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福建牡蛎致病菌沙氏弧菌的分离鉴定及全基因组分析
1
作者 葛辉 李慧耀 +12 位作者 巫旗生 宁岳 祁剑飞 温凭 郭香 潘洁茹 吴丽云 王为刚 王晓伟 李苗苗 戴燕彬 林向阳 林琪 《厦门大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期839-848,共10页
[目的]对患病福建牡蛎(Crassostrea angulata)幼虫进行病原分离鉴定和全基因组测序,以期为牡蛎细菌性疾病的预防和治疗提供科学依据.[方法]采用平板分离法进行病原微生物的分离纯化,结合形态学、生理生化特征和分子生物学对病原进行种... [目的]对患病福建牡蛎(Crassostrea angulata)幼虫进行病原分离鉴定和全基因组测序,以期为牡蛎细菌性疾病的预防和治疗提供科学依据.[方法]采用平板分离法进行病原微生物的分离纯化,结合形态学、生理生化特征和分子生物学对病原进行种属鉴定,并对分离得到的病原菌进行基因组测序和药物敏感性试验.[结果]从患病牡蛎幼虫分离纯化获得优势菌株M05,通过外观形态、生理生化特征和16S rRNA基因测序判定为沙氏弧菌(Vibrio chagasii).回归感染试验证实其可引起牡蛎幼虫发病死亡.基因组测序分析表明,M05菌株携带副定殖因子基因AcfB、溶血素基因和Ⅱ型分泌途径基因EpsD等毒力基因;此外,菌株本身及其携带的质粒中含有大量耐药基因,药物敏感性试验结果显示菌株对环丙沙星、替加环素和碳青霉烯类抗生素较敏感,对青霉素类、氨基糖苷类和头孢类抗生素均具有较强的耐药性.[结论]沙氏弧菌M05携带多种致病因子,可引起福建牡蛎幼虫感染,且对多种抗生素具有耐药性,研究结果可为福建牡蛎幼虫病害防控提供科学依据. 展开更多
关键词 水产养殖 福建牡蛎 沙氏弧菌 全基因组分析 药物敏感性试验
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具有潜在益生特性开菲尔慢生乳杆菌的筛选及全基因组分析 被引量：2
2
作者 刘湘芸 赵鑫 +3 位作者 王会莹 袁保壹 薄晓宇 包秋华 《中国乳品工业》 北大核心 2025年第2期5-13,共9页
为挖掘传统发酵乳制品中具有潜在益生特性的开菲尔慢生乳杆菌(Lentilactobacillus kefiri,L.kefiri)菌株。文章对10株L.kefiri进行体外益生特性检测,结果表明,L.kefiri NM119-2相较于其他菌株,益生性能良好,该菌株在pH=3的模拟人工胃液... 为挖掘传统发酵乳制品中具有潜在益生特性的开菲尔慢生乳杆菌(Lentilactobacillus kefiri,L.kefiri)菌株。文章对10株L.kefiri进行体外益生特性检测,结果表明,L.kefiri NM119-2相较于其他菌株,益生性能良好,该菌株在pH=3的模拟人工胃液中3 h存活率为57.55%,在0.3%胆盐中4 h存活率为95.79%;对氯霉素、青霉素、环丙沙星和庆大霉素等6种抗生素显示敏感;疏水性达80.36%;静置24 h后自凝聚能力为43.30%;DPPH自由基清除率为97.91%,羟自由基清除率为52.2%,超氧阴离子清除率为27.81%,综合抗氧化能力强。碳水化合物利用能力结果显示,L.kefiri NM119-2可利用D-葡萄糖、D-乳糖和D-果糖等9种糖。全基因组测序结果显示,L.kefiri NM119-2基因组全长为2.48 Mb,编码2611个基因,涵盖了氨基酸运输和代谢、碳水化合物代谢和磷酸化作用等相关基因;L.kefiri NM119-2耐药基因均位于染色体上,安全风险较低。 展开更多
关键词 开菲尔慢生乳杆菌 筛选 益生特性 全基因组分析
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葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
3
作者 李娟娟 刘子涵 +3 位作者 王雅楠 刘莉君 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2025年第1期51-65,共15页
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异... 栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。 展开更多
关键词 葡萄牙栖盐田菌 极端环境 热液区 冲绳海槽 全基因组测序 比较基因组分析
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1株含有LIPI-4的单增李斯特菌弱毒株的比较基因组分析
4
作者 祁亚涛 刘嘉 +6 位作者 康立超 王静 马勋 刘彩霞 钱瑞宣 刘璐 殷中科 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第9期4291-4303,共13页
