基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs

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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多

关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS

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脓毒症相关性脑病易感小鼠海马的基因差异性 被引量：1

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作者 刘宇 吴伟伟 傅迪 《中南大学学报(医学版)》 CSCD 北大核心 2024年第11期1777-1789,共13页

目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清... 目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清楚。海马损伤程度与SAE患者认知障碍程度和精神状况直接相关。本研究探讨SAE模型小鼠海马中差异表达基因对SAE易感性的影响。方法:将6~8周龄无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级C57BL/6雄性小鼠随机分为生理盐水对照组(Con组)与SAE模型组(SAE组)。通过腹腔注射10mg/kg脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)建立SAE模型,Con组腹腔注射等剂量的生理盐水。采用旷场实验(open field test,OFT)、新物体识别实验(novel object recognition,NOR)及Y迷宫实验比较2组小鼠认知功能及焦虑情绪的差异。以Con组OFT、NOR、Y迷宫实验的行为学数据的均数±标准差为基线,将SAE组小鼠分为SAE高敏(high sensitivity for SAE,HS)组和SAE低敏(low sensitivity for SAE,LS)组。采用免疫组织化学染色法观察即刻早期基因家族成员细胞原癌基因(cellular proto-oncogene Fos,c-Fos)、成熟神经元标志物神经元核蛋白(neuronal nuclei,NeuN)的表达,结合尼氏染色观察并分析小鼠海马齿状回(dentate gyrus,DG)、海马角(cornu ammonis,CA)1、CA3亚区的神经元激活程度与功能受损情况。采用高通量转录组RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术对HS组与LS组小鼠组织进行全转录组生物信息学分析,并验证2组的差异表达基因。结果:与Con组小鼠比较,SAE组小鼠认知行为和情绪行为均未表现出显著的易感性差异。进一步分析发现,HS组小鼠较LS组小鼠存在更为严重的认知障碍和焦虑情绪。免疫组织化学染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马c-Fos表达显著增加(P<0.05)。尼氏染色与NeuN染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马神经元功能受损程度显著降低(均P<0.05)。RNA-seq测序和生物信息学分析发现,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马组织中共检出130个表达上调基因,142个表达下调基因。对差异表达基因进行京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析结果显示,LS组小鼠海马组织中表达上调的基因主要涉及多能干细胞调节通路、环腺苷酸(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、Wnt信号通路等;表达下调的基因则主要与细胞连接、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等相关。结论:SAE小鼠海马组织中的基因表达差异性可能是导致认知功能障碍与焦虑情绪的潜在易感机制。 展开更多

关键词 脓毒症相关性脑病 易感性 差异表达基因 海马 遗传因素

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基于生物信息学鉴定ANCA相关性血管炎与新型冠状病毒感染的关键表达基因及潜在治疗靶点 被引量：1

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作者 钭张琪 杨华 +2 位作者 张彬娥 张旭珍 金烈 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期9-12,共4页

目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据... 目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据库Gene Card、NCBI、KEGG和OMIM中下载COVID-19相关基因;将这两种疾病的基因簇取交集,以获取AAV和COVID-19的重叠基因(co-DEGs)。对co-DEGs进行GO和KEGG功能富集分析。利用STRING在线数据库对co-DEGs进行蛋白互作分析,Cytoscape软件用于构建并可视化互作网络,其插件MCODE和Cyto Hubba分别用于关键基因的筛选。最后,对关键基因进行诊断价值分析。结果:在AAV的基因表达谱中,共鉴定385个DEGs,包括161个上调基因和224个下调基因;四个基因数据库中共有4434个与COVID-19相关的基因;两者取交集共鉴定得到45个与AAV和COVID-19相关的关键表达基因。功能富集分析结果显示,co-DEGs与白细胞游走、补体和凝血级联反应、病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用等通路密切相关。最后,基于多种算法得到潜在候选基因CCR1、CCR2、MMP9、CASP1以及CD163,并发现这些基因都具有较高地诊断价值。结论:本研究表明CCR1、CCR2、MMP9、CASP1、CD163可能是诊断AAV和COVID-19的关键基因。 展开更多

