论依据。【方法】以薄皮甜瓜高代自交系M125和M30为试验材料,构建六世代群体,利用遗传模型分析软件... 【目的】旨在探究薄皮甜瓜茎粗和节间长性状的遗传基础,为甜瓜茎粗和节间长性状的遗传改良提供理论指导,为培育甜瓜理想株型品种提供理论依据。【方法】以薄皮甜瓜高代自交系M125和M30为试验材料,构建六世代群体,利用遗传模型分析软件包对茎粗及节间长进行遗传模型的分析,并计算24种模型的极大似然函数值(MLV)和赤池信息量(AIC),采用AIC最小原则进行模型初选,各性状分别选择3个模型作为备选模型。对备选模型进行适合性检验,选取差异显著量最少的备选模型作为最优模型,并计算出最优模型的一阶和二阶遗传参数。【结果】统计分析表明,F_(1)植株茎粗及节间长均值均介于两亲本之间,且明显偏向于母本。由F2群体植株茎粗及节间长频次分布可知,2个性状均呈现连续变异,且为偏态分布。薄皮甜瓜植株茎粗符合2对加性-显性-上位性主基因+加性-显性多基因遗传模型,其一阶遗传参数表明,2对主基因的加性效应值均为1.51,第1对主基因的显性效应值为-0.39,第2对主基因的显性效应值为0.06,2对主基因的显性度(|h_(a)/d_(a)|、|h_(b)/d_(b)|)分别为0.26和0.04,表明2对主基因呈部分显性作用;2对主基因加性效应绝对值之和大于显性效应绝对值之和,表明甜瓜茎粗性状的遗传以加性正向效应为主,并具有增效作用。二阶遗传参数表明,F2群体的主基因遗传率为82.27%,多基因遗传率为3.21%,B_(1)和B_(2)的主基因遗传率分别为83.75%和52.13%,多基因遗传率分别为7.27%和0。节间长符合2对加性-显性-上位性主基因+加性-显性-上位性多基因遗传模型,其一阶遗传参数表明,2对主基因的加性效应值均为13.26,第1对主基因的显性效应值为-17.17,第2对主基因的显性效应值为4.38,2对主基因的显性度分别为1.29和0.33,表明第1对主基因呈超显性作用;第2对主基因呈部分显性作用,2对主基因加性效应绝对值之和大于显性效应绝对值之和,表明甜瓜茎节间长性状的遗传以加性正向效应为主,且加性效应强于显性效应。二阶遗传参数表明,F2群体的主基因遗传率为84.26%,多基因遗传率为8.93%,B_(1)和B_(2)的主基因遗传率分别为77.76%和89.99%,多基因遗传率分别为14.58%和0。【结论】薄皮甜瓜植株茎粗和节间长性状的主基因遗传率较高,且主基因的加性效应均强于显性效应。因此,甜瓜育种过程中对茎粗和节间长性状的选择适宜在早期世代进行。 展开更多
关键词 薄皮甜瓜 茎粗 节间长 数量性状 主基因+多基因 遗传分析
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基于WGCNA方法挖掘影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因
9
作者 倪彬 张康 +4 位作者 朱莉 唐琳 李昕鹏 苟潇 孔小艳 《饲料研究》 北大核心 2025年第10期80-84,共5页
试验旨在通过转录组测序数据挖掘影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法对建水黄褐鸭肝脏、皮下脂肪、胸肌、脾脏、肺、肾和腿肌这7个组织中基因的表达量进行共表达模块聚类。通过基因本体论(GO)和京... 试验旨在通过转录组测序数据挖掘影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法对建水黄褐鸭肝脏、皮下脂肪、胸肌、脾脏、肺、肾和腿肌这7个组织中基因的表达量进行共表达模块聚类。通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析筛选与肉质性状相关的目标模块。利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)调控网络,结合文献及功能富集分析,确定影响肉质性状的关键功能基因。结果显示,所有组织共得到5 402个基因,5 402个注释基因被构建成16个模块,其中黑色和青色模块可能与肉质性状相关,标记为目标模块。结合文献及功能富集分析结果表明,目标模块中的肌生成因子5 (MYF5)、类糖基转移酶1 (LARGE1)、Ⅰ型胶原α2链(COL1A2)、肌球蛋白结合蛋白C1(MYBPC1)和肌球蛋白轻链3 (MYL3)基因不仅是TOP10的核心基因,还在肌肉结构发育、骨骼系统发育、组织再生等GO条目中富集,且在胸肌、腿肌中高表达。研究表明,MYF5、LARGE1、COL1A2、MYBPC1和MYL3为影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因。 展开更多
关键词 建水黄褐鸭 加权基因共表达网络分析 肉质性状 功能基因
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NOS1基因变异与失眠、睡眠时长以及阻塞性睡眠呼吸暂停临床数量性状的相关性 被引量：1
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作者 袁灏琳 李念念 +5 位作者 胡珺晖 沈锦虹 高振飞 关建 刘峰 殷善开 《上海交通大学学报(医学版)》 CSCD 北大核心 2024年第12期1490-1503,共14页
