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去甲基甲基萘醌菌LLJ775的全基因组测序和比较基因组学分析
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作者 孙凯 尹福 +3 位作者 刘莉君 王双 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期70-86,共17页
为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基... 为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组完成图,通过系统发育学分析确定其进化地位,以对基因组进行功能注释分析与比较基因组学分析,从而探究该菌株的代谢特征和遗传潜力。去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组大小为2822402 bp,GC含量69.3%,共编码2738个基因。通过16S rRNA基因及单拷贝核心基因的系统发育分析发现,该菌株与同属菌株相似度较低(最高为98.41%),初步判断为该属的新种。功能注释分析发现,其复制、重组和修复相关基因占比高于同属菌株;乙醛酸支路代谢通路、亚硝酸盐还原途径和ABC型铁转运蛋白等编码基因的存在增强了该菌株对热液极端环境的适应性。此外,该菌株中还注释到碳酸酐酶、β-葡萄糖苷酶、异淀粉酶和透明质酸合酶等碳水化合物活性酶,以及番茄红素合成相关基因簇和其他次级代谢产物合成基因,说明该菌株具有极高的潜在应用价值。本研究通过全基因组测序及比较基因组学分析,揭示了新型去甲基甲基萘醌菌LLJ775的代谢潜力,为深入了解其对热液环境的适应机制提供了参考,也为发掘其应用前景提供了理论依据。 展开更多
关键词 冲绳海槽 深海热液区 去甲基甲基萘醌菌LLJ775 基因组测序 比较基因组学分析
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利用宏基因组学分析壬基酚对剩余污泥厌氧发酵产酸的影响
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作者 段旭 冯雷雨 +1 位作者 周琪 陈银广 《同济大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1710-1719,共10页
研究了环境雌激素壬基酚(NP)对剩余污泥厌氧发酵产酸的影响,并利用宏基因组测序手段分析影响机制。NP促进污泥厌氧发酵产酸,随NP含量的提高,该促进作用呈先增加后减少的趋势。当NP含量为200 mg·kg^(−1)干污泥时,污泥发酵产生的短... 研究了环境雌激素壬基酚(NP)对剩余污泥厌氧发酵产酸的影响,并利用宏基因组测序手段分析影响机制。NP促进污泥厌氧发酵产酸,随NP含量的提高,该促进作用呈先增加后减少的趋势。当NP含量为200 mg·kg^(−1)干污泥时,污泥发酵产生的短链脂肪酸(SCFAs)达最大值,为空白组SCFAs产量的2倍,乙酸产量为空白组的3倍。基于宏基因组学的机理研究表明,NP导致不利于SCFAs积累的耗酸微生物有所削减,产酸微生物大量积累。NP存在时,以葡萄糖为底物的糖酵解、以氨基酸为底物的脱氨基和以脂肪酸为底物的β氧化过程功能基因相对丰度提高;单糖和氨基酸等有机底物由胞外向胞内运输的腺苷三磷酸结合盒转运蛋白、运输至胞内的有机底物向SCFAs代谢转化的双组分系统及胞内产生的SCFAs外排转运蛋白的相关功能基因丰度大幅提高。最后,NP引起了与细胞生长和保护机制密切相关的群体感应调控的生物膜合成基因丰度显著提升。 展开更多
关键词 壬基酚 剩余污泥 厌氧发酵 短链脂肪酸(SCFAs) 基因组学分析
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基于全基因组学的皮特不动杆菌JW535甲烷氧化代谢途径分析
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作者 代宇菲 杨庆 +6 位作者 赵彬 范玉婧 葛姗姗 高志岭 刘春敬 李响 耿仕呈 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第2期229-239,共11页
