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三个多倍体猕猴桃基因组Survey分析及系统进化研究
1
作者 周嘉 王飞飞 +7 位作者 仲伟敏 齐勇 刘青 史斌斌 张晟 牛歆雨 郑乾明 唐冬梅 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2214-2223,共10页
[目的]全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。[方法]基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidia chinensis)、软枣猕猴桃AcD23... [目的]全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。[方法]基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidia chinensis)、软枣猕猴桃AcD2302(Actinidia arguta)、对萼猕猴桃AcD2303(Actinidia valvata)染色体倍性,利用Illumina二代测序平台开展基因组Survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树。[结果]中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致。Kmer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626 Mb、668 Mb、585 Mb,杂合度为3.00%、3.30%、8.06%,重复序列比例为43.70%、45.30%、40.70%。系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均从中华猕猴桃独立进化而来。[结论]分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展多倍体猕猴桃全基因组测序提供了参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持。 展开更多
关键词 猕猴桃 基因组survey分析 基因组大小 系统进化
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黄鲫的全基因组survey分析与微卫星分布特征 被引量：2
2
作者 郑思旭 陈诗逸 +5 位作者 梁旭东 王云鹏 沈豪迪 黄文化 柳意樊 刘炳舰 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第2期93-100,共8页
对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装... 对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装,得到的ContigN50为35836bp,ScaffoldN50为107605bp。此外,在全基因组范围内,检测出了14.562379个微卫星位点,相对丰度约1713个·Mb^(-1);其中,二碱基重复最常见(90.64%),其次为单碱基重复(5.52%),6碱基重复较少(0.24%)。微卫星重复拷贝数主要分布在6~15次之间,AC/GT和AG/CT是最常见的2碱基重复类型。这些研究结果为黄鲫的遗传学及进化生物学研究提供了重要的信息,并且为黄鲫的遗传多样性保护提供了有用的分子标记。 展开更多
关键词 黄鲫 高通量测序 全基因组survey 微卫星标记
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鳓鱼全基因组survey分析及微卫星位点分布 被引量：2
3
作者 高鲁修 陈诗逸 +5 位作者 冯桃波 刘炳舰 柳意樊 沈豪迪 黄文化 梁旭东 《水产科技情报》 2024年第5期283-289,共7页
为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaff... 为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaffold N50为27694 bp,Contig N50为6306 bp。利用MISA软件对鳓鱼基因组的微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)进行检索和分析,总共检测到786123个SSR位点,相对丰度为1204个/Mb。在所有类型中,重复最多的是二碱基,占SSR总量的75.94%,其SSR重复频率主要集中在6~28次;其次为单碱基和四碱基,分别占SSR总量的15.31%和4.25%。对二碱基类型而言,AC型具有最多的重复数量,为131732个,单碱基重复数量最多的则是A型,有48775个。研究结果表明,鳓鱼基因组经组装后可得到高质量的全基因组序列,经过筛选的SSR位点可为后续的遗传分子标记开发提供有力支持,研究结果可为鳓鱼种质资源管理和保护、生物进化和群体遗传等研究工作提供基础资料。 展开更多
关键词 鳓鱼 全基因组survey 微卫星标记 高通量测序 生物遗传
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白边侧足海天牛全基因组Survey分析 被引量：1
4
作者 李歆毓 丁梦莹 +3 位作者 冯尔辉 张源源 章可兰 万迎朗 《热带生物学报》 2022年第5期457-463,共7页
