基于转录组分析CSFV感染猪睾丸支持细胞对屏障功能相关基因的影响

1

作者 马尧丹 俞晖 +4 位作者 陈海恩 杨阳开心 葛书君 吴江 康恺 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期22-32,共11页

为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对... 为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析并筛选血睾屏障相关DEGs,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)、WB和IIF对DEGs进行验证。结果显示,CSFV感染24和48 h后,ST细胞均表达了E2蛋白;与Control 24 h相比,CSFV 24 h的ST细胞共鉴定出86个显著差异DEGs(P <0.05);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的ST细胞共鉴定出1 481个显著差异DEGs(P <0.05)。DEGs极显著富集在27个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能(P <0.01);极显著富集的KEGG信号通路主要包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等(P <0.01)。DEGs的qPCR验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的CLDN11、H2AFX和CDH2表达量极其或极显著上调(P<0.001或P <0.01),TJP1、OCLN和GJA1表达量显著下调(P <0.05);与Control48 h相比,CSFV 48 h的FASLG、TGFB1、IL-6和H2AFX表达量极其或极显著上调(P <0.001或P <0.01),TJP1、OCLN、GJA1、CLDN11和CDH2表达量极显著下调(P <0.01)。差异表达蛋白WB验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的TJP1、CLDN11和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01),CLDN11蛋白表达量极其显著上调(P <0.001);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1、CLDN11、OCLN和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01)。IIF结果显示,与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1蛋白相对荧光面积极显著下调(P <0.01),CLDN11、OCLN和GJA1蛋白相对荧光面积显著下调(P <0.05)。以上验证结果与转录组测序结果基本一致。结果表明,CSFV感染24和48 h均会影响ST细胞屏障功能相关基因的表达,本试验为进一步探究CSFV对ST细胞屏障的影响机制提供了数据支持。 展开更多

关键词 猪瘟病毒(CSFV) 猪睾丸支持细胞 mRNA差异表达 基因本体论(GO)功能注释 京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析

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家族性肾阳虚的基因功能富集分析 被引量：1

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作者 刘明 丁维俊 +3 位作者 蔡欣 张天娥 李炜弘 王米渠 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期747-752,共6页

在临床调查中筛选出一个典型肾阳虚证家系,选取典型肾阳虚证患者3例及家系内正常人3例进行表达谱芯片试验.芯片分析结果显示,肾阳虚证者表达上调基因106条,下调基因16条.通过基因功能分类及深入的基因功能富集分析发现,肾阳虚证与GnRH... 在临床调查中筛选出一个典型肾阳虚证家系,选取典型肾阳虚证患者3例及家系内正常人3例进行表达谱芯片试验.芯片分析结果显示,肾阳虚证者表达上调基因106条,下调基因16条.通过基因功能分类及深入的基因功能富集分析发现,肾阳虚证与GnRH信号通路及氧化磷酸化密切相关(P≤0.05),从而为肾阳虚证本质的研究提供了新的思路,但具体的机制有待深入研究. 展开更多

关键词 肾阳虚证 基因功能富集分析 家系 氧化磷酸化 GnRH信号通路

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布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测与功能富集性分析 被引量：1

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作者 赵宇 罗艺晨 +8 位作者 顾国靖 李博文 李文杰 周志雄 帅学宏 伍莉 陈吉轩 黄庆洲 焦寒伟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2843-2850,共8页

