基于B/S结构的胡杨转化基因组数据库管理信息系统研建分析

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作者 石焱 梁宝君 +2 位作者 周婧 陈加飞 戴慧 《林业资源管理》 北大核心 2014年第4期125-130,共6页

基于B/S体系三层结构实现了胡杨转化基因组数据库管理系统,系统使用SQL数据库提供基因数据管理和查询功能。数据库管理采用在线方式及时、有效地管理数据库。对实现分子育种方法,培育高抗、优质林木新品种提供数据管理,可为研究人员提... 基于B/S体系三层结构实现了胡杨转化基因组数据库管理系统,系统使用SQL数据库提供基因数据管理和查询功能。数据库管理采用在线方式及时、有效地管理数据库。对实现分子育种方法,培育高抗、优质林木新品种提供数据管理,可为研究人员提供信息服务,并对相关数据库的建设有借鉴作用。 展开更多

关键词 胡杨 转化基因组数据库 B/S体系 信息管理

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基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发 被引量：7

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作者 朱国忠 戴伟民 +2 位作者 陈晓锋 张晶旭 强胜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期240-247,共8页

[目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题,分子标记技术是最重要的研究手段之一。由于已经应用的分子标记数量有限,与栽培水稻缺乏特异性,因此探索新的分子标记仍然十分必要。[方法]使用网络基因组数据库中13份栽培水稻和野生... [目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题,分子标记技术是最重要的研究手段之一。由于已经应用的分子标记数量有限,与栽培水稻缺乏特异性,因此探索新的分子标记仍然十分必要。[方法]使用网络基因组数据库中13份栽培水稻和野生稻叶绿体全基因组序列进行比对和分析,针对其中的高频变异区域设计标记引物,进而对60份杂草稻样品的标记区域测序并进行多态性验证。[结果]13份样品叶绿体全基因组中存在1020个单核苷酸多态性(SNP)位点,111个插入/缺失(InDel)位点,表现出丰富的遗传变异;选定其中3个高频变异区域,分别针对trnG-trnfM基因间区、psbM-trnC基因间区和trnT-trnL基因间区设计了3对引物,对60份杂草稻材料进行了检测,发现3个片段总长1966bp,共存在7个SNP位点,6个InDel位点,总变异序列长度为34bp,占序列总长的1.73%。系统发育树结果显示,60份杂草稻被划分为4个类群。另外,将网络数据库中的13份栽培水稻和野生稻数据进行分析,发现不同栽培稻和野生稻的籼粳类型分别被聚到杂草稻的相应类群中。[结论]所开发的3对叶绿体分子标记可以对上述杂草稻进行良好的分类,因此可以作为研究杂草稻遗传多样性及演化的分子标记。 展开更多

关键词 杂草稻 基因组数据库 叶绿体基因 分子标记

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HUGO伦理委员会关于人类基因组数据库的声明

3

作者 梁立智 《中国医学伦理学》 2003年第4期64-64,共1页

关键词 HUGO伦理委员会 人类基因组数据库 公众参与 社会服务 公平分配

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美国小鼠基因组数据库中国镜像站开通

4

作者 张爱民 汤家铭 《畜牧兽医科技信息》 2001年第10期18-18,共1页

美国Jackson实验室小鼠基因组数据库(Mouse Genome Database,MGD)中国镜象站已于2001年8月中旬开通。2001年初,上海转基因研究中心与美国Jackson实验室代表在北京正式签署协议,在上海建立MGD中国镜像站。Jackson实验室还宣布今后将不再... 美国Jackson实验室小鼠基因组数据库(Mouse Genome Database,MGD)中国镜象站已于2001年8月中旬开通。2001年初,上海转基因研究中心与美国Jackson实验室代表在北京正式签署协议,在上海建立MGD中国镜像站。Jackson实验室还宣布今后将不再增加新的镜像站。目前,MGD中国镜像站已由上海转基因研究中心和同济大学医学院合作建成并提供In- 展开更多

关键词 基因组数据库 小鼠 转基因 实验室 遗传图谱 功能基因组学 研究中心 站开 遗传标记 物理图谱

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科学家搭建全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库

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《农业科技与信息》 2021年第11期71-71,共1页

中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可... 中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。 展开更多

关键词 中国农业科学院 黄萎病菌 植物保护研究 基因组数据库 戴维斯分校 基因组研究 菌种资源 可视化展示

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全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库正式上线

