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基因组规模代谢网络模型的自动化重构被引量：2: 1; 作者柴文平薛卫 +1 位作者张梁石贵阳《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期957-965,共9页; 对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究。同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法,并应用于模型整合和模型核心反应的识别。上述自动化方法的... 展开更多; 关键词基因组规模代谢网络自动化重构直方图; 在线阅读下载PDF 职称材料

基因组规模代谢网络模型自动化修正被引量：1: 2; 作者吴晓红薛卫 +1 位作者张梁石贵阳《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期982-989,共8页; 基于KEGG在线数据库以及6个蛋白质区间预测数据库,对基因组规模代谢网络模型进行了自动化修正。作者提出了蛋白质区间预测结果的权重打分机制,同时利用图像处理算法确定可信度高的特异性反应。上述修正的研究均在Spathaspora passalidar... 展开更多; 关键词基因组规模代谢网络断点补齐图像处理区间预测; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展被引量：1: 3; 作者刘子豪倪皓洁 +3 位作者李文璐王凤忠王彦波曾黉《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期348-356,共9页; 乳酸菌具有改善食品风味、提高营养价值等重要作用,被广泛应用于食品发酵领域。基因组规模代谢模型是研究微生物代谢的重要工具,可以模拟生物体内代谢网络、准确描述基因型-表型关系,目前已成功应用于乳酸菌代谢调控等研究中。本文系统... 展开更多; 关键词乳酸菌基因组规模代谢模型代谢模拟食品工业; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展被引量：1: 4; 作者艾连中侯成杰《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1-10,共10页; 基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的... 展开更多; 关键词基因组代谢网络模型乳酸菌代谢规律高通量数据计算机模拟数据整合; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：7: 5; 作者张彦位杨玲 +6 位作者路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统... 展开更多; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基因组规模代谢网络模型的自动化重构被引量：2: 1; 作者柴文平薛卫张梁石贵阳; 机构粮食发酵工艺与技术国家工程实验室江南大学南京农业大学信息科学技术学院; 出处《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期957-965,共9页; 基金江苏省自然科学基金项目(BK2012363 BK2011153); 文摘对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究。同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法,并应用于模型整合和模型核心反应的识别。上述自动化方法的研究均在树干毕赤酵母基因组规模代谢网络重构过程中得到运用实施,对于提高模型构建效率意义重大。; 关键词基因组规模代谢网络自动化重构直方图; Keywords genome-scale metabolic networks auto-reconstruction histogram; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基因组规模代谢网络模型自动化修正被引量：1: 2; 作者吴晓红薛卫张梁石贵阳; 机构江南大学粮食发酵工艺与技术国家工程实验室南京农业大学信息科学技术学院; 出处《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期982-989,共8页; 基金江苏省自然科学基金项目(BK2012363 BK2011153); 文摘基于KEGG在线数据库以及6个蛋白质区间预测数据库,对基因组规模代谢网络模型进行了自动化修正。作者提出了蛋白质区间预测结果的权重打分机制,同时利用图像处理算法确定可信度高的特异性反应。上述修正的研究均在Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907基因组规模代谢网络精炼过程中得到运用实施,对于提高模型构建效率意义重大。; 关键词基因组规模代谢网络断点补齐图像处理区间预测; Keywords genome-scale metabolicnetworks gapsupplement imageprocessing subcellularprediction; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展被引量：1: 3; 作者刘子豪倪皓洁李文璐王凤忠王彦波曾黉; 机构北京工商大学食品与健康学院中国农业科学院农产品加工研究所; 出处《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期348-356,共9页; 基金农业农村部农产品质量安全收贮运管控重点实验室开放课题项目(S2023KFKT-06)。; 文摘乳酸菌具有改善食品风味、提高营养价值等重要作用,被广泛应用于食品发酵领域。基因组规模代谢模型是研究微生物代谢的重要工具,可以模拟生物体内代谢网络、准确描述基因型-表型关系,目前已成功应用于乳酸菌代谢调控等研究中。本文系统回顾了近20年以来构建的乳酸菌基因组规模代谢模型,并重点综述了现有模型在食品体系中的应用情况。本文在分析现有模型存在的主要挑战与局限性的同时,结合目前新技术、新思想对其未来发展方向进行展望,旨在为未来如何更加有效、准确地将乳酸菌基因组规模代谢模型有机地应用在食品工业,辅助食品微生物群落智慧设计提供参考。; 关键词乳酸菌基因组规模代谢模型代谢模拟食品工业; Keywords lactic acid bacteria genome-scale metabolic model metabolic simulation food industry; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展被引量：1: 4; 作者艾连中侯成杰; 机构上海理工大学医疗器械与食品学院/上海食品微生物工程技术研究中心; 出处《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1-10,共10页; 基金上海市科技兴农项目(2019-02-08-00-07-F01152) 国家自然科学基金杰出青年基金项目(32025029)。; 文摘基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。; 关键词基因组代谢网络模型乳酸菌代谢规律高通量数据计算机模拟数据整合; Keywords genome-scale metabolic model lactic acid bacteria metabolic rule high-throughput data computer simulation data integration; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学] Q939 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：7: 5; 作者张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方; 机构河北一然生物科技股份有限公司四川大学华西公共卫生学院; 出处《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 基金河北省科技厅农业高质量发展关键共性技术攻关专项(21322804D)。; 文摘乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代谢特征、潜在的益生功能与应用方向,可以更加准确地探究乳酸菌的遗传、进化和分类。乳酸菌安全性评价程序要求在基因组水平检索是否存在耐药、毒力和致病性相关基因,并判定相关基因是否可水平转移。应用全基因组测序技术,比较不同代次菌株基因组中基因序列和结构差异,可高效、完整地判定乳酸菌在产业化应用过程中的遗传性和稳定性。在全基因组信息基础上,重构基因组规模代谢网络模型,可模拟并预测菌体细胞在特定环境下的行为,能系统地指导菌株的代谢工程策略。本文对全基因组测序技术在乳酸菌代谢特性、遗传进化、安全性和稳定性方面的应用现状进行了综述,旨在为乳酸菌基因组学研究提供理论支持。; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); Keywords lactic acid bacteria genomics safety stability genome-scale metabolic network model(GSMM); 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基因组规模代谢网络模型的自动化重构	柴文平薛卫张梁石贵阳	《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2014	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基因组规模代谢网络模型自动化修正	吴晓红薛卫张梁石贵阳	《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	乳酸菌基因组规模代谢建模研究与在食品体系中的应用进展	刘子豪倪皓洁李文璐王凤忠王彦波曾黉	《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展	艾连中侯成杰	《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	乳酸菌全基因组测序的应用进展	张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方	《食品工业科技》 CAS 北大核心	2022	7	在线阅读下载PDF 职称材料