畜禽养殖和水稻种植是温室气体甲烷(CH_(4))的重要排放源。甲烷氧化菌是大气CH_(4)的重要汇,从垃圾填埋场覆土中分离出1株甲烷氧化菌JW535,经生理生化、16S rRNA及平均核苷酸一致性分析,鉴定其为皮特不动杆菌(Acinetobacter pittii)。... 畜禽养殖和水稻种植是温室气体甲烷(CH_(4))的重要排放源。甲烷氧化菌是大气CH_(4)的重要汇,从垃圾填埋场覆土中分离出1株甲烷氧化菌JW535,经生理生化、16S rRNA及平均核苷酸一致性分析,鉴定其为皮特不动杆菌(Acinetobacter pittii)。批式培养试验表明,与对照菌株Methylosinus trichosporium OB3b相比,培养120 h后,JW535的D_(600 nm)和CH_(4)氧化效率均显著高于对照(P<0.05),分别为0.48和83%。采用三代PacBio结合二代Illumina全基因组测序解析了JW535的CH_(4)氧化代谢通路,其基因组大小为8012886 bp,经直系同源蛋白数据库(COG)和基因组百科全书数据库(KEGG)注释到的基因分别为4916、3073个。JW535全基因组序列中注释到甲烷氧化单加氧酶、甲醇脱氢酶和甲酸脱氢酶的编码基因pmoA、mxaJ和fdoI,推测其具有相对完整的CH_(4)异化代谢通路。JW535同化代谢与丝氨酸循环有关,且具有完整的三羧酸循环。基于JW535的pmoA基因序列构建系统发育树,分析出其pmoA为低CH_(4)亲和力型,其pmoA蛋白含有AMO氨单加氧酶,在进化中相对保守。本研究解析了Acinetobacter pittii JW535的甲烷氧化代谢通路,可为进一步丰富和完善甲烷氧化菌种资源、减少农业CH_(4)排放提供理论和数据支持。 展开更多
关键词 皮特不动杆菌 甲烷氧化 PMOA 基因组学分析
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比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点
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作者 钟杰 李利 +2 位作者 宋天增 张红平 郭家中 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1742-1749,共8页
耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25... 耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组FST以及HP比值的结果显示,2号染色体56.475~56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(FST=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大(△AF>0.5),特别是其中1个SNP位点(chr2:56559507,C>T)的△AF高达0.87。在7号染色体45.05~59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析,SPINK5、TCOF1、PPARD等基因显著富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是SPINK5基因上游5kb处2个SNPs(c.-4283A>G、c.-4295G>A)的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。 展开更多
关键词 藏山羊 耳朵大小 基因组测序 比较基因组学分析
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1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析
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作者 贡嘎 罗润波 +2 位作者 陈建春 王一飞 索朗斯珠 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期12-14,I0002,共4页
为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获... 为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2096个编码基因数量,编码基因序列总长度2047410bp。预测出总长度为4739bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。 展开更多
关键词 牦牛巴氏杆菌 基因组测序 比较基因组学分析
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1株多重耐药副溶血弧菌噬菌体vB_VpP_3的生物学特性及全基因组分析
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作者 刘青青 张明 +5 位作者 杨雯静 刘可 李凡 李学鹏 励建荣 张德福 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期108-116,共9页
