猪II型圆环病毒全基因组序列分析及其ORF1和ORF2基因的克隆与表达 被引量：16

1

作者 韩凌霞 陈艳 +3 位作者 崔尚金 王云峰 仇华吉 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期10-13,共4页

猪II型圆环病毒(PCV＿2)的2个主要开放阅读框ORF1和ORF2分别编码病毒的复制酶Rep和结构蛋白Cap。本试验将分离株L株病毒感染PK15细胞系,提取总DNA并以其为模板,通过PCR分别扩增了全病毒基因组、完整的Rep和Cap基因,并克隆到pMD18T载体中... 猪II型圆环病毒(PCV＿2)的2个主要开放阅读框ORF1和ORF2分别编码病毒的复制酶Rep和结构蛋白Cap。本试验将分离株L株病毒感染PK15细胞系,提取总DNA并以其为模板,通过PCR分别扩增了全病毒基因组、完整的Rep和Cap基因,并克隆到pMD18T载体中,进行了序列测定。将Rep和Cap基因亚克隆到大肠杆菌表达载体pPROEXTMHT中,以融合蛋白的形式表达了这两种蛋白。根据文献报道,致病性的PCV＿2与无致病性的PCV1的型特异性抗原决定簇主要位于Cap基因的羧基端部分,本实验利用原核表达载体pGEX＿6p＿1融合表达了Cap基因羧基端423bp的片段。通过薄层扫描各重组菌诱导表达产物的SDS＿PAGE结果,重组质粒pPRO＿Cap和pPRO＿Rep以及pGEX＿ΔCap的外源基因表达量分别占总菌体总蛋白的15.1%、30.4%和19.6%。将表达的三种蛋白作为抗原,通过酶联免疫吸附试验分别与PCV＿2阳性猪血清和SPF猪血清进行了反应,pGEX＿ΔCap表达的蛋白(Cap蛋白的羧基端部分)抗原反应性最强,这表明截短的Cap蛋白羧基端部分将是一个良好的诊断PCV＿2感染用候选抗原。 展开更多

关键词 PCV-2 诊断抗原 猪II型圆环病毒 全基因组序列分析 ORFl基因 ORF2基因 基因克隆 基因表达

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猪流行性腹泻病毒变异株(CH/YNKM-8/2013)的分离鉴定和全基因组序列分析 被引量：7

2

作者 吴美洲 陈芳洲 +3 位作者 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期93-99,共7页

为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序... 为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序列(GenBank登录号为KF761675.1)。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9bp,包括15bp的插入和6bp的缺失,表明CH/YNKM-8/2013为变异毒株。同源性分析显示,该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近,相似性为99.6%,与韩国毒株KNU-1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%,而与CV777疫苗毒株的相似性较低,为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近,而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。 展开更多

关键词 猪流行性腹泻病毒 变异毒株 分离 鉴定 全基因组序列分析

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蛋鸡J亚群禽白血病病毒SD1009分离株的分离鉴定及全基因组序列分析 被引量：2

3

作者 王琦 王永强 +7 位作者 康忠惠 高玉龙 潘伟 李久宽 秦立廷 祁小乐 高宏雷 王笑梅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期593-597,共5页

为分析我国J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株的进化关系,本研究将山东省某鸡场采集的蛋鸡病料样品接种DF-1细胞系,利用ELISA群特异性抗原检测以及亚群特异性间接免疫荧光方法,分离鉴定得到一株ALV-J,命名为SD1009,并对其进行全基因... 为分析我国J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株的进化关系,本研究将山东省某鸡场采集的蛋鸡病料样品接种DF-1细胞系,利用ELISA群特异性抗原检测以及亚群特异性间接免疫荧光方法,分离鉴定得到一株ALV-J,命名为SD1009,并对其进行全基因组测序,将该序列与其他ALV-J代表性病毒株序列进行比较。结果表明:SD1009分离株的gag和pol基因相对保守,与各参考病毒株的同源性为95%～99%,env基因的同源性为91%～95%;在其5'UTR中出现了连续19 bp的插入突变,与TW-3577、SDAU09C3、JS09GY6、JS09GY3蛋鸡分离株的5'UTR基本一致,提示19 bp的插入现象可能是近年来蛋鸡ALV-J的进化趋势;此外,其3'UTR的rTM和DR区出现部分缺失现象,该缺失部分也可能与ALV-J进化相关。 展开更多