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《农业科技与信息》 2021年第4期100-100,共1页

中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可... 中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。 展开更多

关键词 中国农业科学院 黄萎病菌 植物保护研究 基因组数据库 戴维斯分校 基因组研究 菌种资源 可视化展示

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农作物基因组学数据库研究进展

7

作者 谢梓明 聂笑一 《农业装备与车辆工程》 2025年第3期151-156,共6页

高通量测序技术的发展加速了关键作物(如水稻、玉米、大豆和棉花)的全基因组测序,并推动了基因组与表型数据的综合分析。目前科研关注点在于基因型-表现型关联解析,而现有基因组数据库在数据整合和多平台兼容性上仍显不足,制约了其对基... 高通量测序技术的发展加速了关键作物(如水稻、玉米、大豆和棉花)的全基因组测序,并推动了基因组与表型数据的综合分析。目前科研关注点在于基因型-表现型关联解析,而现有基因组数据库在数据整合和多平台兼容性上仍显不足,制约了其对基因组选择和作物遗传改良的支持作用。因此,简要概述了国内外农作物基因组数据库的现状,重点分析了数据库建设中的关键工具以及应用,并对未来数据库的发展方向和存在的问题进行了展望。认为应加速多作物基因组数据库的建设,推动信息共享平台的建立,提升数据精确度,推进精准育种。 展开更多

关键词 农作物基因组 基因组数据库 生物信息工具

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昆虫基因组及数据库研究进展 被引量：11

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作者 尹传林 李美珍 +4 位作者 贺康 丁思敏 郭殿豪 席羽 李飞 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期1-18,共18页

基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基... 基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基因组拼接的有215种,具有基因注释的有65种,公开发表的昆虫基因组有43篇。本文综述了测序技术发展的历史及其对昆虫基因组研究的推动作用、昆虫基因组的组装和注释及其存在的问题、昆虫基因组测序进展、昆虫基因组数据库的发展及基因数据挖掘利用的基本思路和对策,以及昆虫基因大数据在害虫防治和资源昆虫利用中的应用前景。 展开更多

关键词 昆虫基因组 组装与注释 数据挖掘与分析 基因组数据库 害虫防治 资源昆虫利用

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应用比较毒理基因组学数据库解析尼泊金酯毒理学通路 被引量：12

9

作者 张纪亮 王力军 +4 位作者 谢嘉 洪美玲 丁利 李二超 刁晓平 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期98-107,共10页

尼泊金酯被广泛用于化妆品、食品以及药物保存的防腐剂,其对生态和人类健康的影响备受关注。目前,比较毒理基因组学数据库已发展成为重要的毒理信息学资源。因此,本研究应用该数据库,通过手动策划,分析了5种常见尼泊金酯影响的潜在基因... 尼泊金酯被广泛用于化妆品、食品以及药物保存的防腐剂,其对生态和人类健康的影响备受关注。目前,比较毒理基因组学数据库已发展成为重要的毒理信息学资源。因此,本研究应用该数据库,通过手动策划,分析了5种常见尼泊金酯影响的潜在基因和通路。结果表明,尼泊金酯共同影响基因主要是雌激素受体以及与脂代谢相关基因;核受体机制,特别是对雌激素受体的干扰作用可能是所有尼泊金酯重要的毒性机制。通过对相关基因分析,尼泊金酯类除了通过性激素受体介导生殖毒性外,还可能影响激素的合成与转运;尼泊金酯类对脂代谢的影响主要表现为对脂肪分化与脂肪因子分泌相关基因的影响。KEGG通路富集分析中,发现大量与生殖相关通路,主要包括两大类:一类与生殖相关激素的合成、分泌及活性有关;另一类则主要与卵巢发育有关。另外,还发现了大量与神经突触信号传递、突触导向、突触可塑性以及神经网络形成等相关的通路,主要与尼泊金丁酯和尼泊金丙酯有关。尽管在尼泊金酯的生殖毒性方面已经开展了大量研究,但尼泊金酯对神经-行为学影响的数据资料还较少,特别是动物实验数据,亟需在该方面开展大量研究,进而对尼泊金酯进行更加全面的生态和健康风险评估。 展开更多

