2株萎缩芽孢杆菌铬去除差异基因的PFGE分析 被引量：4

1

作者 王超 陈晓明 +7 位作者 许燕 阮晨 刘小玲 郝希超 宋收 罗学刚 陈彩霞 罗宇霞 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1052-1060,共9页

为寻找2株萎缩芽孢杆菌与铬去除相关的差异基因,探索PFGE技术在寻找差异基因方面的可行性,本研究以萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus)ATCC 9372菌株和Ua菌株为材料,分别考察2株菌对Cr(VI)的耐受性和去除能力;采用PFGE技术进行基因组酶... 为寻找2株萎缩芽孢杆菌与铬去除相关的差异基因,探索PFGE技术在寻找差异基因方面的可行性,本研究以萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus)ATCC 9372菌株和Ua菌株为材料,分别考察2株菌对Cr(VI)的耐受性和去除能力;采用PFGE技术进行基因组酶切片段分析,以期获得差异基因;利用转基因技术对得到的差异基因Cr(VI)去除功能进行验证。结果表明:2株菌在48h时菌体生长和对Cr(VI)的去除率达到最大值,ATCC 9372菌株的生长状况和Cr(VI)去除能力明显高于Ua菌株;基因组通过内切酶EcoRI-Hind III组合酶切后,PFGE分析得到了一条3kb左右的差异条带,测序比对结果表明该序列含有Yth A基因和Yti B基因;差异序列的酶切位点与内切酶组合一致,PCR结果表明差异序列只存在于Ua菌株中,转基因菌株ATCC 9372-Yti B的Cr(VI)去除率下降了约12%,表明Yti B基因与Cr(VI)的去除负相关。本研究利用PFGE技术成功发现2株萎缩芽孢杆菌的铬去除差异基因,经验证该技术可行性高,为寻找差异基因提供了一种新途径。 展开更多

关键词 铬污染 萎缩芽孢杆菌 脉冲场凝胶电泳 基因差异分析 Yti B基因

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经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析 被引量：6

2

作者 张劭俣 刘云海 +5 位作者 倪和民 王灏 顾美超 阎芃 杨菲 郭勇 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2012年第5期15-19,F0003,共6页

目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关... 目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。 展开更多

关键词 小鼠 休眠胚胎 程序化冷冻 基因表达谱差异分析

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花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文) 被引量：4

3

作者 单世华 严海燕 +1 位作者 李春娟 万书波 《花生学报》 2005年第4期21-24,共4页

黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异... 黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。 展开更多

关键词 花生 差异基因表达分析 基因芯片技术

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差异显示反转录-PCR及抑制性扣除杂交在基因表达差异分析中的应用 被引量：2

4

作者 黄升谋 邹应斌 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第2期183-185,共3页

差异显示反转录 -PCR和抑制性扣除杂交是目前广泛应用于基因表达差异分析的方法 ,它们分别具有灵敏度高假阳性率低等特点 ,对其原理、技术。

关键词 差异显示反转录-PCR 抑制性扣除杂交 基因表达差异分析 应用

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基因差异表达分析技术在寄生虫学中的应用研究进展

5

作者 夏艳勋 李国清 +2 位作者 苑纯秀 赵传璧 林矫矫 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第3期63-68,共6页

生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上... 生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上发展起来并在兽医寄生虫学中得到广泛应用。以mR-NA差异显示、抑制消减杂交法和DNA微列阵分析等为代表的基因差异表达分析技术,在基因表达谱的分析及基因生物学功能研究,阐述寄生虫的发病机制,寄生虫疾病诊断,筛选合适的药物靶标和疫苗候选分子有效地防病治病方面发挥着重要作用。 展开更多

关键词 基因差异表达分析技术 寄生虫学 应用

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几种基因差异表达分析技术在原核生物差异基因筛选中的应用 被引量：5

6

作者 胡烨 李影 钱爱东 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第2期103-106,共4页

原核生物差异基因筛选方面,目前代表性差异分析方法(RDA)、消减抑制杂交法(SSH)、限制性酶切片段差异显示(RFDD-PCR)以及cDNA-AFLP等技术经改良后,可用于原核生物差异基因筛选的研究。论文对这几种方法的优缺点及应用进行了介绍。

