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酵母基因组规模模型进展及发展趋势被引量：1: 1; 作者李永珠陈禹《合成生物学》北大核心 2025年第3期585-602,共18页; 酵母作为常用的真核模式生物,在合成生物学和系统生物学研究中具有重要地位。然而,由于其代谢系统较为复杂,进行代谢网络研究和设计时存在一定困难,因此,研究人员提出了基因组规模的建模方法,利用基因组序列及注释信息,整合细胞内复杂... 展开更多; 关键词基因组规模模型酵母代谢工程细胞代谢通量分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析: 2; 作者高聪袁炜佳 +2 位作者叶超刘佳刘立明《食品与生物技术学报》北大核心 2025年第7期21-30,共10页; 【目的】构建并解析L-苹果酸高产菌株米曲霉(Aspergillus oryzae,A.oryzae)FMME-S-38的基因组规模代谢网络模型(GSMM)。【方法】通过粗模型构建和模型精细优化2个步骤,构建L-苹果酸高产菌株米曲霉FMME-S-38的GSMM,命名为iJW1333。【结... 展开更多; 关键词米曲霉FMME-S-38 基因组规模代谢网络模型 L-苹果酸流量平衡分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

机器学习驱动的基因组规模代谢模型构建与优化被引量：1: 3; 作者吴柯罗家豪李斐然《合成生物学》北大核心 2025年第3期566-584,共19页; 自1999年首个基因组规模代谢模型(genome-scale metabolic model,GEM)问世以来,GEM已成为解析生物代谢的重要工具。该模型包含代谢基因、代谢物和反应,并结合化学计量矩阵与约束优化,系统描述和模拟生物体内的代谢过程。此外,GEM能够整... 展开更多; 关键词基因组规模代谢模型机器学习合成生物学代谢建模多约束多过程模型; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展被引量：2: 4; 作者刘子豪倪皓洁 +3 位作者李文璐王凤忠王彦波曾黉《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期348-356,共9页; 乳酸菌具有改善食品风味、提高营养价值等重要作用,被广泛应用于食品发酵领域。基因组规模代谢模型是研究微生物代谢的重要工具,可以模拟生物体内代谢网络、准确描述基因型-表型关系,目前已成功应用于乳酸菌代谢调控等研究中。本文系统... 展开更多; 关键词乳酸菌基因组规模代谢模型代谢模拟食品工业; 在线阅读下载PDF 职称材料

基因组规模代谢模型在细菌感染治疗领域的研究进展被引量：1: 5; 作者卞星晨刘笑芬 +1 位作者冯美卿张菁《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期452-456,共5页; 基因组规模代谢模型(genome-scale metabolic model,GSMM)是通过整合基因组学、转录组学、文献组学、蛋白质组学以及代谢组学等多组学数据,建立基因-蛋白质(酶)-生化反应关联组成的特定微生物代谢网络[1]。GSMM将从基因组获得的生化反... 展开更多; 关键词基因组规模代谢模型细菌感染抗菌作用机制新靶标; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于基因组规模代谢模型探究影响肝癌细胞生长的关键基因被引量：1: 6; 作者徐轶舟王卓《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期8-13,共6页; 基于全基因组规模代谢模型的模拟分析已被成功应用于探索包括癌症在内的多种疾病的发生机制,通过模拟基因敲除对肿瘤细胞生长的影响,鉴别关键代谢重编程节点。通过分析肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)不同于正常肝细胞的代谢... 展开更多; 关键词全基因组规模代谢模型肝细胞肝癌基因敲除胆固醇合成 L-氯化棕榈酰肉碱; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：8: 7; 作者张彦位杨玲 +6 位作者路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统... 展开更多; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); 在线阅读下载PDF 职称材料

题名酵母基因组规模模型进展及发展趋势被引量：1: 1; 作者李永珠陈禹; 机构中国科学院深圳先进技术研究院中国科学院大学; 出处《合成生物学》北大核心 2025年第3期585-602,共18页; 基金国家重点研发计划(2023YFA0913900)。; 文摘酵母作为常用的真核模式生物,在合成生物学和系统生物学研究中具有重要地位。然而,由于其代谢系统较为复杂,进行代谢网络研究和设计时存在一定困难,因此,研究人员提出了基因组规模的建模方法,利用基因组序列及注释信息,整合细胞内复杂的代谢反应和细胞过程,模拟细胞系统各部分的相互作用,得到对应的表型、功能和行为,辅助寻找代谢工程改造靶点,为理解复杂细胞系统提供了强有力的工具。本文介绍了基因组规模模型中传统代谢模型及整合多种生理学约束和多种细胞过程的模型的构建和分析方法,回顾了酵母属中多种酵母基因组规模模型的发展历程及主要应用,并基于此分析了当前酵母基因组规模模型研究中面临的主要问题,提出了提升模型准确率以及未来进一步优化模型的方法和趋势。