为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集... 为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集进行韦恩(Venn)分析,重叠部分的靶基因有3 681个;利用GO与KEGG进行功能富集性分析,再利用PicTar软件进一步对mmu-miR-671-5p的靶基因进行预测,将预测结果与Venn分析结果进一步取交集,结果显示,mmu-miR-671-5p的预测靶基因有7个;实时荧光定量PCR分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因相对表达量极显著降低(P<0.01);在RAW264.7细胞中转染mmu-miR-671-5p inhibitors,分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因的相对表达量极显著升高(P<0.01);对mmu-miR-671-5p与Tnfrsf1b和Tnip1的3′非翻译区(3′UTR)结合靶位点分别进行预测,结果初步表明,mmu-miR-671-5p的靶基因为Tnfrsf1b与Tnip 1,其预测结合靶位点均只有1个,分别位于Tnfrsf1b和Tnip1 3′UTR全长位置的91和305 bp。本研究结果为进一步揭示mmu-miR-671-5p在布鲁氏菌感染RAW264.7细胞过程中的功能提供科学依据。 展开更多

关键词 布鲁氏菌 RAW264.7细胞 mmu-miR-671-5p 靶基因预测 功能富集性分析

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hsa-miR-367-3p靶基因预测及功能分析 被引量：2

4

作者 张新生 郭琳琳 +4 位作者 刘超群 许何丽 窦文静 刘梦瑶 张越 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期393-397,共5页

目的通过生物信息学方法预测hsa-miR-367-3p的靶基因及其靶基因的功能。方法运用miRbase在线数据库、miRGator v3.0在线数据库TargetScan、miRDB在线数据库和DAVID在线数据库进行预测和分析。结果 hsa-miR-367-3p在多个物种之间具有高... 目的通过生物信息学方法预测hsa-miR-367-3p的靶基因及其靶基因的功能。方法运用miRbase在线数据库、miRGator v3.0在线数据库TargetScan、miRDB在线数据库和DAVID在线数据库进行预测和分析。结果 hsa-miR-367-3p在多个物种之间具有高度保守性;在干细胞中表达丰富度较高;功能富集分析发现,hsa-miR-367-3p的靶基因涉及心室发育、转录调节等38个生物过程(P <0.05),富集在神经元等21个细胞组分(P <0.05)。结论 hsa-miR-367-3p个别预测出来的靶基因与通路已经被证实,更多的预测结果需要进一步的研究加以验证。本研究为将来验证hsa-miR-367-3p的靶基因和可能调控的通路指明了方向。 展开更多

关键词 hsa-miR-367-3p 靶基因 功能富集分析

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基于慢性阻塞性肺疾病潜在治疗靶点的孟德尔随机化和GEO数据库识别分析

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作者 蒋先伟 王明航 +2 位作者 李慧茹 董晓升 刘元元 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期1072-1083,共12页

目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理... 目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理和归一化处理,并筛选出差异表达基因(DEGs)。MR分析COPD与相关表达数量性状位点(eQTL)的因果关系,再与DEGs取交集来确定潜在关键靶点。采用基因集合富集分析(GSEA)、基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析探讨关键靶点的功能作用和途径,外部数据集对其表达进行验证。结果:共筛选出1 571个DEGs,其中表达上调基因820个,表达下调基因751个。MR分析最终筛选出286个COPD相关基因,通过与DEGs取交集得出3个上调基因,包括二酰甘油激酶γ(DGKG)、重肽神经丝蛋白(NEFH)和Fc受体样B(FCRLB);6个下调基因,包括金属还原酶4(STEAP4)、含普列克底物蛋白家族F成员2(PLEKHF2)、分化簇3D(CD3D)、转胶蛋白2(TAGLN2)、三基序蛋白22(TRIM22)和核糖体蛋白L9(RPL9)。生物学功能分析结果主要涉及铁输入细胞、氧化还原酶活性、原发性免疫缺陷症和辅助性T(Th) 1及Th2细胞分化等途径。MR分析结果证实了上述靶点与COPD之间的因果关系。外部验证集分析,与健康对照组比较,COPD样本组中FCRLB基因表达水平升高(P<0.01),CD3D和RPL9基因表达水平降低(P<0.05或P<0.01),与MR分析结果一致,证明了本研究的可靠性。结论:DGKG、NEFH、FCRLB、STEAP4、PLEKHF2、CD3D、TAGLN2、TRIM22和RPL9COPD可能是COPD患者疾病发生发展过程中的重要调控因子及临床诊疗靶点。 展开更多

