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结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能
1
作者
朱明珠
高磊
+5 位作者
李彦辉
马文才
朱晶
张敏
郭政
李霞
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期270-274,共5页
当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白...
当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中。针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中。通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果。以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%。
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关键词
蛋白质
功能
深化预测
基因
本体
功能
知识
体系
(GO)
预测空间
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职称材料
题名
结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能
1
作者
朱明珠
高磊
李彦辉
马文才
朱晶
张敏
郭政
李霞
机构
首都医科大学生物医学工程学院
电子科技大学生命学院生物信息学中心
哈尔滨医科大学生物信息学系
出处
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期270-274,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(30571034,30370798,30570424,30600367)
2006年北京市新世纪百千万人才工程
北京市教育委员会科技发展计划资助项目(KM200610025011)
文摘
当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中。针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中。通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果。以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%。
关键词
蛋白质
功能
深化预测
基因
本体
功能
知识
体系
(GO)
预测空间
Keywords
protein functional further predict
Gene Ontology（GO）
predicting space
分类号
R318.08 [医药卫生—生物医学工程]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能
朱明珠
高磊
李彦辉
马文才
朱晶
张敏
郭政
李霞
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
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