; 关键词基因组规模模型酵母代谢工程细胞代谢通量分析; Keywords genome-scale model yeast metabolic engineering cellular metabolism flux analysis; 分类号 Q819 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析: 2; 作者高聪袁炜佳叶超刘佳刘立明; 机构江南大学生物工程学院南京师范大学食品与制药工程学院; 出处《食品与生物技术学报》北大核心 2025年第7期21-30,共10页; 基金江苏省科技重大专项项目(BG2025045) 国家自然科学基金面上项目(21978113) 国家自然科学基金重点项目(22038005)。; 文摘【目的】构建并解析L-苹果酸高产菌株米曲霉(Aspergillus oryzae,A.oryzae)FMME-S-38的基因组规模代谢网络模型(GSMM)。【方法】通过粗模型构建和模型精细优化2个步骤,构建L-苹果酸高产菌株米曲霉FMME-S-38的GSMM,命名为iJW1333。【结果】该模型系统整合了1723个生化反应、1723个代谢物以及1333个功能基因,对底物代谢和菌体生长模拟的预测准确度分别为94.6%和92.0%。通过比较基因组,发现还原磷酸戊糖途径(HMP)和氧化磷酸化基因突变是导致米曲霉FMME-S-38高产L-苹果酸的生理原因。氮源与辅因子(NADH和ATP)是影响L-苹果酸高效合成的关键因素,通过降低氮源质量浓度和溶氧(DO)水平,能弱化HMP并强化还原性三羧酸循环(rTCA)分支,使米曲霉FMME-S-38发酵生产L-苹果酸的产量达到(154.2±1.8)g/L。【结论】该研究有利于确定米曲霉FMME-S-38高产L-苹果酸关键路径和生理机制,为利用其生产其他有价值代谢产物奠定基础。; 关键词米曲霉FMME-S-38 基因组规模代谢网络模型 L-苹果酸流量平衡分析; Keywords Aspergillus oryzae FMME-S-38 genome-scale metabolic model L-malic acid flux balance analysis; 分类号 Q933 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名机器学习驱动的基因组规模代谢模型构建与优化被引量：1: 3; 作者吴柯罗家豪李斐然; 机构清华大学深圳国际研究生院清华大学化学工程系; 出处《合成生物学》北大核心 2025年第3期566-584,共19页; 基金国家自然科学基金面上项目(22478223)。; 文摘自1999年首个基因组规模代谢模型(genome-scale metabolic model,GEM)问世以来,GEM已成为解析生物代谢的重要工具。该模型包含代谢基因、代谢物和反应,并结合化学计量矩阵与约束优化,系统描述和模拟生物体内的代谢过程。此外,GEM能够整合热力学参数、动力学参数、多组学数据及多细胞过程,构建更精细且具有更强大预测能力的多约束多过程模型。然而,先验知识的局限成为其发展的瓶颈。机器学习技术凭借强大的数据处理和模式识别能力,为进一步扩展GEM提供了新思路。本综述系统总结了传统GEM及多约束多过程模型的构建流程,并着重探讨了机器学习在其中关键步骤中的应用前景,如基因功能注释、途径解析、空缺填补和生物学参数预测。机器学习技术作为新的驱动力,有望大幅度提升GEM的规模和质量,深化对生物代谢机制的理解,并推动实现数字孪生细胞。; 关键词基因组规模代谢模型机器学习合成生物学代谢建模多约束多过程模型; Keywords genome-scale metabolic model machine learning synthetic biology metabolic modeling multi-constraint and multi-process model; 分类号 Q814.9 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展被引量：2: 4; 作者刘子豪倪皓洁李文璐王凤忠王彦波曾黉; 机构北京工商大学食品与健康学院中国农业科学院农产品加工研究所; 出处《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期348-356,共9页; 基金农业农村部农产品质量安全收贮运管控重点实验室开放课题项目(S2023KFKT-06)。; 文摘乳酸菌具有改善食品风味、提高营养价值等重要作用,被广泛应用于食品发酵领域。基因组规模代谢模型是研究微生物代谢的重要工具,可以模拟生物体内代谢网络、准确描述基因型-表型关系,目前已成功应用于乳酸菌代谢调控等研究中。本文系统回顾了近20年以来构建的乳酸菌基因组规模代谢模型,并重点综述了现有模型在食品体系中的应用情况。本文在分析现有模型存在的主要挑战与局限性的同时,结合目前新技术、新思想对其未来发展方向进行展望,旨在为未来如何更加有效、准确地将乳酸菌基因组规模代谢模型有机地应用在食品工业,辅助食品微生物群落智慧设计提供参考。; 关键词乳酸菌基因组规模代谢模型代谢模拟食品工业; Keywords lactic acid bacteria genome-scale metabolic model metabolic simulation food industry; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基因组规模代谢模型在细菌感染治疗领域的研究进展被引量：1: 5; 作者卞星晨刘笑芬冯美卿张菁; 机构复旦大学附属华山医院抗生素研究所复旦大学药学院复旦大学附属华山医院抗生素研究所; 出处《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期452-456,共5页; 基金科技部“重大新药创制”科技重大专项(2017ZX09304005)。