关键词 抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎 新型冠状病毒肺炎 GEO数据库 生物信息学分析 差异表达基因 关键基因

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蛋鸡与肉鸡卵巢组织基因差异表达与产蛋数杂种优势的相关性研究 被引量：8

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作者 王慧 张沅 +1 位作者 孙东晓 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期111-115,共5页

以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数... 以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数的杂种优势率的相关性。结果:24 种引物组合共扩增出 1 572 条带,其中能够重现的有1 126条,重现率为71.63%。在6个正反杂交群中检测到7类基因差异表达模式:P1杂种超强表达(22 .29%);P2杂种特异表达(9. 84%); P3 杂种减弱表达(9. 85%); P4 杂种沉默(3. 42%); P5 单亲特异表达(22. 91%);P6单亲显性表达(25.74%);P7共显性表达(5.95%)。相关性分析表明:32 周龄产蛋数的杂种优势率与杂种特异型表达模式(P2)呈显著的负相关(P<0 05);而与杂种减弱型表达模式呈显著的正相关(P<0. 05)。这一研究结果为探索鸡的产蛋性状杂种优势的分子遗传机理奠定了基础,同时探讨了差异表达基因与杂种优势的关系。 展开更多

关键词 杂种优势 产蛋 蛋鸡 肉鸡 周龄 基因差异表达 杂交 卵巢组织 相关性研究 减弱

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烟叶烟碱含量与腐胺N-甲基转移酶基因表达间的相关性 被引量：4

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作者 张敏 顾勇 +7 位作者 赵锦超 彭勇 张永辉 徐传涛 谢强 夏建华 张军杰 鲁黎明 《贵州农业科学》 CAS 2017年第9期1-4,共4页

为探明烟碱合成与积累机制,采用大田试验方法,测定云烟87和红花大金元在四川省6个产区烤后烟叶的烟碱含量,检测其在旺长期、现蕾期及成熟期PMT基因的表达量,并分析PMT基因表达量与烟碱含量之间的相关性。结果表明:四川不同产区不同烤烟... 为探明烟碱合成与积累机制,采用大田试验方法,测定云烟87和红花大金元在四川省6个产区烤后烟叶的烟碱含量,检测其在旺长期、现蕾期及成熟期PMT基因的表达量,并分析PMT基因表达量与烟碱含量之间的相关性。结果表明:四川不同产区不同烤烟品种的烟碱含量差异较大,云烟87和红花大金元在古蔺烟区烟碱含量最高,分别为3.40%和4.37%;云烟87在米易烟区烟碱含量最低,为1.27%,红花大金元在会理烟区烟碱含量最低,为1.36%。经相关性分析,2个品种的烟碱含量均与成熟期PMT基因表达量呈极显著正相关,与现蕾期基因表达量呈显著(红花大金元)或极显著(云烟87)正相关。PMT基因表达量是影响烟碱含量的决定因素之一。 展开更多

关键词 烤烟 烟碱 腐胺N-甲基转移酶 基因表达 相关性

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结直肠癌nm23基因表达、突变与侵袭、转移的相关性 被引量：3

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作者 黄照权 黄培林 +3 位作者 朱立健 金月玲 程少威 王亚平 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 2003年第5期517-520,共4页