关键词 慢性阻塞性肺疾病 孟德尔随机化 基因本体论功能富集分析 京都基因和基因组百科全书信号通路富集分析 生物标志物 生物信息学

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缺乏运动降低成年人胰岛素敏感性的加权基因共表达网络分析 被引量：5

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作者 刘会平 刘湘茹 李智 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2020年第6期878-882,共5页

目的通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)分析久坐影响成年人胰岛素敏感性的关键基因及其相关功能和机制。方法针对下载于NCBI的人类基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)数据库的... 目的通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)分析久坐影响成年人胰岛素敏感性的关键基因及其相关功能和机制。方法针对下载于NCBI的人类基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)数据库的数据集GSE9103,利用WGCNA进行模块化分析,并通过相关性分析和网络可视化确定模块内关键hub基因及其调控网络,再对关键hub基因进行基因本体GO分析和基因集富集GSEA分析。结果通过构建共表达网络,最终得到5个基因模块,其中yellow模块与久坐呈正相关,而NDUFA9为其枢纽基因;tan模块与久坐呈负相关,而MYBPC2为其枢纽基因。进一步对GO和GSEA分析发现,yellow模块基因包括NDUFA9主要发挥线粒体形成、有氧呼吸、脂肪酸降解等生物学功能并参与物质代谢、三羧酸循环、阿尔茨海默氏症、帕金森病相关通路;而tan模块基因包括MYBPC2则与骨骼肌收缩、糖原代谢、心脏发育相关。结论本研究通过构建基因共表达网络筛选出与久坐生活方式显著相关的2个关键基因模块和2个枢纽基因;这2个模块基因分别通过线粒体功能、物质代谢和骨骼肌收缩、糖原代谢而影响成年人对胰岛素的敏感性。 展开更多

关键词 胰岛素敏感性 运动 加权基因共表达网络分析 基因模块 枢纽基因 基因本体分析 基因富集分析

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基于常染色体显性多囊肾病基因芯片数据的生物信息学分析 被引量：5

7

作者 薛澄 周晨辰 +8 位作者 许晶 杨博 徐成钢 戴兵 刘亚伟 孙丽君 高翔 郁胜强 梅长林 《协和医学杂志》 2017年第2期171-177,共7页

目的通过GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)患者基因芯片数据集进行分析,得出共同差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行生物信息... 目的通过GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)患者基因芯片数据集进行分析,得出共同差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行生物信息学分析,探索ADPKD发病机制中可能的信号通路和蛋白-蛋白相互作用机制。方法通过GEO数据库下载两组关于ADPKD患者肾囊肿组织及对照组织的基因芯片数据集GSE7869和GSE35831,对其进行DEGs筛选,使用DAVID数据库和Funrich软件分析生物学信息及信号通路,使用STRING数据库分析蛋白-蛋白相互作用机制。结果 GSE7869共有3970个DEGs,GSE35831共有147个DEGs。两组DEGs有28个相同的上调基因和24个相同的下调基因:上调DEGs的功能集中在离子通道相关通路,相关信号通路富集于自噬相关通路如m TOR和PI3K/Akt通路、生长因子和整合素相关通路;下调DEGs集中于能量代谢功能和相关信号通路。结论通过分析ADPKD得出的52个DEGs和相关富集信号通路,可为疾病研究提供潜在的生物标记物和方向;调控ADPKD肾细胞自噬、延缓囊肿进展将可能成为新的研究焦点。 展开更多

关键词 多囊肾 常染色体显性 基因芯片 GO功能富集分析

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纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因筛选及功能预测 被引量：9

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作者 鱼尚奇 贾昌路 +5 位作者 宋岩 刘春花 郭永翠 张文涛 陈立平 张锐 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期410-420,共11页

