食窦魏斯氏菌MR3细菌素理化特性研究及其全基因组测序分析

1

作者 马明瑞 钟忻桐 +2 位作者 路雨 李国江 董文龙 《饲料工业》 北大核心 2025年第5期97-103,共7页

研究旨在筛选出一株对猪萎缩性鼻炎主要病原菌多杀性巴氏杆菌有良好颉颃作用的产细菌素乳酸菌,分析其细菌素理化特性同时评估其生物安全性。从延边的新鲜蔬菜样品中分离出一株对多杀性巴氏杆菌有良好抑菌活性的乳酸菌,采用形态学观察及1... 研究旨在筛选出一株对猪萎缩性鼻炎主要病原菌多杀性巴氏杆菌有良好颉颃作用的产细菌素乳酸菌,分析其细菌素理化特性同时评估其生物安全性。从延边的新鲜蔬菜样品中分离出一株对多杀性巴氏杆菌有良好抑菌活性的乳酸菌,采用形态学观察及16S rDNA序列分析对该乳酸菌进行菌种鉴定并将其命名为MR3;对MR3所产细菌素进行温度、pH、蛋白酶不同单因素处理试验分析其细菌素理化特性。通过药敏试验及全基因组测序对MR3进行生物安全性评估。结果表明:经鉴定MR3为食窦魏斯氏菌,其细菌素在-80~100℃、pH为2.0~10.0时,抑菌活性并未显著下降,表现出良好的稳定性。MR3所产细菌素对大部分蛋白酶表现出耐受性,而对蛋白酶K较为敏感。MR3对常见抗生素均敏感,且未在基因组中发现耐药基因。综上,MR3具有良好的生物安全性,其所分泌的细菌素具有较好的抗菌活性和稳定性,有望成为新型替抗产品应用于猪萎缩性鼻炎的防治。 展开更多

关键词 多杀性巴氏杆菌 猪萎缩性鼻炎 食窦魏斯氏菌 细菌素 全基因组测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

一株巨菌草内生生防菌的分离、鉴定及其基因组测序分析 被引量：5

2

作者 宋昭昭 贾雨雷 +3 位作者 黄在兴 林标声 梅兰 林占熺 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第3期632-639,共8页

以巨菌草(Pennisetum giganteum sp.)内生细菌为试验材料,利用平板对峙法筛出对玉蜀黍平脐孺孢(Bipolaris maydis)具有较强拮抗作用的巨菌草内生菌,并采用Illumina Miseq PE150对该菌株进行基因组测序、基因组分析、基因预测与功能注释... 以巨菌草(Pennisetum giganteum sp.)内生细菌为试验材料,利用平板对峙法筛出对玉蜀黍平脐孺孢(Bipolaris maydis)具有较强拮抗作用的巨菌草内生菌,并采用Illumina Miseq PE150对该菌株进行基因组测序、基因组分析、基因预测与功能注释、直系同源簇[COG]聚类分析等。结果表明,抗菌作用最强的内生菌JK7-2为链霉菌(Streptomyces sp.),通过基因组测序分析,获得290 Conrigs,整个基因组大小约8.4 Mb,GC含量为73.17%,序列已提交至NCBI数据库SRA BioProject获得登录号:PRJNA451251。同时,预测其编码7 432个基因,并发现多个与链霉素、青霉素和四环素产生等代谢通路相关的基因。研究结果为深入研究巨菌草内生生防菌的抗菌机制以及挖掘生防菌次级代谢产物相关基因提供了理论依据。 展开更多

关键词 巨菌草 内生链霉菌 玉蜀黍平脐蠕孢 拮抗 基因组测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