目的　探讨nm2 3基因异常表达及突变与结直肠癌侵袭、转移之间的关系。方法　应用免疫组化LDP法、流式细胞术、PCR SSCP法对 1 5 0例结直肠癌标本及正常黏膜组织和 1 6例大肠腺瘤分 3组进行nm2 3蛋白检测和基因突变的筛查。结果　①免... 目的　探讨nm2 3基因异常表达及突变与结直肠癌侵袭、转移之间的关系。方法　应用免疫组化LDP法、流式细胞术、PCR SSCP法对 1 5 0例结直肠癌标本及正常黏膜组织和 1 6例大肠腺瘤分 3组进行nm2 3蛋白检测和基因突变的筛查。结果　①免疫组化发现 73例结直肠癌中nm2 3 H1蛋白表达水平低于正常黏膜组织和良性腺瘤 (P <0 0 0 1 ,P <0 0 0 1 ) ,转移癌表达低于原发癌 (P <0 0 0 1 ) ,结直肠癌nm2 3 H1蛋白表达与组织分化、肠壁浸润、Dukes分期、转移均密切相关 (P <0 0 0 1 ) ,低表达组术后预后差于高表达组 (P <0 0 0 1 ) ;②流式细胞术研究表明 ,nm2 3 H1蛋白在癌组织表达低于癌旁组织 ;在结直肠癌伴有转移 (3/ 1 4 )时其表达低于未发生转移者 (1 1 / 1 4 ) ;③nm2 3 H1基因第 2～ 5位外显子在 6 3例结直肠癌组织中未发现异常突变。结论　结直肠癌中nm2 3基因突变可能是小概率事件 ,在结直肠癌的侵袭、转移中不发挥主要作用 ,而nm2 3 H1蛋白表达降低则与结直肠癌的侵袭、转移有关 ,提示检测nm2 3蛋白表达是判断结直肠癌预后有价值的指标之一。 展开更多

关键词 结直肠癌 NM23基因表达 基因突变 癌细胞侵袭 癌细胞转移 相关性

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肿瘤转移相关基因的表达谱研究(英文) 被引量：2

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作者 陈菊祥 唐榕 +9 位作者 应康 金刚 李瑶 杨泉胜 付志仁 范静平 梅举 谢毅 卢亦成 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期806-811,F003,共7页

目的 :运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法 :对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总 RNA抽提 ,纯化后的 m RNA进行逆转录制备杂交探针 ,应用 Bio Door40 96和 Bio Door12 80 0的全长基... 目的 :运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法 :对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总 RNA抽提 ,纯化后的 m RNA进行逆转录制备杂交探针 ,应用 Bio Door40 96和 Bio Door12 80 0的全长基因 DNA芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用 Scan Array30 0 0扫描 ,结果用 Ima Gene3.0软件分析。结果 :对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分析 ,发现两种肿瘤中存在相同的差异表达基因 ,其中有 15条基因与肝癌、胰腺癌转移密切相关。 结论 :通过对肝癌、胰腺癌的肿瘤表达谱芯片研究 ,尤其是与转移相关基因的分析 ,对了解肿瘤的发病机制和转移发生情况及其肿瘤的预后有重要意义。 展开更多

关键词 微矩阵基因芯片 肿瘤转移相关基因 基因表达谱

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基于差异表达基因组合构建高度微卫星不稳定结直肠癌转移预测模型 被引量：3

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作者 徐莹 褚以忞 +3 位作者 杨大明 李吉 张海芹 彭海霞 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1197-1206,共10页

目的·从转录组层面探究影响高度微卫星不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)结直肠癌转移的潜在关键基因及基因表达特征,并构建基因转移预测模型。方法·从癌症基因组图谱数据库中收集MSI-H结直肠癌患者转录组数据,... 目的·从转录组层面探究影响高度微卫星不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)结直肠癌转移的潜在关键基因及基因表达特征,并构建基因转移预测模型。方法·从癌症基因组图谱数据库中收集MSI-H结直肠癌患者转录组数据,根据转移信息分为转移组(21例)和无转移组(42例),分析2组间差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),以基因本体数据库(Gene Ontology,GO)、基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)对DEG进行注释、聚类及信号通路富集;使用STRING、Cytoscape软件筛选枢纽基因(hub基因);选取DEG绘制列线图,使用Bootstrap方法进行交叉验证;分析列线图中每个基因对MSI-H结直肠癌无进展生存期(progression-free survival,PFS)的影响。结果·转移组和无转移组间共得到245个DEGs,其中转移组较无转移组表达上调基因204个,下调基因41个。GO分析发现:DEG在生物过程、分子功能上主要富集于离子穿膜转运、氯离子穿膜转运及氯离子通道活性;在细胞组分中,富集于细胞外部分、细胞外空间等。GSEA结果显示:上调基因富集于神经活性物质配体-受体相互作用和代谢信号通路。通过Cytoscape筛选出上调基因蛋白质互作网络中的前10位的hub基因。根据DEG中调整后P值最小且与肿瘤发生发展关联性高的前10个基因构建的转移预测模型有一定的预测效能,其中训练集曲线下面积(area under curve,AUC)=0.975,验证集AUC=0.920;模型中AC078993.1、IGLJ2(immunoglobulin lambda joining 2)的表达水平与MSI-H结直肠癌PFS呈明显负相关(P=0.011,P=0.005)。结论·在MSI-H结直肠癌中,离子通道变化及细胞外环境变化可能对肿瘤转移有重要影响,神经活性物质配体-受体相互作用、代谢信号通路可能是对转移较重要的信号通路;初步构建了MSI-H结直肠癌基因转移预测模型,可为后续相关临床研究提供参考。 展开更多