【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样... 【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样本间的差异表达基因并进行生物学功能预测。【结果】通过Trinity软件拼接得到76 814条Unigene,筛选出了609个差异表达基因,利用Gene Ontology和KEGG数据库对差异表达基因注释,发现差异表达基因显著富集在植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、苯丙氨酸代谢、ABC转运子合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等途径中。【结论】筛出了纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因显著富集的主要代谢途径,为今后系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下了良好基础。 展开更多

关键词 核桃内果皮 差异表达基因 表达模式分析 功能显著性富集分析

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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析 被引量：6

9

作者 何诚成 张迎春 +7 位作者 段勇 余江 罗波 江南 梁雨 曾静媛 郑小莉 鲜玉军 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期481-490,共10页

目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包... 目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。 展开更多

关键词 脓毒症 中性粒细胞 差异表达基因 关键基因 蛋白相互作用网络 功能富集分析

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永登七山羊全基因组选择信号检测分析 被引量：1

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作者 栗登攀 马克岩 +3 位作者 韩金涛 白雅琴 李讨讨 马友记 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4577-4588,共12页

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequenc... 旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1658596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、41个GO条目及15、22、10条KEGG通路上(P<0.05)。此外,将岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊3个群体的数据合并为一个数据集与永登七山羊进行比较,共筛选到466个候选基因,显著富集到124个GO条目及7条KEGG通路(P<0.05)。从中筛选到永登七山羊重要经济性状相关的功能基因BMP2、GRM 1和ALDH 1A1。研究结果表明,在永登七山羊全基因组范围内进行选择信号检测,鉴定到与生长发育、脂尾进化相关的候选基因,为永登七山羊的分子遗传标记挖掘提供参考。 展开更多

关键词 永登七山羊 简化基因组测序 基因流 选择性清除分析 功能富集

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青光眼高眼压环境导致星形胶质细胞差异基因表达的生物信息学分析 被引量：1

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作者 李挚雯 钱秀清 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期310-310,共1页

目的研究青光眼高眼压作用下的基因表达反应及信号通路预测。方法在GEO数据库中搜索有关人青光眼以及正常人眼在高眼压作用下星形胶质细胞的基因芯片数据;利用R语言中的li mma包分别对数据进行差异基因的筛选;对差异基因进行DAVID功能... 目的研究青光眼高眼压作用下的基因表达反应及信号通路预测。方法在GEO数据库中搜索有关人青光眼以及正常人眼在高眼压作用下星形胶质细胞的基因芯片数据;利用R语言中的li mma包分别对数据进行差异基因的筛选;对差异基因进行DAVID功能富集分析;比较筛选出的差异基因以及信号通路,选择两组及以上共同出现的差异基因及通路,从而确定青光眼力学敏感蛋白表达的变化,以及相关的信号通路。 展开更多

关键词 星形胶质细胞 差异基因 功能富集分析 基因芯片数据 高眼压 青光眼 信号通路 R语言

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基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后分析

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作者 武静桥 吴玉姝 +7 位作者 范真玮 姚景丽 何敬文 陈婷 赵微 骆紫冰 张东超 金天明 《动物医学进展》 北大核心 2022年第4期38-42,共5页

