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基因宏阵列和荧光定量PCR方法对西瓜枯萎病害土壤中尖孢镰刀菌的快速检测和定量
被引量：
27
1
作者
赵爽
罗佳
+4 位作者
凌宁
徐大兵
朗娇娇
胡江
沈其荣
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期703-708,共6页
采用基因宏阵列(Macroarray)和荧光定量PCR(Real-time PCR)的方法,对引起西瓜枯萎病害的病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)进行了快速监测和快速绝对定量,并且对实验条件进行了优化和摸索。结果显示,在西瓜枯萎病害发病较为严重的处...
采用基因宏阵列(Macroarray)和荧光定量PCR(Real-time PCR)的方法,对引起西瓜枯萎病害的病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)进行了快速监测和快速绝对定量,并且对实验条件进行了优化和摸索。结果显示,在西瓜枯萎病害发病较为严重的处理N-+P-和N-+P+的根际土壤中,Macroarray检测到强烈的阳性信号,表明尖孢镰刀菌的大量存在,同时荧光定量PCR的结果也表明在这两个处理的根际土壤中尖孢镰刀菌数量最多,分别为每g土壤8.89×105和2.24×105个拷贝数;而在未发生枯萎病害的处理N++P-和N++P+中,Macroarray未检测到阳性信号,根际土壤中尖孢镰刀菌数量分别为每g土壤6.23×103和3.28×103个拷贝数;而四个处理的土体土壤中尖孢镰刀菌的数量均维持在每g土壤102～103个拷贝数,Macroarray未检测到阳性信号。与传统检测方法如病原菌的分离培养、平板稀释计数等相比,上述分子生物学方法对病原真菌的检测和定量更为准确快速、省时省力。
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关键词
尖孢镰刀菌
基因宏阵列
实时荧光定量PCR
SYBR
Green
I
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职称材料
草坪斑枯病病原菌及其近缘种属的系统发育及基因宏阵列检测
2
作者
赵爽
张宁
+1 位作者
陈发棣
沈其荣
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期81-86,共6页
夏季草坪斑枯病是由子囊菌纲巨座壳科真菌Magnaporthe poae在夏季高温高湿环境下引起的一种草坪病害。对来源不同的24个Magnaporthe及其近缘种属Gaeumannomyces菌株的ITS1-5.8S-ITS2测序序列进行比较及系统发育分析。结果表明：M.poae...
夏季草坪斑枯病是由子囊菌纲巨座壳科真菌Magnaporthe poae在夏季高温高湿环境下引起的一种草坪病害。对来源不同的24个Magnaporthe及其近缘种属Gaeumannomyces菌株的ITS1-5.8S-ITS2测序序列进行比较及系统发育分析。结果表明：M.poae及其近缘种属真菌可分为A和B 2个群：A群由M.oryzae和Pyricularia oryzae菌种组成并形成2个分支,二者亲缘关系较近,且具有侵染寄主植物根部和地上部分的能力。B群由M.salvinii、M.poae、M.rhizophila、G.incrustans和G.graminis种内的2个变种（G.graminis var.graminis和G.graminis var.tritici）组成,B群真菌除M.salvinii外均有侵染寄主根部能力。在草坪环境中,B群真菌种内检测鉴定较A群困难。本研究根据真菌ITS基因的种内序列高度保守,种间差异明显的特点,分别设计了基因宏阵列单体（20~24 bp）、二聚体（40~48 bp）和单体加20个“A”（30~34 bp）3种寡核苷酸基因宏阵列检测探针来快速检测鉴定B群病原真菌。基因宏阵列检测结果表明：设计的检测探针均能准确、特异地检测鉴定B群的3种真菌,检测灵敏度从高到低依次为：二聚体探针、单体加20个“A”探针、单体探针。结论：在草坪土壤环境中,二聚体基因宏阵列检测探针（40~48 bp）对于Magnaporthe及其近缘种属菌株的检测较传统的单体检测探针更为灵敏与准确。
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关键词
基因宏阵列
草坪斑枯病
MAGNAPORTHE
GAEUMANNOMYCES
核苷酸检测探针
系统发育
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职称材料
题名
基因宏阵列和荧光定量PCR方法对西瓜枯萎病害土壤中尖孢镰刀菌的快速检测和定量
被引量：
27
1
作者
赵爽
罗佳
凌宁
徐大兵
朗娇娇
胡江
沈其荣
机构
南京农业大学资源与环境科学学院
苏省固体有机废弃物资源化高技术研究重点实验室
出处
