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核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证
被引量：
6
1
作者
罗晓燕
侍婷
+1 位作者
蔡斌
高志红
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期75-81,共7页
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs...
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。
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关键词
MICRORNA
生物信息学预测
李属
核果类果树
表达
序列
标签
基因组勘测序列
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职称材料
题名
核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证
被引量：
6
1
作者
罗晓燕
侍婷
蔡斌
高志红
机构
南京农业大学园艺学院
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期75-81,共7页
基金
国家自然科学基金项目(30871681)
江苏省科技基础设施建设计划(BM2008008)
文摘
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。
关键词
MICRORNA
生物信息学预测
李属
核果类果树
表达
序列
标签
基因组勘测序列
Keywords
microRNA
bioinformatics prediction
Prunus
drupe fruit trees
EST（expressed sequence tag）
GSS（genome survey sequences）
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
Q943.2 [生物学—植物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证
罗晓燕
侍婷
蔡斌
高志红
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012
6
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