产细菌素乳酸菌LS-1的全基因组测序分析 被引量：1

3

作者 涂会鑫 董文龙 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第11期42-46,共5页

前期研究从内蒙古手工奶酪中筛选出1株可拮抗金黄色葡萄球菌的乳酸菌Lacticaseibacillus saniviri(LS-1)。为探究LS-1的全基因组信息,挖掘其潜在细菌素编码基因簇,本试验对LS-1进行全基因组测序,对编码基因进行预测,并采用非冗余蛋白质(... 前期研究从内蒙古手工奶酪中筛选出1株可拮抗金黄色葡萄球菌的乳酸菌Lacticaseibacillus saniviri(LS-1)。为探究LS-1的全基因组信息,挖掘其潜在细菌素编码基因簇,本试验对LS-1进行全基因组测序,对编码基因进行预测,并采用非冗余蛋白质(Nr)和基因本体(GO)数据库进行功能注释;利用BAGEL4数据库预测分析细菌素合成基因簇。结果显示,LS-1的基因组大小为2356714 bp,GC含量为47.87%。共预测到2316个编码基因,其编码基因总长度为2058534 bp,平均长度为888 bp。LS-1所分泌细菌素属于Ⅲ类细菌素中的Enterolysin A(EnlA),推测EnlA可能通过裂解细胞壁来实现抑菌作用。本试验通过全基因组测序对LS-1基因组进行全面分析,从基因水平阐明其细菌素编码基因簇,进一步明确了菌株LS-1所产细菌素具有作为新型替抗产品的潜力。 展开更多

关键词 细菌素 乳酸菌 Lacticaseibacillus saniviri 全基因组测序分析 基因簇

在线阅读 下载PDF 职称材料

弗氏柠檬酸杆菌噬菌体NM4.3生物学特性及全基因组分析

4

作者 陈煜裕 刘畅 +2 位作者 魏永谦 刘春 姜敬哲 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期35-43,共9页

弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)是近年来牛蛙(Rana catesbeiana)养殖中新出现的高致病性病原菌,其多重耐药性增加了防控难度。从牛蛙养殖尾水中分离出1株裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体NM4.3,通过全基因组测序、生物学特性和系统发... 弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)是近年来牛蛙(Rana catesbeiana)养殖中新出现的高致病性病原菌,其多重耐药性增加了防控难度。从牛蛙养殖尾水中分离出1株裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体NM4.3,通过全基因组测序、生物学特性和系统发育分析,评估其潜在应用价值。结果显示,NM4.3为圆环dsDNA噬菌体,基因组大小为174351 bp,GC含量为38.74%,编码310个开放阅读框(ORF),包含病毒粒子结构、宿主裂解及DNA代谢相关功能基因,还额外编码13个tRNA。生物学特性结果表明,NM4.3潜伏期短(10 min),裂解效率高(爆发量76 PFU·细胞−1),在60℃和pH 3~12处理1 h后仍可维持一定活性。基于基因组的核酸序列和保守基因末端酶大亚基(Ter-L)的氨基酸序列分析,鉴定NM4.3属于Straboviridae、Tevenvirinae、Moonvirus,与已知成员的平均核苷酸一致性(ANI)低于95%,定义为该属下的一个新种。基因组注释发现其长尾纤维蛋白存在变异,这可能是影响宿主特异性的因素。 展开更多

关键词 弗氏柠檬酸杆菌 噬菌体 生物学特性 基因组测序及分析 系统发育分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

上饶早梨‘六月雪’和‘黄皮消’全基因组重测序分析 被引量：3

5

作者 洪森荣 曾清华 +4 位作者 谭鑫 陈永华 郑亚娇 徐迎昕 邱梦琴 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期227-235,共9页

以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种‘六月雪’‘Liuyuexue’和‘黄皮消’‘Huangpixiao’试管苗为材料,进行全基因组重测序分析。结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点(SNP)数量分别为6 171 357和6 140 603个,编码区内无义突变位点(ns... 以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种‘六月雪’‘Liuyuexue’和‘黄皮消’‘Huangpixiao’试管苗为材料,进行全基因组重测序分析。结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点(SNP)数量分别为6 171 357和6 140 603个,编码区内无义突变位点(nsSNP)分别为335 659和332 280个。对nsSNP的常见变异(common variant, CV)分析发现,共有2 282个nsSNP关联了2 067个基因。2个样本的总插入缺失位点(INDEL)分别为800 388和799 603个,其中15 509和15 274个位于编码区,共5 115个差异INDEL关联到了3 682个基因,烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus)耐药蛋白N,抗病蛋白等关键基因发生变异。差异nsSNP和差异INDEL富集得到的基因本体术语(GO terms)一致。本实验结果可为上饶早梨2个品种‘六月雪’和‘黄皮消’ SNP和INDEL相关标记的开发、优异基因的挖掘提供参考。 展开更多