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期703-708,共6页
基金
国家自然科学基金项目(40871126)资助
文摘
采用基因宏阵列(Macroarray)和荧光定量PCR(Real-time PCR)的方法,对引起西瓜枯萎病害的病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)进行了快速监测和快速绝对定量,并且对实验条件进行了优化和摸索。结果显示,在西瓜枯萎病害发病较为严重的处理N-+P-和N-+P+的根际土壤中,Macroarray检测到强烈的阳性信号,表明尖孢镰刀菌的大量存在,同时荧光定量PCR的结果也表明在这两个处理的根际土壤中尖孢镰刀菌数量最多,分别为每g土壤8.89×105和2.24×105个拷贝数;而在未发生枯萎病害的处理N++P-和N++P+中,Macroarray未检测到阳性信号,根际土壤中尖孢镰刀菌数量分别为每g土壤6.23×103和3.28×103个拷贝数;而四个处理的土体土壤中尖孢镰刀菌的数量均维持在每g土壤102～103个拷贝数,Macroarray未检测到阳性信号。与传统检测方法如病原菌的分离培养、平板稀释计数等相比,上述分子生物学方法对病原真菌的检测和定量更为准确快速、省时省力。
关键词
尖孢镰刀菌
基因宏阵列
实时荧光定量PCR
SYBR
Green
I
Keywords
Fusarium oxysporum
Macroarray
Real-time PCR
SYBR Green I
分类号
S154.38 [农业科学—土壤学]
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职称材料
题名
草坪斑枯病病原菌及其近缘种属的系统发育及基因宏阵列检测
2
作者
赵爽
张宁
陈发棣
沈其荣
机构
南京农业大学园艺学院
Department of Plant Biology and Pathology
南京农业大学资源与环境科学学院
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期81-86,共6页
基金
国家自然科学基金青年基金项目(31301809)
南京农业大学青年科技创新基金项目(KJ2013016)
中国博士后科学基金项目(2014M551615)
文摘
夏季草坪斑枯病是由子囊菌纲巨座壳科真菌Magnaporthe poae在夏季高温高湿环境下引起的一种草坪病害。对来源不同的24个Magnaporthe及其近缘种属Gaeumannomyces菌株的ITS1-5.8S-ITS2测序序列进行比较及系统发育分析。结果表明：M.poae及其近缘种属真菌可分为A和B 2个群：A群由M.oryzae和Pyricularia oryzae菌种组成并形成2个分支,二者亲缘关系较近,且具有侵染寄主植物根部和地上部分的能力。B群由M.salvinii、M.poae、M.rhizophila、G.incrustans和G.graminis种内的2个变种（G.graminis var.graminis和G.graminis var.tritici）组成,B群真菌除M.salvinii外均有侵染寄主根部能力。在草坪环境中,B群真菌种内检测鉴定较A群困难。本研究根据真菌ITS基因的种内序列高度保守,种间差异明显的特点,分别设计了基因宏阵列单体（20~24 bp）、二聚体（40~48 bp）和单体加20个“A”（30~34 bp）3种寡核苷酸基因宏阵列检测探针来快速检测鉴定B群病原真菌。基因宏阵列检测结果表明：设计的检测探针均能准确、特异地检测鉴定B群的3种真菌,检测灵敏度从高到低依次为：二聚体探针、单体加20个“A”探针、单体探针。结论：在草坪土壤环境中,二聚体基因宏阵列检测探针（40~48 bp）对于Magnaporthe及其近缘种属菌株的检测较传统的单体检测探针更为灵敏与准确。
关键词
基因宏阵列
草坪斑枯病
MAGNAPORTHE
GAEUMANNOMYCES
核苷酸检测探针
系统发育
Keywords
macroarray
summer patch
Magnaporthe
Gaeumannomyces
oligonucleotide probes
phylogeny
分类号
S144.9 [农业科学—肥料学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因宏阵列和荧光定量PCR方法对西瓜枯萎病害土壤中尖孢镰刀菌的快速检测和定量
赵爽
罗佳
凌宁
徐大兵
朗娇娇
胡江
沈其荣
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
27
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
草坪斑枯病病原菌及其近缘种属的系统发育及基因宏阵列检测
赵爽
张宁
陈发棣
沈其荣
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
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