目的:分离对多重耐药副溶血性弧菌具有较强裂解能力的噬菌体。方法:以副溶血性弧菌为宿主菌,从海产品中分离、纯化噬菌体,对分离到的噬菌体进行生物学特性和全基因组分析。结果:从螃蟹中分离到1株噬菌体,命名为vB_VpP_3。该噬菌体裂解... 目的:分离对多重耐药副溶血性弧菌具有较强裂解能力的噬菌体。方法:以副溶血性弧菌为宿主菌,从海产品中分离、纯化噬菌体,对分离到的噬菌体进行生物学特性和全基因组分析。结果:从螃蟹中分离到1株噬菌体,命名为vB_VpP_3。该噬菌体裂解谱较窄,宿主特异性强,其最佳感染复数为0.1,吸附率最高为93%。一步生长曲线显示,该噬菌体的潜伏期为15 min,平均裂解量为110 PFU,且对环境有较强的耐受性。噬菌体vB_VpP_3头部为正二十面体,直径约60 nm,有长约20 nm的不可收缩尾部,属于有尾噬菌体目(Caudovirales)的短尾噬菌体科(Podoviridae)。其基因组为双链线性DNA,全长42 459 bp,总GC含量46.87%,未携带毒力及耐药基因。结论:噬菌体vB_VpP_3具有较高的安全性,可以用于多重耐药副溶血性弧菌的生物防治。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 噬菌体 生物防治 生物特性 基因组学分析
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一株来源于豆豉的地衣芽孢杆菌全基因组学及其风味物质形成分析 被引量:6
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作者 张盼文 李浩 +2 位作者 徐钰红 杨慧林 王筱兰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第19期36-43,共8页
地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)是一种能够分泌多种酶的耐盐微生物,在豆制品发酵过程中对于风味物质的产生起着重要作用。该研究基于从曲霉型豆豉中筛选的菌株JXNUWL7,通过对其进行全基因组学分析,探究该菌株在豆制品发酵过程中... 地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)是一种能够分泌多种酶的耐盐微生物,在豆制品发酵过程中对于风味物质的产生起着重要作用。该研究基于从曲霉型豆豉中筛选的菌株JXNUWL7,通过对其进行全基因组学分析,探究该菌株在豆制品发酵过程中可能的功能基因,同时采用GC-MS对纯种发酵豆豉中挥发性成分进行分析。菌株JXNUWL7基因组序列全长4194676 bp,GC含量为46.16%,拼接得到的重叠群数量为45个,共编码4684个基因,预测该菌株有4种已知的次级代谢产物基因合成簇,含有116个碳水化合物活性酶编码基因。结果表明,地衣芽孢杆菌JXNUWL7具有良好的碳水化合物、氨基酸代谢潜能和耐盐抗菌潜力,能够有效降解纤维素等多糖生成乙醇、乳酸、二磷酸尿苷葡萄糖等风味和功能性物质前体。GC-MS分析结果表明,地衣芽孢杆菌JXNUWL7纯种发酵豆豉共鉴定出86种香气成分,包含9种酯类、6种醛类、15种酮类和7种吡嗪类,研究结果为豆豉微生物的开发应用提供了理论支持。 展开更多
关键词 GC-MS 基因组学分析 豆豉 地衣芽孢杆菌 挥发性风味物质
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1株耐重金属植物促生菌Y3的分离、生物学特性及全基因组测序分析 被引量:1
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作者 袁涛 刘向铜 +5 位作者 贾美玉 陈井影 余小霞 卢斌宇 张艳梅 雷冰 《安徽农学通报》 2023年第7期26-32,81,共8页
从江西东乡野生稻自然保护区野生稻(Oryza sativa L.)植株中分离获得1株固氮菌株Y3,通过16S rRNA和基因组系统发育分析,鉴定为Kosakonia sacchari。生理生化和促生试验表明,Y3对重金属Cu^(2+)、Ni^(2+)、Co^(2+)和Zn^(2+)具有较好的耐受... 从江西东乡野生稻自然保护区野生稻(Oryza sativa L.)植株中分离获得1株固氮菌株Y3,通过16S rRNA和基因组系统发育分析,鉴定为Kosakonia sacchari。生理生化和促生试验表明,Y3对重金属Cu^(2+)、Ni^(2+)、Co^(2+)和Zn^(2+)具有较好的耐受性,Cd^(2+)的耐受浓度达到200μg/mL,同时具有固氮和产铁载体的功能。基因组注释和比较基因组学分析显示,Y3基因组大小为5.1 Mb,GC含量53.68%,具有5140个编码基因,其中包含74个tRNA基因、8个rRNA基因和4985个功能蛋白基因;同源基因分析表明,6株Kosakonia sacchari菌株共有3987个基因簇,其中Y3与其他5株菌株共享4417个基因簇;比较基因组分析表明,Y3基因组中存在与植物促生作用有关的铁载体合成酶和固氮酶相关基因,以及与Zn^(2+)转运和Cu^(2+)抗性相关的基因。本试验深入研究了Y3的促生和重金属耐受性机制,为更有效地利用其在植物-微生物联合修复重金属污染土壤方面提供了理论依据。 展开更多
关键词 Kosakonia sacchari 重金属耐受性 植物促生性 基因组注释 比较基因组学分析
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铜绿假单胞菌噬菌体vB_PaS_IME307的生物学特性研究及全基因组分析