为揭示白边侧足海天牛基因组的信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,利用流式细胞术与高通量测序技术对白边侧足海天牛全基因组进行了Survey分析。结果表明,流式细胞术预测白边侧足海天牛基因组是84K杨的1.69倍,约为794.6 Mb... 为揭示白边侧足海天牛基因组的信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,利用流式细胞术与高通量测序技术对白边侧足海天牛全基因组进行了Survey分析。结果表明,流式细胞术预测白边侧足海天牛基因组是84K杨的1.69倍,约为794.6 Mb。白边侧足海天牛高通量测序得到25 Gb的过滤数据,总测序深度约为30 x,根据17-mer分析,预测海天牛基因组大小约为724.8 Mb,基因组重复率为52.8%,杂合度为1.55%,模型拟合值为99.38%;根据19-mer分析,预测海天牛基因组大小约为730.8 Mb,基因组重复率为35.1%,杂合度为1.68%,模型拟合值为99.72%。最后,对白边侧足海天牛尝试初步组装后得到总长为628Mb的基因组。研究结果显示,白边侧足海天牛是一个高度杂合的物种,且其基因组大小超过700 Mb。 展开更多
关键词 白边侧足海天牛 基因组survey分析 基因组大小 杂合度
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大球盖菇新品种“中菌金球盖1号”的基因组Survey分析 被引量：2
5
作者 李雪松 刘绍雄 +5 位作者 孙达锋 张俊波 马明 罗孝坤 岳万松 华蓉 《中国食用菌》 2022年第7期53-58,共6页
大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础... 大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础,采用第二代高通量测序技术对金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”的基因组大小约为55.20 Mb,测序深度为140×,杂合率为0.80%,(G+C)含量为47.25%;基因组初步组装后,得到25802条重叠群(Contigs),Contig N50为14.923 Kb。该研究结果对于开展金黄色大球盖菇的颜色调控等遗传机理研究具有重要意义,同时为金黄色大球盖菇下一步的基因组精细图谱的构建和分子育种提供依据。 展开更多
关键词 大球盖菇 基因组survey 杂合率 基因组大小 GC含量
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姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组Survey分析 被引量：1
6
作者 李雪松 李建英 +6 位作者 华蓉 刘绍雄 岳万松 张晓华 高章会 岳婷松 孙达锋 《中国食用菌》 2023年第5期47-51,57,共6页
为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌... 为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组大小约为46.59 Mb,测序深度为69×,杂合率为1.37%,(G+C)含量为46.87%,重复序列比例为24.46%;基因组初步组装后,得到20342条重叠序列(Scaffold),Scaffold N50为4.29 Kb。 展开更多
关键词 姬松茸 全基因组survey 杂合率 基因组大小 GC含量
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基于流式细胞术与基因组Survey分析白及基因组大小及特征 被引量：5
7
作者 杨渊 黄明进 +5 位作者 王大昌 阮宝丽 杨秋悦 杨洋 罗影子 覃玉强 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3677-3682,共6页
目的研究白及的核型、基因组大小等特征信息。方法双色荧光原位杂交分析白及的染色体核型;以番茄为内参,流式细胞术检测白及基因组大小;基因组Survey分析获得白及基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息。结果DAPI荧光染色及端粒荧光... 目的研究白及的核型、基因组大小等特征信息。方法双色荧光原位杂交分析白及的染色体核型;以番茄为内参,流式细胞术检测白及基因组大小;基因组Survey分析获得白及基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息。结果DAPI荧光染色及端粒荧光原位杂交发现白及染色体为二倍体,染色体类型为sm和st型,核型类型为2C。rDNA荧光原位杂交发现白及染色体有1对显示较强的5S rDNA位点和1对18S rDNA位点,5S rDNA位点位于2个同源染色体间隙,18S rDNA位点位于染色体短臂的次缢痕部位。白及基因组大小为2.37 Gb,同时全基因Survey分析得到有效数据60.11 Gb,经过K-mer分析修正及Genomescope评估,白及基因组大小约为2.53 Gb,杂合率约为1.099%,重复序列约占67.45%,GC含量为36.11%,总测序深度为23.73。结论本研究首次获得白及基于5S rDNA和18S rDNA荧光原位杂交核型及增补了白及属植物的基因组大小数据,为白及后续的物种分类、种群进化研究及全基因组测序、组装及去冗余处理等工作提供基础参考数据。 展开更多
关键词 白及 基因组调查 流式细胞术 K-mer分析 双色荧光原位杂交
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瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)基因组survey分析及线粒体基因组注释 被引量：2
8
作者 廖贤晖 王乙婷 +2 位作者 瞿印权 刘启 高天翔 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1517-1528,共12页