关键词 结直肠癌 高度微卫星不稳定 转移 差异表达基因 生物信息学 列线图

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鸭发育早期骨骼肌NFATc3 mRNA差异表达及其与生长性状的相关性研究

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作者 单艳菊 束婧婷 +2 位作者 徐文娟 刘宏祥 李慧芳 《中国家禽》 北大核心 2015年第19期9-13,共5页

为研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期骨骼肌中NFATc3基因mRNA表达规律及其与生长发育的相关性,运用荧光绝对定量PCR技术检测了生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭13、17、21、25、27胚龄和7日龄胸肌和腿肌中NFATc3 mRNA的表达水平。结果表... 为研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期骨骼肌中NFATc3基因mRNA表达规律及其与生长发育的相关性,运用荧光绝对定量PCR技术检测了生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭13、17、21、25、27胚龄和7日龄胸肌和腿肌中NFATc3 mRNA的表达水平。结果表明胸肌和腿肌NFATc3 mRNA在两鸭品种中均具有相似的表达模式,不存在品种效应,胸肌和腿肌NFATc3 mRNA的表达均是13胚龄时表达量最高,显著高于其它各胚龄或日龄(P<0.05);相关性分析结果表明两个品种鸭骨骼肌NFATc3 mRNA表达量与其组织重、体重均呈极显著负相关(P<0.01),而与肌肉组织中IGF-Ⅰm RNA的表达量呈极显著正相关(P<0.01)。鸭骨骼肌中NFATc3主要在早期的肌纤维生成中起作用,与IGF-Ⅰ可能共同参与了对骨骼肌生长发育的调节。 展开更多

关键词 鸭 NFATc3基因 发育早期 骨骼肌 差异表达 相关性

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结直肠癌肝转移差异表达基因与信号通路分析 被引量：3

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作者 褚雪镭 侯成志 +4 位作者 毛昀 李林潞 苏毅馨 陈峥 朱世杰 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期787-793,共7页

目的:探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法:基于生物信息学方法从GEO数据库下载CRC肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因(differentially expressed gen... 目的:探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法:基于生物信息学方法从GEO数据库下载CRC肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),利用DAVID在线工具对DEG进行GO和KEGG富集分析,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图,筛选出CRC关键基因并进行预后分析。结果:从183例CRC组织标本和39例CRC肝转移组织标本中筛选出321个DEG,其中上调基因153个、下调基因168个。GO和KEGG富集分析结果显示,DEG的功能主要涉及蛋白质激活级联反应、炎症反应、细胞外基质、血小板脱颗粒、补体与凝血级联反应等。PPI网络图筛选出8个CRC关键基因为ALB、APOB、FGA、F2、APOA1、SERPINC1、FGG和AHSG。生存分析发现,SERPINC1、FGG表达高的患者预后不良(均P<0.05)。结论:DEG的生物学功能和信号通路与CRC肝转移的发生发展相关,8个CRC关键基因可能是CRC肝转移治疗的潜在靶点,SERPINC1、FGG可能成为新的预后标志物。 展开更多

关键词 结直肠癌 肝转移 生物信息学 差异表达基因

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一个与非小细胞肺癌转移相关的基因——RAB5A基因 被引量：18

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作者 李钰 宋岩 +4 位作者 陆纲 邹荣 邹亚男 张贵寅 李璞 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期6-10,共5页