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作者 王灿 刘慧莹 +4 位作者 高明明 米丽媛 喻鑫婷 米志强 柏长青 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第19期2045-2056,共12页
目的以实验室保存菌株Pa175为宿主菌,从医院污水中分离得到1株铜绿假单胞菌噬菌体,研究其生物学特性及全基因组学特征。方法利用双层平板法、噬斑法分离并鉴定噬菌体;PEG8000浓缩NaCl沉淀法纯化噬菌体;蔗糖梯度离心进一步纯化噬菌体,经... 目的以实验室保存菌株Pa175为宿主菌,从医院污水中分离得到1株铜绿假单胞菌噬菌体,研究其生物学特性及全基因组学特征。方法利用双层平板法、噬斑法分离并鉴定噬菌体;PEG8000浓缩NaCl沉淀法纯化噬菌体;蔗糖梯度离心进一步纯化噬菌体,经磷钨酸负染染色后,使用透射电子显微镜观察其形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体DNA,对提取的核酸进行全基因组测序和生物信息学分析。结果得到1株裂解性铜绿假单胞菌噬菌体vB_PaS_IME307,该噬菌体可以形成透明且有晕环的噬菌斑,全基因组大小为51545 bp。透射电镜结果显示vB_PaS_IME307的头部呈正二十面体形状,直径(66±2)nm,尾长(116±2)nm;进化树分析发现该噬菌体为Mccleskeyvirinae病毒属,长尾噬菌体科(Siphoviridae)。生物学特性研究发现:vB_PaS_IME307在pH=4.0~11.0、60℃以下能够保持较高活性,感染周期约为60 min,其中包括10 min潜伏期和50 min暴发期,其暴发量为150 PFU/cell。结论噬菌体vB_PaS_IME307具有宿主特异性,对温度和pH具有较好的耐受能力,具有防治铜绿假单胞菌细菌感染的潜力。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 噬菌体 生物特性 基因组学分析
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水牛FASN基因外显子37多态性及其生物信息学分析
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作者 江明星 哈福 +4 位作者 付琳 袁峰 欧阳依娜 张慧芳 苗永旺 《中国牛业科学》 2014年第3期15-20,共6页
[目的]脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)是影响哺乳动物脂肪酸合成的关键酶,但有关水牛FASN基因的群体遗传组成特征还不清楚。[方法]本研究采用PCR产物直接测序法和PCR-SSCP方法对88头河流型和122头沼泽型水牛、54头牦牛和40头... [目的]脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)是影响哺乳动物脂肪酸合成的关键酶,但有关水牛FASN基因的群体遗传组成特征还不清楚。[方法]本研究采用PCR产物直接测序法和PCR-SSCP方法对88头河流型和122头沼泽型水牛、54头牦牛和40头大额牛FASN基因外显子37进行群体变异检测,并结合已发表的牛科物种序列进行生物信息学分析。[结果]结果表明,仅在水牛中发现2个SNP位点,为c.6363C>T和c.6372C>T,均为同义替换。河流型和沼泽型水牛共享这2个SNP位点,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。确定水牛特有的核苷酸位点3个,即c.6183A,c.6255T和c.6394A,其中c.6394A导致水牛FASN蛋白第2132位氨基酸与其它牛科物种不同,在水牛中为M而其它牛科物种中为V;山羊特有的位点2个,为c.6189A和c.6267T。普通牛、山羊和绵羊中具有异义替换SNP位点,分别为1个、3个和7个。普通牛的异义替换SNP位点c.6365G>A对蛋白质功能影响不显著(subPSEC>-3);山羊的这些异义替换SNP位点c.6296T>C、c.6301C>T和c.6341T>C对其蛋白质功能影响均有显著影响(subPSEC<-3);绵羊7个异义替换SNP位点中的2个,即c.6286A>C和c.6406A>G对FASN功能有显著影响(subPSEC<-3)。[结论]这些核苷酸差异引起的氨基酸差异可能引起不同牛科物种间FASN功能的差异。 展开更多
关键词 水牛 FASN基因 多态性 SNPS 比较基因组学分析
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牛科物种FEZF2基因分子特征、功能预测及进化分析 被引量:1
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作者 保志鹏 涂兴调 +4 位作者 张自芳 谷丽娇 范新阳 钱林东 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期574-586,共13页
