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一株石油降解菌 Aquabacterium oleiNBRC 110486的基因组完成图及分析
被引量：
1
1
作者
唐标
常江
+3 位作者
肖兴宁
吴静
钱鸣蓉
杨华
《浙江农业科学》
2021年第6期1213-1217,共5页
Aquabacterium olei RBRC 110486是一种新发现的具有降解石油能力的革兰氏阴性菌。为进一步探究该菌株降解石油的分子机制,挖掘菌株可能存在的生物功能,本研究使用PacBio高通量测序技术对其进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、...
Aquabacterium olei RBRC 110486是一种新发现的具有降解石油能力的革兰氏阴性菌。为进一步探究该菌株降解石油的分子机制,挖掘菌株可能存在的生物功能,本研究使用PacBio高通量测序技术对其进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测。该菌株基因组大小为3890087 bp,GC含量为67.33%,共3402个蛋白;另外发现大小为366221 bp的环形质粒pTB101,GC含量为66.91%,325个蛋白。共预测到2个可能的次级代谢产物合成基因簇。定位了该菌株的石油降解关键酶链烷1-单加氧酶AlkB,与假单胞菌属聚类在同一个分支。该基因组是Aquabacterium属的首个报道的序列完成图,已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号分别为CP029210和CP029211。以上研究将为菌株NBRC 110486的功能基因组学及石油降解特性研究提供基础数据。
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关键词
Aquabacterium
olei
NBRC
110486
全
基因组完成图
石油降解
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职称材料
多重耐药的肉鸡源大肠埃希氏菌基因组完成图及耐药性分析
被引量：
3
2
作者
陈怡飞
常江
+4 位作者
施杏芬
罗绮霞
杨华
唐标
夏效东
《动物医学进展》
北大核心
2021年第4期6-11,共6页
为研究2株分离自宁波某养殖场鸡粪样品中的多重耐药大肠埃希氏菌的耐药机制,采用微量肉汤稀释法检测2株菌的耐药表型、全自动生长曲线测定仪测定细菌生长动力,用第3代PacBio RSII进行全基因组测序。结果显示,菌株ECCHD184和ECCWS199对1...
为研究2株分离自宁波某养殖场鸡粪样品中的多重耐药大肠埃希氏菌的耐药机制,采用微量肉汤稀释法检测2株菌的耐药表型、全自动生长曲线测定仪测定细菌生长动力,用第3代PacBio RSII进行全基因组测序。结果显示,菌株ECCHD184和ECCWS199对10种以上抗菌药物耐药。多种抗菌药物联合使用对2株菌生长动力影响较小,反映了其多重耐药。ECCHD184含有质粒pTB211(164062 bp)和pTB212(110417 bp),ECCWS199含有质粒pTB211(162163 bp)和pTB212(159756 bp)。ECCHD184和ECCWS199的质粒上分别有10个和20个获得性耐药基因,并预测到多个接合转移元件和IS,说明质粒上的耐药基因具有传播扩散的潜力。
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关键词
大肠埃希氏菌
肉鸡粪便
多重耐药
基因组完成图
耐药
基因
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职称材料
利普斯他汀高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA的全基因组测序与分析
被引量：
1
3
作者
李辉
方志锴
郭霞凌
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期28-34,共7页
目的解析利普斯他汀(lipstatin)高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA(S.toxytricini AP617-N12CA)的基因组序列信息,为深入研究该菌株高产lipstatin的分子机理与调控机制奠定基础。方法联合应用三代单分子测序技术和二代高通量测序技术对AP...
目的解析利普斯他汀(lipstatin)高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA(S.toxytricini AP617-N12CA)的基因组序列信息,为深入研究该菌株高产lipstatin的分子机理与调控机制奠定基础。方法联合应用三代单分子测序技术和二代高通量测序技术对AP617-N12CA菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行进基因组组装、基因预测和功能注释,并对lipstatin及其他次级代谢产物生物合成基因簇进行分析预测。结果AP617-N12CA菌株整个基因组大约6.99Mb,GC含量73.76%,含有6134个编码序列;基因组由一条长约6.38Mb的线型染色体和一个长约0.61Mb的线型质粒组成;同时预测得到22个次级代谢产物合成基因簇,其中lipstatin基因簇定位在线型质粒右臂区域而非在染色体上。结论首次完成了AP617-N12CA菌株全基因组完成图绘制,在S.toxytricini菌中首次发现和描述了线型质粒,在线型质粒上定位并鉴定分析了lipstatin基因簇。为S.toxytricini的功能基因组学研究和lipstatin高产机理解析提供了基础数据,对后续相关研究具有重要意义。
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关键词
毒三素链霉菌
利普斯他汀
全
基因组
测序
基因组完成图
线型质粒
生物合成
基因
簇
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职称材料
题名
一株石油降解菌 Aquabacterium oleiNBRC 110486的基因组完成图及分析
被引量：
1
1
作者
唐标
常江
肖兴宁
吴静
钱鸣蓉
杨华
机构
浙江省农业科学院农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室
浙江省农业科学院农产品质量安全与营养研究所
上海交通大学农业与生物学院
出处
《浙江农业科学》
2021年第6期1213-1217,共5页
基金
国家自然科学基金青年项目(31700007)
浙江省重点研发计划(2020C02031)
省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室项目(2010DS700124-ZZ2008)。