目的·探索神经型一氧化氮合酶(nitric oxide synthase 1,NOS1)遗传变异rs7305526和rs11615756与失眠、睡眠时长和阻塞性睡眠呼吸暂停(obstructive sleep apnea,OSA)临床数量性状的相关性。方法·利用Allen Human Brain Atlas... 目的·探索神经型一氧化氮合酶(nitric oxide synthase 1,NOS1)遗传变异rs7305526和rs11615756与失眠、睡眠时长和阻塞性睡眠呼吸暂停(obstructive sleep apnea,OSA)临床数量性状的相关性。方法·利用Allen Human Brain Atlas数据集分析NOS1基因在人类全脑水平的表达模式,通过表达数量性状位点分析rs7305526和rs11615756对NOS1基因表达的影响。利用英国生物银行(United Kingdom Biobank,UKB)的全基因组关联研究(Genome Wide Association Study,GWAS)数据集,采用回归分析探讨rs7305526和rs11615756与失眠及睡眠时长2种睡眠性状的相关性。利用上海睡眠健康队列研究(Shanghai Sleep Health Study Cohort,SSHS)基于标准多导睡眠监测(polysomnography,PSG)的临床监测数据,分析rs7305526和rs11615756与OSA临床数量性状(包括呼吸、血氧和睡眠结构性状)的相关性。结果·NOS1基因在睡眠调节脑区(杏仁核、基底前脑、纹状体和丘脑)和呼吸中枢(间脑和脑桥被盖部)的部分核团呈较高的表达水平,而在大脑和小脑皮层、脑桥等区域呈低水平的表达或不表达。rs7305526和rs11615756与NOS1在大脑皮层的表达水平均呈显著负相关,此外rs11615756同样与杏仁核中NOS1的表达水平呈显著负相关。UKB GWAS数据显示rs7305526与失眠、睡眠时长无显著相关,而rs11615756仅与睡眠时长呈显著负相关。SSHS临床监测数据显示,rs7305526与最低血氧饱和度(lowest pulse blood oxygen saturation,LSpO2)、呼吸暂停低通气指数和非快速眼动睡眠(non-rapid eye movement,NREM)2期时间占比等OSA临床数量性状的变化显著相关。虽然rs11615756仅与NREM 2和3期次数呈显著负相关,但在根据OSA严重程度分层后,rs11615756和rs7305526与部分呼吸血氧性状存在显著相关性。结论·NOS1基因变异与人类睡眠时长性状和OSA呼吸、血氧、睡眠结构性状存在显著关联,rs7305526(C>A)对睡眠性状的调节独立于对呼吸、血氧的调节。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 NOS1基因 人类睡眠 临床数量性状 遗传变异
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水稻产量及其相关性状的数量性状基因座分析 被引量：27
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作者 李泽福 夏加发 +2 位作者 苏泽胜 翟虎渠 万建民 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期1-6,共6页
利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密... 利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密度和单株产量等 7个重要农艺性状进行了QTL分析。共检测到分布在 8条染色体上的 2 6个QTL ,其贡献率差异较大 ,在 5 2 %～ 4 9 2 %之间 ,其中有 4个QTL的贡献率超过 30 % ,分别是控制有效穗的qPN 4、每穗颖花数的qSN 3、每穗实粒数qGN 2和千粒重的qGW 3a。相关显著的产量性状QTL往往分布在染色体上相同区域 ,并集中在少数几个连锁群上。与其他研究结果比较表明 ,主效QTL在不同群体中的重演性较好。 展开更多
关键词 农艺性状 回交重组自交系 混合线性模型 QTL分析 染色体 水稻 产量 数量性状 基因座分析
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碱胁迫下粳稻幼苗前期耐碱性的数量性状基因座检测 被引量：13
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作者 祁栋灵 郭桂珍 +7 位作者 李明哲 杨春刚 张俊国 曹桂兰 张三元 徐锡哲 周庆阳 韩龙植 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期301-308,共8页
以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QT... 以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测。结果表明,上述性状在F3家系群中均表现为具有1～2个峰的连续分布,认为由主效基因和微效基因共同控制的数量性状。共检测到与碱胁迫下幼苗前期根数、根长和苗高及其相对碱害率相关的QTL26个,分布于第1、5、6、7、8、9和11染色体上。其中,碱胁迫下与根数相关的QTL4个,qRN6-1和qRN11对表型变异的解释率较大,分别为29.91%和13.42%;与根数相对碱害率相关的QTL5个,qRRN11-2对表型变异的解释率较大,为23.86%;与根长相关的QTL6个,qRRL11-2对表型变异的解释率较大,为21.06%;与根长相对碱害率相关的QTL2个,但对表型变异的解释率均较低;与苗高相关的QTL5个,qSH1和qSH11-2对表型变异的解释率较大,分别为15.81%和16.53%;与苗高相对碱害率相关的QTL4个,qRSH5和qRSH6-2对表型变异的解释率分别为29.89%和34.63%。而这些解释率较大的QTL所处的标记区间距离,除qRN6-1相对较小(19.0cM)外,其余QTL的标记区间距离均大于26.3cM,需作进一步的精细定位。在所检测到的QTL中,13个QTL的增效等位基因均来自耐碱亲本长白9号,而其余QTL的增效等位基因来自敏碱亲本高产106;基因的主要作用方式为超显性或部分显性。 展开更多