【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、... 【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、氨基酸组成、基序和保守结构域、高级结构、参与的生物学路径、分子功能及进化关系进行比较分析。【结果】牛科动物间FEZF2基因转录区的结构存在差异,表现为非翻译区和内含子的序列长度不一致,但它们的编码序列(coding sequence,CDS)结构模式一致,与非牛科动物的CDS结构具有共线性关系。牛科动物FEZF2蛋白都是在核内发挥生物学功能的亲水性蛋白,无信号肽序列及跨膜结构域,都含有1个COG5048保守的锌指结构域。预测显示:FEZF2蛋白参与的生物学过程主要与神经元发育调节有关,分子功能主要是与染色质结合、转录激活或抑制有关。牛科与非牛科哺乳动物的FEZF2序列都存在1个连续的甘氨酸序列重复区,水牛、牦牛、绵羊和山羊均为13G型,但普通牛和瘤牛存在12G和13G两个等位基因。各牛科物种FEZF2蛋白在氨基酸组成、序列一致性、理化特征、基序、结构域和高级结构上存在相似性,但在牛科的不同属间存在一定差异。系统发育分析显示:牛科同属动物的FEZF2蛋白遗传关系较近。【结论】本研究揭示牛科家畜间FEZF2基因CDS的结构模式高度一致;FEZF2作为核内功能蛋白可能参与了牛科物种的神经元发育和机体免疫等过程的基因表达调控。 展开更多
关键词 牛科物种 FEZF2基因 分子特征 基因功能 生物信息与比较基因组学分析
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河流型与沼泽型水牛STAT5A基因序列多态性分析 被引量:2
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作者 卢武洲 钱林东 +4 位作者 欧阳依娜 毕润 张慧芳 袁峰 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期210-218,共9页
信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测... 信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测序技术对60头河流型水牛和300头沼泽型水牛样品的STAT5A基因外显子7,8,9,13和16序列及内含子8序列、内含子16部分序列进行了群体变异检测,并对检测结果进行了群体遗传和比较基因组学分析。在水牛STAT5A基因中共检测到12个SNP位点,其中在外显子中检测到4个SNP位点,内含子中检测到8个SNP位点。在外显子8和外显子13中各检测到2个SNP位点,在外显子8中为c.924C>T和c.975C>T替换,在外显子13中为c.1485A>G和c.1551C>T替换。它们均为同义替换,只存在于河流型水牛中。在内含子8中检测到7个SNP位点,在内含子16中检测到1个SNP位点。在内含子中检测到的SNP位点全部存在于河流型水牛中,在沼泽型水牛中只存在其中的2个SNP位点(c.989+144G>T,c.989+177A>G)。本文结果揭示河流型与沼泽型水牛STAT5A基因SNP位点群体遗传组成不同,在河流型水牛中检测到的SNP位点大多在沼泽型水牛中已纯合。比较基因组学分析显示,水牛与普通牛、牦牛和绵羊的STAT5A基因序列差异较大,水牛具有不同的SNP位点分布模式,但水牛与普通牛和牦牛在氨基酸序列水平上差异较小。 展开更多
关键词 水牛 STAT5A基因 多态性 比较基因组学分析
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牛角地黄汤对金黄色葡萄球菌耐药性的影响及转录组学分析
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作者 冯烁 张亚飞 +2 位作者 栗云鹏 杨佐君 孙英健 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期831-838,共8页
【目的】探讨耐药金黄色葡萄菌(MRSA)在牛角地黄汤作用下对甲氧西林敏感性的影响。【方法】采用微量稀释法检测金黄色葡萄球菌在牛角地黄汤作用下对苯唑西林钠耐受的影响,用基因转录组学分析牛角地黄汤对金黄色葡萄球菌基因转录的变化,... 【目的】探讨耐药金黄色葡萄菌(MRSA)在牛角地黄汤作用下对甲氧西林敏感性的影响。【方法】采用微量稀释法检测金黄色葡萄球菌在牛角地黄汤作用下对苯唑西林钠耐受的影响,用基因转录组学分析牛角地黄汤对金黄色葡萄球菌基因转录的变化,用PCR进行验证。【结果】牛角地黄汤与苯唑西林联用能提高金黄色葡萄球菌对苯唑西林的敏感性,牛角地黄汤可抑制耐药相关基因femB、细胞壁合成的相关基因glmU和murG的转录,但对青霉素结合蛋白B(pbpB)及其受体(pbpBR)基因的转录无显著影响。【结论】牛角地黄汤可提高耐甲氧西林金葡菌对苯唑西林的敏感性。 展开更多
