畜禽育种中传统上利用系谱信息评估群体近交程度?近年来随着高通量单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)检测成本降低,使利用基因组信息分析真实的基因组近交程度成为可能?本研究利用牛54 K SNP芯片数据统计了北京地区210...畜禽育种中传统上利用系谱信息评估群体近交程度?近年来随着高通量单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)检测成本降低,使利用基因组信息分析真实的基因组近交程度成为可能?本研究利用牛54 K SNP芯片数据统计了北京地区2107头荷斯坦牛基因组上的长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)的频率和分布,计算了2种基因组近交系数,即染色体上ROH的长度占基因组总长度的比例(Froh)及个体所有标记基因型中纯合子所占比例,即基因组纯合度(Fhom),进而分析了两种基因组近交系数之间的相关性以及基因组近交与系谱近交系数之间的相关性?结果表明,共检测到44 676个ROH片段,其长度主要分布在1~10 Mb之间?不同长度的ROH散布于个体基因组内,短ROH较长ROH更为常见?ROH在染色体上并非均匀分布,ROH频率最高的区域为10号染色体中部?两种基因组近交系数之间相关性很高(91%以上),但基因组近交与系谱近交之间的相关性较低(低于50%)?系谱完整性是影响基因组近交与系谱近交结果一致的重要因素,基因组近交系数能够反映个体真实的近交,本研究为评估群体近交水平提供了有力工具?展开更多
旨在探讨高度近交陆川猪的遗传稳定性。本试验采集20头近交和6头非近交陆川猪的耳组织样品进行个体基因组重测序,通过扫描全基因组SNPs分析近交陆川猪群体的遗传多样性,并基于基因组纯合度挖掘近交陆川猪群体中特异的纯合区域(region of...旨在探讨高度近交陆川猪的遗传稳定性。本试验采集20头近交和6头非近交陆川猪的耳组织样品进行个体基因组重测序,通过扫描全基因组SNPs分析近交陆川猪群体的遗传多样性,并基于基因组纯合度挖掘近交陆川猪群体中特异的纯合区域(region of homozygosity,ROHs)及相关基因。结果表明,近交陆川猪群体的观察杂合度(0.373)小于期望杂合度(0.491),推测其发生了选择或者近交;系统进化树和群体遗传结构分析发现,近交陆川猪群体在近交过程中分化成为两个近交家系,且230、236、239、132、130及126号个体亲缘关系最近;在近交群体中,基因组纯合度和基因组长纯合片段比例的均值分别为59.64%和0.12,都极显著高于非近交群体53.18%和0.05(P<0.01),说明该近交陆川猪群体已达到高度近交;近交群体和非近交群体中分别有1250和633个ROHs,重叠分析结果显示,特异存在于近交群体中的阳性纯合区域(positive region of homozygosity,pROHs)有224个,其中由于近交产生的纯合突变可能影响参与激素合成过程、胰液分泌、膜脂代谢过程、IgA产生的肠道免疫网络及纹肌细胞分化等相关的1322个基因。结果提示,近交陆川猪群体的遗传多样性低、基因组纯合度高且已达到高度近交,说明该群体的遗传稳定性高。此外,近交陆川猪群体在近交过程中产生的纯合突变可能与机体的免疫、生长等生产性状相关。展开更多
文摘畜禽育种中传统上利用系谱信息评估群体近交程度?近年来随着高通量单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)检测成本降低,使利用基因组信息分析真实的基因组近交程度成为可能?本研究利用牛54 K SNP芯片数据统计了北京地区2107头荷斯坦牛基因组上的长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)的频率和分布,计算了2种基因组近交系数,即染色体上ROH的长度占基因组总长度的比例(Froh)及个体所有标记基因型中纯合子所占比例,即基因组纯合度(Fhom),进而分析了两种基因组近交系数之间的相关性以及基因组近交与系谱近交系数之间的相关性?结果表明,共检测到44 676个ROH片段,其长度主要分布在1~10 Mb之间?不同长度的ROH散布于个体基因组内,短ROH较长ROH更为常见?ROH在染色体上并非均匀分布,ROH频率最高的区域为10号染色体中部?两种基因组近交系数之间相关性很高(91%以上),但基因组近交与系谱近交之间的相关性较低(低于50%)?系谱完整性是影响基因组近交与系谱近交结果一致的重要因素,基因组近交系数能够反映个体真实的近交,本研究为评估群体近交水平提供了有力工具?
文摘旨在探讨高度近交陆川猪的遗传稳定性。本试验采集20头近交和6头非近交陆川猪的耳组织样品进行个体基因组重测序,通过扫描全基因组SNPs分析近交陆川猪群体的遗传多样性,并基于基因组纯合度挖掘近交陆川猪群体中特异的纯合区域(region of homozygosity,ROHs)及相关基因。结果表明,近交陆川猪群体的观察杂合度(0.373)小于期望杂合度(0.491),推测其发生了选择或者近交;系统进化树和群体遗传结构分析发现,近交陆川猪群体在近交过程中分化成为两个近交家系,且230、236、239、132、130及126号个体亲缘关系最近;在近交群体中,基因组纯合度和基因组长纯合片段比例的均值分别为59.64%和0.12,都极显著高于非近交群体53.18%和0.05(P<0.01),说明该近交陆川猪群体已达到高度近交;近交群体和非近交群体中分别有1250和633个ROHs,重叠分析结果显示,特异存在于近交群体中的阳性纯合区域(positive region of homozygosity,pROHs)有224个,其中由于近交产生的纯合突变可能影响参与激素合成过程、胰液分泌、膜脂代谢过程、IgA产生的肠道免疫网络及纹肌细胞分化等相关的1322个基因。结果提示,近交陆川猪群体的遗传多样性低、基因组纯合度高且已达到高度近交,说明该群体的遗传稳定性高。此外,近交陆川猪群体在近交过程中产生的纯合突变可能与机体的免疫、生长等生产性状相关。