通过生物学信息方法筛选和分析肝癌组织与癌旁组织中的差异表达基因(DEGs),为肝癌早期预防、诊断以及治疗的靶点筛选提供参考。利用Rstudio中Limma包筛选出肝细胞癌(HCC)肝癌组织与癌旁组织的DEGs;Metascpape对DEGs进行GO功能富集和KEG... 通过生物学信息方法筛选和分析肝癌组织与癌旁组织中的差异表达基因(DEGs),为肝癌早期预防、诊断以及治疗的靶点筛选提供参考。利用Rstudio中Limma包筛选出肝细胞癌(HCC)肝癌组织与癌旁组织的DEGs;Metascpape对DEGs进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;STRING数据库构建PPI网络后,利用Cytoscape软件进行可视化并筛选关键基因,将筛选的关键基因利用GEPIA分析癌旁组织与肝癌组织中的基因表达及随肿瘤分期变化情况;Kalpan Meier-Plotter对关键基因的生存曲线进行分析;两芯片筛选出453个共有的DEGs,其中,上调基因149个,下调基因304个。上调DEGs主要富集在细胞分裂、细胞周期G1/S相变、细胞周期的正调控、DNA复制等生物过程;下调DEGs主要富集在一元羧酸代谢过程、有机酸分解过程、环氧酶P450途径、辅酶代谢过程等生物过程。通过对肝癌相关芯片数据的生物学信息分析发现,BUB1、AURKB、CDC20、CCNB1、CDCA8、CDK1、CCNB2、BUB1B、KIF2C等9个上调关键基因均与HCC预后不良相关,可能是肝癌发生发展的潜在靶点。 展开更多

关键词 肝癌 生物信息学分析 基因本体论功能富集 京都基因与基因组百科全书通路富集 蛋白相互作用

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哮喘患者外周血全基因组DNA甲基化检测及临床意义分析

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作者 张露露 王炯 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第8期1275-1279,共5页

目的探讨哮喘患者和健康对照者外周血基因组DNA甲基化差异及其临床意义。方法收集诊断明确的哮喘急性发作期成人患者及健康对照者2 ml外周血标本,提取外周血DNA之后,采用Illumina DNA甲基化芯片检测全基因组DNA甲基化水平,并与下载GSE56... 目的探讨哮喘患者和健康对照者外周血基因组DNA甲基化差异及其临床意义。方法收集诊断明确的哮喘急性发作期成人患者及健康对照者2 ml外周血标本,提取外周血DNA之后,采用Illumina DNA甲基化芯片检测全基因组DNA甲基化水平,并与下载GSE56553数据库中96个基因芯片数据样本取交集,对差异基因功能通路进行生物学分析。结果哮喘患者与健康对照者外周血基因组DNA甲基化程度差异有统计学意义,发现差异基因1493个,其中甲基化程度上调基因有923个,甲基化程度降低基因有570个,GO和KEGG通路功能富集分析获得的差异基因主要集中于参与突触信号传导调控,肌肉收缩,细胞黏附等生物过程,通过构建基因相互作用网络筛选出了TNF、GNB1、PIK3R1、CDC5L、IL-10、CD44等24个关键基因。结论哮喘患者外周血与健康对照者比较,基因组DNA甲基化程度差异有统计学意义,这种差异很有可能是哮喘发生发展的原因。利用生物信息学方法筛选出哮喘发生发展过程中的关键基因和信号通路,可以为哮喘治疗提供新靶点和策略。 展开更多

关键词 哮喘 DNA甲基化 基因芯片 GO/KEGG功能富集分析

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AIF1在急性髓系白血病中的表达及生物信息学分析

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作者 高娅娅 李妙雨 +6 位作者 孙文瑞 贾双双 田彪 肖婉婷 张春燕 冯娟 高广勋 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第7期515-525,共11页

目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型... 目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据分析发现AIF1可能是AML的潜在癌基因,进一步通过功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质互作网络(PPI)分析对AIF1进行功能分析。通过Wilcoxon符号秩检验和Logistic回归分析确定AIF1和AML患者临床病理特征之间的关系。通过Cox回归和Kaplan-Meier生存曲线评估AIF1的表达与AML患者总生存期(OS)之间的关系。最后通过qRT-PCR和免疫印迹在AML患者的骨髓样本中验证AIF1的表达。结果:AIF1在AML中高表达,且与不良预后相关。AIF1高表达组总生存期比AIF1低表达组缩短。结论:AIF1在AML中的高表达,其表达与AML患者总体生存相关。提示AIF1可能作为AML患者的潜在不良预后标志物。 展开更多

