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非小细胞肺癌同源重组修复通路基因与临床特征的相关性分析
被引量：
1
1
作者
杨茜
赵洁
+4 位作者
唐海涛
廖鑫
牟康
李小松
沈依帆
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期871-876,共6页
目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特...
目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特征的相关性。方法:本研究纳入2020年1月至2022年1月在重庆医科大学附属第一医院接受治疗的335例非小细胞肺癌患者,采用二代测序法检测GIS评分及35个HRR基因,根据杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)、端粒等位基因失衡(telo⁃meric allelic imbalance,TAI)、大片段迁移(large-scale state transition,LST)综合评估GIS评分。GIS评分及HRR基因与临床特征之间的关系通过Mann-Whitney U检验,Kruskal-Wallis检验和Dunn-Bonferroni检验分析。GIS评分和肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)值的相关性采用Spearman分析。结果:在335例患者中,男性患者、年龄大、分期晚、有吸烟史、鳞癌均会导致GIS评分更高,GIS评分Md(P25,P75)分别是13(4,26.75),12(3,22.5),21.5(12,30),16(4,27)和24(18,38.25)(Z=-5.083,P<0.001;Z=2.973,P=0.003;Z=8.225,P<0.001;Z=4.655,P<0.001;Z=-7.082,P<0.001)。HRR体系基因突变组样本GIS评分高于野生组,2组GIS评分分别为18.5(5.25,28.75)和6(1,16)(Z=5.012,P<0.001)。共检测到33个HRR相关基因突变,主要集中在ATM、RECQL4、ATR、FANCM、BRCA1、FANCA、BRIP1、NBN、WRN等基因,其中BRCA2、FANCI、FANCA基因突变均会导致GIS评分升高,GIS评分Md(P25,P75)分别是34(25.25,51),31.5(14.5,50)和22(12,44)(Z=-2.805,P=0.005;Z=-2.216,P=0.027;Z=-2.478,P=0.013)。GIS评分和TMB值之间呈正相关(rs=0.504,P<0.001)。结论:揭示中国非小细胞肺癌患者GIS评分及HRR基因突变特征,提示基于二代测序的GIS评分及HRR基因检测可能成为非小细胞肺癌患者靶向治疗及免疫治疗新的生物标志物。
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关键词
非小细胞肺癌
同源重组修复缺陷
基因组不稳定评分
同源重组通路
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职称材料
题名
非小细胞肺癌同源重组修复通路基因与临床特征的相关性分析
被引量：
1
1
作者
杨茜
赵洁
唐海涛
廖鑫
牟康
李小松
沈依帆
机构
重庆医科大学附属第一医院临床分子医学检测中心
出处
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期871-876,共6页
基金
重庆英才·创新创业示范团队,新型生物标志物创新转化研究资助项目(编号:CQYC202203091342)。
文摘
目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特征的相关性。方法:本研究纳入2020年1月至2022年1月在重庆医科大学附属第一医院接受治疗的335例非小细胞肺癌患者,采用二代测序法检测GIS评分及35个HRR基因,根据杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)、端粒等位基因失衡(telo⁃meric allelic imbalance,TAI)、大片段迁移(large-scale state transition,LST)综合评估GIS评分。GIS评分及HRR基因与临床特征之间的关系通过Mann-Whitney U检验,Kruskal-Wallis检验和Dunn-Bonferroni检验分析。GIS评分和肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)值的相关性采用Spearman分析。结果:在335例患者中,男性患者、年龄大、分期晚、有吸烟史、鳞癌均会导致GIS评分更高,GIS评分Md(P25,P75)分别是13(4,26.75),12(3,22.5),21.5(12,30),16(4,27)和24(18,38.25)(Z=-5.083,P<0.001;Z=2.973,P=0.003;Z=8.225,P<0.001;Z=4.655,P<0.001;Z=-7.082,P<0.001)。HRR体系基因突变组样本GIS评分高于野生组,2组GIS评分分别为18.5(5.25,28.75)和6(1,16)(Z=5.012,P<0.001)。共检测到33个HRR相关基因突变,主要集中在ATM、RECQL4、ATR、FANCM、BRCA1、FANCA、BRIP1、NBN、WRN等基因,其中BRCA2、FANCI、FANCA基因突变均会导致GIS评分升高,GIS评分Md(P25,P75)分别是34(25.25,51),31.5(14.5,50)和22(12,44)(Z=-2.805,P=0.005;Z=-2.216,P=0.027;Z=-2.478,P=0.013)。GIS评分和TMB值之间呈正相关(rs=0.504,P<0.001)。结论:揭示中国非小细胞肺癌患者GIS评分及HRR基因突变特征,提示基于二代测序的GIS评分及HRR基因检测可能成为非小细胞肺癌患者靶向治疗及免疫治疗新的生物标志物。
关键词
非小细胞肺癌
同源重组修复缺陷
基因组不稳定评分
同源重组通路
Keywords
non-small cell lung cancer
homologous recombination deficiency
genomic instability score
homologous recombination repair
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
非小细胞肺癌同源重组修复通路基因与临床特征的相关性分析
杨茜
赵洁
唐海涛
廖鑫
牟康
李小松
沈依帆
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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