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乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展
被引量：
1
1
作者
艾连中
侯成杰
《食品科学技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期1-10,共10页
基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的...
基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。
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关键词
基因组代谢网络模型
乳酸菌
代谢
规律
高通量数据
计算机模拟
数据整合
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职称材料
乳酸菌全基因组测序的应用进展
被引量：
7
2
作者
张彦位
杨玲
+6 位作者
路江浩
严超
仵红岩
李玲
刘明月
齐世华
何方
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022年第15期444-450,共7页
乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统...
乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代谢特征、潜在的益生功能与应用方向,可以更加准确地探究乳酸菌的遗传、进化和分类。乳酸菌安全性评价程序要求在基因组水平检索是否存在耐药、毒力和致病性相关基因,并判定相关基因是否可水平转移。应用全基因组测序技术,比较不同代次菌株基因组中基因序列和结构差异,可高效、完整地判定乳酸菌在产业化应用过程中的遗传性和稳定性。在全基因组信息基础上,重构基因组规模代谢网络模型,可模拟并预测菌体细胞在特定环境下的行为,能系统地指导菌株的代谢工程策略。本文对全基因组测序技术在乳酸菌代谢特性、遗传进化、安全性和稳定性方面的应用现状进行了综述,旨在为乳酸菌基因组学研究提供理论支持。
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关键词
乳酸菌
基因组
学
安全性
稳定性
基因组
规模
代谢
网络
模型
(GSMM)
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职称材料
题名
乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展
被引量：
1
1
作者
艾连中
侯成杰
机构
上海理工大学医疗器械与食品学院/上海食品微生物工程技术研究中心
出处
《食品科学技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期1-10,共10页
基金
上海市科技兴农项目(2019-02-08-00-07-F01152)
国家自然科学基金杰出青年基金项目(32025029)。
文摘
基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。
关键词
基因组代谢网络模型
乳酸菌
代谢
规律
高通量数据
计算机模拟
数据整合
Keywords
genome-scale metabolic model
lactic acid bacteria
metabolic rule
high-throughput data
computer simulation
data integration
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
Q939 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
乳酸菌全基因组测序的应用进展
被引量：
7
2
作者
张彦位
杨玲
路江浩
严超
仵红岩
李玲
刘明月
齐世华
何方
机构
河北一然生物科技股份有限公司
四川大学华西公共卫生学院
出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022年第15期444-450,共7页
基金
河北省科技厅农业高质量发展关键共性技术攻关专项(21322804D)。
文摘
乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌。近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用。基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代谢特征、潜在的益生功能与应用方向,可以更加准确地探究乳酸菌的遗传、进化和分类。乳酸菌安全性评价程序要求在基因组水平检索是否存在耐药、毒力和致病性相关基因,并判定相关基因是否可水平转移。应用全基因组测序技术,比较不同代次菌株基因组中基因序列和结构差异,可高效、完整地判定乳酸菌在产业化应用过程中的遗传性和稳定性。在全基因组信息基础上,重构基因组规模代谢网络模型,可模拟并预测菌体细胞在特定环境下的行为,能系统地指导菌株的代谢工程策略。本文对全基因组测序技术在乳酸菌代谢特性、遗传进化、安全性和稳定性方面的应用现状进行了综述,旨在为乳酸菌基因组学研究提供理论支持。
关键词
乳酸菌
基因组
学
安全性
稳定性
基因组
规模
代谢
网络
模型
(GSMM)
Keywords
lactic acid bacteria
genomics
safety
stability
genome-scale metabolic network model(GSMM)
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展
艾连中
侯成杰
《食品科学技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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职称材料
2
乳酸菌全基因组测序的应用进展
张彦位
杨玲
路江浩
严超
仵红岩
李玲
刘明月
齐世华
何方
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022
7
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