关键词 AIF1 急性髓系白血病 京都基因与基因组数据库富集分析 疾病本体富集分析

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利用转录组分析茉莉酸甲酯对金针菇原基生长的影响 被引量：3

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作者 李玉 朱秋瑾 +5 位作者 李巧珍 陆欢 王瑞娟 杨慧 尚晓冬 刘建雨 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期1-9,共9页

按照工厂化生产模式栽培金针菇(Flammulina filiformis),搔菌后在栽培料表面喷洒茉莉酸甲酯,以喷洒蒸馏水为对照,利用转录组分析茉莉酸甲酯对金针菇原基生长的影响。结果表明:与对照组相比,茉莉酸甲酯组原基出现时间提前,原基发育更快;... 按照工厂化生产模式栽培金针菇(Flammulina filiformis),搔菌后在栽培料表面喷洒茉莉酸甲酯,以喷洒蒸馏水为对照,利用转录组分析茉莉酸甲酯对金针菇原基生长的影响。结果表明:与对照组相比,茉莉酸甲酯组原基出现时间提前,原基发育更快;茉莉酸甲酯组与对照组的差异表达基因有413个,其中上调表达基因233个,下调表达基因180个。GO功能富集分析表明,上调的差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、肉桂酸生物合成、L-苯丙氨酸代谢等过程,下调的差异表达基因主要富集于二磷酸核苷代谢、己糖代谢、单糖代谢、糖酵解等过程。KEGG代谢途径富集分析表明,差异表达基因主要富集于糖酵解/糖异生、氨基酸代谢和能量代谢等过程。 展开更多

关键词 金针菇 茉莉酸甲酯 原基 转录组分析 差异表达基因 功能富集分析

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先天性心脏病相关易感基因的预测性研究 被引量：5

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作者 刘毅 李秀英 +2 位作者 莫雪梅 张光 孙晗笑 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期928-933,共6页

目的:应用生物信息学预测先天性心脏病相关易感基因,为先天性心脏病的临床诊断和治疗提供理论依据。方法:通过OMIM数据库获取已知的先天性心脏病相关易感基因。将已知的疾病相关易感基因作为"种子基因",利用蛋白质相互作用网... 目的:应用生物信息学预测先天性心脏病相关易感基因,为先天性心脏病的临床诊断和治疗提供理论依据。方法:通过OMIM数据库获取已知的先天性心脏病相关易感基因。将已知的疾病相关易感基因作为"种子基因",利用蛋白质相互作用网络寻找邻近节点中富集了疾病相关易感基因的"种子基因",并视其邻居基因为候选的疾病相关易感基因。对已知的疾病相关易感基因进行GO、Pathway和Human Phenotype富集分析,并据此注释候选基因;运用文献挖掘法对候选基因进行验证性分析。结果:通过OMIM共获取已知的先天性心脏病相关易感基因28个,发现邻近节点中富集了疾病相关易感基因的"种子基因"4个,得到候选的疾病相关易感基因20个,通过功能富集分析从中预测出新的先天性心脏病易感基因7个。文献挖掘发现这7个基因在心脏发育过程中均起着极其重要的作用。结论:通过生物信息学分析发现7个候选基因与已知的先天性心脏病相关易感基因关系密切,提示该病的发生是多种基因相互作用的结果,为后续深化该病机制研究提供了有效的指导。 展开更多

关键词 心脏病 先天性 蛋白质相互作用网络 疾病易感基因 功能富集分析

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蛋白质复合物预测方法分析与比较 被引量：2

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作者 汤希玮 王建新 胡秋玲 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2011年第10期3611-3614,共4页

分析和比较了五种蛋白质复合物预测的典型计算方法,并讨论了该领域一些有希望的研究方向。实验结果显示各种计算方法预测出的复合物能较好地匹配真实的复合物。如果恰当地考虑蛋白质相互作用数据的质量而将数据源的噪声最小化并将各种... 分析和比较了五种蛋白质复合物预测的典型计算方法,并讨论了该领域一些有希望的研究方向。实验结果显示各种计算方法预测出的复合物能较好地匹配真实的复合物。如果恰当地考虑蛋白质相互作用数据的质量而将数据源的噪声最小化并将各种生物特征结合到预测过程中去,计算方法的性能将进一步改善。 展开更多