为了解瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构,采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂鮄进行基因组survey分析,为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序,组装得到的基因组大小为813... 为了解瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构,采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂鮄进行基因组survey分析,为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序,组装得到的基因组大小为813Mb,杂合率为0.92%,重复序列比例为45.97%,Contigs的N50大小为712 bp。瑞氏红鲂鮄线粒体基因组长度为16527 bp,共38个基因(22个tRNA、12SrRNA、16SrRNA、ND1~ND6、COⅪ~COXXIII、Cytb、ATP8、ATP6、ND4L和1个D-loop区),基因之间未发生重排,GC含量45.70%;蛋白质编码基因中出现不完整的密码子T--和TA-;tRNA中只有tRNA-Ser(GCT)缺失了二氢尿苷臂(DHU臂)的简单环,其他都是正常二级结构。此外,联合NCBI中18个鲉形目鱼类的线粒体基因组,利用最大似然法和贝叶斯法构建了鲉形目鱼类的分子系统发育关系。结果表明,瑞氏红鲂鮄与同为黄鲂鮄科的须叉吻鲂鮄(Scalicus amiscus)为姐妹分支,支持瑞氏红鲂鮄是黄鲂鮄科鱼类的形态学分类结果,为开展黄鲂鮄科鱼类系统发育深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 瑞氏红鲂鮄 基因组survey 线粒体基因组 系统发育关系
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热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
9
作者 苏群 赵家惠 +7 位作者 王虹妍 喇燕菲 方明雅 盛威 石林 唐毓玮 田敏 王凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期407-415,共9页
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以... 【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。 展开更多
关键词 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 survey测序 K-mer分析
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山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析 被引量：1
10
作者 张娟 任鹏飞 +3 位作者 李兴 高振 王仲兵 梁立滨 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期96-101,共6页
为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Sh... 为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株。通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测序,利用SeqMan软件将序列拼接。结果显示,分别获得759bp和1560bp的目的片段,经测序拼接后获得了PiCV全长2038bp的全基因组序列。利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性;采用IQ-tree软件构建PiCV全基因组的遗传进化树;利用ClusterW软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异;利用Simplot和RDP4软件对SX01/Shanxi/2023株进行重组分析。结果显示:SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%,其中与德国PiCVCoCV株同源性最高达95.1%,与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%。进化树结果显示,SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支,亲缘关系较近。氨基酸序列分析结果显示,SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、缺失或突变,其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白。重组分析结果显示,该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主要亲本,陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒,重组断点位于nt520。基于IQ-tree软件构建的重组断裂点位点前后(nt1~nt520、nt521~nt2038)的进化树进一步验证了上述结果。本研究首次在山西地区检测到PiCV,丰富了PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容,也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 全基因组 遗传进化分析 重组分析
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小麦籽粒色泽性状的全基因组关联分析及候选基因挖掘 被引量：1
11