关键词 基因差异表达分析技术 差异基因筛选 原核生物

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Claudin18和annexinA8：应用差异基因表达分析鉴定的新的胰腺癌标记物 被引量：22

7

作者 Karanjawala Z Illei P B +1 位作者 Ashfaq R 黄文斌(摘译) 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期385-385,共1页

关键词 基因表达分析 胰腺癌 癌标记物 差异表达基因分析 鉴定 十二指肠黏膜 免疫组化检测 人类基因组

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金乌贼端粒酶逆转录酶基因鉴定和组织差异表达分析

8

作者 项子龙 刘长琳 +5 位作者 张金勇 胡鹏 何暮春 柳淑芳 庄志猛 薛同明 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第3期158-164,共7页

本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT... 本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT基因在不同组织、不同发育时期和不同性别的相对表达量差异。结果显示,与产卵期相比,濒死期的心、肝、胰、鳃、性腺、食道上神经团(除去视腺和视叶后的脑组织)等6个组织的TERT基因表达量呈显著下调趋势,推测与濒死期的器官组织分裂和增殖能力下降有关。TERT基因在金乌贼不同组织中具有明显的组织特异性,说明金乌贼各组织器官的衰老状态并不一致。本研究结果可为深入研究头足类生殖与衰老等生命过程的端粒酶调控机制提供基础数据。 展开更多

关键词 金乌贼 TERT基因 QRT-PCR 系统进化树 基因差异表达分析

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基因表达差异显示分析技术在创伤研究中的应用

9

作者 徐发良 李磊 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期322-326,共5页

基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素。基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常。包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,... 基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素。基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常。包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,最终妨碍机体健康。随着生物信息学的逐渐兴起和分子生物学的不断发展并向其他学科的逐渐渗透,业已建立起一系列研究基因表达变化的切实可行的技术手段(即“基因表达差异分析技术”,如DNA微阵列),对捕获基因表达的种种变化具有重要价值。这些技术已经在肿瘤及其他疾病的研究中得到了广泛应用;近几年也逐渐进入创伤研究领域,在一定程度上推动了创伤研究的发展。 展开更多

关键词 基因表达差异显示分析 创伤研究 应用

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转录组测序法研究草珊瑚叶和根的基因差异表达 被引量：2

10

作者 车苏容 张家源 +2 位作者 卢伟 祁克明 魏艺聪 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期598-610,共13页

【目的】从基因表达的水平,初步分析草珊瑚叶和根之间次生代谢差异的分子机制,为二者之间临床疗效差异形成的分子机制分析提供信息。【方法】以福建省福州市的草珊瑚作为样品,采用Illumina HiSeqTM高通量测序技术测定草珊瑚叶和根的转录... 【目的】从基因表达的水平,初步分析草珊瑚叶和根之间次生代谢差异的分子机制,为二者之间临床疗效差异形成的分子机制分析提供信息。【方法】以福建省福州市的草珊瑚作为样品,采用Illumina HiSeqTM高通量测序技术测定草珊瑚叶和根的转录组,然后经过滤和Trinity组装,得到的unigenes再通过blast与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、Kegg和GO进行比对注释,并对叶和根的基因差异表达进行分析,尤其是对KEGG代谢通路富集的差异基因进行分析。【结果】转录组测序结果共获得0.4亿多个clean reads,经Trinity组装后共得到508271个unigenes,其平均长度为740 bp,最大长度为17.3 kb。基于blast分析,共有148561个unigenes在七大功能注释数据库中得到成功注释,占总基因数的58.80%。在分析基因表达水平差异时,发现草珊瑚叶和根的共同基因有93127个,叶和根的差异基因分别为36327个和52268个;同时还发现在29732种不同表达的unigenes中,有12511个上调基因和17221个下调基因;代谢相关KEGG具有显著差异的通路有淀粉和蔗糖代谢、苯丙烷类生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、光合生物的固碳作用、吞噬体、谷胱甘肽代谢、光合作用、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢、倍半萜类和三萜类生物合成、卟啉和叶绿素代谢、氮素代谢、昼夜节律-植物、光合作用-天线蛋白、芪类、二芳基庚酸和姜酚生物合成、不饱和脂肪酸生物合成、柠檬烯和蒎烯降解、类胡萝卜素生物合成、二萜类生物合成、类黄酮生物合成、脂肪酸延伸等。其中与药效密切相关的次生代谢通路苯丙烷类、倍半萜类和三萜类、二萜类、类黄酮类生物合成等途径分别有193个、82个、40个、35个差异表达基因,而上调倍半萜合酶、ent-kaur-16-烯合酶、黄酮醇合酶/黄烷酮3-羟化酶等基因和下调8-羟基香叶醇脱氢酶、vinorine合酶、角鲨烯合酶等关键酶基因差异显著。【结论】草珊瑚叶和根中苯丙烷类、倍半萜类和三萜类、二萜类、类黄酮次生代谢途径的相关基因差异最为显著,其中差异显著的关键酶基因可为分析其叶和根之间次生代谢差异的分子机制提供重要信息。 展开更多