关键词 园艺学 上饶早梨 '六月雪’ '黄皮消’ 全基因组重测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

福建地区鸡滑液囊支原体的分离、药物敏感性及耐药株全基因组序列分析 被引量：4

6

作者 李俊 牛志强 +10 位作者 侯博 华利忠 韦艳娜 刘蓓蓓 王丽 谢星 张珍珍 熊祺琰 邵国青 李新国 冯志新 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第12期117-124,共8页

2018年自福建省疑似鸡滑液囊支原体感染病鸡中分离得到9株鸡滑液囊支原体,采用微量肉汤稀释法测定了其对9种抗菌药物的敏感性,对筛选出的多重耐药株(MS HB)进行了全基因组序列分析。结果显示,福建地区鸡滑液囊支原体临床株对泰万菌素和... 2018年自福建省疑似鸡滑液囊支原体感染病鸡中分离得到9株鸡滑液囊支原体,采用微量肉汤稀释法测定了其对9种抗菌药物的敏感性,对筛选出的多重耐药株(MS HB)进行了全基因组序列分析。结果显示,福建地区鸡滑液囊支原体临床株对泰万菌素和泰妙菌素较为敏感,对泰乐菌素、多西环素、土霉素和替米考星敏感性次之,而对氟苯尼考和恩诺沙星最不敏感。多重耐药株(MS HB)基因组大小为766081 bp;GC含量为28.02%;共注释到1464个基因,其中,包括多个毒力基因和1个耐药基因(ermQ),与敏感标准株WVU1853全基因组序列比对得出大环内酯类和氟喹诺酮类药物耐药基因的多个突变位点。研究结果丰富了对鸡滑液囊支原体流行病学的认识,并可为该地区临床治疗鸡滑液囊支原体感染的合理用药选择提供理论依据和实践指导。 展开更多

关键词 鸡滑液囊支原体 药物敏感性 全基因组测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

中央山岛“动物-环境-人”微生物菌群组成及其耐药基因分布 被引量：1

7

作者 王琳 赵格 +9 位作者 律娜 高玉斌 王娟 刘娜 黄秀梅 赵建梅 陆明哲 刘俊辉 曲志娜 王君玮 《中国动物检疫》 2025年第1期35-43,共9页

为了解自然状态下“动物-环境-人”微生物菌群结构及其耐药性,2022—2023年采集中央山岛动物、环境、人源样品共75份,应用宏基因组测序分析技术,分析3类样品的微生物菌群组成及其耐药基因分布情况。结果显示;环境和动物源样品中微生物... 为了解自然状态下“动物-环境-人”微生物菌群结构及其耐药性,2022—2023年采集中央山岛动物、环境、人源样品共75份,应用宏基因组测序分析技术,分析3类样品的微生物菌群组成及其耐药基因分布情况。结果显示;环境和动物源样品中微生物菌群物种数量较多,人源样品中菌群物种数量最少;环境源样品中微生物菌群多样性、均匀度均高于动物和人源样品。环境源样品(空气、水体、土壤和滩涂)中的菌群组成较相似,以变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌;动物和人源样品中的菌群组成较相似,以拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌;各类样品的优势菌在冬夏两季占比不同。聚类分析发现,土壤和滩涂样品的微生物群落结构最为相近,与水体、空气样品微生物群落结构较为相近,而与动物和人源样品的微生物群落结构较远。空气样品中微生物菌群耐药基因数量最多,多样性和均匀度最高;动物和人源样品的耐药基因多样性和均匀度高于水体、土壤和滩涂等环境样品。聚类分析发现,人源、动物源和空气样品间微生物菌群耐药基因距离较近,它们与水体和土壤样品距离较远。结果表明;中央山岛“动物-环境-人”微生物菌群物种丰富,不同界面组成不同,耐药基因种类和丰度各异。本研究从“动物-环境-人”的角度明晰了自然状态下中央山岛微生物菌群组成及其耐药现状,为后期深入探究细菌耐药发生,研究野鸟携带耐药菌溯源遗传演化和传播生态学机制提供了宝贵的背景信息。 展开更多