关键词 J亚群禽白血病病毒 蛋鸡 分离鉴定 全基因组序列分析

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青岛烟草番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定与全基因组序列分析 被引量：1

4

作者 张俊 李伟 +4 位作者 张静 申莉莉 王凤龙 章松柏 杨金广 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第18期50-53,共4页

2016年6月从青岛即墨市中国农业科学院烟草研究所试验基地采集疑似感染番茄黄化曲叶病毒的烟叶样品。提取病叶总DNA,使用双生病毒(Geminivirus)通用引物PA/PB对样品进行PCR扩增和测序,感病叶片DNA仅检测出番茄黄化曲叶病毒(tomato yello... 2016年6月从青岛即墨市中国农业科学院烟草研究所试验基地采集疑似感染番茄黄化曲叶病毒的烟叶样品。提取病叶总DNA,使用双生病毒(Geminivirus)通用引物PA/PB对样品进行PCR扩增和测序,感病叶片DNA仅检测出番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,简称TYLCV);根据测定的部分序列片段,设计了1对全长序列背向引物,对其基因组全长进行克隆测定。结果显示,该病毒核酸为单链环状DNA,基因组为单一组分DNA-A,经过分子比对和系统进化树分析发现,TYLCV-SDQDJM(Gen Bank:KY640456)与山东省潍坊市番茄分离物TYLCV、山东省泰安市番茄分离物TYLCV同源性最高为99%,与已经报道的其他地区TYLCV分离物同源性均在97%以上,因此确定从青岛即墨市采集的烟草矮化病毒症状烟株是由TYLCV侵染所致;同时采集了发病植株以及周边蔬菜保护地部分蔬菜上的烟粉虱成虫进行检测,其中15.0%的烟粉虱样品检出番茄黄化曲叶病毒,因此明确了侵染该地区烟草的番茄黄化曲叶病毒是由带毒烟粉虱传播的。 展开更多

关键词 番茄黄化曲叶病毒 烟草 烟粉虱 分子鉴定 全基因组序列分析

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啤酒花潜隐病毒新疆分离物的全基因组序列分析 被引量：1

5

作者 许慧敏 张燕玲 +2 位作者 王晓燕 林艳虹 刘升学 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 2012年第3期313-316,共4页

对新疆啤酒花上获得的HpLV分离物HpLV-XJ进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示:HpLV-XJ的全基因组序列为8612个核苷酸(nt)(不包括poly A),含有6个开放阅读框(ORF),分别编码224 kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、11 kDa(ORF3)、7 kDa(ORF4)... 对新疆啤酒花上获得的HpLV分离物HpLV-XJ进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示:HpLV-XJ的全基因组序列为8612个核苷酸(nt)(不包括poly A),含有6个开放阅读框(ORF),分别编码224 kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、11 kDa(ORF3)、7 kDa(ORF4)、34 kDa(ORF5)、和12 kDa(ORF6)蛋白。序列相似性分析结果表明,HpLV-XJ与HpLV(GenBank:AB032469)序列相似性达98.5%,6个开放阅读框的核苷酸序列相似性分别为98.3%、99.0%、97.6%、96.7%、99.5%和98.4%;由此推导的氨基酸序列相似性分别为98.6%、98.7%、97.2%、95.0%、99.4%和98.1%,各个基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸之间存在着一定的差异。 展开更多