采用ｍ Ｒ Ｎ Ａ 差异展示技术 （ ｍ Ｒ Ｎ Ａ Ｄ Ｄ） 研究具有相同细胞来源， 但转移能力高低不同的人肺腺癌细胞系 Ａ Ｇ Ｚ Ｙ８３ － ａ （ 低转移） 和 Ａｎｉｐ９７３ （ 高转移） ， 分析在两个细胞系中基因差异表达的情况... 采用ｍ Ｒ Ｎ Ａ 差异展示技术 （ ｍ Ｒ Ｎ Ａ Ｄ Ｄ） 研究具有相同细胞来源， 但转移能力高低不同的人肺腺癌细胞系 Ａ Ｇ Ｚ Ｙ８３ － ａ （ 低转移） 和 Ａｎｉｐ９７３ （ 高转移） ， 分析在两个细胞系中基因差异表达的情况，发现在高转移细胞系中有 Ｒ Ａ Ｂ５ Ａ 基因的表达。该基因为蛋白质入胞信号的调控者， 为 Ｒ Ａ Ｓ 超家族成员。为进一步证实其转录表达的调控改变情况， 以及 Ｒ Ａ Ｂ５ Ａ 高表达的临床意义， 进一步采用 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 和免疫组织化学的方法检测了５０ 例临床非小细胞肺癌的手术标本， 结果表明， Ｒ Ａ Ｂ５ Ａ 的表达有随转移发生而增强的趋势， 而 Ｒ Ａ Ｂ５ Ａ 的蛋白表达程度在有转移的病例中明显增强 （ Ｐ＜ ００５） 。 展开更多

关键词 肺癌 肿瘤转移 MRNA 差异显示 RAB5A 基因表达

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应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究 被引量：23

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作者 田振军 张志琪 +2 位作者 唐量 郭进 刘健 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期122-126,共5页

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按... 目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。 展开更多

关键词 CDNA芯片 cDNA微矩阵基因芯片 基因 差异表达 运动性心肌肥大

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PRKAG3基因在不同品种猪不同生长阶段骨骼肌中的表达差异及其表达量与肉质的关系 被引量：10

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作者 李梦云 郑萍 +1 位作者 李婉涛 陈代文 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1661-1669,共9页

本试验中旨在比较PRKAG3基因在不同品种猪不同生长阶段骨骼肌中的表达差异,并探讨PRKAG3基因与肉质的关系。挑选15 kg左右的汉普夏阉公猪17头和长撒阉公猪16头,饲喂相同饲粮,当体重分别达到20和50 kg时,2个品种的猪分别屠宰5头,体重达到... 本试验中旨在比较PRKAG3基因在不同品种猪不同生长阶段骨骼肌中的表达差异,并探讨PRKAG3基因与肉质的关系。挑选15 kg左右的汉普夏阉公猪17头和长撒阉公猪16头,饲喂相同饲粮,当体重分别达到20和50 kg时,2个品种的猪分别屠宰5头,体重达到100 kg时分别屠宰7和6头。各生长阶段屠宰后均测定骨骼肌pH、肌糖原含量以及PRKAG3基因表达量,且在100 kg阶段屠宰后同时测定肉质性状。结果表明:1)在不同生长阶段长撒猪骨骼肌中PRKAG3基因的表达量均高于汉普夏猪,特别是在100 kg阶段,长撒猪骨骼肌中PRKAG3基因的表达量是汉普夏猪的6.81倍(P<0.05)。长撒猪与汉普夏猪骨骼肌中PRKAG3基因的表达量均随体重的增加而增加,但汉普夏猪不同生长阶段PRKAG3基因的表达量差异不显著(P>0.05),而长撒猪PRKAG3基因的表达量在100 kg阶段时显著高于20和50 kg阶段时(P<0.05)。2)汉普夏猪和长撒猪的肉质存在差异。汉普夏猪的滴水损失和失水率显著高于长撒猪(P<0.05),而熟肉率、黄度(b)值极显著低于长撒猪(P<0.01),剪切力和pH2(屠宰后24 h的pH)显著低于长撒猪(P<0.05)。与长撒猪相比,汉普夏猪具有较高的肌糖原含量(P>0.05)。3)猪骨骼肌中PRKAG3基因的表达量与肉质的相关性存在品种效应。汉普夏猪骨骼肌中PRKAG3基因表达量与滴水损失呈正相关,与熟肉率呈负相关,与pH2呈显著负相关(P<0.05)。长撒猪骨骼肌中PRKAG3基因表达量与滴水损失和失水率呈正相关,与pH2呈负相关。上述结果表明,猪骨骼肌中PRKAG3基因具有品种和生长阶段表达差异;猪骨骼肌中PRKAG3基因的表达量与肉质性状相关,特别是与pH2,二者呈显著负相关。 展开更多