关键词 草珊瑚 叶 根 Illumina测序 基因差异表达分析 次生代谢

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DDK综合症部分相关基因的实时定量PCR分析 被引量：1

11

作者 陈修栋 桂宏翔 +4 位作者 赵枭阳 王善强 杨亚蒙 景亚星 郑振宇 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第7期141-144,149,共5页

为筛选与DDK综合症相关的基因,对其中4个表达量差异显著的基因(EGF、Bcl-2、Mcl-1、EGF-R)进行荧光定量PCR分析,以确定这些基因是否和DDK综合症相关。选用8～10周龄的清洁级小鼠,雌雄比例1∶1方式合笼交配,以DDK♀×BALB/c♂交配组... 为筛选与DDK综合症相关的基因,对其中4个表达量差异显著的基因(EGF、Bcl-2、Mcl-1、EGF-R)进行荧光定量PCR分析,以确定这些基因是否和DDK综合症相关。选用8～10周龄的清洁级小鼠,雌雄比例1∶1方式合笼交配,以DDK♀×BALB/c♂交配组合为试验组、BALB/c♀×BALB/c♂交配组合为对照组,依据胚胎发育时间,对植入前期2细胞期、4细胞期、8细胞期的胚胎进行观察和采集,提取总RNA并进行反转录,应用荧光定量PCR技术,比较所选的候选基因在不同交配组合中各胚胎时期的表达差异。结果表明,与对照组相比,EGF、Bcl-2、Mcl-1 3个基因在3个时期表达差异都极显著;EGF-R基因在4细胞期、8细胞期2个时期表达差异极显著。表明DDK综合症和所选的4个候选基因的作用相关。 展开更多

关键词 DDK综合症 荧光定量PCR 基因差异表达分析

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Colo205来源的大肠癌始动细胞锌指蛋白表达谱变化分析 被引量：2

12

作者 岳昌武 吕玉红 +4 位作者 周昕 王苗 曾庆良 李园园 邵美云 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第16期1754-1757,共4页

目的分析大肠癌始动细胞群锌指蛋白表达谱变化信息。方法采用无血清悬浮培养结合CD133抗体标记磁珠分选获得Colo205来源大肠癌始动细胞,高通量测序分析180个锌指蛋白基因mRNA表达谱变化,并筛选差异表达基因,利用荧光定量PCR技术对部分... 目的分析大肠癌始动细胞群锌指蛋白表达谱变化信息。方法采用无血清悬浮培养结合CD133抗体标记磁珠分选获得Colo205来源大肠癌始动细胞,高通量测序分析180个锌指蛋白基因mRNA表达谱变化,并筛选差异表达基因,利用荧光定量PCR技术对部分差异表达基因进行表达变化验证。结果与CD133-细胞群相比,CD133+细胞群有56个锌指蛋白基因表达下调,42个锌指蛋白表达上调;与Colo205细胞群相比,CD133+细胞群有58个锌指蛋白基因表达下调,40个锌指蛋白表达上调;与Colo205细胞群相比,CD133-细胞群有79个锌指蛋白基因表达下调,46个锌指蛋白表达上调,定量PCR检测结果与表达谱测序数据表现出趋势一致性。CD133-细胞群与Colo205细胞群相比,在CD133+细胞群中有29个基因的表达均表现出了较大幅度的改变,其中有11个基因在前两种细胞群中表现为表达上调,13个基因表现为下调。结论无血清培养基培养结合CD133磁珠分选Colo205细胞获得的CD133+细胞亚群中众多与肿瘤发生、发展有关的锌指蛋白基因在CD133+细胞群中的表达发生改变。 展开更多