关键词 细菌耐药 微生物菌群 宏基因组测序分析 中央山岛 One Health

在线阅读 下载PDF 职称材料

间歇性次氯酸消毒对供水管路消毒效果及宏基因组二代测序分析

8

作者 周泓 高晓东 +6 位作者 王美霞 张梦珠 杨峻 庄静 许华 孙伟 史庆丰 《中国感染控制杂志》 2025年第9期1244-1249,共6页

目的 探讨间歇性次氯酸灌注消毒对供水管路的消毒效果。方法 基线采集消毒供应中心6个固定出水口的水样,进行微生物培养。引入微酸性次氯酸发生机后,以10 d为一个周期进行采样,其中,第1~3天使用次氯酸进行持续性消毒,第4~10天停用次氯... 目的 探讨间歇性次氯酸灌注消毒对供水管路的消毒效果。方法 基线采集消毒供应中心6个固定出水口的水样,进行微生物培养。引入微酸性次氯酸发生机后,以10 d为一个周期进行采样,其中,第1~3天使用次氯酸进行持续性消毒,第4~10天停用次氯酸消毒。每个周期的第1、4、7、10天对6个固定出水口进行采样,共进行3个周期。对腔镜清洗槽出水口的所有水样同时进行微生物培养和宏基因组二代测序分析。结果 水路消毒前共采集18瓶水样,10瓶水样(55.56%)的细菌数集中在10~2~10~4 CFU/mL,主要为黏鞘氨醇单胞菌和蜡样芽孢杆菌;消毒后72瓶水样仅有2瓶水样(2.78%)细菌超标。宏基因组二代测序分析显示,消毒前水样的3个最主要优势菌属为鞘氨醇单胞菌属、甲基杆菌属和罗尔斯顿菌属,严格比对序列(SMRN)值为10 000~100 000;消毒后水样最主要优势菌属为叶杆菌属、罗尔斯顿菌属、不动杆菌属、慢生根瘤菌属。PCoA分析显示,消毒前后的水样标本β多样性差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 间歇性次氯酸灌注消毒可有效清除水管路中细菌生物膜,但暂停消毒间期细菌生物膜存在恢复生长的风险,今后应加强医疗用水的监测与管理。 展开更多

关键词 间歇性消毒 生物膜 水源性细菌 宏基因组测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于基因分析的产胞外多糖乳酸菌的筛选及其体外抗氧化研究 被引量：3

9

作者 吕青遥 雷霜江 +3 位作者 包善思 陈文文 陈怡均 焦士蓉 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2022年第3期8-13,共6页

以本实验室保藏的具有降解30%以上胆固醇的15株乳酸菌为筛选源,获得高产EPS的菌株并进行基因序列比对,同时研究其EPS体外抗氧化能力,为该菌的生产应用提供基础实验数据。采用苯酚-硫酸法与DNS法测定乳酸菌所产EPS含量。对高产EPS菌株进... 以本实验室保藏的具有降解30%以上胆固醇的15株乳酸菌为筛选源,获得高产EPS的菌株并进行基因序列比对,同时研究其EPS体外抗氧化能力,为该菌的生产应用提供基础实验数据。采用苯酚-硫酸法与DNS法测定乳酸菌所产EPS含量。对高产EPS菌株进行16S rRNA测序鉴定及全基因组测序分析。通过研究乳酸菌胞外多糖对DPPH自由基和ABTS自由基清除作用、FRAP、ORAC的测定,确定其体外抗氧化活性。经16S rRNA测序表明,得到C28为乳酸片球菌,R4、R40两株菌为屎肠球菌,C60、R5、R8、R10、R24、R27、R28、R39、R43、R47、J3均为鼠李糖乳杆菌,R38为植物乳杆菌。R5、R40产EPS能力最强产量达678.01±17.44 mg/L、710.73±23.25 mg/L(R5、R40两株菌产量没有显著差异)。不同菌株EPS在DPPH体系中抗氧化能力差异显著(P<0.05),其中R4、R5最强分别为19.89±0.54、18.58±0.65Trolox当量;R47在ABTS体系中最强达190.77±9.53 mg/g Trolox当量,R5为163.78±7.64 mg/g Trolox当量;R39在ORAC体系中最强达101.40±4.20 mg/g Trolox当量,R5为68.38±7.19 mg/g Trolox当量;R5铁还原体系中能力最强,达到7.65±0.64 mg/g Trolox当量。将鼠李糖乳杆菌R5基因序列与NCBI上与产EPS有关的相关基因序列进行比对,发现鼠李糖乳杆菌R5基因中有19个与EPS产生相关的基因,R5所产EPS是荚膜类多糖。综合产EPS能力和所产EPS的抗氧化能力结果,R5具有高产EPS和抗氧化活性,并确定其产多糖基因序列,为进一步高通量筛选高产EPS菌株和构建基因工程菌提供前期的实验基础。 展开更多