关键词 啤酒花潜隐病毒 基因组序列分析 新疆

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不同基因型禽Ⅰ型副粘病毒致病性及全基因组序列分析

6

作者 傅光华 刘友生 +6 位作者 黄瑜 程龙飞 施少华 陈红梅 万春和 林芳 林建生 《福建农业学报》 CAS 2011年第5期691-696,共6页

为了解当前流行于鸭群的禽I型副粘病毒的致病性和分子特征,测定分析了两株病毒对不同动物的致病性、病毒的遗传进化地位及其全基因组序列。结果表明,所分离的两株病毒中,M4毒株与疫苗Ulster株同源性最高,为基因I型,基因组全长15 186nt,P... 为了解当前流行于鸭群的禽I型副粘病毒的致病性和分子特征,测定分析了两株病毒对不同动物的致病性、病毒的遗传进化地位及其全基因组序列。结果表明,所分离的两株病毒中,M4毒株与疫苗Ulster株同源性最高,为基因I型,基因组全长15 186nt,PX2/03毒株则与近来分离自水禽的FP1/02等高致病分离株的同源性最高,为基因VIII型,基因组全长15 192nt。尽管两株病毒间的基因组核苷酸同源性很高,为92.3%,但二者致病性差异明显,毒株M4感染SPF鸡和鸭均未引起明显发病症状,而PX2/03毒株对1日龄雏鸡、6周龄SPF鸡及不同品种的雏鸭都表现出高致病性。另外,动物感染试验表明,尽管PX2/03毒株对3种鸭的致死性差异不明显,番鸭较半番鸭及樱桃谷鸭对PX2/03毒株更易感。 展开更多

关键词 基因型 鸭源 禽Ⅰ型副粘病毒 基因组序列分析

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一株山羊源2型溶血性曼氏杆菌的分离鉴定及全基因组序列分析 被引量：6

7

作者 芦彪 张保海 +5 位作者 罗梓丹 姚学萍 王印 杨泽晓 罗燕 曹随忠 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期623-630,699,共9页

【目的】分离鉴定四川某规模化山羊场引起山羊大规模呼吸道疾病和死亡的病原菌,并分析其致病和耐药机制。【方法】将病原分离纯化后,依次进行生化试验、小鼠致病性试验、药敏试验、16S rRNA序列分析及荚膜血清分型,并通过全基因组测序... 【目的】分离鉴定四川某规模化山羊场引起山羊大规模呼吸道疾病和死亡的病原菌,并分析其致病和耐药机制。【方法】将病原分离纯化后,依次进行生化试验、小鼠致病性试验、药敏试验、16S rRNA序列分析及荚膜血清分型,并通过全基因组测序对分离菌株进行物种分型以及基因功能分析。【结果】从病死山羊鼻液、气管、肺脏和肝脏中分离出同一种菌,经鉴定为荚膜血清2型的溶血性曼氏杆菌,命名为MHLB002;对小鼠的LD50值为4.4×10^(7) CFU/mL;药敏试验结果表明:该溶血性曼氏杆菌对头孢类、β-内酰胺类、磺胺类和喹诺酮类药物敏感,对部分大环内酯类和氨基糖苷类药物耐药;全基因组序列分析显示该菌基因组大小为2580488 bp,序列类型为ST-43,与MH1475菌株同源性最近,且2菌株基因组ANI值达98.60%;MHLB002菌株全基因组中共有19个ORF编码与致病性相关的基因,9个ORF编码耐药基因。【结论】本试验所分离出的荚膜血清2型溶血性曼氏杆菌,是引起该养殖场山羊大规模呼吸道疾病和死亡的致病菌,同时为预防和治疗山羊溶血性曼氏杆菌病提供理论依据。 展开更多

关键词 山羊 溶血性曼氏杆菌 全基因组序列分析 致病性 药敏试验

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进口白羽肉种鸡J亚群禽白血病病毒的全基因组序列分析 被引量：6