关键词 尼泊金酯 比较毒理基因组学数据库 综合毒性 毒性机制

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病毒基因组测序资源的数据开放建设及其伦理问题研究 被引量：1

10

作者 刘长君 《医学与哲学》 北大核心 2024年第22期1-6,共6页

在大流行性风险下,充分实现病毒基因组序列信息的开放共享是维护国际公共卫生安全的重要前提。国际社会关于病毒基因信息的开放体制主要基于效用、尊重、互惠、共济的伦理期望,在实践中体现为数据贡献者与数据用户之间非正式的、基于部... 在大流行性风险下,充分实现病毒基因组序列信息的开放共享是维护国际公共卫生安全的重要前提。国际社会关于病毒基因信息的开放体制主要基于效用、尊重、互惠、共济的伦理期望,在实践中体现为数据贡献者与数据用户之间非正式的、基于部分信任的共享政策。通过梳理现有病毒基因组序列跨国开放体制的运行模式,分析了体制在“科学礼仪”、互惠共济失衡、技术效用失能等方面的伦理困境,并提出了完善开放体制的观念引领、贯彻惠益共享的共同责任、构建稳定的制度执行机制、缩减技术落差及扩大信息共享惠益共济的治理对策。 展开更多

关键词 病原生物 基因组数据库 数据共享 公共卫生伦理

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网上生物信息学数据库资源 被引量：33

11

作者 万跃华 何立民 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2002年第4期497-512,共16页

大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据... 大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进行了讨论 ,指出生物信息学将是一次国际性的科学大协作 ,也是我国生命科学振兴的一个新契机。 展开更多

关键词 生物信息学 网络信息资源 基因组数据库 结构数据库 核酸数据库 蛋白质数据库 序列数据库 生命科学

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癌症 TCGA 数据库中乳腺癌预后数据的挖掘 被引量：3

12

作者 Mian Khizar Hayat 王铭裕 李硕磊 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期62-66,共5页

近年来,乳腺癌发病率逐渐上升,并且呈现出年轻化趋势。使用TCGA数据库中已有的基因信息筛选鉴定出与乳腺癌预后相关的基因。为排除癌组织和正常组织取样时间不同造成的差异,我们选取了113对同时检测乳腺癌区和其相对应癌旁正常组织的样... 近年来,乳腺癌发病率逐渐上升,并且呈现出年轻化趋势。使用TCGA数据库中已有的基因信息筛选鉴定出与乳腺癌预后相关的基因。为排除癌组织和正常组织取样时间不同造成的差异,我们选取了113对同时检测乳腺癌区和其相对应癌旁正常组织的样品,从TCGA数据库调取转录组数据,对这些数据通过DEseq进行差异表达分析,筛选出1428个差异表达基因。对差异表达基因进行基因本体GO,代谢通路KEGG,疾病本体DO和富集分析获得68个与乳腺癌相关的差异表达的关键基因;采用数据库中所用癌症的表达数据(共1097例)对这些乳腺癌相关基因进行总生存率分析,筛选出8个与乳腺癌预后相关的基因。结果显示在乳腺癌病人中PGLYRP2、SEMA3G、PROL1及SLC7A3的高表达伴随着乳腺癌病人的预后良好,而SKA1、BIRC5、RRM2和AURKA基因的高表达伴随着乳腺癌病人的预后不良。这8个基因有可能是乳腺癌预后相关的重要基因,这为乳腺癌病人的预后治疗提供了新的方向与思路,并可能通过调控基因水平来尽可能地控制预后。 展开更多

关键词 癌症基因组图谱数据库 乳腺癌 差异表达基因 预后

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基于转录组分析CSFV感染猪睾丸支持细胞对屏障功能相关基因的影响

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作者 马尧丹 俞晖 +4 位作者 陈海恩 杨阳开心 葛书君 吴江 康恺 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期22-32,共11页