关键词 猪 PRKAG3基因 表达差异 肉质 相关性

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微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究 被引量：8

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作者 陈菊祥 范静平 +7 位作者 应康 廖建春 李瑶 唐榕 周水淼 孙爱华 谢毅 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期823-826,I001,共5页

目的 :应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法 :按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总 RNA并纯化m RNA;将 40 96种人类基因 PCR产物用 Cartesian Pixsys75 0 0点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上 ,制成基因芯片 ;将... 目的 :应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法 :按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总 RNA并纯化m RNA;将 40 96种人类基因 PCR产物用 Cartesian Pixsys75 0 0点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上 ,制成基因芯片 ;将等量的对照组织和喉鳞癌组织 m RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的 c DNA一链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用 Scan Array30 0 0扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 :在 40 96种基因中 ,喉鳞状细胞癌与喉正常组织间存在差异表达的基因。所检测的 4例临床标本中 ,2例共有的差异表达基因2 11～ 35 6条 (5 .15 %～ 8.87% ) ,3例共有的差异表达基因 36条 (0 .88% )。结论 :基因微矩阵芯片在筛选喉肿瘤发生相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。 展开更多

关键词 微矩阵基因芯片 基因差异表达 喉鳞癌

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胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析 被引量：3

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作者 曹俊宇 肖莹 +5 位作者 秦涛 孙联康 段万星 徐勤鸿 马清涌 马振华 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期235-242,共8页

目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软... 目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。 展开更多

关键词 胰腺癌 转移 生物信息学 基因芯片 差异表达基因

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宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查 被引量：1

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作者 吴宜林 邹浪 +1 位作者 胡意 丁晖 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期405-412,共8页

目的:应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法:利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分... 目的:应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法:利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果:从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-timePCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论:通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。 展开更多

关键词 宫颈鳞癌 基因芯片 转移 差异表达基因

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前列腺癌转移相关基因的生物信息学分析 被引量：1

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作者 李铁求 杨宇 +3 位作者 李琦 邹亚光 石嵘 毛向明 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2013年第21期3481-3485,共5页

目的:从分子水平揭示前列腺癌转移的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移的相关基因芯片数据,其中原发性局限性前列腺癌样本61例,前列腺转移癌样本25例,利用BRB-ArrayTools软件、STRING、... 目的:从分子水平揭示前列腺癌转移的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移的相关基因芯片数据,其中原发性局限性前列腺癌样本61例,前列腺转移癌样本25例,利用BRB-ArrayTools软件、STRING、ToppGene、GOEAST、DAVID等工具对前列腺癌差异基因进行生物信息学分析。结果:BRB分析筛选出210个前列腺癌转移差异基因,其中上调84个,下调126个。对其进行生物信息学分析发现AR、FOS、JUN、ACTB、FN1、MYL9、MYH11、MYLK、SPP1等基因以及Rho GTPase调节细胞骨架通路、整合素信号通路、钙粘蛋白信号通路、Wnt信号通路等在前列腺癌转移的发生发展中可能起着重要作用。结论:利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,为下一步实验提供些有价值的线索。 展开更多

关键词 前列腺肿瘤 生物信息学 前列腺癌转移 基因芯片 差异表达基因

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不同鸭种肌肉发育早期TRα基因的表达及其与部分生长性状的相关分析

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作者 单艳菊 徐文娟 +4 位作者 陈剑 宋卫涛 束婧婷 陶志云 李慧芳 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期155-159,共5页