关键词 大肠癌始动细胞 锌指蛋白 基因差异表达分析

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不同花期‘西伯利亚’百合花瓣单萜合成途径转录组分析（英文） 被引量：8

13

作者 唐彪 胡增辉 冷平生 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期252-263,共12页

以‘西伯利亚’百合(Lilium‘Siberia’)花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制。结果显示,‘西伯利亚’百合通过转录组测序分析共得... 以‘西伯利亚’百合(Lilium‘Siberia’)花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制。结果显示,‘西伯利亚’百合通过转录组测序分析共得到56.28 Gb clean base,223.40 Mb clean reads和124 233个unigene,其中35 749个基因得到注释。萜骨架合成途径中的基因表达水平在不同花期表现出显著差异。其中,甲基赤藓糖醇磷酸(MEP)中的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(DXS)、1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)、4-羟基-3-甲丁-2-烯基二磷酸合成酶(HDS)、4-羟基-3-甲丁-2烯基二磷酸还原酶(HDR)、牻牛儿基二磷酸合成酶(GPS)基因的表达水平随花期变化呈先升高后降低的趋势。罗勒烯合成酶(OCS)基因表现出相似变化规律,在盛开期表达量最高。甲羟戊酸(MVA)途径中的3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)的基因表达同样出现先升高后降低的趋势。单萜合成下游的分支途径中,茄尼基二磷酸合成酶(SDS)、牻牛儿基牻牛儿基二磷酸合成酶(GGDR)基因的表达则出现相反的趋势,在盛开期的表达量最低。研究结果表明MEP途径中的关键基因可随花期变化规律性的表达,以调控单萜的生物合成,在盛开期有较高释放量,且盛开期MVA途径的活化以及泛醌和萜醌代谢支路基因的低表达也促进了单萜的生物合成。 展开更多

关键词 '西伯利亚’百合 花香 单萜 转录组测序 差异表达基因分析

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基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析

14

作者 孙继佳 王睿瑞 +2 位作者 张磊 刘保成 吕爱平 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第6期2023-2035,共13页

目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深... 目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。 展开更多

关键词 类风湿关节炎 中药药对 差异基因分析 PPI网络 分子指纹 GO功能 KEGG通路富集

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低氧胁迫下唇䱻及杂交F1代肝脏转录组学分析

15

作者 陶丽竹 陈健 +4 位作者 陈霞 杨淞 罗小波 李思言 杨壮志 《四川动物》 北大核心 2023年第2期161-171,共11页

为探讨低氧胁迫对唇䱻Hemibarbus labeo和杂交䱻基因表达水平的影响,基于Illumina HiSeq高通量测序平台,对低氧条件下唇䱻和杂交䱻肝脏组织进行转录组测序并开展生物信息学分析。结果显示,唇䱻和杂交䱻分别产生了126646494个和130613321个clea... 为探讨低氧胁迫对唇䱻Hemibarbus labeo和杂交䱻基因表达水平的影响,基于Illumina HiSeq高通量测序平台,对低氧条件下唇䱻和杂交䱻肝脏组织进行转录组测序并开展生物信息学分析。结果显示,唇䱻和杂交䱻分别产生了126646494个和130613321个clean reads,组装后共获得了48027个unigenes,分别在NR、SwissProt、GO、COG、KOG、eggNOG4.5、KEGG数据库中获得32253个注释;低氧胁迫时,分别有3589个和3177个差异表达基因(DEGs)上调,4075个和5473个下调;GO功能富集分析发现,DEGs与细胞结合、催化活性和代谢进程密切相关,KEGG通路富集分析发现,DEGs富集在一些与代谢和细胞生长增殖、分化、凋亡相关的信号通路中。研究结果为深入开展唇䱻和杂交䱻溶解氧胁迫的调控机制和养殖育种提供了参考。 展开更多

关键词 唇䱻 杂交䱻 低氧胁迫 转录组分析 差异表达基因分析

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基于临床生物信息学的白藜芦醇对自闭症谱系障碍的潜在治疗意义