为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对... 为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析并筛选血睾屏障相关DEGs,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)、WB和IIF对DEGs进行验证。结果显示,CSFV感染24和48 h后,ST细胞均表达了E2蛋白;与Control 24 h相比,CSFV 24 h的ST细胞共鉴定出86个显著差异DEGs(P <0.05);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的ST细胞共鉴定出1 481个显著差异DEGs(P <0.05)。DEGs极显著富集在27个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能(P <0.01);极显著富集的KEGG信号通路主要包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等(P <0.01)。DEGs的qPCR验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的CLDN11、H2AFX和CDH2表达量极其或极显著上调(P<0.001或P <0.01),TJP1、OCLN和GJA1表达量显著下调(P <0.05);与Control48 h相比,CSFV 48 h的FASLG、TGFB1、IL-6和H2AFX表达量极其或极显著上调(P <0.001或P <0.01),TJP1、OCLN、GJA1、CLDN11和CDH2表达量极显著下调(P <0.01)。差异表达蛋白WB验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的TJP1、CLDN11和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01),CLDN11蛋白表达量极其显著上调(P <0.001);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1、CLDN11、OCLN和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01)。IIF结果显示,与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1蛋白相对荧光面积极显著下调(P <0.01),CLDN11、OCLN和GJA1蛋白相对荧光面积显著下调(P <0.05)。以上验证结果与转录组测序结果基本一致。结果表明,CSFV感染24和48 h均会影响ST细胞屏障功能相关基因的表达,本试验为进一步探究CSFV对ST细胞屏障的影响机制提供了数据支持。 展开更多

关键词 猪瘟病毒(CSFV) 猪睾丸支持细胞 mRNA差异表达 基因本体论(GO)功能注释 京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析

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中外科学家成功绘制达尔文雀基因组图谱

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《中国家禽》 北大核心 2012年第19期69-69,共1页

“万种脊椎动物基因组汁划”（G10K）联盟和华大基因近日联合宣布，勇地雀基因组图谱绘制完成。这是双方合作完成的首个可在UCSC基因组数据库中获取的脊椎动物基因组。专家表示，达尔文雀的表型多样性是达尔文进化论的典型例子。本研究... “万种脊椎动物基因组汁划”（G10K）联盟和华大基因近日联合宣布，勇地雀基因组图谱绘制完成。这是双方合作完成的首个可在UCSC基因组数据库中获取的脊椎动物基因组。专家表示，达尔文雀的表型多样性是达尔文进化论的典型例子。本研究将有助于对生活在同一岛屿上的具有丰富遗传多样性的近缘物种基因组进行研究，了解这些物种的遗传学和性状进化机制。 展开更多

关键词 达尔文进化论 基因组图谱 科学家 动物基因组 基因组数据库 近缘物种 表型多样性 遗传多样性

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福建农林大学破译龙眼基因组

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《生物学教学》 北大核心 2017年第9期80-80,共1页

据2017年4月13日《科技日报》报道，福建农林大学赖钟雄科研团队与深圳华大基因研究院、沃森基因组科学研究院、澳大利亚西澳大学等合作，在华大基因大数据期刊《干兆科学》（Giga Science）发表论文，首次在国际上公布了无患子科植物... 据2017年4月13日《科技日报》报道，福建农林大学赖钟雄科研团队与深圳华大基因研究院、沃森基因组科学研究院、澳大利亚西澳大学等合作，在华大基因大数据期刊《干兆科学》（Giga Science）发表论文，首次在国际上公布了无患子科植物的第一个全基因组数据库——龙眼全基因组数据库。 展开更多

关键词 基因组数据库 福建农林大学 龙眼 科学研究院 破译 《科技日报》 科研团队 澳大利亚

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西南大学“家蚕基因组的功能研究”项目荣获2015年度国家自然科学二等奖

16

作者 默铧 《北方蚕业》 2016年第1期49-49,共1页

2016年1月8日上午,中共中央、国务院在人民大会堂隆重举行国家科学技术奖励大会,揭晓2015年度国家科学技术奖评选结果。西南大学夏庆友教授主持的＂家蚕基因组的功能研究＂项目获国家自然科学二等奖。夏庆友教授课题组的《家蚕基因组的... 2016年1月8日上午,中共中央、国务院在人民大会堂隆重举行国家科学技术奖励大会,揭晓2015年度国家科学技术奖评选结果。西南大学夏庆友教授主持的＂家蚕基因组的功能研究＂项目获国家自然科学二等奖。夏庆友教授课题组的《家蚕基因组的功能研究》是针对我国蚕业科学重大问题,在激烈的国际竞争形势下取得的原创性研究成果。 展开更多