【目的】探究单增李斯特菌Lm873含有毒力岛4(LIPI-4)却毒力较弱的原因,并基于基因组学评估菌株Lm873引发人李斯特菌病暴发的潜在公共卫生风险。【方法】以单增李斯特菌弱毒株Lm873为研究对象,比较其与强毒株Lm928在不同温度、pH、NaCl... 【目的】探究单增李斯特菌Lm873含有毒力岛4(LIPI-4)却毒力较弱的原因,并基于基因组学评估菌株Lm873引发人李斯特菌病暴发的潜在公共卫生风险。【方法】以单增李斯特菌弱毒株Lm873为研究对象,比较其与强毒株Lm928在不同温度、pH、NaCl浓度条件下的生长曲线差异,在不同温度下运动能力差异及在不同浓度氧化剂条件下的抗氧化应激能力差异;对菌株Lm873进行全基因组测序,对其基因组特点、毒力基因、基因组进化、功能注释进行分析。【结果】在不同温度及pH为3.0、7.0、9.0的条件下,菌株Lm873和Lm928的生长曲线均无显著差异(P>0.05),但在pH 5.0的培养基中菌株Lm873在12 h时生长能力显著低于菌株Lm928(P<0.05)。在4.5%、7.0%NaCl溶液中二者生长能力无显著差异(P>0.05),但在0.5%和10.0%NaCl溶液中,菌株Lm873生长能力分别在8和12 h显著低于菌株Lm928(P<0.05)。在运动性试验中,28和37℃培养时,菌株Lm873运动圈平均直径均显著低于菌株Lm928(P<0.05)。菌株Lm928能在含CdCl_(2)的培养基上生长,而Lm873不生长;菌株Lm873与Lm928在含0.25、0.5、1 mmol/L CuCl_(2)的培养基上的生长能力无明显差异,在低浓度H_(2)O_(2)培养基条件下,菌株Lm928生长,菌株Lm873不生长,在高浓度H_(2)O_(2)培养基上菌株Lm928与Lm873均不生长。基因组分析显示,菌株Lm873的全长序列为2972618 bp,GC含量为37.88%,并含有特定的基因特征;16S rRNA系统发育树分析显示,菌株Lm873与意大利胃肠炎相关菌株HPB2262相似性最高,亲缘关系最近;基于SNP构建的系统发育树显示,菌株Lm873与中国临床分离株SHL012和引发美国人李斯特菌病的菌株FSLJ1-194亲缘关系最近,相似性最高。比较基因组学分析发现,菌株Lm873相较于Lm928,缺少与镉离子转运相关的基因和阳离子转运ATP酶。KEGG通路分析揭示菌株Lm873在鞭毛组装方面具有较少的注释基因。此外,菌株Lm873携带多种耐药性基因,表现出多重耐药性。【结论】单增李斯特菌Lm873含有LIPI-4却是弱毒的原因与其传播能力、感染能力及对环境的抵抗力有关;通过基因进化树得出菌株Lm873具有引起人李斯特菌病暴发的潜在可能。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 生长曲线 氧化应激 运动性 全基因组分析
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高效多环芳烃降解菌Pseudomonas jessenii QYQ-1的分离、鉴定及基因组分析
5
作者 秦银秋 王乙橙 +1 位作者 张慕琦 陈猷鹏 《中国环境科学》 北大核心 2025年第9期5163-5175,共13页
从嘉陵江河床沉积物分离获得一株多环芳烃(PAHs)降解菌株QYQ-1,经16S rRNA序列比对､平均核苷酸一致性值计算与全基因组系统发育分析,鉴定其为杰氏假单胞菌(Pseudomonas jessenii).菌株QYQ-1具有广泛的温度(15~40℃)和pH值(5~9)适应范围... 从嘉陵江河床沉积物分离获得一株多环芳烃(PAHs)降解菌株QYQ-1,经16S rRNA序列比对､平均核苷酸一致性值计算与全基因组系统发育分析,鉴定其为杰氏假单胞菌(Pseudomonas jessenii).菌株QYQ-1具有广泛的温度(15~40℃)和pH值(5~9)适应范围、优良的耐盐性(0.5%~5%)和良好的重金属抗性(Cu^(2+)、Zn^(2+)、Co^(2+)、Mn^(2+)、Cd^(2+)),尤其具有耐低温(15℃)、耐高盐(5%)和耐重金属的独特优势,其最佳降解条件为温度35℃,pH值为7,可在48h内对100mg/L萘降解率达到97.7%.此外,其还可以高效降解苯甲酸和苯酚等芳香族化合物.基因组分析表明,菌株QYQ-1具有多种PAHs降解过程中的关键基因,包括完整的苯甲酸盐降解与邻苯二酚邻位裂解通路,还含有水杨酸羟化酶、细胞色素P450、原儿茶酸3,4-双加氧酶等有关PAHs降解的关键基因.同时,还携带大量铜、锌、钴、锰、镉等重金属抗性基因.此外,菌株QYQ-1还具有强大的铁摄取系统.这拓展了菌株QYQ-1的应用范围,不仅可以用于PAHs污染场地的环境修复,还具有应用于重金属和PAHs复合污染场地环境修复的潜力. 展开更多
关键词 杰氏假单胞菌 多环芳烃 降解 重金属 全基因组测序 基因组分析
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黄河高原鳅血红蛋白基因家族全基因组分析及低氧胁迫响应
6
作者 谭瑾 郭守全 +6 位作者 刘丹 张存芳 聂苗苗 寇若彬 姚占雯 田菲 祁得林 《水生生物学报》 北大核心 2025年第5期62-72,共11页