8

作者 马美哥 于蒙蒙 +11 位作者 许传田 黄庆华 孟照洁 王素艳 邢立晓 常方方 刘长军 祁小乐 王永强 孙延鸣 王笑梅 高玉龙 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期750-754,共5页

为研究引起我国部分地区进口白羽肉种鸡发生禽白血病疫情的病毒来源及其变异趋势,本研究对从进口白羽肉种鸡分离的8株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的全基因组序列进行测序分析。8株ALV-Jgp85氨基酸遗传演化分析显示,其与ALV-J肉鸡分离株(包... 为研究引起我国部分地区进口白羽肉种鸡发生禽白血病疫情的病毒来源及其变异趋势,本研究对从进口白羽肉种鸡分离的8株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的全基因组序列进行测序分析。8株ALV-Jgp85氨基酸遗传演化分析显示,其与ALV-J肉鸡分离株(包括ALV-J原型病毒株HPRS-103、美国肉鸡ALV-J分离株、国内肉鸡分离株)及蛋鸡分离株氨基酸序列同源性均低于92.5%,而与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2同源性较高,为93.5%~95.1%,处于同一分支。8株ALV-J的3'非编码区(3'UTR)在rTM区缺失203bp,DR-1区缺失7bp,E元件位置缺失125bp,仅保留了22个碱基,这一缺失特征与GD14J2一致。8株ALV-J的3'LTRU3区序列与ALV-J肉鸡分离株及蛋鸡分离株的相应基因序列同源性均低于91.5%,而与GD14J2病毒株的同源性较高,为94.3%~96.3%。序列分析发现U3区存在连续11bp缺失和164位碱基突变(C/T),该突变形成2个新的转录调控元件AIBREP1、AIBREP2。综合gp85、3'UTR和U3区序列特征,推测引起本次进口白羽肉种鸡禽白血病的ALV-J与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2为同一来源。但本次分离到的ALV-J病毒株也有新的变异趋势,这些变异是否与ALV-J致病性相关,还需进一步研究。本研究为ALV-J有效防控和净化提供数据支持。 展开更多

关键词 进口肉种鸡 禽白血病 J亚群禽白血病病毒 全基因组序列分析

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1株林麝源绿脓杆菌的分离鉴定及全基因组序列分析 被引量：9

9

作者 贺健 邢小勇 +5 位作者 武小椿 温峰琴 张阳阳 张生英 刘佳 包世俊 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2569-2578,共10页

旨在确定甘肃省天水市某林麝养殖场致死林麝的病原菌,并开展其致病性和耐药性研究及全基因组序列分析。采集病死林麝肺,通过细菌的分离纯化、生化鉴定和16S rRNA基因序列分析,对分离菌进行鉴定;随后对其致病性和药物敏感性进行分析,并... 旨在确定甘肃省天水市某林麝养殖场致死林麝的病原菌,并开展其致病性和耐药性研究及全基因组序列分析。采集病死林麝肺,通过细菌的分离纯化、生化鉴定和16S rRNA基因序列分析,对分离菌进行鉴定;随后对其致病性和药物敏感性进行分析,并在分离菌全基因组测序的基础上,对分离菌全基因组序列进行组装和注释,对毒力基因toxA和exoT进行遗传进化分析。结果表明,从病死林麝肺中分离到一株绿脓杆菌,命名为TS2019。致病性试验测得分离菌对小鼠的LD_(50)为2.82×10^(7)CFU·mL^(-1);药敏试验结果表明,TS2019具有多重耐药性,但对环丙沙星、洛美沙星等药物敏感。基因组测序表明,TS2019基因组全长为6308327 bp,编码5929个基因,其中有1035个编码产物参与新陈代谢途径;全基因组中有毒力因子编码基因875个,产物有黏附蛋白、调控因子、毒性蛋白等;有四环素类、氨基糖苷类等抗生素耐药相关基因5288个。遗传进化分析表明,TS2019毒力基因toxA、exoT与GenBank中绿脓杆菌众多菌株相应基因序列相似性均高于99%,其中eoxT基因与中国杭州人源分离株P33的遗传关系最近,但处于独立分支。本研究从病死林麝肺分离鉴定到一株绿脓杆菌,并证实该菌有较强致病性和多重耐药性,其毒力基因toxA和exoT与GenBank中绿脓杆菌相应基因序列具有高度相似性。研究结果为林麝绿脓杆菌感染相关疾病的防治提供了理论支持,也为绿脓杆菌致病机制和耐药机制的深入研究奠定了基础。 展开更多