作者 董中东 井震海 +2 位作者 裴丹 孙丛苇 陈锋 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期784-796,共13页
小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表... 小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表征,并在此基础上进行了全基因组关联分析。结果表明,与籽粒色泽关联的显著SNP位点共有785个,可解释11.4%~23.4%的表型变异,其中与L~*关联的SNP位点主要分布在1A、1D、2B、3D、7A和7D染色体上,与a~*关联的SNP位点主要分布在2A、2B、2D、4B、5B、5D、7A和7D染色体上,与b~*关联的SNP位点主要分布在2B、5B、5D、6D、7A、7B和7D染色体上。51个显著SNP位点为一因多效位点。通过基因功能注释挖掘到了36个和籽粒色泽相关的候选基因,其中仅8个基因在籽粒中表达。进一步通过基因多态性分析发现仅有小麦硬度调控基因Pinb(TraesCS5D02G004300)和UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶基因TraesCS5B02G399800与目标性状显著关联。单倍型分析挖掘到位于TraesCS5B02G399800基因内部的差异单倍型与b~*显著关联。本研究挖掘到的候选基因对小麦籽粒色泽的分子标记辅助选择和全基因组预测提供了参考。 展开更多
关键词 小麦 籽粒色泽 全基因组关联分析
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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
12
作者 尹明华 李文婷 +9 位作者 欧阳茜 王美暄 徐子林 张钦荣 张牧彤 黄添慧 何凡凡 乐芸 张嘉欣 柴桑雪 《草业科学》 北大核心 2025年第1期101-118,共18页
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plo... 为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。 展开更多
关键词 苏丹草 叶绿体基因组 简单序列重复 IR区边界结构 中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析
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南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测
13
作者 陶鹏 丁小雅 +5 位作者 岳智臣 赵彦婷 雷娟利 胡齐赞 臧运祥 李必元 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第6期1244-1251,共8页
为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphi... 为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),对显著关联区间进行候选基因筛选与功能注释。结果显示,南瓜果胶含量呈正态分布,在南瓜2、4、12、20号染色体上共获得了21个与南瓜果胶含量显著关联的SNP位点,其中有13个位于2号染色体8330664~8436445区间。筛选获得40个候选基因,其中3个基因(基因号为CmoCh02G014160、CmoCh02G014170、CmoCh02G014260)涉及糖代谢通路。这3个候选基因在南瓜种质资源中存在着大量的SNP和InDel变异,并且在南瓜果实中均有表达,可能参与南瓜果实中果胶的合成。该研究结果可以为优化南瓜果胶含量,改良南瓜品质提供新的标记与候选基因。 展开更多
关键词 南瓜 果胶 全基因组关联分析 基因 糖代谢
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大豆开花时间和成熟期性状全基因组关联分析与候选基因预测
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作者 王琼 邹丹霞 +9 位作者 陈兴运 张威 张红梅 刘晓庆 贾倩茹 魏利斌 崔晓艳 陈新 王学军 陈华涛 《作物学报》 北大核心 2025年第6期1558-1568,I0011-I0020,共21页
大豆是典型的短日照作物,对光周期极为敏感,其栽培和产量均受到田间光周期条件的制约。本研究对264份大豆种质资源的开花时间和成熟期性状进行了考察,分析了开花相关性状与蛋白质含量、含油量、百粒重和株高等农艺性状之间的关系。随后... 大豆是典型的短日照作物,对光周期极为敏感,其栽培和产量均受到田间光周期条件的制约。本研究对264份大豆种质资源的开花时间和成熟期性状进行了考察,分析了开花相关性状与蛋白质含量、含油量、百粒重和株高等农艺性状之间的关系。随后利用全基因组关联分析,鉴定出235个与开花时间和成熟期相关的位点,并预测了14个可能参与调控大豆开花时间和成熟期的候选基因,其中与开花时间相关的候选基因有10个,与成熟期相关的基因有5个,且有1个候选基因同时与开花时间和成熟期相关。这些候选基因为进一步解析大豆开花相关性状的调控机制和大豆广适性高效遗传改良奠定了基础。 展开更多
关键词 大豆 开花时间 成熟期 全基因组关联分析 SNP标记
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小麦种子活力相关性状的全基因组关联分析
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作者 董中东 孙丛苇 +4 位作者 张舒宇 陈永芳 裴丹 陈锋 赵磊 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第8期1017-1024,共8页