为探究血红蛋白基因家族在黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi)低氧适应中的作用,研究基于黄河高原鳅基因组数据对血红蛋白基因家族进行了生物信息学分析,并开展低氧胁迫和基因表达检测。结果显示,黄河高原鳅血红蛋白基因家族由11个成... 为探究血红蛋白基因家族在黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi)低氧适应中的作用,研究基于黄河高原鳅基因组数据对血红蛋白基因家族进行了生物信息学分析,并开展低氧胁迫和基因表达检测。结果显示,黄河高原鳅血红蛋白基因家族由11个成员组成,其中包括6个α珠蛋白基因(hbaa1、hbaa2、hbae1、hbae3、hbae4和hbae5)和5个β珠蛋白基因(hbba1、hbba2、hbbe1.1、hbbe1.2和hbbe2)。Motif、Domain及基因结构分析结果均表明该家族成员具有较高的保守性,除hbbe2外,其余基因结构相似。染色体定位分析结果显示,血红蛋白基因家族成员分布在2条染色体上(Chr_07、Chr_17)。蛋白理化性质分析结果显示,除hbbe1.2为疏水性不稳定蛋白,其余基因产物均为疏水性稳定蛋白,其中hbae3、hbbe1.1、hbbe2为酸性蛋白;其余8个为碱性蛋白,其中α-螺旋是主要的二级结构。亚细胞定位预测结果显示,除hbae4基因产物位于细胞质中,hbae3位于细胞质和细胞外;其余血红蛋白基因均位于线粒体中。基因表达研究表明,在急性低氧胁迫12h(0.3±0.1 mg/L)后,hbaa1、hbaa2、hbba1和hbba2基因在肝脏、鳃和血液中的表达量具有上调趋势,但是差异不显著(P<0.05);在慢性低氧24h至96h[(3.0±0.1)mg/L]时,hbaa1、hbba1、hbaa2和hbba2基因在肝脏和血液中的表达量达到峰值(P<0.05),随着胁迫时间延长,上述基因的表达量均有所下调。在鳃组织中,hbaa1、hbaa2和hbba1的最高表达量出现在慢性低氧后的196h,而hbba2基因表达峰值出现在24h。研究展示了黄河高原鳅血红蛋白基因家族成员的低氧胁迫表达模式,为黄河高原鳅的低氧适应机制研究积累科学数据。 展开更多
关键词 血红蛋白基因家族 全基因组分析 低氧胁迫 黄河高原鳅
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中华蜜蜂肠道菌Gilliamella sp.G0441分离、鉴定及基因组分析
7
作者 彭烨华 高杨 +2 位作者 张立富 黄少康 李文峰 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第2期350-360,共11页
蜜蜂肠道菌群由一组特定的细菌组成,在宿主营养代谢、免疫调节及解毒等方面发挥重要作用。本研究对一来自中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂肠道的菌株——G0441进行了分离、鉴定以及基因组分析。G0441菌体呈圆形,直径约1 mm,表面光滑,半... 蜜蜂肠道菌群由一组特定的细菌组成,在宿主营养代谢、免疫调节及解毒等方面发挥重要作用。本研究对一来自中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂肠道的菌株——G0441进行了分离、鉴定以及基因组分析。G0441菌体呈圆形,直径约1 mm,表面光滑,半透明;严格厌氧生长。基于16S rRNA基因序列分析结果可知:G0441菌株属于γ变形菌纲,Orbaceae科,其最近的近缘种均为Gilliamella属物种。G0441基因组大小为2.6 Mb,总GC含量比值为35%;基因组编码2350个基因,其中包括2299个蛋白编码基因,蛋白编码基因序列长度占比为85%。对蛋白编码基因进行COG功能分类注释,结果显示:氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢、翻译-核糖体结构与生物发生、转录、复制-重组-修复、细胞壁/细胞膜/包膜生物发生等功能类别得到显著富集。此外,从G0441基因组中还注释得到159个毒力因子、77个耐药基因、22个碳水化合物活性酶、255种转运蛋白、565个跨膜蛋白基因、201个信号肽蛋白基因及多个脂蛋白基因。泛基因组分析显示:在6种近缘菌株的同源基因中,存在145个共有基因(Core gene)和7190个特有基因(Specific gene),其中,G0441含有221个特有基因。基于core单拷贝基因和全基因组SNP位点的系统进化树分析均表明:G0441与Gilliamella sp.ESL0441菌株亲缘关系最为接近。本研究分离并鉴定了一种中华蜜蜂肠道菌Gilliamella菌株(命名为Gilliamella sp.G0441)。本研究获得的菌株基因组信息为进一步探索Gilliamella sp.G0441相关功能奠定基础。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 肠道菌群 Gilliamella 基因组分析
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一株牛肠病毒F型的全基因组分析及抗体检测间接ELISA方法的建立
8
作者 刘健 于泽海 +5 位作者 张玫瑜 李丹 王君 刘芳琴 张群 徐守振 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第2期814-825,共12页