关键词 林麝 绿脓杆菌 分离鉴定 致病性分析 全基因组序列分析

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林麝肺源ST1249型铜绿假单胞菌的分离鉴定及其全基因组序列分析 被引量：5

10

作者 伍茜 杨威 +5 位作者 赵位 程建国 罗燕 王印 杨泽晓 姚学萍 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2020年第10期9-17,共9页

【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通... 【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。【结果】分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×105 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6955100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。【结论】从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。 展开更多

关键词 林麝 铜绿假单胞菌 全基因组序列分析 致病性 耐药性

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一株新亚群禽白血病病毒全基因组序列分析 被引量：12

11

作者 李久庆 刘强 +4 位作者 郭雷 许传田 崔宁 李冰 崔治中 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1718-1723,共6页

为了解外源性禽白血病病毒(ALV)在山东省部分地区肉鸡中的流行状况,采集无菌抗凝血分离血浆接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测以及DNA提取进行PCR扩增等方法,从山东省某地区大型养殖场不同个体养殖场出栏肉鸡群中分离鉴定出1株ALV,命名为... 为了解外源性禽白血病病毒(ALV)在山东省部分地区肉鸡中的流行状况,采集无菌抗凝血分离血浆接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测以及DNA提取进行PCR扩增等方法,从山东省某地区大型养殖场不同个体养殖场出栏肉鸡群中分离鉴定出1株ALV,命名为FC1505。分析其囊膜糖蛋白gp85氨基酸序列与近年来从地方品种鸡中疑似新亚群ALV-K分离株的相似性最高,相似性均在95%以上,而与其他已知亚群ALV的相似性均低于90%。为了进一步分析该分离株分子特性,对其进行全基因组测序,并与已知亚群ALV分离株序列进行比较。结果表明,FC1505分离株整个基因组中gag、pol和gp37基因相对保守,与ALV参考毒株序列相似性都在90%以上,但均与疑似K亚群的ALV分离株相似性最高;全基因组序列分析进一步说明FC1505属于ALV-K。本研究继我国江苏省和华南地区K亚群ALV报道后,首次从山东地区肉鸡中鉴定到一株ALV-K并完成其全基因组序列分析。 展开更多

关键词 商品肉鸡 禽白血病病毒 分离鉴定 全基因组序列分析

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黄羽肉鸡J亚群禽白血病病毒分离鉴定与全基因组序列分析 被引量：5

12

作者 李昕键 严一铭 +5 位作者 李广伟 刘洋 戴振凯 陈伟国 陈峰 谢青梅 《动物医学进展》 北大核心 2016年第2期27-31,共5页

为了解J亚群禽白血病在黄羽肉鸡中的流行状况,采用病料研磨液接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测、PCR扩增等方法,从广东某鸡场送检疑似禽白血病的黄羽肉鸡病料中分离鉴定出1株J亚群禽白血病病毒,命名为GDLZ0715。为进一步了解该病毒分子... 为了解J亚群禽白血病在黄羽肉鸡中的流行状况,采用病料研磨液接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测、PCR扩增等方法,从广东某鸡场送检疑似禽白血病的黄羽肉鸡病料中分离鉴定出1株J亚群禽白血病病毒,命名为GDLZ0715。为进一步了解该病毒分子学特性,对其进行全基因组测序,并与其他ALV-J毒株进行比较。结果表明,GDLZ0715分离株整个基因组中gag、pol、env基因和LTR相对保守,与各参考ALV-J毒株序列同源性分别达93.5%～95.9%、96.8%～97.3%、89.6%～94.6%和90.8%～95.1%;3′UTR变异较大,与各ALV-J参考毒株序列同源性仅为80.5%～93.4%,其中rTM和E元件大量碱基缺失;进一步分析表明3′UTR中rTM区和E元件大量碱基缺失正成为我国肉鸡ALV-J毒株的变异趋势。 展开更多

