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题名凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析
被引量：1
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作者
孙政
柳承璋
李富花
张晓军
张俊彬
相建海
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机构
上海海洋大学水产与生命学院
中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室
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出处
《海洋学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期128-136,共9页
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基金
国家973课题2012CB114403
国家863项目(2012AA10A404
+1 种基金
2012AA092205)
国家自然科学基金项目(31172396)
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文摘
凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。
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关键词
凡纳滨对虾
EST
基因组织特异性表达
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Keywords
Litopenaeus vannamei
EST
tissue-specific gene expression
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分类号
Q959.223.63
[生物学—动物学]
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