16

作者 吕艳华 钟小云 +2 位作者 王康龙 赵宏霞 于琦 《护理研究》 北大核心 2024年第21期3768-3778,共11页

目的:基于临床生物信息学探讨白藜芦醇对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获取白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据;分别对白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据进行差异基因分析、基因本体(GO)富集... 目的:基于临床生物信息学探讨白藜芦醇对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获取白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据;分别对白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据进行差异基因分析、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析并筛选核心基因;采用领域知识得分法在中英文数据库中对白藜芦醇具有重要调控作用核心基因的有效性进行文本验证。结果:白藜芦醇组和ASD组分别筛选出294个和256个差异基因(DEGs);白藜芦醇组GO富集的基因主要与神经系统发育、神经发生、突触组织等有关,KEGG通路富集主要与动物线粒体自噬、胆固醇代谢、甲状腺激素合成等有关;ASD组KEGG通路富集主要与丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素合成、缩宫素信号通路等有关;白藜芦醇组DEGs的PPI网络分析中共获得11个核心基因,主要与细胞周期、突触发生和突触可塑性、炎症、免疫反应等有关。结论:白藜芦醇具有抑制炎症反应、促进免疫调节、改善氧化应激、调节突触发生和突触生成过程、调节神经递质的释放等功能,对ASD具有潜在的治疗意义。 展开更多

关键词 白藜芦醇 自闭症谱系障碍 差异基因分析 富集分析 蛋白质相互作用网络 领域知识得分 临床生物信息学

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生物芯片技术

17

作者 程安春 汪铭书 +2 位作者 郭宇飞 刘兆宇 方鹏飞 《中国家禽》 北大核心 2001年第21期15-16,共2页

21世纪,生命科学将成为整个科学领域带动性学科,生物技术将成为人类解决食物、能源、环境等重大经济和社会问题的关键技术,生物产业仍以医药生物技术产业化为“龙头”,农业生物技术为核心,环境与海洋生物技术为两翼,成为世人关注的焦点... 21世纪,生命科学将成为整个科学领域带动性学科,生物技术将成为人类解决食物、能源、环境等重大经济和社会问题的关键技术,生物产业仍以医药生物技术产业化为“龙头”,农业生物技术为核心,环境与海洋生物技术为两翼,成为世人关注的焦点。本期栏目刊发此类文章,目的在于:一方面向广大读者介绍未来生物技术领域一些基本常识;另一方面,希望加快中国家禽业生物技术的研究与应用。 展开更多

关键词 环境保护 生物芯片技术 基本原理 应用 基因差异表达分析 传染病诊断 环境监测

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解淀粉芽孢杆菌DGL1促燕麦生长分子机制及代谢通路探究 被引量：8

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作者 杨雪 王添 +4 位作者 谢永丽 乔有明 陈海龙 陈兰 武玲玲 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2899-2909,共11页

分离自青海大格勒干旱沙地的解淀粉芽孢杆菌DGL1(Bacillus.amyloliquefaciens)被证实能够促进青海本地燕麦(Avena sativa)品种‘青燕1号’的生长。为了揭示DGL1促进燕麦生长的分子机制,本研究通过Illumina高通量转录组测序技术分析燕麦... 分离自青海大格勒干旱沙地的解淀粉芽孢杆菌DGL1(Bacillus.amyloliquefaciens)被证实能够促进青海本地燕麦(Avena sativa)品种‘青燕1号’的生长。为了揭示DGL1促进燕麦生长的分子机制,本研究通过Illumina高通量转录组测序技术分析燕麦根部与菌株DGL1菌悬液分别互作2 h,4 h,8 h,12 h的处理组与对照组(CK)间的转录组差异表达基因,并通过GO富集、KEGG Pathway富集分析燕麦地上部分差异表达基因的相关代谢通路及关键基因。结果表明:燕麦根部与DGL1菌悬液互作2 h,4 h,8 h和12 h,燕麦叶部分别有1894,6130,8033和12215个差异表达基因,显著富集在氨基酸代谢、植物光合作用、次级产物代谢通路和与燕麦生长发育调控等相关代谢途径;通过KEGG富集分析发现IAA合成的色氨酸代谢途径中生长素早期响应蛋白编码基因AUXI、茉莉酸信号途径中核心受体编码基因COI1,铵转运蛋白编码基因AMT等基因显著上调,推测菌株DGL1对燕麦的促生机制是通过促进燕麦光合作用、激素代谢、次生代谢物合成、氨基酸代谢等多个途径相互协调的结果。 展开更多

