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米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析: 1; 作者高聪袁炜佳 +2 位作者叶超刘佳刘立明《食品与生物技术学报》北大核心 2025年第7期21-30,共10页; 【目的】构建并解析L-苹果酸高产菌株米曲霉(Aspergillus oryzae,A.oryzae)FMME-S-38的基因组规模代谢网络模型(GSMM)。【方法】通过粗模型构建和模型精细优化2个步骤,构建L-苹果酸高产菌株米曲霉FMME-S-38的GSMM,命名为iJW1333。【结... 展开更多; 关键词米曲霉FMME-S-38 基因组规模代谢网络模型 L-苹果酸流量平衡分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络优化吡咯喹啉醌合成被引量：4: 2; 作者寇航王艳梅 +4 位作者李彤薄明井张惟材熊向华黎明《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期173-183,共11页; 通过构建Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络模型(genome scale of metabolic network model,GSMM),发掘能够提升吡咯喹啉醌(pyrroloquinoline quinone,PQQ)产量的发酵策略和相关靶基因。基于其注释的基因组和生化信息,构建J1-1的G... 展开更多; 关键词 Methylovorus sp.J1-1 基因组尺度代谢网络模型吡咯喹啉醌氨基酸靶基因预测; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展被引量：1: 3; 作者艾连中侯成杰《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1-10,共10页; 基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的... 展开更多; 关键词基因组代谢网络模型乳酸菌代谢规律高通量数据计算机模拟数据整合; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：8: 4; 作者张彦位杨玲 +6 位作者路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统... 展开更多; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质组学和代谢组学在微生物代谢工程中的应用被引量：8: 5; 作者禹伟高教琪周雍进《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期798-805,共8页; 构建微生物细胞工厂是化学品、生物能源以及药物分子可持续生产的可行性策略。然而,微生物的代谢复杂、调控严谨,制约着目标产物高效合成。蛋白质组学和代谢组学可以从系统生物学角度分析酶和代谢物组分,从而理解复杂的生物系统,为微生... 展开更多; 关键词蛋白质组学代谢组学基因组尺度代谢模型植物次级代谢微生物代谢工程综述; 在线阅读下载PDF 职称材料

微生物制造绿色化学品研究进展被引量：3: 6; 作者毕浩然张洋 +4 位作者王凯徐晨晨霍奕影陈必强谭天伟《化工学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第1期1-13,共13页; 微生物制造利用生物质和二氧化碳等可再生原料进行化学品的绿色生产,显示出了巨大的二氧化碳减排潜力,是促进实现“碳中和”目标的重要途径,其核心内容之一是高效微生物细胞工厂的设计与构建。综述了基于基因组规模代谢网络模型的代谢... 展开更多; 关键词微生物制造代谢网络模型基因组编辑代谢调控微生物利用; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析: 1; 作者高聪袁炜佳叶超刘佳刘立明; 机构江南大学生物工程学院南京师范大学食品与制药工程学院; 出处《食品与生物技术学报》北大核心 2025年第7期21-30,共10页; 基金江苏省科技重大专项项目(BG2025045) 国家自然科学基金面上项目(21978113) 国家自然科学基金重点项目(22038005)。; 文摘【目的】构建并解析L-苹果酸高产菌株米曲霉(Aspergillus oryzae,A.oryzae)FMME-S-38的基因组规模代谢网络模型(GSMM)。【方法】通过粗模型构建和模型精细优化2个步骤,构建L-苹果酸高产菌株米曲霉FMME-S-38的GSMM,命名为iJW1333。【结果】该模型系统整合了1723个生化反应、1723个代谢物以及1333个功能基因,对底物代谢和菌体生长模拟的预测准确度分别为94.6%和92.0%。通过比较基因组,发现还原磷酸戊糖途径(HMP)和氧化磷酸化基因突变是导致米曲霉FMME-S-38高产L-苹果酸的生理原因。