以南粳9108为试验材料,于水稻灌浆期在叶面喷施氨糖硒(Se)和氨糖碘(I),并以喷施清水作为对照(CK),处理后10 d取水稻剑叶用于转录组测序分析。结果表明:氨糖硒和氨糖碘处理下分别获得差异表达基因270和292个,其中共同检测到的差异表达基...以南粳9108为试验材料,于水稻灌浆期在叶面喷施氨糖硒(Se)和氨糖碘(I),并以喷施清水作为对照(CK),处理后10 d取水稻剑叶用于转录组测序分析。结果表明:氨糖硒和氨糖碘处理下分别获得差异表达基因270和292个,其中共同检测到的差异表达基因42个。从GO富集分析来看,CK vs Se的差异表达基因主要富集于细胞组分、分子功能、跨膜运输、膜的组成部分、过渡金属离子结合和跨膜转运体活性等生物学功能;而CK vs I的差异表达基因主要富集在膜的内在成分、膜的组成部分、细胞外围、膜成分、细胞膜、阴离子跨膜转运体活性和萜烯合酶活性等生物学功能。KEGG功能富集结果表明,CK vs Se的差异表达基因主要富集在氮代谢、代谢途径、次生代谢物的生物合成等通路,初步筛选出3个硝酸还原酶基因Os08g0468100(OsNR1)、Os02g0770800(OsNR2)和Os08g0468700(OsNR1.2),1个延缓叶片衰老基因Os08g0140300(TDC1),且Os08g0140300(TDC1)与8个Pathways相关联,可能是外源硒响应的关键基因。CK vs I的差异表达基因仅显著富集在与苯丙素的生物合成,初步筛选了6个与木质素合成相关的基因Os08g0277200(OsCCR)、Os01g0294700(OsPOD)、Os03g0121200(prx33)、Os05g0135500(prx71)、Os06g0695500(prx90)、Os07g0677600(prx115)。研究结论可为进一步探究水稻外源硒、碘响应机制提供基础数据,也为后续的水稻硒、碘累积运转改良工作提供理论支撑。展开更多
UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾...UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾病相关通路进行分析。提取UHRF1敲低细胞(MCF-7/shRNA-UHRF1)和对照组细胞(MCF-7/shRNA-Scramble)的RNA进行RNA-Seq测序,利用DESeq2软件对差异表达基因进行鉴定,并通过qRTPCR对部分基因进行验证。利用Gene ontology(GO)功能聚类、Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路富集分析、Disease ontology(DO)疾病聚类分析等方法分析差异基因的潜在功能。研究共鉴定出2926个受UHRF1调控的差异表达基因,与对照组相比,shRNA-UHRF1细胞中有1453个基因下调表达,1473个基因上调表达。GO和KEGG分析显示,差异表达基因主要参与细胞代谢、免疫调节、信号传导、心血管疾病和肿瘤发生等。DO功能富集分析显示这些基因参与癌症和神经性疾病。研究结果表明,表观遗传调控因子UHRF1介导的DNA甲基化可在转录水平上调控基因的差异表达,为UHRF1参与调控相关信号通路提供数据支持。展开更多
利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子的基因差异表达,根据带型可将得到的差异片段分为5个类型,分别回收、克隆7个差异片段并利用BLASTN和BLASTX程序与网上数据库(NCBI,National Center for Biotechnology Information)进行同源性分析。...利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子的基因差异表达,根据带型可将得到的差异片段分为5个类型,分别回收、克隆7个差异片段并利用BLASTN和BLASTX程序与网上数据库(NCBI,National Center for Biotechnology Information)进行同源性分析。其中一条在对照、老化16周、28周种子共有的片段与欧洲板栗(Castaneasativa)核糖体蛋白L33和拟南芥(Arabidopsis thaliana)核糖体结构组分蛋白具有同源性;对照种子特有的一条片段与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中氧化还原酶和水稻(Oryzasativa)2-硝基丙烷双加氧酶相关蛋白具有同源性;在老化36周种子特有的4条片段中:1条与水稻中被公认的三肽基酶Ⅱ蛋白具有同源性,而其它3条的同源序列功能不详;此外,老化16周种子特有的一条片段无明显同源序列。展开更多