关键词 解淀粉芽孢杆菌 微生物-植物互作 燕麦促生 转录组测序 差异表达基因分析

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基于转录组学的丁香及甘草醇提取物对尖孢镰刀菌的影响 被引量：2

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作者 马红军 胡春艳 +1 位作者 陈云坤 曹挥 《山西农业科学》 2023年第6期682-689,共8页

枯萎病是多种作物的重要土传病害之一,孢子或者病残体可在土壤中长期存活,导致该病防治困难,对农业生产造成极大的危害。为了对丁香、甘草2种醇提取物抑制枯萎病机制的进一步解析提供思路以及数据支撑,试验采用转录组高通量测序分析研究... 枯萎病是多种作物的重要土传病害之一,孢子或者病残体可在土壤中长期存活,导致该病防治困难,对农业生产造成极大的危害。为了对丁香、甘草2种醇提取物抑制枯萎病机制的进一步解析提供思路以及数据支撑,试验采用转录组高通量测序分析研究2种植物提取物处理后对尖孢镰刀菌基因表达水平的影响。结果表明,测序错误率均小于0.025%,且样本组内与组间相关系数差距较大,故测序数据准确度高、生物学重复性较好。甘草提取物处理后差异基因在GO数据库中主要富集到膜的组成成分和膜的固有成分,其中53.27%上调,在KEGG通路中苯丙氨酸代谢途径富集最为显著;丁香提取物处理后,在GO数据库中显著富集的途径与甘草相同,有33.98%上调,KEGG通路中差异基因在嘌呤代谢途径的富集最为显著。研究结果说明,甘草提取物对尖孢镰刀菌的主要抑菌机制可能是在翻译水平上促进真菌细胞膜的多种成分的生成与代谢,与此同时减弱尖孢镰刀菌DNA的损伤修复功能和营养物质如氨基酸的生成与代谢水平;而丁香提取物可能使得参与菌丝细胞生长或者菌丝抵御机制的基因过表达、RNA代谢旺盛,促进细胞膜的生长代谢,导致菌丝不能正常生长。综上,抑菌效果显著的2种植物提取物对同种尖孢镰刀菌可能具有不同的抑菌机制。 展开更多

关键词 尖孢镰刀菌 无参转录组测序 丁香提取物 甘草提取物 差异基因分析

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呕吐毒素降解菌A4的分离及降解特性研究 被引量：3

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作者 于阳光 胡俊强 +6 位作者 王刚 高红侠 邱涵 张宇航 刘馨 史建荣 徐剑宏 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2648-2659,共12页

为了给呕吐毒素(DON)污染的谷物和饲料脱毒提供菌株资源,本研究从赤霉病污染区域的小麦田采集土壤样品,通过富集培养,分离筛选到一株DON降解菌,通过形态、16S rDNA、gyrB基因序列对降解菌进行菌种鉴定,液相色谱串联质谱和核磁共振鉴定... 为了给呕吐毒素(DON)污染的谷物和饲料脱毒提供菌株资源,本研究从赤霉病污染区域的小麦田采集土壤样品,通过富集培养,分离筛选到一株DON降解菌,通过形态、16S rDNA、gyrB基因序列对降解菌进行菌种鉴定,液相色谱串联质谱和核磁共振鉴定降解产物,明确其降解途径和解毒机制,通过菌株生长特性、降解特性和基因组间差异分析比较DON降解菌A4、A8和A16之间的差异。结果表明:分离筛选获得DON降解菌A4,该菌能在10 h内降解9.7μg·mL^(-1)DON,降解率高达97%。经鉴定,A4为德沃斯氏菌(Devosia sp.)。A4通过降解DON为3-keto-DON进行脱毒。A4的最适生长温度为35℃,最适NaCl浓度为2%,其耐热性和耐盐性优于菌株A8和A16。A4的最适降解温度为35℃、最适降解pH为8.0,其降解速率高于菌株A8和A16。通过平均核苷酸相似度(ANI)分析,A4与A8和A16之间的ANI分别为81.54%和77.87%,均低于95%,因此属于不同种的菌株。研究表明,筛选得到的新型DON脱毒菌株A4具有良好的抗逆性,为DON的污染控制提供了新的降解菌资源。 展开更多

关键词 脱氧雪腐镰刀菌烯醇 德沃斯氏菌 降解特性 基因组间差异分析

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