文摘
Aquabacterium olei RBRC 110486是一种新发现的具有降解石油能力的革兰氏阴性菌。为进一步探究该菌株降解石油的分子机制,挖掘菌株可能存在的生物功能,本研究使用PacBio高通量测序技术对其进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测。该菌株基因组大小为3890087 bp,GC含量为67.33%,共3402个蛋白;另外发现大小为366221 bp的环形质粒pTB101,GC含量为66.91%,325个蛋白。共预测到2个可能的次级代谢产物合成基因簇。定位了该菌株的石油降解关键酶链烷1-单加氧酶AlkB,与假单胞菌属聚类在同一个分支。该基因组是Aquabacterium属的首个报道的序列完成图,已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号分别为CP029210和CP029211。以上研究将为菌株NBRC 110486的功能基因组学及石油降解特性研究提供基础数据。
关键词
Aquabacterium
olei
NBRC
110486
全
基因组完成图
石油降解
分类号
Q939.96 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
多重耐药的肉鸡源大肠埃希氏菌基因组完成图及耐药性分析
被引量：
3
2
作者
陈怡飞
常江
施杏芬
罗绮霞
杨华
唐标
夏效东
机构
西北农林科技大学食品科学与工程学院
浙江省农业科学院农产品质量标准研究所
浙江省兽药饲料监察所
浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室
出处
《动物医学进展》
北大核心
2021年第4期6-11,共6页
基金
省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室项目(2010DS700124-ZZ1703,ZZ1905)
浙江省重点研发计划项目(2020C02031)
国家自然科学基金青年基金项目(31700007)。
文摘
为研究2株分离自宁波某养殖场鸡粪样品中的多重耐药大肠埃希氏菌的耐药机制,采用微量肉汤稀释法检测2株菌的耐药表型、全自动生长曲线测定仪测定细菌生长动力,用第3代PacBio RSII进行全基因组测序。结果显示,菌株ECCHD184和ECCWS199对10种以上抗菌药物耐药。多种抗菌药物联合使用对2株菌生长动力影响较小,反映了其多重耐药。ECCHD184含有质粒pTB211(164062 bp)和pTB212(110417 bp),ECCWS199含有质粒pTB211(162163 bp)和pTB212(159756 bp)。ECCHD184和ECCWS199的质粒上分别有10个和20个获得性耐药基因,并预测到多个接合转移元件和IS,说明质粒上的耐药基因具有传播扩散的潜力。
关键词
大肠埃希氏菌
肉鸡粪便
多重耐药
基因组完成图
耐药
基因
Keywords
Escherichia coli
broiler feces
multi-drug resistance
complete genome sequence
antimicrobial resistance gene
分类号
S852612 [农业科学—基础兽医学]
S859.84 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
利普斯他汀高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA的全基因组测序与分析
被引量：
1
3
作者
李辉
方志锴
郭霞凌
机构
大邦(湖南)生物制药有限公司
福建省微生物研究所
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期28-34,共7页
基金
湖南省制造强省专项(湘财企指[2018]64号)
福建省公益类科研院所专项(No.2020R10050011)。
文摘
目的解析利普斯他汀(lipstatin)高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA(S.toxytricini AP617-N12CA)的基因组序列信息,为深入研究该菌株高产lipstatin的分子机理与调控机制奠定基础。方法联合应用三代单分子测序技术和二代高通量测序技术对AP617-N12CA菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行进基因组组装、基因预测和功能注释,并对lipstatin及其他次级代谢产物生物合成基因簇进行分析预测。结果AP617-N12CA菌株整个基因组大约6.99Mb,GC含量73.76%,含有6134个编码序列;基因组由一条长约6.38Mb的线型染色体和一个长约0.61Mb的线型质粒组成;同时预测得到22个次级代谢产物合成基因簇,其中lipstatin基因簇定位在线型质粒右臂区域而非在染色体上。结论首次完成了AP617-N12CA菌株全基因组完成图绘制,在S.toxytricini菌中首次发现和描述了线型质粒,在线型质粒上定位并鉴定分析了lipstatin基因簇。为S.toxytricini的功能基因组学研究和lipstatin高产机理解析提供了基础数据,对后续相关研究具有重要意义。
关键词
毒三素链霉菌
利普斯他汀
全
基因组
测序
基因组完成图
线型质粒
生物合成
基因
簇
Keywords
Streptomyces toxytricini
Lipstatin
Whole-genome sequencing
Genome complete map
Linear Plasmid
Biosynthetic gene cluster
分类号
R978.1 [医药卫生—药品]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株石油降解菌 Aquabacterium oleiNBRC 110486的基因组完成图及分析
唐标
常江
肖兴宁
吴静
钱鸣蓉
杨华
《浙江农业科学》
2021
1
在线阅读
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职称材料
2
多重耐药的肉鸡源大肠埃希氏菌基因组完成图及耐药性分析
陈怡飞
常江
施杏芬
罗绮霞
杨华
唐标
夏效东
《动物医学进展》
北大核心
2021
3
在线阅读
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职称材料
3
利普斯他汀高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA的全基因组测序与分析
李辉
方志锴
郭霞凌
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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