文摘以南粳9108为试验材料,于水稻灌浆期在叶面喷施氨糖硒(Se)和氨糖碘(I),并以喷施清水作为对照(CK),处理后10 d取水稻剑叶用于转录组测序分析。结果表明:氨糖硒和氨糖碘处理下分别获得差异表达基因270和292个,其中共同检测到的差异表达基因42个。从GO富集分析来看,CK vs Se的差异表达基因主要富集于细胞组分、分子功能、跨膜运输、膜的组成部分、过渡金属离子结合和跨膜转运体活性等生物学功能;而CK vs I的差异表达基因主要富集在膜的内在成分、膜的组成部分、细胞外围、膜成分、细胞膜、阴离子跨膜转运体活性和萜烯合酶活性等生物学功能。KEGG功能富集结果表明,CK vs Se的差异表达基因主要富集在氮代谢、代谢途径、次生代谢物的生物合成等通路,初步筛选出3个硝酸还原酶基因Os08g0468100(OsNR1)、Os02g0770800(OsNR2)和Os08g0468700(OsNR1.2),1个延缓叶片衰老基因Os08g0140300(TDC1),且Os08g0140300(TDC1)与8个Pathways相关联,可能是外源硒响应的关键基因。CK vs I的差异表达基因仅显著富集在与苯丙素的生物合成,初步筛选了6个与木质素合成相关的基因Os08g0277200(OsCCR)、Os01g0294700(OsPOD)、Os03g0121200(prx33)、Os05g0135500(prx71)、Os06g0695500(prx90)、Os07g0677600(prx115)。研究结论可为进一步探究水稻外源硒、碘响应机制提供基础数据,也为后续的水稻硒、碘累积运转改良工作提供理论支撑。
文摘UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾病相关通路进行分析。提取UHRF1敲低细胞(MCF-7/shRNA-UHRF1)和对照组细胞(MCF-7/shRNA-Scramble)的RNA进行RNA-Seq测序,利用DESeq2软件对差异表达基因进行鉴定,并通过qRTPCR对部分基因进行验证。利用Gene ontology(GO)功能聚类、Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路富集分析、Disease ontology(DO)疾病聚类分析等方法分析差异基因的潜在功能。研究共鉴定出2926个受UHRF1调控的差异表达基因,与对照组相比,shRNA-UHRF1细胞中有1453个基因下调表达,1473个基因上调表达。GO和KEGG分析显示,差异表达基因主要参与细胞代谢、免疫调节、信号传导、心血管疾病和肿瘤发生等。DO功能富集分析显示这些基因参与癌症和神经性疾病。研究结果表明,表观遗传调控因子UHRF1介导的DNA甲基化可在转录水平上调控基因的差异表达,为UHRF1参与调控相关信号通路提供数据支持。
文摘利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子的基因差异表达,根据带型可将得到的差异片段分为5个类型,分别回收、克隆7个差异片段并利用BLASTN和BLASTX程序与网上数据库(NCBI,National Center for Biotechnology Information)进行同源性分析。其中一条在对照、老化16周、28周种子共有的片段与欧洲板栗(Castaneasativa)核糖体蛋白L33和拟南芥(Arabidopsis thaliana)核糖体结构组分蛋白具有同源性;对照种子特有的一条片段与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中氧化还原酶和水稻(Oryzasativa)2-硝基丙烷双加氧酶相关蛋白具有同源性;在老化36周种子特有的4条片段中:1条与水稻中被公认的三肽基酶Ⅱ蛋白具有同源性,而其它3条的同源序列功能不详;此外,老化16周种子特有的一条片段无明显同源序列。