氮源与辅因子(NADH和ATP)是影响L-苹果酸高效合成的关键因素,通过降低氮源质量浓度和溶氧(DO)水平,能弱化HMP并强化还原性三羧酸循环(rTCA)分支,使米曲霉FMME-S-38发酵生产L-苹果酸的产量达到(154.2±1.8)g/L。【结论】该研究有利于确定米曲霉FMME-S-38高产L-苹果酸关键路径和生理机制,为利用其生产其他有价值代谢产物奠定基础。; 关键词米曲霉FMME-S-38 基因组规模代谢网络模型 L-苹果酸流量平衡分析; Keywords Aspergillus oryzae FMME-S-38 genome-scale metabolic model L-malic acid flux balance analysis; 分类号 Q933 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络优化吡咯喹啉醌合成被引量：4: 2; 作者寇航王艳梅李彤薄明井张惟材熊向华黎明; 机构工业发酵微生物教育部重点实验室天津科技大学生物工程学院军事科学院军事医学研究院生物工程研究所; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期173-183,共11页; 基金国家科技重大专项(2018X09J18109-003)。; 文摘通过构建Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络模型(genome scale of metabolic network model,GSMM),发掘能够提升吡咯喹啉醌(pyrroloquinoline quinone,PQQ)产量的发酵策略和相关靶基因。基于其注释的基因组和生化信息,构建J1-1的GSMM。再通过COBRApy预测可能使PQQ产量提高的氨基酸和潜在的靶基因并进行验证。构建了Methylovorus sp.J1-1的GSMM模型iKH584,共有584个基因,779个生化反应,121个交换反应与765个代谢产物,且可以用于后续模拟。根据iKH584模拟,外源添加谷氨酸、谷氨酰胺和脯氨酸、过表达glyA与hps1以及敲除hps2基因,均具有促进PQQ合成效果。结果表明:添加谷氨酸与脯氨酸时,PQQ的产量分别提高了10.4%与22.9%;过表达基因glyA与hps1,PQQ产量分别提高20.6%与14.6%;敲除基因hps2,PQQ产量最高可达140.84 mg/L,提高了8.0%,这与模拟结果基本一致,表明构建的模型基本正确。最后,在5 L发酵罐进行J1-1△hps2的分批补料发酵,PQQ的产量为812.64 mg/L,比亲本菌株提高了11.1%。建立的模型可以用来指导J1-1的发酵和菌株改造,提高PQQ产量。; 关键词 Methylovorus sp.J1-1 基因组尺度代谢网络模型吡咯喹啉醌氨基酸靶基因预测; Keywords Methylovorus sp.J1-1 genome-scale metabolic model pyrroloquinoline quinone amino acids target prediction; 分类号 TQ920.1 [轻工技术与工程—发酵工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展被引量：1: 3; 作者艾连中侯成杰; 机构上海理工大学医疗器械与食品学院/上海食品微生物工程技术研究中心; 出处《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1-10,共10页; 基金上海市科技兴农项目(2019-02-08-00-07-F01152) 国家自然科学基金杰出青年基金项目(32025029)。; 文摘基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。; 关键词基因组代谢网络模型乳酸菌代谢规律高通量数据计算机模拟数据整合; Keywords genome-scale metabolic model lactic acid bacteria metabolic rule high-throughput data computer simulation data integration; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学] Q939 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳酸菌全基因组测序的应用进展被引量：8: 4; 作者张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方; 机构河北一然生物科技股份有限公司四川大学华西公共卫生学院; 出处《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第15期444-450,共7页; 基金河北省科技厅农业高质量发展关键共性技术攻关专项(21322804D)。; 文摘乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代谢特征、潜在的益生功能与应用方向,可以更加准确地探究乳酸菌的遗传、进化和分类。乳酸菌安全性评价程序要求在基因组水平检索是否存在耐药、毒力和致病性相关基因,并判定相关基因是否可水平转移。