本研究从牛肠病毒(BEV)阳性粪便中通过接种BHK细胞进行蚀斑纯化分离得到一株F型肠道病毒,经过RT-PCR鉴定正确后送生物公司进行全基因测序以及进行TCID_(50)的测定,以MEGA11.0等生物信息学软件对BEV全基因进行分析并构建遗传进化树。以... 本研究从牛肠病毒(BEV)阳性粪便中通过接种BHK细胞进行蚀斑纯化分离得到一株F型肠道病毒,经过RT-PCR鉴定正确后送生物公司进行全基因测序以及进行TCID_(50)的测定,以MEGA11.0等生物信息学软件对BEV全基因进行分析并构建遗传进化树。以原核表达方式得到含BEV分离株VP3基因的重组蛋白,作为包被抗原,建立检测抗体的间接ELISA方法,并对建立的ELISA方法的特异性、灵敏性、重复性进行测定与用于临床样品的检测。结果显示,BEV分离株的TCID 50为10-6.26·mL^(-1),病毒分离株全长为7439 nt,ORF大小为6504 bp,编码2168个氨基酸,与F型肠道病毒BEV4遗传关系最近且核苷酸相似性最高,故分离到的病毒为F型肠道病毒,暂命名为BEV-QD,与其他F型毒株相比,BEV-QD株存在氨基酸的突变以及缺失并且大多集中在P2、P3区。本次建立的抗体检测间接ELISA方法重复性良好;阳性血清稀释1600倍后结果仍呈现阳性,灵敏性良好;与BVDV等阳性血清不发生特异性结合,特异性良好;检测40份临床样品中,13份为阳性,阳性率为32.5%。本研究分离到一株F型牛肠病毒突变株,建立了一种抗体间接ELISA方法。为牛肠病毒的检测和防控提供了基础手段。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 分离鉴定 TCID_(50) 全基因组分析 ELISA
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水稻黄单胞菌噬菌体vB_XaS_HDB2的全基因组分析和生物学特性研究
9
作者 陈惠莹 何嘉欣 +4 位作者 朱斌 黄士轩 周星佑 伍君权 杨美艳 《作物学报》 北大核心 2025年第8期2087-2099,共13页
水稻白叶枯病是由水稻黄单胞菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)引起的一种常见病害,可导致水稻大面积减产,对粮食安全造成巨大威胁。防治白叶枯病的化学药剂种类少,效果欠佳且对环境危害大,亟需开发安全高效的新型抗菌剂。噬菌体因... 水稻白叶枯病是由水稻黄单胞菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)引起的一种常见病害,可导致水稻大面积减产,对粮食安全造成巨大威胁。防治白叶枯病的化学药剂种类少,效果欠佳且对环境危害大,亟需开发安全高效的新型抗菌剂。噬菌体因其裂解细菌的高度特异性而备受关注。本研究从稻虾田水中分离获得一株水稻黄单胞菌噬菌体,命名为vB_XaS_HDB2(HDB2)。电镜观察显示,噬菌体HDB2为长尾噬菌体,头部直径和尾部长度分别为(48±3)nm、(166±8)nm。全基因组分析结果显示,HDB2序列长43,697 bp,GC含量为54.31%,含有52个开放阅读框(ORFs)。其中30个为已知功能蛋白,按照不同功能分为DNA代谢、裂解、包装、结构4个模块;该噬菌体含有1个tRNA,不含毒力基因和抗生素耐药基因。ANI、蛋白网络图与系统发育树分析表明,HDB2属于Septimatrevirus属成员,与噬菌体vB_Xar_IVIA-DoCa8相似度最高(97.74%)。HDB2能够裂解52.9%(9/17)的受测黄单胞菌菌株;一步生长曲线显示,HDB2的潜伏期为3 h,裂解期为5 h,裂解量为44 pfu cell^(-1);HDB2具有较好的温度(4~60℃)和pH(4~11)耐受性。体外抑菌结果显示,感染复数大于0.1时,噬菌体HDB2能有效抑制黄单胞菌Xoo 2086的生长。综上所述,本研究分离纯化并鉴定了一株水稻黄单胞菌噬菌体,为噬菌体技术应用于作物细菌病害的防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 水稻黄单胞菌 水稻白叶枯病 噬菌体 全基因组分析 生物学特性
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白酒窖泥格氏乳球菌的比较基因组分析
10
作者 赵倬儒 陈晓松 +1 位作者 陈聪 邹伟 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第9期50-58,共9页
格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)是一种广泛存在于白酒酿造生态系统的功能微生物,在发酵过程中不仅能产生多种风味物质,还能在维持酿造体系的生态平衡中起关键作用。该研究对4株窖泥环境L.garvieae进行功能基因注释,并结合其他生态位L... 格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)是一种广泛存在于白酒酿造生态系统的功能微生物,在发酵过程中不仅能产生多种风味物质,还能在维持酿造体系的生态平衡中起关键作用。该研究对4株窖泥环境L.garvieae进行功能基因注释,并结合其他生态位L.garvieae进行泛基因组分析,探究其系统发育中的群体特征及白酒环境下的个体特异性。结果表明L.garvieae的泛基因组表现出开放的状态,核心基因组主要涉及菌体的基础代谢功能。核心基因组KEGG注释表明L.garvieae基因组均能够产生促进微生物生长的纤维素酶、糖化酶、酯酶,同时产生乳酸、乙酸、乙醇等前体物质,通过酯酶催化生成乳酸乙酯和乙酸乙酯。毒力因子分析评估窖泥环境的4株L.garvieae在自身基因水平上具有安全性,但也有可能会受到外界调控。L.garvieae中存在大量的水平基因转移。该研究相关结果揭示了L.garvieae遗传多样性和进化特征,为其在白酒行业中的应用提供了一定理论依据。 展开更多