关键词 黄羽肉鸡 J亚群禽白血病病毒 分离鉴定 全基因组序列分析

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疑似PMWS患猪中PCV2的分离及全基因组序列分析 被引量：3

13

作者 王振生 李焕荣 +2 位作者 崔德凤 孙英健 马乐 《北京农学院学报》 2007年第3期20-24,共5页

将疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病猪肺脏研磨、过滤除菌后接种无PCVl污染的PKl5细胞，盲传4代，用PCR和免疫过氧化物酶单层试验（IPMA）检测。同时，利用所合成的PCV2全长的特异性引物进行病毒基因组全长的扩增及克隆、测序与... 将疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病猪肺脏研磨、过滤除菌后接种无PCVl污染的PKl5细胞，盲传4代，用PCR和免疫过氧化物酶单层试验（IPMA）检测。同时，利用所合成的PCV2全长的特异性引物进行病毒基因组全长的扩增及克隆、测序与比对分析。结果显示，不同传代细胞中PCV2核酸均为阳性，且PCVl特异引物检测为阴性，表明分离到的PCV2无PCVl污染，将该毒株命名为PCV2B1株。序列分析表明，该病毒基因组全长1767lap，与其他毒株的核苷酸同源性在95．4％～99．8％之间，ORFl的氨基酸的同源性在98．4％～99．7％之间，ORF2的氨基酸的同源性在89．7％～100％，核苷酸和氨基酸的序列与保定株BDlA（DQ910865）的序列最接近。 展开更多

关键词 猪圆环病毒2型 分离 基因组序列分析 仔猪多系统衰竭综合征

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2株J亚群禽白血病病毒毒株的分离鉴定及全基因组序列分析 被引量：1

14

作者 郭雨欣 游广炬 +3 位作者 李晓齐 高丽 郑世军 王永强 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2021年第6期7-12,18,共7页

为了解我国J亚群禽白血病病毒(ALV)的流行特点和进化趋势,本试验从河北某鸡场疑似禽白血病的临床发病鸡的病料组织中,分离得到2株ALV-J毒株,分别命名为CAU2019和CAU2020。通过聚合酶链式反应(PCR)技术分段扩增分离株的全病毒基因组,连接... 为了解我国J亚群禽白血病病毒(ALV)的流行特点和进化趋势,本试验从河北某鸡场疑似禽白血病的临床发病鸡的病料组织中,分离得到2株ALV-J毒株,分别命名为CAU2019和CAU2020。通过聚合酶链式反应(PCR)技术分段扩增分离株的全病毒基因组,连接pEASY-Blunt Zero载体后进行序列测定,并对获得的基因组序列与ALV各亚群毒株序列进行序列比对及遗传进化分析。结果表明,2个分离株与ALV各亚群毒株的gag和pol段基因相对保守,而LTR、gp85及gp37段基因变异较大。此外,CAU2019在3′UTR处有2段长度为30 bp和11 bp的不连续的碱基缺失,CAU2020在3′UTR处有1段长度为29 bp的碱基缺失。由gp85和LTR基因构建的遗传进化树可知,2个分离株在遗传关系上与J亚群毒株JS16JH9亲缘关系最近。结果表明本试验分离的2株病毒均为J亚群禽白血病病毒毒株,并且为国内ALV-J流行株的突变株。 展开更多