关键词 牛角地黄汤 金黄色葡萄球菌 耐药性 基因组学分析
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温度与负荷对Anammox菌自富集启动的PDA的影响 被引量:2
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作者 马雨晴 王博 李笑迪 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1307-1313,共7页
采用UASB反应器,接种厌氧氨氧化菌自富集启动的PDA污泥,在温度由25℃下降到19℃条件下逐步将进水氮浓度从20mg/L提高到100mg/L(即氮负荷从3.2g/(m^(3)·d)提高到4.0g/(m^(3)·d)),反应器共运行115d,总氮去除率最高可达到89.9%.1... 采用UASB反应器,接种厌氧氨氧化菌自富集启动的PDA污泥,在温度由25℃下降到19℃条件下逐步将进水氮浓度从20mg/L提高到100mg/L(即氮负荷从3.2g/(m^(3)·d)提高到4.0g/(m^(3)·d)),反应器共运行115d,总氮去除率最高可达到89.9%.16S rRNA基因测序结果表明,Candidatus Brocadia作为主要厌氧氨氧化功能菌在生物填料中丰度达到3.7%,短程反硝化功能菌Thaurea在絮体污泥中的丰度最高达15.7%.宏基因组学分析显示与短程反硝化相关的基因Nar,Nap和与厌氧氨氧化相关的Nir,Hzs和Hdh基因表达程度较高. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化 微生物种群 基因组学分析 脱氮
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三种组合基质垂直潜流人工湿地对微污染河水的净化效果 被引量:3
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作者 全爽 刘健 +4 位作者 张鹏飞 展巨宏 张佩 纪兴华 魏炜 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期3698-3706,共9页
构建了建筑垃圾、铁碳和火山岩负载纳米氧化铝的3种组合基质填料的垂直潜流人工湿地,比较了组合填料湿地和单一填料湿地对模拟微污染河水中COD、氨氮和总磷的净化效果,进一步评估了组合填料湿地对氟化物和12种药品及个人护理用品(pharma... 构建了建筑垃圾、铁碳和火山岩负载纳米氧化铝的3种组合基质填料的垂直潜流人工湿地,比较了组合填料湿地和单一填料湿地对模拟微污染河水中COD、氨氮和总磷的净化效果,进一步评估了组合填料湿地对氟化物和12种药品及个人护理用品(pharmaceuticals and personal care products,PPCPs)的降解效果.结果显示,6个月的实验期内,在COD、氨氮和总磷进水浓度分别为30 mg·L^(−1)、1.5 mg·L^(−1)和0.5 mg·L^(−1)时,组合填料湿地具有更全面的污染物净化能力,对COD、氨氮和总磷的平均去除率分别达到82.9%、86.6%、67.4%,出水均可达到地表Ⅲ类水质标准以上.此外,组合填料湿地对氟化物的平均去除率为18.6%,对12种PPCPs的降解效果差异明显.微生物群落的宏基因组学分析显示,变形菌门(Proteobacteria)均是不同填料湿地微生物系统里的优势菌门,而属水平下的种群丰度在各系统中有明显差异.组合填料中除了优势菌种外,还发现了丰度较高的放线菌门(Actinobacteria),以及细杆菌属(Microbacterium)和噬氢菌属(Hydrogenophaga).同时,氮代谢基因丰度和磷代谢基因丰度均在组合填料湿地中最高,表明组合填料湿地系统中具有更丰富的微生物群落环境,这也解释了该系统对不同污染物均有较好的净化效果的原因. 展开更多
关键词 人工湿地 永定河 组合填料 基因组学分析
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利用遗传多样性探索玉米抗逆性的遗传基础 被引量:5
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作者 刘骞 王进军 《种子科技》 2023年第20期38-40,共3页
玉米抗逆性的遗传基础研究旨在通过分析不同玉米品种之间的遗传差异,揭示与逆境胁迫相关的遗传因子,深入了解玉米抗逆性的分子机制和遗传调控网络。通过研究识别具有强大逆境适应能力的玉米品种,并为玉米育种提供重要的遗传资源和科学依... 玉米抗逆性的遗传基础研究旨在通过分析不同玉米品种之间的遗传差异,揭示与逆境胁迫相关的遗传因子,深入了解玉米抗逆性的分子机制和遗传调控网络。通过研究识别具有强大逆境适应能力的玉米品种,并为玉米育种提供重要的遗传资源和科学依据,开发更具抗逆性的新品种,提高玉米产量和抗逆能力。 展开更多
关键词 遗传多样性 抗逆性 遗传差异 基因组学分析 新品种
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