关键词 格氏乳球菌 泛基因组分析 乳酸菌 核心基因组 白酒
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1株黏质沙雷氏菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析
11
作者 赵新凌 刘宇洋 +2 位作者 杨靖卿 卞心蓉 王心舞 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5434-5443,共10页
【目的】分离能够裂解耐药黏质沙雷氏菌的噬菌体并对其进行生物学特性及全基因组分析,为临床应用噬菌体疗法防控黏质沙雷氏菌感染提供候选噬菌体,并为解决黏质沙雷氏菌耐药性问题提供新思路。【方法】本研究以从医院痰液样本中分离得到... 【目的】分离能够裂解耐药黏质沙雷氏菌的噬菌体并对其进行生物学特性及全基因组分析,为临床应用噬菌体疗法防控黏质沙雷氏菌感染提供候选噬菌体,并为解决黏质沙雷氏菌耐药性问题提供新思路。【方法】本研究以从医院痰液样本中分离得到的黏质沙雷氏菌Sm2为宿主菌,通过空斑法及双层平板法从污水处理厂采集的污水样品中分离纯化黏质沙雷氏菌噬菌体,进一步对其形态、裂解谱、生长曲线、温度耐受性及酸碱稳定性等生物学特性进行分析;通过Illumina HiSeq测序平台测定其全基因组序列,并对其基因组特征及遗传进化关系进行分析。【结果】从污水处理厂污水样品中分离得到1株黏质沙雷氏菌噬菌体vB_SamS_CC02,该噬菌体在LB平板上形成透亮噬菌斑。透射电镜观察显示,该噬菌体属于长尾病毒科,由直径为(58±10)nm的二十面体对称头部及1个长度为(110±10)nm的尾部组成。裂解谱测定结果显示,该噬菌体仅能特异性裂解黏质沙雷氏菌,对其他种属细菌无裂解作用。一步生长曲线测定结果显示,该噬菌体潜伏期为5 min,裂解周期约为30 min,爆发量可达105 PFU/cell。耐受性检测结果显示,60℃存放60 min仍可检测到部分活性噬菌体,具有良好的温度稳定性;pH_(2).0环境中放置60 min,其噬菌体效价稳定在104 PFU/mL,具有良好的酸碱耐受性。基因组测序结果显示,噬菌体vB_SamS_CC02基因组全长为163764 bp,GC含量为46%,基因组包含65个开放阅读框(ORFs),无毒力、耐药性或溶原相关基因。遗传进化分析结果显示,该噬菌体在全基因组水平上与沙雷氏菌噬菌体vB_SmaS_Serratianator(MW021755.1)序列相似性最高(96.83%),但基于末端酶大亚基序列的进化分析结果显示其属于一个单独进化分支,与已报道噬菌体亲缘关系较远。【结论】本研究成功分离得到1株特异性裂解黏质沙雷氏菌的噬菌体vB_SamS_CC02,该噬菌体裂解能力强、稳定性好。研究结果为临床应用噬菌体疗法防控耐药黏质沙雷氏菌感染提供了候选噬菌体。 展开更多
关键词 黏质沙雷氏菌 噬菌体 生物学特性 全基因组分析
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一株对草地贪夜蛾具有胃毒活性的克雷伯氏菌分离及全基因组分析
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作者 郭鹬 任广豪 +3 位作者 刘金源 钟子雯 樊江斌 于欢 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第4期1213-1225,共13页
本研究从田间采集的菜青虫Pieris rapae L.中肠分离获得可培养的、菌落形态有显著差异的细菌菌落53个。将这些菌落接种至新鲜的LB培养基中培养3 d后,用于浸泡人工饲料并饲喂草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda Smith 2龄幼虫,其中9株对草... 本研究从田间采集的菜青虫Pieris rapae L.中肠分离获得可培养的、菌落形态有显著差异的细菌菌落53个。将这些菌落接种至新鲜的LB培养基中培养3 d后,用于浸泡人工饲料并饲喂草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda Smith 2龄幼虫,其中9株对草地贪夜蛾幼虫展现出一定的胃毒活性。针对杀虫活性最高的一株——克雷伯氏菌Klebsiella pneumoniae A7株进行了进一步的检测,发现其在培养后1 d、2 d和3 d后对草地贪夜蛾2龄幼虫处理96 h的致死率分别为26.39%±11.98%、8.33%±3.73%和56.25%±10.26%,均显著高于对照组试虫的死亡率(P<0.05)。全基因组测序的结果表明,A7基因组总长度为8.55 Mb,GC含量51.78%,可编码8148个基因,另含有3个质粒,大小分别为190495 bp、89806 bp和77436 bp。进一步的分析结果表明,A7株编码的748种基因中,有214种毒力基因的检出率在70%以上,306种毒力基因的检出率低于50%,其余228种毒力基因的检出率在50%~70%之间;进一步利用VFDB数据库对214种毒力基因检出率在70%以上的基因进行注释,分别注释到13类毒力相关基因。可以观察到A7在16S rDNA系统发育树上与其他克雷伯氏菌属Klebsiella sp.的亲缘关系。本研究报道了一种对草地贪夜蛾幼虫具有杀虫活性的克雷伯氏菌,结合基因组学的分析,为草地贪夜蛾的生物防治提供了依据。 展开更多
