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高通量二代测序基因条码技术在油料作物种类鉴别中的应用 被引量:3
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作者 吴亚君 杨艳歌 +3 位作者 李莉 王斌 刘鸣畅 陈颖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第24期348-352,共5页
对高通量二代测序基因条码技术在油料作物种类鉴别中的应用进行探索。采用Ion Torrent PGMTM测序技术,分别对橄榄、花生、大豆、油葵、玉米等14种油料作物和小麦、大米的叶绿体核酮糖二磷酸羧化酶/氧化酶大亚基(ribulose-1,5-bisphospha... 对高通量二代测序基因条码技术在油料作物种类鉴别中的应用进行探索。采用Ion Torrent PGMTM测序技术,分别对橄榄、花生、大豆、油葵、玉米等14种油料作物和小麦、大米的叶绿体核酮糖二磷酸羧化酶/氧化酶大亚基(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit,rbc L)基因246 bp聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)产物混合物,及上述作物DNA混合液扩增得到的rbc L基因片段进行测序。结果表明,除小麦外,所有其他作物成分均获得了鉴定。其中,PCR产物混合物中每种作物成分的测序读数数量比例和该成分PCR产物在总产物中的比例接近,说明该技术可以用于定量分析。实验结果初步证实了该技术对混合样品中各作物种类鉴别的准确性,并具有检测效率、流程简便的特点,有望在未来成为食用油标识符合性查验的有力工具。 展开更多
关键词 二代测序 基因条码 油料 检测
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基因条码在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)不同品系间种质鉴定中的适用性
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作者 曹殿嘉 严兴洪 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2016年第3期114-119,共6页
为寻找适宜的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)品系间种质分子标记鉴定法,利用4种基因条码(RUBISCO Spacer、UPA、Cox2-3和ITS-5.8S)对产自中国和日本的6个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示,在6个条斑紫菜品系中,上述4种基... 为寻找适宜的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)品系间种质分子标记鉴定法,利用4种基因条码(RUBISCO Spacer、UPA、Cox2-3和ITS-5.8S)对产自中国和日本的6个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示,在6个条斑紫菜品系中,上述4种基因条码的序列同源性较高,同源性为97.8%–100%,其中,RUBISCO Spacer序列的同源性为100%。UPA序列的同源性分析结果显示,在中国产的LS、B4、HT和TM18品系中,该序列完全相同,但与日本产的GT和ROS-2两个品系的序列有差异,该序列的同源性为99.2%。在6个品系中,Cox2-3和ITS-5.8S序列的同源性相对较低,分别为97.8%–99.2%和98.4%–99.8%。根据UPA、Cox2-3和ITS-5.8S基因条码通过邻接法构建的系统进化树显示,依据ITS-5.8S和UPA序列均能分别区分中国产的4个品系(LS、B4、HT和TM18)与日本产的两个品系(GT和ROS-2),分别形成两个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系一致。但利用ITS-5.8S序列均能对中国产的4个品系和日本产的两个品系进行再区分,而利用UPA序列却无法对中国产的4个品系进行再区分,只能区分日本产的两个品系。使用Cox2-3序列则将GT、ROS-2、LS和TM18这4个品系聚成一个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系不一致。上述结果说明,利用ITS-5.8S序列对本研究的6个条斑紫菜品系进行种质鉴定,效果最好。 展开更多
关键词 条斑紫菜 基因条码 品系 种质鉴定
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基于ITS基因条码的保健食品中植物源性成分的鉴定 被引量:1
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作者 邱希斌 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期989-1003,共15页
【目的】研究并建立运用ITS基因条码技术针对保健食品常见植物原料源性成分的分子生物学鉴定技术。【方法】通过采用回顾性调查方法,选取西洋参(Panax quinquefolius)、铁皮石斛(Dendrobium candidum)以及红景天(Rhodiola nobilis)、枸... 【目的】研究并建立运用ITS基因条码技术针对保健食品常见植物原料源性成分的分子生物学鉴定技术。【方法】通过采用回顾性调查方法,选取西洋参(Panax quinquefolius)、铁皮石斛(Dendrobium candidum)以及红景天(Rhodiola nobilis)、枸杞子(Lycium barbarum L.)与人参Ginseng(Radix Ginseng)作为研究对象。探索其作为生产原料的常见保健食品剂型中,目标DNA的最佳提取方法。运用ITS2内转录间隔区保守特性设计引物序列,并通过调整优化体系中各物质的组分,由此构建稳定高效准确的PCR反应体系。【结果】采用改良CTAB法可实现对所研究的保健食品中常见剂型目标DNA的提取,纯度及质量达到反应要求。所建立的PCR法扩增效果良好,对西洋参、铁皮石斛以及红景天的方法灵敏度均为1 ng·μL^(-1),枸杞子与人参的方法灵敏度为0.1 ng·μL^(-1)。【结论】运用建立的方法可实现对保健食品中常见植物性原料西洋参、人参、铁皮石斛、枸杞子、红景天成分的鉴定,适用于丸剂、片剂、口服液等不同剂型的保健食品中原料鉴别,可运用于对保健食品中植物源性的检测。 展开更多
关键词 基因条码技术 保健食品 植物源性成分 PCR
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16S rRNA和COI基因条形码在12种观赏鱼种类鉴定中的应用 被引量:7
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作者 陈信忠 郭书林 +3 位作者 龚艳清 袁芳 许奕宸 杨俊萍 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第12期1267-1272,共6页
应用通用引物测定观赏鱼市场上价值较高的红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼、神仙鱼、非洲珠宝鱼、接吻鱼、珍珠毛足鲈、蓝钻石孔雀、孔雀鱼、锦鲤等12种观赏鱼的16SrRNA基因和COI基因部分序列。应用DNA序列分析软件,对... 应用通用引物测定观赏鱼市场上价值较高的红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼、神仙鱼、非洲珠宝鱼、接吻鱼、珍珠毛足鲈、蓝钻石孔雀、孔雀鱼、锦鲤等12种观赏鱼的16SrRNA基因和COI基因部分序列。应用DNA序列分析软件,对这些基因进行同源性比较和系统发育分析。通过GenBank中的核酸BLAST和BOLD SYSTEMS数据库对这些基因序列进行比对,结果表明16SrRNA基因和COI基因可以在物种水平作为基因条码对亚洲龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼和神仙鱼等观赏鱼进行准确的鉴别,而且应用COI基因构建的系统发育树比16SrRNA基因更加接近现有的鱼类分类体系。但对形态十分相似的慈鲷等观赏鱼,以及红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼等同一个物种不同品系的观赏鱼依靠16SrRNA基因或COI基因都无法准确鉴定,需要研究进化速度更快的DNA基因条码。 展开更多
关键词 基因条码 观赏鱼 物种鉴定 16S RRNA COI
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