为探讨不同鸭种胚胎期和初生早期胸肌和腿肌中甲状腺激素受体(TRα)基因表达水平的发育性变化及其对胸肌质量、腿肌质量和胚质量(或体质量)的影响,选用生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭为研究材料,采用实时荧光定量PCR方法检测两鸭种13... 为探讨不同鸭种胚胎期和初生早期胸肌和腿肌中甲状腺激素受体(TRα)基因表达水平的发育性变化及其对胸肌质量、腿肌质量和胚质量(或体质量)的影响,选用生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭为研究材料,采用实时荧光定量PCR方法检测两鸭种13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄时胸肌和腿肌中TRαmRNA的表达水平。结果表明:在鸭胚胎期和初生早期,两鸭种肌肉TRαmRNA的表达趋势较为一致,即在胸肌中呈"W"形,在腿肌中呈前高后低的表达规律。在13、17和21胚龄时两鸭种胸肌TRαmRNA的表达量均极显著低于腿肌(P<0.01),而在25、27胚龄和7日龄时则均高于腿肌。相关性分析表明:两鸭种胸肌中TRαmRNA的表达量与其胸肌质量、胚质量(或体质量)均呈极显著正相关(P<0.01),腿肌中TRαmRNA的表达量与其腿肌质量、胚质量(或体质量)均呈极显著负相关(P<0.01)。提示:肌肉中TRα基因表达具有显著的年龄依赖性和组织特异性,但不存在品种差异;TRα可能对鸭肌肉的生长发育具有一定的作用。 展开更多

关键词 鸭 TRα基因 差异表达 生长性状 相关性

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乳腺癌PKCs表达与其分化程度的相关性

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作者 张鸣青 郑宇 +2 位作者 吴乔 王爱民 苏文金 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期605-609,共5页

为了研究蛋白激酶C(PKC)和乳腺癌分化及转移的相关性 ,采用免疫组化SABC方法检测 48例人乳腺癌的PKC蛋白表达 ,包括PKCα、βI、η和ξ等蛋白 .结果表明 ,与分化低的乳腺癌对比 ,分化高的乳腺癌PKC蛋白表达水平提高 .在临床I II和III级... 为了研究蛋白激酶C(PKC)和乳腺癌分化及转移的相关性 ,采用免疫组化SABC方法检测 48例人乳腺癌的PKC蛋白表达 ,包括PKCα、βI、η和ξ等蛋白 .结果表明 ,与分化低的乳腺癌对比 ,分化高的乳腺癌PKC蛋白表达水平提高 .在临床I II和III级的乳腺癌中 ,PKCη蛋白表达率分别为 6 1.5 %和 9.1% ,具有显著意义 (P <0 .0 5 ) ,PKCξ蛋白表达率分别为 92 .3%和 2 7.3% ,具有极显著意义 (P <0 .0 1) .另外 ,在乳腺癌未转移的病例中 ,PKCs蛋白表达水平普遍较高 ,其中PKCξ与肿瘤转移相关性极显著 (P <0 .0 1) .此外 ,PKCs蛋白表达水平与肿癌患者年龄无关 .以上结果提示 。 展开更多

关键词 PKCs 分化程度 相关性 乳腺癌 蛋白激酶 肿瘤转移 免疫组化学方法 基因表达

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LongSAGE法筛选非小细胞肺癌转移相关基因的初步研究

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作者 陈芳琳 王卫东 陈正堂 《中国肺癌杂志》 CAS 2009年第6期522-522,共1页

背景与目的由于肿瘤的遗传学不稳定性和靶器官的选择作用，肿瘤表现为一个不断变异的群体，有些瘤细胞亚群得以在靶器官优势生长，获得转移表型。它们与原发瘤细胞相比，可能有一些基因的表达变化对于肿瘤获得转移能力具有重要意义。如... 背景与目的由于肿瘤的遗传学不稳定性和靶器官的选择作用，肿瘤表现为一个不断变异的群体，有些瘤细胞亚群得以在靶器官优势生长，获得转移表型。它们与原发瘤细胞相比，可能有一些基因的表达变化对于肿瘤获得转移能力具有重要意义。如果找到这些基因，研究相关机制，并设计相应的阻断靶点，可望抑制肿瘤转移。 展开更多

关键词 肺癌 肿瘤转移 SAGE 差异表达基因

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