关键词 禽白血病病毒 J亚群 分离鉴定 全基因组序列分析

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乌鸡一株A亚群禽白血病病毒的分离鉴定与全基因组序列分析 被引量：4

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作者 高延利 李敏 +5 位作者 陆乔娥 石梦雅 王威威 李秋红 邓乔木 韦平 《广西畜牧兽医》 2020年第3期114-117,共4页

为了解广西地区某乌鸡养殖场中是否存在禽白血病病毒(ALV)感染,将从该养殖场中无菌采集的抗凝血分离的血浆接种DF-1细胞进行病毒分离,并采用ELISA和PCR扩增的方法对细胞培养物分别进行检测,成功分离鉴定出一株A亚群禽白血病病毒(ALV-A)... 为了解广西地区某乌鸡养殖场中是否存在禽白血病病毒(ALV)感染,将从该养殖场中无菌采集的抗凝血分离的血浆接种DF-1细胞进行病毒分离,并采用ELISA和PCR扩增的方法对细胞培养物分别进行检测,成功分离鉴定出一株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为GX18LZA01株。测序结果显示GX18LZA01株前病毒基因组DNA序列全长7 561bp。遗传演化分析显示,GX18LZA01与10株国内外A亚群参考毒株同处一个大的分支,核苷酸(nt)相似性为91. 8%~96. 6%,其中与SDAU09C1参考株相似性最高(96. 6%);进一步对其gp85基因的分析发现,它与A亚群参考毒株也同处一个大的分支(nt:87. 9%~97. 8%),与全基因组分析的结果一致。本研究结果表明,乌鸡存在A亚群ALV感染,gp85基因可以替代全基因组作为其分子流行病学和系统发育研究的最佳选择。 展开更多

关键词 乌鸡 A亚群禽白血病病毒 病毒分离与鉴定 全基因组序列分析 gp85基因

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猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析 被引量：4

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作者 石文达 刘永刚 +5 位作者 王洪峰 王淑杰 马平 徐敏 武佳斌 蔡雪辉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期512-516,共5页

为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列... 为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列进行比对,发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ORF1a基因的第2191位～2193位、ORF5基因的第439位、ORF6基因的第49位和ORF7基因的第28位和第139位。其中PRRSVCH-1R株的Nsp2蛋白和结构蛋白的变异相对较大,尤其是Nsp2蛋白的变异,同CH-la株相比,CH-1R株的Nsp2蛋白存在多处核苷酸的突变,其中包括连续3个核苷酸发生缺失;由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有17处变异,在各结构蛋白中以GP3和GP5蛋白变异较大,而高度保守的M蛋白和N蛋白,同样发生了变异,由此预测了Nsp2蛋白的R631E、GP5蛋白的L146Q、M蛋白的Q16L和N蛋白的K46N处毒力相关的氨基酸位点,推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 全基因组序列分析

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1株塞内卡病毒A型的基因组序列与演化分析 被引量：2

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作者 李宁 郭慧芳 +5 位作者 王白玉 乔麒龙 黄庆 李永涛 王增 赵军 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期553-559,共7页