关键词 昆虫肠道分离细菌 草地贪夜蛾 杀虫活性检测 克雷伯氏菌 细菌全基因组分析
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藜麦 HSP20 基因家族全基因组分析及其对非生物胁迫的响应
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作者 卢秋巍 常雅琴 +4 位作者 王晴 张晔荷 张丽 张鸿苑 郭富烨 《安徽农业科学》 2025年第18期110-117,共8页
在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析... 在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析表明,83个CqHSP20s基因中有35个在根或苗中响应高温胁迫,其中18个CqHSP20s基因显著上调,18个CqHSP20s基因显著下调。此外,83个CqHSP20s基因中有17个在根或苗中响应干旱胁迫,7个响应缺磷胁迫,10个响应高盐胁迫。 展开更多
关键词 藜麦 HSP20 基因家族 全基因组分析 非生物胁迫
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弗氏柠檬酸杆菌噬菌体NM4.3生物学特性及全基因组分析
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作者 陈煜裕 刘畅 +2 位作者 魏永谦 刘春 姜敬哲 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期35-43,共9页
弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)是近年来牛蛙(Rana catesbeiana)养殖中新出现的高致病性病原菌,其多重耐药性增加了防控难度。从牛蛙养殖尾水中分离出1株裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体NM4.3,通过全基因组测序、生物学特性和系统发... 弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)是近年来牛蛙(Rana catesbeiana)养殖中新出现的高致病性病原菌,其多重耐药性增加了防控难度。从牛蛙养殖尾水中分离出1株裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体NM4.3,通过全基因组测序、生物学特性和系统发育分析,评估其潜在应用价值。结果显示,NM4.3为圆环dsDNA噬菌体,基因组大小为174351 bp,GC含量为38.74%,编码310个开放阅读框(ORF),包含病毒粒子结构、宿主裂解及DNA代谢相关功能基因,还额外编码13个tRNA。生物学特性结果表明,NM4.3潜伏期短(10 min),裂解效率高(爆发量76 PFU·细胞−1),在60℃和pH 3~12处理1 h后仍可维持一定活性。基于基因组的核酸序列和保守基因末端酶大亚基(Ter-L)的氨基酸序列分析,鉴定NM4.3属于Straboviridae、Tevenvirinae、Moonvirus,与已知成员的平均核苷酸一致性(ANI)低于95%,定义为该属下的一个新种。基因组注释发现其长尾纤维蛋白存在变异,这可能是影响宿主特异性的因素。 展开更多
关键词 弗氏柠檬酸杆菌 噬菌体 生物学特性 基因组测序及分析 系统发育分析
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一株裂解耐氨苄西林金黄色葡萄球菌的噬菌体及其生物学特性与全基因组分析 被引量：2
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作者 张雪丽 于浩淼 +3 位作者 闫振贵 杨少华 张亮 杨宏军 《山东农业科学》 北大核心 2024年第3期132-138,共7页
本研究旨在分离能够高效裂解耐药金黄色葡萄球菌的噬菌体,为噬菌体生物制品的研制提供候选材料。以耐氨苄西林金黄色葡萄球菌为宿主菌,用双层平板法分离噬菌体,通过透射电子显微镜观察噬菌体形态,并对其进行生物学特性分析及全基因组测... 本研究旨在分离能够高效裂解耐药金黄色葡萄球菌的噬菌体,为噬菌体生物制品的研制提供候选材料。以耐氨苄西林金黄色葡萄球菌为宿主菌,用双层平板法分离噬菌体,通过透射电子显微镜观察噬菌体形态,并对其进行生物学特性分析及全基因组测序分析。结果分离得到一株金黄色葡萄球菌噬菌体,效价达2.75×10^(10)PFU/mL,命名为SP688。该噬菌体具有长的不收缩尾巴,属长尾噬菌体科,对7株耐氨苄西林金葡菌均有裂解效果,最佳感染复数为1,可在10 h内抑制细菌生长,在温度-20~54℃范围和pH值3~11之间活性稳定,对紫外线敏感。全基因组分析显示,SP688基因组为环状DNA,全长45499 kb,GC含量为34.1%;预测到64个开放阅读框(ORFs),其中19个(29.69%)被预测功能。该噬菌体是一株新型裂解耐氨苄西林金黄色葡萄球菌的广谱噬菌体,可为噬菌体治疗提供材料。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 噬菌体 形态 生物学特性分析 全基因组分析