种子活力是一个重要的小麦品质相关指标,与小麦种子发芽和穗发芽均有直接关系。为鉴定小麦种子活力相关性状的遗传位点并挖掘其相关候选基因,本研究以163份黄淮麦区小麦品种(系)构成的自然群体为材料,对其发芽率、发芽势和发芽指数3个... 种子活力是一个重要的小麦品质相关指标,与小麦种子发芽和穗发芽均有直接关系。为鉴定小麦种子活力相关性状的遗传位点并挖掘其相关候选基因,本研究以163份黄淮麦区小麦品种(系)构成的自然群体为材料,对其发芽率、发芽势和发芽指数3个种子活力相关性状进行调查,并结合90K SNP芯片进行全基因组关联分析。结果表明,供试小麦材料的种子发芽率、发芽势和发芽指数存在丰富的变异,变异系数范围为11.81%~25.58%。利用90K SNP芯片共鉴定到196个与3个种子活力性状相关的显著性SNPs,其中67个SNPs可以同时在3个性状中检测到;进一步通过基因表达模式和单倍型分析,推测TraesCS4B02G359600和TraesCS4A02G494700可能为调控小麦种子活力的重要候选基因。 展开更多
关键词 小麦 种子活力 全基因组关联分析 候选基因分析
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基于全基因组关联分析筛选冬季项目运动员睾酮水平相关遗传标记
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作者 梅涛 李燕春 +2 位作者 杨贤罡 杨晓琳 何子红 《体育科学》 北大核心 2025年第3期78-88,共11页
目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训... 目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训练提供依据。方法:以冬季项目运动员作为研究对象(n=456),分析不同水平运动员(普通运动员、精英运动员)睾酮水平的分布和差异。应用PLINKv1.9软件,以冬季项目运动员(n=190)的睾酮水平作为表型变量,性别、年龄以及基因组主成分分析中特征值最大的前5个主成分作为协变量进行GWAS分析,采用3D SNP对纳入模型的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNPs)进行生物功能注释。结果:1)精英运动员的睾酮水平显著高于普通运动员(P<0.01)。2)男性精英运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.09),睾酮水平范围为14.04~35.65 nmol/L,男性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为9.27~28.07 nmol/L;女性精英运动员的睾酮水平不符合正态分布(P=0.01),睾酮水平范围为0.88~4.44 nmol/L,女性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为0.19~3.04 nmol/L。3)rs7092867、rs9423319、rs9423320等413个SNPs与睾酮水平显著关联(P<1×10^(-5)),其中位于10号染色体ACADSB基因上的6个SNPs(rs7092867、rs9423319、rs9423320、rs9423321、rs9423322、rs9423252)达到了全基因组水平上的显著性(P<5×10^(-8))。4)在冬季项目中,ACADSB基因6个SNPs的aa基因型男性运动员的睾酮浓度显著高于Aa基因型男性运动员(P=0.014),而6个SNPs的aa基因型女性运动员的睾酮浓度有高于Aa基因型女性运动员的趋势,但未达到统计学意义(P=0.055)。5)3D SNP注释结果显示,6个SNPs在10号染色体上具有共同的3D互作基因(BUB3、C10orf88、HMX2、HMX3、IKZF5、PSTK)。结论:在冬季项目中,精英运动员的睾酮水平高于普通运动员。ACADSB基因上6个SNPs与冬季项目运动员的睾酮水平相关联,aa基因型男性运动员的睾酮浓度高于Aa基因型男性运动员。 展开更多
关键词 运动员 基因选材 冬季项目 睾酮 全基因组关联分析
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大白菜DABB基因家族的全基因组鉴定及盐碱胁迫下的表达分析
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作者 孙天国 衣兰 +6 位作者 秦旭洋 乔梦雪 谷新颖 韩艺 沙伟 张梅娟 马天意 《生物技术通报》 北大核心 2025年第4期156-165,共10页
【目的】DABB(dimericα+βbarrel domain protein,Dabb)是含1‒2个二聚化α+β桶状结构域的蛋白质,在多种植物逆境胁迫响应过程中发挥作用。预测大白菜DABB蛋白质的特性,并探究这些基因在盐碱胁迫耐性不同的大白菜品种中响应盐碱胁迫的... 【目的】DABB(dimericα+βbarrel domain protein,Dabb)是含1‒2个二聚化α+β桶状结构域的蛋白质,在多种植物逆境胁迫响应过程中发挥作用。预测大白菜DABB蛋白质的特性,并探究这些基因在盐碱胁迫耐性不同的大白菜品种中响应盐碱胁迫的表达变化,为研究大白菜DABB基因家族的抗逆功能提供理论依据。【方法】通过生物信息学方法对大白菜DABB家族进行全基因组范围鉴定,分析其亲缘关系、所编码蛋白质理化性质、染色体定位情况和基因结构;利用实时荧光定量PCR技术分析这些基因在不同大白菜品种中盐碱胁迫下的表达模式。【结果】在大白菜中共鉴定出7个DABB基因,分布在5条染色体上,亲缘关系较近的DABB基因结构也较为相似;DABB基因编码蛋白质氨基酸数为79-495 aa,相对分子质量为8.94-54.19 kD,大部分为稳定蛋白质,亚细胞定位预测显示,多数DABB蛋白质定位于细胞质膜。盐碱胁迫处理下,6个大白菜DABB基因具有差异表达响应,但在耐盐碱性不同的大白菜品种中表达模式不同,其中,BrcDABB1-1和BrcDABB2表达变化较为剧烈。【结论】在大白菜基因组中共鉴定出7个含有DABB结构域蛋白质的编码基因,其中6个基因在盐碱胁迫处理下具有差异表达响应,这些基因不同的表达模式可能与大白菜的盐碱胁迫耐性相关。 展开更多