应用全基因组测序技术,比较不同代次菌株基因组中基因序列和结构差异,可高效、完整地判定乳酸菌在产业化应用过程中的遗传性和稳定性。在全基因组信息基础上,重构基因组规模代谢网络模型,可模拟并预测菌体细胞在特定环境下的行为,能系统地指导菌株的代谢工程策略。本文对全基因组测序技术在乳酸菌代谢特性、遗传进化、安全性和稳定性方面的应用现状进行了综述,旨在为乳酸菌基因组学研究提供理论支持。; 关键词乳酸菌基因组学安全性稳定性基因组规模代谢网络模型 (GSMM); Keywords lactic acid bacteria genomics safety stability genome-scale metabolic network model(GSMM); 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质组学和代谢组学在微生物代谢工程中的应用被引量：8: 5; 作者禹伟高教琪周雍进; 机构中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室; 出处《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期798-805,共8页; 基金国家自然科学基金面上项目(21877111,21808216) 中国科学院大连化学物理研究所DMTO创新基金(DICP DMTO201701)~~; 文摘构建微生物细胞工厂是化学品、生物能源以及药物分子可持续生产的可行性策略。然而,微生物的代谢复杂、调控严谨,制约着目标产物高效合成。蛋白质组学和代谢组学可以从系统生物学角度分析酶和代谢物组分,从而理解复杂的生物系统,为微生物代谢工程改造提供重要线索。该文介绍了蛋白质组学和代谢组学在微生物代谢工程中的应用,包括基因组尺度代谢模型构建、菌株生物合成优化、指导菌株耐受性改造、限速步骤预测、植物次级代谢途径挖掘,从而为微生物合成天然产物提供新的基因或途径。在此基础上,该文还展望了生物大数据未来的发展方向。; 关键词蛋白质组学代谢组学基因组尺度代谢模型植物次级代谢微生物代谢工程综述; Keywords proteomics metabolomics genome-scale metabolic model plant secondary metabolism microbial metabolic engineering review; 分类号 O658 [理学—分析化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名微生物制造绿色化学品研究进展被引量：3: 6; 作者毕浩然张洋王凯徐晨晨霍奕影陈必强谭天伟; 机构北京化工大学生命科学与技术学院; 出处《化工学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第1期1-13,共13页; 基金国家重点研发计划项目(2021YFC2103500)。; 文摘微生物制造利用生物质和二氧化碳等可再生原料进行化学品的绿色生产,显示出了巨大的二氧化碳减排潜力,是促进实现“碳中和”目标的重要途径,其核心内容之一是高效微生物细胞工厂的设计与构建。综述了基于基因组规模代谢网络模型的代谢流分析和代谢途径预测研究进展;介绍了新型基因组编辑工具助力微生物细胞工厂的高效开发;总结了代谢调控策略用于提升细胞工厂生产能力。此外,还概述了微生物制造关键技术在第三代生物制造中的应用。最后,展望了未来微生物制造在化学品生产中的应用和发展方向。; 关键词微生物制造代谢网络模型基因组编辑代谢调控微生物利用; Keywords microbial manufacturing metabolic network model genome editing metabolic regulation microbial utilization; 分类号 TQ072 [化学工程] TQ511 [化学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	米曲霉FMME-S-38基因组规模代谢网络模型重构与解析	高聪袁炜佳叶超刘佳刘立明	《食品与生物技术学报》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络优化吡咯喹啉醌合成	寇航王艳梅李彤薄明井张惟材熊向华黎明	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2022	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展	艾连中侯成杰	《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	乳酸菌全基因组测序的应用进展	张彦位杨玲路江浩严超仵红岩李玲刘明月齐世华何方	《食品工业科技》 CAS 北大核心	2022	8	在线阅读下载PDF 职称材料
5	蛋白质组学和代谢组学在微生物代谢工程中的应用	禹伟高教琪周雍进	《色谱》 CAS CSCD 北大核心	2019	8	在线阅读下载PDF 职称材料
6	微生物制造绿色化学品研究进展	毕浩然张洋王凯徐晨晨霍奕影陈必强谭天伟	《化工学报》 EI CSCD 北大核心	2023	3	在线阅读下载PDF 职称材料