目的从通路水平探究慢性阻塞性肺疾病有效方药补肺益肾方的干预机制。方法采用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型。基于基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)方法,筛选巨噬细胞炎症反应相关通路,通过富集评分(Normalized e...目的从通路水平探究慢性阻塞性肺疾病有效方药补肺益肾方的干预机制。方法采用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型。基于基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)方法,筛选巨噬细胞炎症反应相关通路,通过富集评分(Normalized enrichment score,NES)筛选药物干预后发生逆转的通路,揭示补肺益肾方及其配伍的干预机制。结果补肺益肾方所含中药的NES为-1377.23,其中补肾配伍的为-485.07、活血配伍的为-351.86、化痰配伍的为-303.71、益气配伍的为-236.59;补肺益肾方显著逆转的通路为213条,其中活血配伍的为184条、补肾配伍的为147条、化痰配伍的为134条、益气配伍的为133条,逆转率分别为75.41%、60.25%、54.92%、54.51%。TGF-βproduction等90条通路在4个配伍中均被显著逆转。Positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response等为配伍特异性逆转通路。结论补肺益肾方各配伍组逆转炎症信号通路的强度依次为补肾、活血、化痰、益气配伍,逆转通路数量依次为活血、补肾、化痰、益气。补肺益肾方可通过调控各配伍共性及特异性逆转通路干预炎症反应。展开更多
目的利用计算机工具和已知的数据库进行挖掘和分析进而确定与白内障和抗氧化应激相关的基因集及信号通路,并进行白内障可能的有效治疗药物的预测和探索。方法利用文本挖掘工具pubmed2ensembl对白内障和抗氧化应激均相关的基因进行初步筛...目的利用计算机工具和已知的数据库进行挖掘和分析进而确定与白内障和抗氧化应激相关的基因集及信号通路,并进行白内障可能的有效治疗药物的预测和探索。方法利用文本挖掘工具pubmed2ensembl对白内障和抗氧化应激均相关的基因进行初步筛选,得到的基因集利用GeneC odis工具进行基因功能的富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析,富集的结果则应用STRING工具进行进一步蛋白质-蛋白质相互作用分析,选取相互作用紧密的基因,最后使用DGIdb工具得到基因-药物相互作用的结果,然后对药物进行筛选,确定可能有效的白内障治疗药物。结果通过文本挖掘得到103个与白内障和抗氧化应激均相关的基因集,通过对这些基因的生物学过程的功能富集分析,筛选出22个基因,KEGG工具的进一步筛选确定了11个基因,通过蛋白质-蛋白质相互作用分析得到9个紧密联系的基因,与之对应的基因-药物相互作用分析筛选出了31种药物。结论利用文本挖掘和基因功能富集等生物信息学工具可以进一步探索白内障的发病机制,并且能够很方便地预测可能有效的治疗药物,为白内障的临床治疗提供了新的线索。展开更多
目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2...目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。展开更多
文摘目的从通路水平探究慢性阻塞性肺疾病有效方药补肺益肾方的干预机制。方法采用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型。基于基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)方法,筛选巨噬细胞炎症反应相关通路,通过富集评分(Normalized enrichment score,NES)筛选药物干预后发生逆转的通路,揭示补肺益肾方及其配伍的干预机制。结果补肺益肾方所含中药的NES为-1377.23,其中补肾配伍的为-485.07、活血配伍的为-351.86、化痰配伍的为-303.71、益气配伍的为-236.59;补肺益肾方显著逆转的通路为213条,其中活血配伍的为184条、补肾配伍的为147条、化痰配伍的为134条、益气配伍的为133条,逆转率分别为75.41%、60.25%、54.92%、54.51%。TGF-βproduction等90条通路在4个配伍中均被显著逆转。Positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response等为配伍特异性逆转通路。结论补肺益肾方各配伍组逆转炎症信号通路的强度依次为补肾、活血、化痰、益气配伍,逆转通路数量依次为活血、补肾、化痰、益气。补肺益肾方可通过调控各配伍共性及特异性逆转通路干预炎症反应。
文摘目的利用计算机工具和已知的数据库进行挖掘和分析进而确定与白内障和抗氧化应激相关的基因集及信号通路,并进行白内障可能的有效治疗药物的预测和探索。方法利用文本挖掘工具pubmed2ensembl对白内障和抗氧化应激均相关的基因进行初步筛选,得到的基因集利用GeneC odis工具进行基因功能的富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析,富集的结果则应用STRING工具进行进一步蛋白质-蛋白质相互作用分析,选取相互作用紧密的基因,最后使用DGIdb工具得到基因-药物相互作用的结果,然后对药物进行筛选,确定可能有效的白内障治疗药物。结果通过文本挖掘得到103个与白内障和抗氧化应激均相关的基因集,通过对这些基因的生物学过程的功能富集分析,筛选出22个基因,KEGG工具的进一步筛选确定了11个基因,通过蛋白质-蛋白质相互作用分析得到9个紧密联系的基因,与之对应的基因-药物相互作用分析筛选出了31种药物。结论利用文本挖掘和基因功能富集等生物信息学工具可以进一步探索白内障的发病机制,并且能够很方便地预测可能有效的治疗药物,为白内障的临床治疗提供了新的线索。
文摘目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。