关键词 水稻 幼苗前期 耐碱性 微卫星标记 数量性状基因座
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家禽数量性状基因座定位的研究进展 被引量：8
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作者 黄银花 李宁 +1 位作者 孙汉 黄路生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期588-592,共5页
近二十年来 ,各种DNA标记技术及相关生物技术的发展和完善为高密度、覆盖面广的连锁图谱的构建及QTL的定位奠定了基础 ,本文就目前世界上建立的几个较有影响的资源家系、各种DNA标记技术、家禽中定位的QTL及存在问题等方面作一综述。
关键词 家禽 数量性状 基因座定位 研究进展
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控制水稻柱头外露率的数量性状基因座初步分析 被引量：6
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作者 邓应德 应杰政 +2 位作者 石媛媛 肖层林 张海清 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期373-376,共4页
为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的... 为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285～RM12595、第5染色体的RM17952～RM18114、第8染色体的RM8020～RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高柱头外露率的亲本优ⅠB.研究并发现控制单边柱头外露率的QTL与总外露率的完全一致,第5染色体检测到的QTL是1个新的座位. 展开更多
关键词 水稻 柱头外露率 数量性状基因座
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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测 被引量：5
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作者 巩元芳 卢昕 +3 位作者 王志鹏 李珊 邱小田 张勤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1291-1297,共7页
以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平. 展开更多
关键词 猪 血常规指标 数量性状基因座(QTL) 方差组分分析 假检出率(FDR)
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粳稻米碱消值的数量性状基因座检测 被引量：3
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作者 黎毛毛 徐磊 +5 位作者 任军芳 曹桂兰 余丽琴 贺浩华 韩龙植 高熙宗 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期115-120,共6页
利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数... 利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与碱消值相关的QTL3个,qADV3、qADV5和qADV11,分别位于第3、第5和第11染色体的RM14870～RM1284、RM3838～RM3351和RM1812～RM332区间,对表型变异的解释率分别为6.5%、10.3%和8.1%。qADV5的增效等位基因来自碱消值较小的亲本XL005,qADV3和qADV11的增效等位基因来自碱消值较大的亲本DL115;基因作用方式表现为显性或超显性。 展开更多
关键词 粳稻 碱消值 SSR标记 数量性状基因座
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基于转录组测序对双峰驼产奶性状候选基因的筛选
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作者 张心坦 李永凤 +2 位作者 郭杨 霍飞 耿娟 《中国畜禽种业》 2025年第7期15-28,共14页
该试验通过对60峰双峰驼和60头奶牛的乳中提取体细胞进行RNA测序分析,筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG分析对基因功能和通路进行注释。之后对60峰双峰驼转录组样本进行加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network ana... 该试验通过对60峰双峰驼和60头奶牛的乳中提取体细胞进行RNA测序分析,筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG分析对基因功能和通路进行注释。之后对60峰双峰驼转录组样本进行加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)和全转录组关联分析(Whole transcriptome association analysis, TWAS),筛选与乳脂和乳蛋白相关的基因模块和候选基因,并通过交集分析鉴定共有基因。结果表明:鉴定出的4657个差异表达基因,2461个上调,2196个下调。GO和KEGG分析显示,上调基因主要涉及ECM受体相互作用、催乳素信号通路和Wnt信号通路,而下调基因主要涉及JAK-STAT、 PI3K-Akt和MAPK信号通路,这些通路均与产奶性状密切相关。WGCNA分析筛选出与乳脂和乳蛋白相关的模块各两个,分别包含271个和558个特异表达基因。TWAS分析分别鉴定出与乳脂和乳蛋白相关的基因137个和266个。交集分析最终鉴定出与乳脂相关的共有基因3个,与乳蛋白相关的共有基因104个,其中MFSD2A与乳脂相关,PPP2R2B、 IRF6、 ELF5与乳蛋白相关。该研究发现与产奶性状相关的6条信号通路鉴定出,通过WGCNA和TWAS分析发现了1个基因与乳脂显著相关,3个基因与乳蛋白显著相关。 展开更多