; 文摘基因组规模代谢模型(genome-scale metabolic model,GSMM)是通过整合基因组学、转录组学、文献组学、蛋白质组学以及代谢组学等多组学数据,建立基因-蛋白质(酶)-生化反应关联组成的特定微生物代谢网络[1]。GSMM将从基因组获得的生化反应信息与代谢表型进行桥接,为从系统上理解微生物生理代谢功能模型提供一个高效平台[2]。; 关键词基因组规模代谢模型细菌感染抗菌作用机制新靶标; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学] R51 [医药卫生—内科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于基因组规模代谢模型探究影响肝癌细胞生长的关键基因被引量：1: 6; 作者徐轶舟王卓; 机构上海交通大学Bio-X研究院遗传发育与精神神经疾病教育部重点实验室; 出处《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期8-13,共6页; 基金国家重点研发计划(2017YFC0908105) 国家自然科学基金面上项目(32070679)。; 文摘基于全基因组规模代谢模型的模拟分析已被成功应用于探索包括癌症在内的多种疾病的发生机制,通过模拟基因敲除对肿瘤细胞生长的影响,鉴别关键代谢重编程节点。通过分析肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)不同于正常肝细胞的代谢差异,发现AKG能够调节肿瘤生长,是潜在的抗癌药物靶点;而TECR在HCC细胞中的重要性降低使其成为潜在的抗肿瘤位点。HCC肝癌细胞在胆固醇合成通路上存在代谢重编程:DHCR24和HMGCS2基因的缺失可以帮助肿瘤细胞避免正常凋亡,而IDI2基因的存在能够增强肿瘤细胞增殖、迁移能力;胆碱代谢物可以影响脂肪酸合成通路从而促进炎症反应来加速癌症发展的进程。; 关键词全基因组规模代谢模型肝细胞肝癌基因敲除胆固醇合成 L-氯化棕榈酰肉碱; Keywords genome-scale metabolic model hepatocellular carcinoma gene deletion cholesterol biosynthesis L-palmitoylcarnitine; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：8: 7; 作者张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方; 机构河北一然生物科技股份有限公司四川大学华西公共卫生学院; 出处《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 基金河北省科技厅农业高质量发展关键共性技术攻关专项(21322804D)。; 文摘乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代谢特征、潜在的益生功能与应用方向,可以更加准确地探究乳酸菌的遗传、进化和分类。乳酸菌安全性评价程序要求在基因组水平检索是否存在耐药、毒力和致病性相关基因,并判定相关基因是否可水平转移。应用全基因组测序技术,比较不同代次菌株基因组中基因序列和结构差异,可高效、完整地判定乳酸菌在产业化应用过程中的遗传性和稳定性。在全基因组信息基础上,重构基因组规模代谢网络模型,可模拟并预测菌体细胞在特定环境下的行为,能系统地指导菌株的代谢工程策略。本文对全基因组测序技术在乳酸菌代谢特性、遗传进化、安全性和稳定性方面的应用现状进行了综述,旨在为乳酸菌基因组学研究提供理论支持。; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); Keywords lactic acid bacteria genomics safety stability genome-scale metabolic network model(GSMM); 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	酵母基因组规模模型进展及发展趋势	李永珠陈禹	《合成生物学》北大核心	2025	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析	高聪袁炜佳叶超刘佳刘立明	《食品与生物技术学报》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	机器学习驱动的基因组规模代谢模型构建与优化	吴柯罗家豪李斐然	《合成生物学》北大核心	2025	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展	刘子豪倪皓洁李文璐王凤忠王彦波曾黉	《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心	2024	2	在线阅读下载PDF 职称材料
5	基因组规模代谢模型在细菌感染治疗领域的研究进展	卞星晨刘笑芬冯美卿张菁	《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	基于基因组规模代谢模型探究影响肝癌细胞生长的关键基因	徐轶舟王卓	《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料
7	乳酸菌全基因组测序的应用进展	张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方	《食品工业科技》 CAS 北大核心	2022	8	在线阅读下载PDF 职称材料