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绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选
被引量：
1
1
作者
张敏
李子鹏
+2 位作者
赵欣然
张仙红
郑海霞
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期174-183,共10页
绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献...
绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性。结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异。不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的基因表达研究中取得更为可靠、准确的数据。
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关键词
绿豆象
实时荧光定量PCR
内参
基因
不同发育阶段
组织
基因稳定表达
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职称材料
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
2
作者
陈薪全
潘宇恒
+6 位作者
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
《四川农业大学学报》
北大核心
2023年第6期1107-1115,共9页
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋...
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白(YWHAZ)、β-肌动蛋白(ACTB)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)8个候选内参基因,选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪,进行三元杂交生产的商品猪(DLY),长白、约克猪进行二元杂交的商品猪(LY),成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性,但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因,该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。
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关键词
RT-qPCR
候选内参
基因
基因
表达
稳定
性
骨骼肌
猪
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职称材料
题名
绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选
被引量：
1
1
作者
张敏
李子鹏
赵欣然
张仙红
郑海霞
机构
山西农业大学植物保护学院
出处
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期174-183,共10页
基金
国家现代农业产业技术体系(CARS-08-G10)
国家重点研发计划子课题(2021YFD1600603-01)
+1 种基金
山西省现代农业产业技术体系建设(杂粮)(2022-03)
山西省自然科学基金(20210302124166)。
文摘
绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性。结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异。不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的基因表达研究中取得更为可靠、准确的数据。
关键词
绿豆象
实时荧光定量PCR
内参
基因
不同发育阶段
组织
基因稳定表达
Keywords
Callosobruchus chinensis
qRT-PCR
endogenous reference genes
developmental stage
tissue
gene expression stability
分类号
Q968.1 [生物学—昆虫学]
S433 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
2
作者
陈薪全
潘宇恒
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
机构
四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室
出处
《四川农业大学学报》
北大核心
2023年第6期1107-1115,共9页
基金
国家重点研发计划(2021YFD1200801)
四川省科技支撑计划(2021ZDZX0008、2021YFYZ0007、scsztd-2023-08-09)
国家生猪产业技术体系(CARS-pig-35)。
文摘
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白(YWHAZ)、β-肌动蛋白(ACTB)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)8个候选内参基因,选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪,进行三元杂交生产的商品猪(DLY),长白、约克猪进行二元杂交的商品猪(LY),成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性,但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因,该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。
关键词
RT-qPCR
候选内参
基因
基因
表达
稳定
性
骨骼肌
猪
Keywords
RT-qPCR
candidate reference gene
gene stability
skeletal muscle
pig
分类号
S828.2 [农业科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选
张敏
李子鹏
赵欣然
张仙红
郑海霞
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
2
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
陈薪全
潘宇恒
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
《四川农业大学学报》
北大核心
2023
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