关键词 产奶性状 差异基因 加权基因共表达网络分析 全转录组关联分析
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基于垂体转录组测序筛选康乐黄鸡开产性状相关基因和信号通路
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作者 马荆鄂 兰岚 +1 位作者 刘梓阁 许继国 《广东农业科学》 2025年第4期73-87,共15页
【目的】运用转录组测序技术深度剖析154日龄已开产与未开产康乐黄鸡垂体转录组表达谱差异,旨在筛选垂体中与开产性状紧密关联的基因及信号通路。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台,对154日龄康乐黄鸡已开产和未开产个体的垂... 【目的】运用转录组测序技术深度剖析154日龄已开产与未开产康乐黄鸡垂体转录组表达谱差异,旨在筛选垂体中与开产性状紧密关联的基因及信号通路。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台,对154日龄康乐黄鸡已开产和未开产个体的垂体组织进行转录组测序,对筛选出的差异表达基因进行功能注释和蛋白网络互作分析,并利用RT-qPCR技术验证基因表达水平。【结果】两组样品中共获得21168713~23657558个Clean reads,检测到23447个基因在垂体组织中表达,其中分类为6大垂体细胞簇的标记基因共282个。通过筛选共获得119个基因在已开产与未开产个体间呈显著差异表达,具体表现为46个基因上调表达、73个基因下调表达,且TRPC4和TYRP1分别为上、下调差异倍数最大的基因。GO功能富集分析显示,差异表达基因主要富集在管发育、心脏发育、膜的整体成分和核苷酸结合等生物过程。KEGG通路富集分析发现,差异表达基因显著富集于吞噬体、细胞衰老、细胞黏附分子、内吞作用和单纯疱疹病毒1型感染等信号通路。蛋白互作分析表明,119个差异表达基因中有14个基因存在互作关系,其中EPHA10、OVCH1和FGB为互作网络中的核心蛋白。综合分析,鉴定到12个开产性状相关重要候选基因,分别为POMC、CHGA、GRP、GH、CGA、PRL、CST3、CARTPT、TRPC4、PRKAA2、HTR1B和IGFBP5。RT-qPCR验证结果显示,其中7个基因表达量变化趋势与转录组测序结果一致。【结论】通过分析康乐黄鸡垂体组织转录组测序结果,筛选出12个开产相关候选基因、8条关键基因通路,为深入探究鸡垂体组织基因调控开产性状的分子机制提供坚实的数据支持。 展开更多
关键词 垂体 转录组测序 康乐黄鸡 开产性状 差异表达基因 KEGG通路
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基于最小二乘估计的数量性状基因座的复合区间定位法 被引量：25
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作者 吴为人 李维明 卢浩然 《福建农业大学学报》 CSCD 1996年第4期394-399,共6页
数量性状基因座（ＱＴＬ）的复合区间定位法是区间定位法的１种改进方法，它大大提高了ＱＴＬ定位的准确性，但计算上比较复杂和费时．由于其似然比统计量的联合分布未知，故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行... 数量性状基因座（ＱＴＬ）的复合区间定位法是区间定位法的１种改进方法，它大大提高了ＱＴＬ定位的准确性，但计算上比较复杂和费时．由于其似然比统计量的联合分布未知，故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行估计，但其复杂费时的计算使得这些经验方法显得不实用．本文给出基于最小二乘估计的复合区间定位法，它保持了复合区间定位的基本性质，但在计算上要比基于最大似然估计的方法简单和快速得多．由于它对性状的分布无需特殊的要求，因而有更广的适用范围．通过消除模型中冗余的标记，可使数值计算速度进一步提高．这样，用经验方法估计显著临界值就变得可行了．另外，消除冗余标记还可提高ＱＴＬ定位的准确性，改进ＱＴＬ效应的估值． 展开更多
关键词 数量性状基因座 复合区间定位 最小二乘法
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数量性状基因座与动物育种 被引量：4
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作者 申慧芳 王钦德 《山西农业大学学报》 CAS 2001年第3期310-312,共3页
近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型... 近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型操作奠定了基础。本文就有关数量性状基因座的理论、基因图谱的构建、QTL的定位以及QTL与动物育种的关系展开了论述。 展开更多
关键词 数量性状基因座 遗传标记 QTL定位 动物 育种
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