关键词 大白菜 DABB基因 盐碱胁迫 全基因组鉴定 表达分析
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基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析
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作者 杨祝良 罗锦堂 +3 位作者 张珍 黎剑能 李福球 杨秀荣 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1716-1728,共13页
【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液... 【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液相芯片进行分型。使用GEMMA软件的单变量混合线性模型对不同周龄南丹瑶鸡鸡冠的高度、长度、厚度和面积进行全基因组关联分析(GWAS)。利用ANNOVAR对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释,并对注释到的基因进行GO功能及KEGG通路富集分析。【结果】南丹瑶鸡鸡冠面积、鸡冠高度、鸡冠长度、鸡冠厚度4个表型指标分别关联到7、8、21和10个SNPs位点,共注释到37个基因,通过相关生物信息学分析及功能注释,最终筛选出7个与南丹瑶鸡鸡冠性状相关的候选基因:CELF2、MAP7、MAP3K5、AKT3、IFNGR1、IL20RA和MANBA。【结论】本研究鉴定了39个与南丹瑶鸡鸡冠性状潜在相关的SNPs,并筛选出7个可能影响鸡冠大小的候选基因。研究结果为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育提供了有效分子标记,为培育优良地方品种提供了重要理论基础。 展开更多
关键词 南丹瑶鸡 鸡冠 “桂芯一号”液相芯片 全基因组关联分析
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广东紫珠叶绿体基因组特征分析
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作者 李家敏 李晓花 +2 位作者 周家春 张兵锋 李馨悦 《种子》 北大核心 2025年第5期26-35,共10页
以广东紫珠为材料,利用高通量测序技术测序其叶绿体基因组序列,组装并注释获得完整的叶绿体基因组。结果表明,广东紫珠叶绿体基因组(GenBank No.OR540410)大小为154 185 bp,具有四分体结构:一个大单拷贝区(LSC,84 958 bp)、一个小单拷贝... 以广东紫珠为材料,利用高通量测序技术测序其叶绿体基因组序列,组装并注释获得完整的叶绿体基因组。结果表明,广东紫珠叶绿体基因组(GenBank No.OR540410)大小为154 185 bp,具有四分体结构:一个大单拷贝区(LSC,84 958 bp)、一个小单拷贝区(SSC,17 825 bp)和一对反向重复序列(IRa、IRb,均为25 701 bp),总GC含量为38.08%;叶绿体基因组共编码了131个基因,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因37个,rRNA基因8个;同义密码子使用度(RSCU)大于1的密码子30个,侧重于使用A/T结尾的密码子;共鉴定出散在重复序列62个,简单重复序列(SSR)58个,以A/T重复为主;选择压力分析表明,ycf2、psbD、rbcL、psbB、petB、rps8、ndhF共7个基因出现正选择信号;系统发育分析表明,广东紫珠与华紫珠的亲缘关系最密切。 展开更多
关键词 广东紫珠 叶绿体基因组 密码子偏好性 系统发育分析
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河南省2株牛肠道病毒全基因组序列测定与分析
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作者 钱明珠 王申锋 +3 位作者 常晓冉 胡俊英 朱红标 王新平 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第3期548-558,共11页
为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测... 为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测定,将序列拼接校对后获得2株BEV的全基因组序列,并分析其同源性。结果表明,BEV HeN-B78株(登录号MN598013)基因组序列全长为7453 nt,其中编码区全长6523 nt,5′UTR长812 nt,3′UTR长118 nt。BEV HeN-YR91(登录号MN598018)株基因组序列全长为7460 nt,其中编码区全长6502 nt,5′UTR长825 nt,3′UTR长133 nt。全基因组序列的同源性分析显示,HeN-B78株与其他EV-E参考株的相似性为75.9%~88.0%;HeN-YR91株与其他EV-F参考株的同源性为74.6%~82.4%。病毒分离株的全基因组、VP1~VP4、2B、2C、3A~3D基因的系统进化树分析结果均显示,HeN-B78株与其他EV-E处于同一分支,而HeN-YR91株与EV-F处于同一分支。综上,河南省牛场存在E种和F种两种肠道病毒感染,丰富了国内牛肠道病毒的基因库。 展开更多
关键词 河南省 牛肠道病毒 全基因组 序列测定与分析
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