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基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景 被引量:1
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作者 甘丽萍 徐世清 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期32-35,共4页
家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析... 家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 长片段基因表达序列分析
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卵巢癌转移耐药相关基因的全基因组表达序列分析 被引量:7
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作者 朱连成 胡珍华 +2 位作者 刘娟娟 高健 林蓓 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期662-673,共12页
目的利用Agilent全基因组寡核苷酸基因表达谱芯片探寻与卵巢癌转移和耐药相关的基因表达序列,初步探讨卵巢癌转移耐药相关的分子机制。方法通过全基因组基因芯片检测高转移性及耐药性的上皮性卵巢癌细胞系RMG-1-H、COC1/DDP和HO8910/PM... 目的利用Agilent全基因组寡核苷酸基因表达谱芯片探寻与卵巢癌转移和耐药相关的基因表达序列,初步探讨卵巢癌转移耐药相关的分子机制。方法通过全基因组基因芯片检测高转移性及耐药性的上皮性卵巢癌细胞系RMG-1-H、COC1/DDP和HO8910/PM与其各自对应的RMG-1-C、COC1和HO8910细胞系基因表达序列,探寻差异表达的基因并对其进行基因本体论分析、通路分析及交互作用网络分析,并用实时PCR和免疫组织化学方法验证芯片结果。结果有49个基因发生2倍以上的表达差异,主要涉及基因表达、生物聚合物的合成等方面,交互网络图预测出对相互作用发挥连接作用的21个基因。采用实时聚合酶链反应及免疫组织化学方法对差异表达基因GCET2、CFTR、FOXP1和GARS在细胞和组织中进行基因及蛋白水平验证,结果与芯片结果相一致。结论与卵巢癌转移和化疗耐药相关的基因表达谱序列的变化可以为卵巢癌转移和化疗耐药的相关分子机制研究提供理论基础。 展开更多
关键词 基因表达序列 转移相关基因 化疗耐药相关基因 微阵列 上皮性卵巢癌 FOXP1
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转染人附睾蛋白4基因对人卵巢癌细胞基因表达的影响 被引量:4
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作者 朱连成 郭骞 +3 位作者 勾睿 刘娟娟 刘晴 林蓓 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期385-390,395,共7页
目的探讨转染人附睾蛋白4(HE4)基因对卵巢癌细胞ES-2基因表达的影响。方法构建HE4高表达及空质粒对照组细胞系,通过基因芯片探寻存在差异表达的基因,并对其进行基因本体(GO)注释和富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并... 目的探讨转染人附睾蛋白4(HE4)基因对卵巢癌细胞ES-2基因表达的影响。方法构建HE4高表达及空质粒对照组细胞系,通过基因芯片探寻存在差异表达的基因,并对其进行基因本体(GO)注释和富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并对芯片结果进行验证。结果有639个基因发生了差异表达,其中上调基因283个,下调基因356,实时PCR及免疫组化方法对差异表达基因FOXA2和SERPIND1进行了RNA和蛋白水平的验证,结果与芯片结果相一致。GO富集分析发现差异基因在生物过程中,参与了生物高聚物代谢、程序性细胞死亡及凋亡等,KEGG通路分析发现这些基因与MAPK、性激素生物合成、癌症、细胞周期和p53信号等有关。结论与HE4相关的基因表达谱序列的变化可以为HE4在卵巢癌中功能及作用通路等分子机制的研究提供理论基础。 展开更多
关键词 基因表达序列 人附睾蛋白4 上皮性卵巢癌 SERPIND1
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基因表达研究新方法SAGE和GLGI及其在家蚕功能基因组研究中的应用前景 被引量:6
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作者 黄健华 苗雪霞 黄勇平 《蚕业科学》 CAS CSCD 2004年第4期395-398,共4页
基因表达序列分析技术 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是用于基因表达水平差异性分析和大规模发现新基因的重要分子生物学技术 ,该技术能反映生物个体在不同的发育时期或生理状态下的基因表达全貌 ,在家蚕功能基因组研究中运... 基因表达序列分析技术 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是用于基因表达水平差异性分析和大规模发现新基因的重要分子生物学技术 ,该技术能反映生物个体在不同的发育时期或生理状态下的基因表达全貌 ,在家蚕功能基因组研究中运用该技术有助于找到一些新基因 ,甚至发现一些涉及发育变态、性别调控和蚕丝产量、质量性状的相关基因。结合标签的基因序列延伸 (generationoflongercDNAfragmentsfromSAGEtagsforgeneidentifica tion ,GLGI)是将从SAGE中得到的 10bp的标签tag经过PCR转化成数百碱基对的 3′EST序列 ,大大增加了tag的特异性。GLGI还有助于充分利用那些没有和GenBank数据库匹配的tag ,因而具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 TAG 基因 基因表达