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1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析 被引量：2
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作者 侯宫明珠 周海琴 +9 位作者 余星雨 李娜娜 李扬 屈勇刚 李彦芳 梁晏 严多 杨舒涵 邱正青 陈斯奇 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2047-2057,共11页
【目的】多重耐药病原菌的出现对公共卫生安全构成严重威胁,本试验拟对1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行生物学特性和基因组特征分析,为寻找可用于防治肺炎克雷伯菌感染的噬菌体制剂提供参考。【方法】以羊源多重耐药肺炎... 【目的】多重耐药病原菌的出现对公共卫生安全构成严重威胁,本试验拟对1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行生物学特性和基因组特征分析,为寻找可用于防治肺炎克雷伯菌感染的噬菌体制剂提供参考。【方法】以羊源多重耐药肺炎克雷伯菌分离株YH-2为宿主菌,采用双层琼脂平板法从粪污样品中分离纯化噬菌体,通过透射电镜观察其形态;测定噬菌体宿主谱、最佳感染复数(MOI)、一步生长曲线、热稳定性、酸碱耐受性等生物学特性;基于全基因组测序对其基因组特点进行分析。【结果】试验成功分离到1株肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体,命名为vB_KpnP_PYH-2(简称PYH-2),电镜观察发现PYH-2属于短尾噬菌体科,其噬菌斑中心透亮,周围有晕圈。随着培养时间的延长,晕圈会向四周扩散。噬菌体PYH-2不仅可以裂解1株羊源肺炎克雷伯菌,还能裂解5株奶牛乳房炎源肺炎克雷伯菌。噬菌体PYH-2的最佳MOI为0.001,潜伏期为15 min,爆发期为10 min,裂解量为63 PFU/cell;在40~50℃和pH 4.0~12.0的环境下均能保持稳定活性。噬菌PYH-2基因组全长45958 bp,GC含量为51.86%,不含耐药基因及毒力基因;全基因组中包含52个开发阅读框(ORFs),只有21个为已知功能基因,其中尾部相关蛋白有6个。【结论】本研究分离到1株潜伏期短、生物特性稳定、能高效杀菌的噬菌体,可作为裂解动物源肺炎克雷伯菌的噬菌体候选毒株,为噬菌体防治多重耐药性肺炎克雷伯菌感染奠定了基础。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 噬菌体 生物学特性 全基因组分析
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1株多重耐药副溶血弧菌噬菌体vB_VpP_3的生物学特性及全基因组分析
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作者 刘青青 张明 +5 位作者 杨雯静 刘可 李凡 李学鹏 励建荣 张德福 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第24期108-116,共9页
目的:分离对多重耐药副溶血性弧菌具有较强裂解能力的噬菌体。方法:以副溶血性弧菌为宿主菌,从海产品中分离、纯化噬菌体,对分离到的噬菌体进行生物学特性和全基因组分析。结果:从螃蟹中分离到1株噬菌体,命名为vB_VpP_3。该噬菌体裂解... 目的:分离对多重耐药副溶血性弧菌具有较强裂解能力的噬菌体。方法:以副溶血性弧菌为宿主菌,从海产品中分离、纯化噬菌体,对分离到的噬菌体进行生物学特性和全基因组分析。结果:从螃蟹中分离到1株噬菌体,命名为vB_VpP_3。该噬菌体裂解谱较窄,宿主特异性强,其最佳感染复数为0.1,吸附率最高为93%。一步生长曲线显示,该噬菌体的潜伏期为15 min,平均裂解量为110 PFU,且对环境有较强的耐受性。噬菌体vB_VpP_3头部为正二十面体,直径约60 nm,有长约20 nm的不可收缩尾部,属于有尾噬菌体目(Caudovirales)的短尾噬菌体科(Podoviridae)。其基因组为双链线性DNA,全长42 459 bp,总GC含量46.87%,未携带毒力及耐药基因。结论:噬菌体vB_VpP_3具有较高的安全性,可以用于多重耐药副溶血性弧菌的生物防治。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 噬菌体 生物防治 生物学特性 基因组学分析
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基因组分析揭示番茄育种的历史 被引量：8
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作者 林涛 祝光涛 +29 位作者 张俊红 许向阳 余庆辉 郑铮 张忠华 伦尧尧 李帅 王孝宣 黄泽军 李君明 张春芝 王涛涛 张余洋 王傲雪 张艳聪 林魁 李传友 熊国胜 薛勇彪 Andrea Mazzucato Mathilde Causse Zhangjun Fei James J.Giovannoni Roger T.Chetelat Dani Zamir Thomas Stadler 李景富 叶志彪 杜永臣 黄三文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1275-1276,共2页