关键词 乳酸菌 EPS 抗氧化 全基因组测序分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

欧洲型PRRSVGD2023株的全长基因序列测定与分析

10

作者 王紫荷 吕丁丁 +5 位作者 闫才杰 韩峰 李铎 李玉博 孙刘妹 张振东 《动物医学进展》 2025年第11期17-24,共8页

为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒1(PRRSV 1)的遗传变异与演化情况,试验使用分段引物对广东省一规模化猪场PRRSV 1的强阳性样品进行全长基因组的扩增、测序与拼接,并与国内外常见参考毒株进行了同源性比对及遗传演化分析。结果表明,GD2... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒1(PRRSV 1)的遗传变异与演化情况,试验使用分段引物对广东省一规模化猪场PRRSV 1的强阳性样品进行全长基因组的扩增、测序与拼接,并与国内外常见参考毒株进行了同源性比对及遗传演化分析。结果表明,GD2023全长基因组为14979 bp(不含poly A),与PRRSV 1及PRRSV 2经典毒株LV、VR2332核苷酸同源性分别为86.7%、60.6%,全长核苷酸遗传进化树分析显示与国内外PRRSV 1毒株处于大的分支,表明GD2023属于PRRSV 1。ORF5遗传进化树分析显示GD2023与PRRSV 1变异株Lena处于同一分支,与SL-01亲缘关系最近。对nsp2与GP5进行氨基酸序列比对分析,结果发现nsp2存在43个氨基酸的缺失(aa289、aa320-360和aa420),缺失模式为1+41+1;GP5蛋白的信号肽、潜在糖基化位点及中和表位均存在不同程度的变异。重组分析显示GD2023未发生任何重组。说明国内PRRSV 1正在发生不同程度的变异与演化,临床上需加强对该类型毒株的关注与监测。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 欧洲型 全基因组测序与分析 遗传与演化 阅读框5

在线阅读 下载PDF 职称材料

大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因分布特征及其影响因素 被引量：2

11

作者 黄薇 刘洋 +4 位作者 饶秋华 罗钦 王为刚 宋永康 罗土炎 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期197-208,共12页

为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用... 为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用化学分析技术和高通量测序技术对沉积物中的环境因子以及微生物群落结构进行分析,以进一步对ARGs与环境因子以及微生物群落结构的相关性进行研究。结果显示:大黄鱼养殖海域沉积物中共检出781个ARGs亚型,分属于38种抗生素抗性类型;不同站点的优势ARGs抗生素抗性类型基本一致,主要为四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类,引起细菌耐药性的主要机制为外排泵。进一步相关性分析结果显示,除PNGM-1与电导率和TN呈显著正相关(P<0.05)外,其余丰度前20的ARGs均与环境因子相关性不显著(P>0.05);而丰度前20的ARGs均与丰度前20的菌属呈显著或极显著相关关系(P<0.05或P<0.01)。研究表明,大黄鱼养殖海域沉积物中含有丰富的ARGs,微生物群落是影响沉积物中ARGs分布的重要因素。 展开更多

关键词 抗生素抗性基因 宏基因组测序分析技术 大黄鱼养殖海域 沉积物 微生物群落

在线阅读 下载PDF 职称材料