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表达基因分析方法 被引量:4
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作者 许杨 阮琼芳 李燕萍 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期122-126,共5页
了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术... 了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术的原理、方法、特点及其应用情况。 展开更多
关键词 表达基因 抑制消减杂交技术 基因表达序列分析 基因表达谱芯片 电子克隆
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利用SAGE方法分析家蚕基因表达数目的初探 被引量:1
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作者 黄健华 王四宝 +1 位作者 苗雪霞 黄勇平 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期429-433,共5页
SAGE(serial analysis of gene expression)是基因表达水平差异分析和大规模发现新基因的分子生物学技术。已构建了家蚕卵、幼虫、蛹、成虫等4个不同发育时期的SAGE表达库,经测序分别得到69 100、62 232、63 966和62 666个基因标签序列... SAGE(serial analysis of gene expression)是基因表达水平差异分析和大规模发现新基因的分子生物学技术。已构建了家蚕卵、幼虫、蛹、成虫等4个不同发育时期的SAGE表达库,经测序分别得到69 100、62 232、63 966和62 666个基因标签序列,其中特异标签数目依次为17 718、13 243、14 044和15 224。这些特异标签数目即为家蚕在这4个不同发育时期的基因转录本数量。根据测序数与获得标签的数量动态监测,发现测序的数目尚未达到饱和,因此基因转录本的数目还可能会有所增加。在上述研究的基础上,利用SAGE数据为基础,采用双倒数作图求最大值的方法,推测出了家蚕在4个不同发育时期的基因表达数目,同时也发现家蚕卵期的基因表达数目远远大于其它3个时期。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 标签 基因转录本
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基因表达系列分析技术在真菌功能基因组学中的应用 被引量:1
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作者 殷朝敏 雷靖行 +1 位作者 陈叶叶 马爱民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期51-56,87,共7页
基因表达系列分析(SAGE)是一种在mRNA水平上高通量、快速、灵敏分析细胞或组织基因表达信息,并在基因组学研究中广泛应用的技术。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,比较不同时空条件下基因表达的差异,还可以在全基因... 基因表达系列分析(SAGE)是一种在mRNA水平上高通量、快速、灵敏分析细胞或组织基因表达信息,并在基因组学研究中广泛应用的技术。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,比较不同时空条件下基因表达的差异,还可以在全基因组范围内获得基因的表达谱,从而发现新基因。综述基因表达系列分析技术在材料用量、标签长度、技术流程和标签测序等方面的研究进展及该技术在病原真菌、工业真菌和食用真菌功能基因组学中的应用。 展开更多
关键词 基因表达序列分析 真菌 差异表达基因 基因表达 功能基因组学
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亚麻抗白粉病基因SAGE分析
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作者 陈思 杨秀坤 +7 位作者 王珣 李柱刚 杨帆 吴广文 刘岩 金慧 周春薇 杨学 《中国麻业科学》 2019年第6期247-252,共6页
基因表达系列分析可使细胞中全部表达基因实现定性与定量,是一种高通量的研究真核细胞表达基因信息的检测技术。试验采用具有更高特异性的I-SAGETM LONG KIT,以亚麻抗白粉病品系9801-1及其感病对照黑亚11号为材料,将转录体系中的各转录... 基因表达系列分析可使细胞中全部表达基因实现定性与定量,是一种高通量的研究真核细胞表达基因信息的检测技术。试验采用具有更高特异性的I-SAGETM LONG KIT,以亚麻抗白粉病品系9801-1及其感病对照黑亚11号为材料,将转录体系中的各转录本以一个特异的寡核苷酸序列(SAGE标签)为代表,从cDNA中分离出这些标签制备成一个数量大约在20000个SAGE的标签库,进一步连接成标签多聚体用于克隆测序,数据可以与SAGE map(www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE)、SAGE Genie(cgap.nci.nih.gov/SAGE)参考数据库相比较,以备现在和将来的分析使用。 展开更多
关键词 亚麻 白粉病 基因表达序列分析 标签
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