番茄（Solanum lycopersicum）适应性广，产量高，营养丰富，风味独特，栽培方式多样，是世界范围内广泛种植的第一大蔬菜作物。2012年全球产量达到1.62亿吨（联合国粮农组织（FAO）统计），产值超过550亿美元。番茄也是植物遗传、发育... 番茄（Solanum lycopersicum）适应性广，产量高，营养丰富，风味独特，栽培方式多样，是世界范围内广泛种植的第一大蔬菜作物。2012年全球产量达到1.62亿吨（联合国粮农组织（FAO）统计），产值超过550亿美元。番茄也是植物遗传、发育和生理研究的重要模式系统。番茄起源于南美洲的安第斯山脉，随着人类迁移和驯化逐渐传到中美洲和墨西哥一代，16世纪传到欧洲，在随后的几百年中番茄被传播到世界各地，在这一过程中受到不同的人工选择，产生了丰富的变异类型。番茄果实大小的变化是驯化的一个重要特征，今天人们食用的大果栽培番茄是由野生醋栗番茄（Solanum pimpinellifolium）驯化而来，野生番茄果实非常小，只有1~2g 重，经过人工的长期驯化，现代栽培番茄的果重是其祖先的100多倍。然而，番茄果实变大的人工驯化过程一直未有全面的研究，人类选择如何改变番茄基因组仍是知之甚少。 展开更多
关键词 栽培番茄 基因组分析 联合国粮农组织 驯化过程 历史 育种 人工选择 世界范围
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陆地棉GST基因家族全基因组分析 被引量：8
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作者 许磊 陈文 +4 位作者 司国阳 黄艺园 林毅 蔡永萍 高俊山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期737-752,共16页
谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一种普遍存在的具有多功能的超家族蛋白,在植物初次生代谢、逆境胁迫、胞间信号传递等方面具有重要作用;同时,作为配体其在植物激素代谢以及物质转运方面也发挥作用。为了解析陆地棉(Go... 谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一种普遍存在的具有多功能的超家族蛋白,在植物初次生代谢、逆境胁迫、胞间信号传递等方面具有重要作用;同时,作为配体其在植物激素代谢以及物质转运方面也发挥作用。为了解析陆地棉(Gossypium hirsutum L.)GST基因家族的信息,本研究对该基因家族成员的种类、进化关系、物理定位、基因结构和保守基序以及表达模式进行了分析。结果显示,在陆地棉全基因组中共含有70个GST基因,进化树和基因结构分析将该家族分为U族、F族、T族、Z族、EF1Bγ族和TCHQD族。基因定位分析发现,除了AD/At2、AD/At4、AD/At5、AD/Dt5、AD/Dt10号染色体上没有GST基因外,其他染色体上都有GST基因,并且在AD/At9、AD/Dt7、AD/Dt12、AD/Dt13这4条染色体上出现基因簇。对F族(Phi类)9个GST基因进行荧光定量分析,结果表明,除Gh GSTF1可能为假基因外,Gh GSTF2~9等8个基因在陆地棉根、茎、叶以及各个发育时期的纤维中均有表达;结合生物信息学分析,推测Gh GSTF8可能参与原花青素/花青素的转运和积累;Gh GSTF4、Gh GSTF6和Gh GSTF9可能在调节陆地棉的生长和胁迫反应中起作用,而Gh GSTF2、Gh GSTF3、Gh GSTF5和Gh GSTF7的功能还有待进一步研究。本研究为陆地棉GST基因家族的分子进化及功能研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 陆地棉 谷胱甘肽转移酶 全基因组分析 进化
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沪农灵芝1号全基因组分析和演化比较 被引量：8
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作者 龚明 鲍大鹏 +1 位作者 唐传红 张劲松 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期1-5,19,共6页
对"沪灵芝"(Ganoderma lucidum SH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示,沪灵芝分化时间(8.75百万年前)明显晚于灵芝属... 对"沪灵芝"(Ganoderma lucidum SH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示,沪灵芝分化时间(8.75百万年前)明显晚于灵芝属分化时间(180百万年前);基因家族尺寸和直系同源基因数目分析显示,与另外参试灵芝菌种相比沪灵芝基因家族具有一定的收缩趋势;进一步对基因家族数目进行比较的结果显示,沪灵芝逆转录酶家族发生了显著扩增。GO功能分析提示沪灵芝逆转录酶家族的功能富集主要为核酸结合功能和酶的催化活性。 展开更多
关键词 灵芝 全基因组分析 分子钟 基因扩增 GO功能分析
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