关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用网络 蛋白质复合物 匹配统计 基因本体 功能富集

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基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析

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作者 孙继佳 王睿瑞 +2 位作者 张磊 刘保成 吕爱平 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第6期2023-2035,共13页

目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深... 目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。 展开更多

关键词 类风湿关节炎 中药药对 差异基因分析 PPI网络 分子指纹 GO功能 KEGG通路富集

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基于生物信息学探讨类风湿关节炎与骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析 被引量：3

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作者 许博 郑福增 刘畅 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第8期718-723,735,共7页

目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA... 目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA与RA的差异表达基因(DEG)。采用LASSO回归模型和SVM-RFE算法识别并筛选生物标志物,在验证组(GSE55584数据集)中进行受试者操作特征(ROC)曲线验证,利用ROC曲线下面积(AUC)值评估辨别能力。利用CIBERSORT算法与筛选出的生物标志物预估RA与OA的生物信息学关联。结果共鉴定出410个DEG,涉及多种信号通路、细胞组分、分子功能和疾病。特征基因有COPZ2、FAH、IL15RA、LTC4S、SCRG1、SFRP1和SLAMF8共7个,且ROC曲线验证结果符合预期。免疫细胞浸润分析显示,巨噬细胞M1、CD8+T细胞、静息肥大细胞、浆细胞、静息树突状细胞等与特征基因相关。结论基于免疫细胞浸润的模型可用于预测RA与OA的鉴别诊断,为RA与OA的治疗靶点提供了新的视角。 展开更多

关键词 类风湿关节炎 骨关节炎 基因本体富集分析 京都基因与基因组数据库富集分析 疾病本体富集分析 免疫细胞浸润分析

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思茅松毛虫不同发育阶段的转录组差异分析 被引量：1

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作者 王宇翔 杨斌 +3 位作者 吴培福 冷堂健 邱雨 周杰珑 《四川动物》 北大核心 2022年第6期628-639,共12页

思茅松毛虫Dendrolimus kikuchii是我国南方针叶林的重大害虫之一,本研究利用DNBSEQ-T7测序平台分别对其卵、幼虫(1龄、4龄、7龄)、蛹、成虫等发育阶段进行转录组测序,并对转录组数据进行参考基因组比对、差异比较和功能富集分析。测序... 思茅松毛虫Dendrolimus kikuchii是我国南方针叶林的重大害虫之一,本研究利用DNBSEQ-T7测序平台分别对其卵、幼虫(1龄、4龄、7龄)、蛹、成虫等发育阶段进行转录组测序,并对转录组数据进行参考基因组比对、差异比较和功能富集分析。测序共获得高质量有效读序368 027 762条。通过比较转录组分析,不同发育阶段共有表达基因9 251个,特有表达基因798个,呈现不同的基因表达模式和高表达基因簇;各阶段基因表达差异显著,其中卵与1龄幼虫间的最多,达3 336个(上调1 902个,下调1 434个)。通过GO和KEGG分析,差异表达基因主要富集于氧化还原过程、催化活性、跨膜运输、蛋白质水解、几丁质结合及胞外区域等功能,参与细胞周期、细胞外基质受体互作、碳水化合物代谢、蛋白质代谢、能量代谢、解毒代谢及与飞行有关的昼夜节律等通路。本研究为解析思茅松毛虫等全变态昆虫各发育阶段表征提供转录组数据,为后续深入挖掘生长发育相关功能基因及其表达调控和害虫防治策略研究奠定理论基础。 展开更多

关键词 思茅松毛虫 转录组 差异表达基因 功能富集分析

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