关键词 西南大学 基因组计划 科学技术奖励 蚕业科学 庆友 分子免疫 基因组数据库 蚕品种 性别决定 编辑系统

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中外科学家成功绘制达尔文勇地雀基因组图谱

17

《生物学教学》 2013年第2期76-76,共1页

据2012年8月26日《科技日报》报道，“万种脊椎动物基因组计划”（G10K）联盟和华大基因近日联合宣布，勇地雀基因组图谱绘制完成。这是双方合作完成的首个可在UCSC基因组数据库中获取的脊椎动物基因组。本研究将有助于对生活在同一岛... 据2012年8月26日《科技日报》报道，“万种脊椎动物基因组计划”（G10K）联盟和华大基因近日联合宣布，勇地雀基因组图谱绘制完成。这是双方合作完成的首个可在UCSC基因组数据库中获取的脊椎动物基因组。本研究将有助于对生活在同一岛屿上的具有丰富遗传多样性的近缘物种基因组研究，也有助于阐明它们的的遗传学和性状进化机制。 展开更多

关键词 基因组图谱 达尔文 科学家 《科技日报》 基因组数据库 脊椎动物 基因组计划 动物基因组

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“家蚕基因组的功能研究”成果获2015年度国家自然科学二等奖

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《蚕学通讯》 2016年第1期30-30,共1页

2016年1月8日上午,中共中央、国务院在人民大会堂隆重举行国家科学技术奖励大会,揭晓2015年度国家科学技术奖评选结果。西南大学夏庆友教授主持的＂家蚕基因组的功能研究＂项目获国家自然科学二等奖,是西南大学组建以来继2013年获得首... 2016年1月8日上午,中共中央、国务院在人民大会堂隆重举行国家科学技术奖励大会,揭晓2015年度国家科学技术奖评选结果。西南大学夏庆友教授主持的＂家蚕基因组的功能研究＂项目获国家自然科学二等奖,是西南大学组建以来继2013年获得首个国家奖后,在国家科技奖励方面取得的又一重大突破。 展开更多

关键词 国家科技奖励 基因组计划 西南大学 蚕业科学 庆友 分子免疫 国家自然科学奖 国际竞争 基因组数据库 创新团队

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海洋贝类功能基因的研究进展 被引量：4

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作者 周小龙 郑云云 +1 位作者 董迎辉 林志华 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期99-107,共9页

本世纪初人类基因组序列图谱的完成从分子水平上揭示了DNA内部结构和遗传机制的本质，极大地推动了生命科学的发展，同时也使人们意识到基因资源的巨大科研和商业价值。在此后的10年间，基因组测序及分析技术取得了一系列重大突破，大... 本世纪初人类基因组序列图谱的完成从分子水平上揭示了DNA内部结构和遗传机制的本质，极大地推动了生命科学的发展，同时也使人们意识到基因资源的巨大科研和商业价值。在此后的10年间，基因组测序及分析技术取得了一系列重大突破，大量模式生物基因组数据库相继发布，生物信息量呈爆发式增长。 展开更多

关键词 功能基因 海洋贝类 人类基因组序列 基因组数据库 模式生物 基因组测序 遗传机制 内部结构

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微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析 被引量：2

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作者 林瑶 林春霖 +3 位作者 王琴 张彬 王少瑜 朱广伟 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期430-437,共8页

目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选... 目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)的功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,筛选枢纽基因,并结合临床数据进行生存分析。结果果:2个数据库共有的DEGs为226个,其中上调的为170个,下调的为56个。GO富集分析,上述DEGs主要与细胞核分裂、细胞器分裂、有丝分裂和DNA酶活性催化等有关联。KEGG通路分析,这些DEGs主要富集在细胞周期、DNA复制和p53信号通路等。生存分析,微小染色体蛋白(MCMs)家族基因中MCM2、MCM5和MCM6与染色体结构维持蛋白4 (SMC4)基因均在肿瘤组织中高表达,且与宫颈鳞癌患者预后有关联(P <0.05),其中表达上调的MCM2、MCM5和MCM6基因可延长宫颈鳞癌患者的生存时间,属于抑癌基因;而SMC4则缩短患者的生存时间,为促癌基因。结论:MCM2、MCM5和MCM6作为抑癌基因抑制宫颈癌的进展,而SMC4作为促癌基因促进宫颈鳞癌的进展。 展开更多

关键词 宫颈鳞状细胞癌 癌症基因组图谱数据库 高通量基因表达数据库 生物信息学分析

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