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汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析
被引量：
3
1
作者
曾健强
徐筠娉
+3 位作者
王大明
高素青
邹红岩
邓志辉
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期473-479,共7页
为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究...
为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。
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关键词
人类白细胞抗原
HLA-Cw
基因
基因组全长序列
克隆和测序分析
单核苷酸多态性
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职称材料
来源于西洋梨的苹果茎沟病毒分离物基因组分子特性研究
被引量：
2
2
作者
张雪娇
王利平
+3 位作者
赵振军
郑银英
陈婕
崔百明
《江苏农业科学》
北大核心
2017年第18期43-47,共5页
为了获得来源于西洋梨红贝雷沙寄主潜带苹果茎沟病毒(ASGV)分离物的基因组全长序列,并明确其分子特性,采用RT-PCR、RACE末端克隆及生物信息学方法,对ASGV分离物基因组全长进行序列测定,并对其序列特点进行分析。结果发现,来源于西洋梨的...
为了获得来源于西洋梨红贝雷沙寄主潜带苹果茎沟病毒(ASGV)分离物的基因组全长序列,并明确其分子特性,采用RT-PCR、RACE末端克隆及生物信息学方法,对ASGV分离物基因组全长进行序列测定,并对其序列特点进行分析。结果发现,来源于西洋梨的ASGV-HB分离物的基因组全长序列为6 496 nt(Gen Bank登录号:KU605672),含有2个开放阅读框ORF1、ORF2及2个可变区Ⅵ、Ⅶ。序列分析表明ASGV-HB与Gen Bank登录的18个ASGV分离物的基因组全长核苷酸序列同源性为80.6%~87.7%;ORF1和ORF2编码的氨基酸同源性分别为84.3%~92.3%和94.4%~98.7%;Ⅵ和Ⅶ可变区的氨基酸序列同源性分别为22.9%~68.8%和48.8%~92.2%;系统发育树分析显示,来源于不同国家的相同寄主的ASGV分离物聚集为同一分支。结果表明,ASGV的分子变异无地域相关性,具有一定的寄主选择性,研究结果为进一步探究ASGV的群体遗传进化机制及其防治提供了重要的分子信息。
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关键词
梨
苹果茎沟病毒
基因组全长序列
系统发育树分析
同源性
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职称材料
题名
汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析
被引量：
3
1
作者
曾健强
徐筠娉
王大明
高素青
邹红岩
邓志辉
机构
深圳市血液中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期473-479,共7页
基金
深圳市科技计划项目(编号:200802116)
广东省科技计划项目(编号:2008B030301277)
广东省自然科学基金项目(编号:9451803501004124)资助
文摘
为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。
关键词
人类白细胞抗原
HLA-Cw
基因
基因组全长序列
克隆和测序分析
单核苷酸多态性
Keywords
human leukocyte antigen（HLA）
HLA-Cw gene
genomic full length
cloning and sequencing analysis
single nucleotide polymorphisms（SNPs）
分类号
R394 [医药卫生—医学遗传学]
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职称材料
题名
来源于西洋梨的苹果茎沟病毒分离物基因组分子特性研究
被引量：
2
2
作者
张雪娇
王利平
赵振军
郑银英
陈婕
崔百明
机构
石河子大学
华中农业大学湖北省作物病害监测与安全控制重点实验室
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2017年第18期43-47,共5页
基金
国家自然科学基金(编号:31201488)
国家梨产业技术体系(编号:nycytx-29-08)
文摘
为了获得来源于西洋梨红贝雷沙寄主潜带苹果茎沟病毒(ASGV)分离物的基因组全长序列,并明确其分子特性,采用RT-PCR、RACE末端克隆及生物信息学方法,对ASGV分离物基因组全长进行序列测定,并对其序列特点进行分析。结果发现,来源于西洋梨的ASGV-HB分离物的基因组全长序列为6 496 nt(Gen Bank登录号:KU605672),含有2个开放阅读框ORF1、ORF2及2个可变区Ⅵ、Ⅶ。序列分析表明ASGV-HB与Gen Bank登录的18个ASGV分离物的基因组全长核苷酸序列同源性为80.6%~87.7%;ORF1和ORF2编码的氨基酸同源性分别为84.3%~92.3%和94.4%~98.7%;Ⅵ和Ⅶ可变区的氨基酸序列同源性分别为22.9%~68.8%和48.8%~92.2%;系统发育树分析显示,来源于不同国家的相同寄主的ASGV分离物聚集为同一分支。结果表明,ASGV的分子变异无地域相关性,具有一定的寄主选择性,研究结果为进一步探究ASGV的群体遗传进化机制及其防治提供了重要的分子信息。
关键词
梨
苹果茎沟病毒
基因组全长序列
系统发育树分析
同源性
分类号
S436.611.19 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析
曾健强
徐筠娉
王大明
高素青
邹红岩
邓志辉
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
来源于西洋梨的苹果茎沟病毒分离物基因组分子特性研究
张雪娇
王利平
赵振军
郑银英
陈婕
崔百明
《江苏农业科学》
北大核心
2017
2
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职称材料
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