旨在分析塞内卡病毒A型(Senecavirus A,SVA)CH-HNCY-2019株的基因组特性和演化,参考SVA毒株SVV-001(GenBank No.NC011349)全基因组序列设计8对引物,通过RT-PCR扩增和测序获得SVA CH-HNCY-2019株全基因序列并进行序列分析。结果显示,SVA... 旨在分析塞内卡病毒A型(Senecavirus A,SVA)CH-HNCY-2019株的基因组特性和演化,参考SVA毒株SVV-001(GenBank No.NC011349)全基因组序列设计8对引物,通过RT-PCR扩增和测序获得SVA CH-HNCY-2019株全基因序列并进行序列分析。结果显示,SVA分离株CH-HNCY-2019基因组全长为7294个核苷酸,与中国分离株核苷酸相似性为95.9%~99%,与美国经典株SVV-001核苷酸相似性最低。CH-HNCY-2019与大多数中国2017—2018年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与中国2015—2016年分离株亲缘关系较远。与包括2019年中国广东4个SVA分离株在内的其他国内外分离株相比,CH-HNCY-2019的VP1蛋白的722位氨基酸由L突变为Q;VP3蛋白的499位氨基酸由A突变为V,528位氨基酸由P突变为S,582位氨基酸由E突变为K。本研究成功获得1株SVA CH-HNCY-2019全基因组序列,研究结果提示,SVA中国流行株具有多样性,而且在不断地演变,应加强SVA的分子流行病学调查、生物安全措施和疫苗研发以防止SVA在我国猪群中的广泛传播。 展开更多

关键词 塞内卡病毒A RT-PCR扩增 SVA CH-HNCY-2019 基因组序列分析 遗传进化

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斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析 被引量：9

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作者 陈晓艳 翁少萍 +3 位作者 吕玲 黄剑南 殷志新 何建国 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期73-77,共5页

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervousnecrosisvirus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT＿PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析。斜带石斑鱼Epinepheluscoioides神经坏死病毒(orange＿spottedNNV,OGNNV)基因... 根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervousnecrosisvirus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT＿PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析。斜带石斑鱼Epinepheluscoioides神经坏死病毒(orange＿spottedNNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸。OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasygrouperNNV)的基因组有高度的相似性。分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragongrouperNNV)、RGNNV(redspottedNNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif)。根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员。 展开更多

关键词 斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒 基因组序列测定与分析 β诺达病毒

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带科绦虫线粒体基因组全序列研究进展 被引量：10

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作者 贾万忠 闫鸿斌 +3 位作者 郭爱疆 史万贵 詹芳 付宝权 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期596-600,共5页

关键词 带科绦虫 基因组全序列 线粒体 INFECTIONS 人兽共患寄生虫病 基因组序列分析 棘球蚴病 囊尾蚴病

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关中奶山羊源D型产气荚膜梭菌全基因组序列测定及其分子特征分析 被引量：3

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作者 吴克 冯航 +1 位作者 王娟 杨增岐 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3967-3974,共8页

本研究自陕西省富平县某规模化关中奶山羊养殖场腹泻奶山羊肛门拭子中分离到5株产气荚膜梭菌,命名为21-D-1~21-D-5。毒素基因检测表明,其均为携带etx的D型产气荚膜梭菌,且21-D-5携带食源性致病毒素基因cpe。全基因组序列测定显示,5株D... 本研究自陕西省富平县某规模化关中奶山羊养殖场腹泻奶山羊肛门拭子中分离到5株产气荚膜梭菌,命名为21-D-1~21-D-5。毒素基因检测表明,其均为携带etx的D型产气荚膜梭菌,且21-D-5携带食源性致病毒素基因cpe。全基因组序列测定显示,5株D型产气荚膜梭菌基因组大小、GC含量和基因数量稳定;单核苷酸多态性(SNPs)分析显示,21-D-1和21-D-2以及21-D-3和21-D-4之间的SNPs差异极低(<25),表明其大概率属于相同的产气荚膜梭菌菌株。分离的D型产气荚膜梭菌基因组中共检测到15种毒素基因,其中,毒素基因etx在分离的D型菌株中高度保守、基因环境相似,且在菌株21-D-5中毒素基因cpe位于etx下游。此外,包括噁唑烷酮类耐药基因optrA在内的9种耐药基因也在分离株中被检测到,并且erm(A)、optrA和fexA具有共同传播的可能性。本研究为国内首次对D型产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定分析,结果对产气荚膜梭菌疾病的防治和基因组的进一步研究具有参考价值。 展开更多

关键词 关中奶山羊 D型产气荚膜梭菌 全基因组序列测定分析

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