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活化TLR9的牛种布氏菌基因外重复回文序列筛选及活性检测
1
作者 张雅娴 白丽云 +2 位作者 王占黎 王英 于慧 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期447-450,共4页
目的筛选具有活化Toll样受体9(TLR9)的牛种布氏菌基因外重复回文序列(Repetitive Extragenic Palindrome Squence,REPs)并检测其活性,为布氏菌病的治疗提供新思路。方法基于Brucella abortus A13334基因组序列,利用生物信息学技术识别其... 目的筛选具有活化Toll样受体9(TLR9)的牛种布氏菌基因外重复回文序列(Repetitive Extragenic Palindrome Squence,REPs)并检测其活性,为布氏菌病的治疗提供新思路。方法基于Brucella abortus A13334基因组序列,利用生物信息学技术识别其REPs后,合成序列。将合成的天然骨架的脱氧寡核苷酸(ODNs)转染小鼠单核巨噬细胞株RAW264.7,以ELISA检测IFN-α的分泌水平。采用TLR9-siRNA沉默RAW264.7中的TLR9,将上述诱导IFN-α分泌增加的阳性ODN序列转染RAW264.7,ELISA方法检测IFN-α的分泌变化。结果筛选出1 857条牛种布氏菌REPs,选择2级茎环结构较好的5条ODNs序列进行合成,ELISA方法检测显示ODNs M4、M5介导IFN-α分泌量显著高于阴性对照(P<0.05),且阳性ODN M5所介导的IFN-α分泌可以被TLR9-siRNA显著抑制。结论布氏菌基因组中存在可以活化TLR9信号通路的REPs,此结果有助于对布氏菌致病和免疫机制的认识。 展开更多
关键词 牛种布氏菌 基因外重复回文序列 巨噬细胞 TOLL样受体9 Α-干扰素
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志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析 被引量：1
2
作者 王颖芳 王鹏飞 +3 位作者 段广才 郗园林 张晓萌 詹煜慧 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1131-1137,共7页
目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列... 目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数与CRISPR1或CRISPR2的关系。结果:在数据库107株志贺菌中,106株志贺菌含有CRISPR1或CRISPR2,8株志贺菌的CRISPR1或CRISPR2含有多个间隔序列;106株志贺菌含有CRISPR-Q1,其中有13株志贺菌的CRISPR-Q1中有多个间隔序列。在实验室12株志贺菌中,有6株含有CRISPR1或CRISPR2,12株均含有CRISPR-Q1;CRISPR-Q1间隔序列中的一部分(约35bp)在同一个菌株的染色体基因组上分布广泛,重复序列同样如此,CRISPR-Q1中还存在基因外重复序列(REP)元素。数据库志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(χ~2=61.6,P<0.01),实验室志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(P=0.015)。结论:CRISPR-Q1在志贺菌中广泛分布,其序列中存在REP元素;志贺菌的CRISPR1和CRISPR2与CRISPR-Q1有关联。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 间隔序列 基因外重复序列
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量：10
3
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5～9条分布在609～4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5～11条分布在400～7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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沙尘天气气载耐甲氧西林葡萄球菌监测及其REP-PCR指纹图谱分析 被引量：1
4
作者 邱玉玉 崔南南 +2 位作者 李晓霞 王芳 刘玉可心 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期765-771,共7页
目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRS... 目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRSA的基因组DNA形成聚类图谱,分析不同源MRSA的相似性。结果气载金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌浓度沙尘天气时浓度均明显增高,与正常天气时的浓度差异有统计学意义(P<0.05);在火车站中最高,浓度分别为116.7CFU/m^3和162.0CFU/m^3。从空气中共分离得到金黄色葡萄球菌111株,其中MRSA20株;凝固酶阴性葡萄球菌179株,其中MRCNS共11株。20株气载MRSA图谱显示菌株相似性在48%~100%之间;气载MRSA与医院临床MRSA分离株之间的相似性在50%~100%之间;与动物源MRSA之间的相似性在40%~100%之间。结论沙尘天气空气中存在着多种葡萄球菌,而且空气中的部分MRSA株与医院临床分离株及动物源的MRSA有着较高的遗传相似性,应加强空气中葡萄球菌尤其是耐药葡萄球菌的监测及防控。 展开更多
关键词 沙尘天气 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝固酶阴性葡萄球菌 基因外重复回文序列pcr(rep-pcr)
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老年人根面菌斑内氏放线菌临床分离株基因型多样性分析 被引量：2
5
作者 郭斌 杨帆 +2 位作者 贾岳 夏茜 周学东 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期646-648,652,共4页
目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组... 目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组以暴露的根面为取样位点,刮取菌斑进行临床株的分离鉴定,并利用基因外重复回文序列聚合酶链反应(REP-PCR)分析内氏放线菌基因型的多样性。结果 2组共分离出内氏放线菌299株,选择156株进行REP-PCR分析,分离出61个不同的基因型。根面龋组无龋根面分离的57株内氏放线菌有25个基因型,根面龋损部位分离的34株有25个基因型,无龋组分离的65株有26个基因型:内氏放线菌基因型存在多样性。单个取样位点的基因型数目存在差异(P<0.05)。结论多种基因型的内氏放线菌参与了根面龋的发生。 展开更多
关键词 内氏放线菌 根面龋 基因型 基因外重复回文序列聚合酶链反应
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新疆维吾尔族肠道中高产胞外多糖双歧杆菌的筛选及其抗氧化活性 被引量：4
6
作者 蔡静静 徐晓裕 +4 位作者 张艳 张亚川 魏小晶 阚泽宇 倪永清 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第8期144-151,共8页
使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测... 使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测定其多糖的抗氧化活性以及菌株的耐受性和黏附性。结果显示,20份粪便样品中共分离出52株双歧杆菌,其中假小链双歧杆菌(B.pseudocatenulatum)14株,假长双歧杆菌(B.pseudolongum)8株,两歧双歧杆菌(B.bifidum)9株,短双歧杆菌(B.breve)7株,长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.infantis)5株,动物双歧杆菌乳亚种(B.animal subsp.lactis)6株以及长双歧杆菌(B.longum)3株。经过表型初筛和苯酚-硫酸法复筛,共筛选出7株高产胞外多糖的双歧杆菌,37℃发酵36 h后胞外多糖产量均可达400 mg/L以上。抗氧化活性实验结果表明7株双歧杆菌所产的胞外多糖对过氧化氢自由基、超氧阴离子自由基、羟自由基和1,1-二苯基-2-三硝基苯肼自由基均有一定的清除能力。此外,菌株BF66-16相较于其他几株双歧杆菌具有较强的胃肠液耐受性以及黏附性,因此来源于婴儿粪便的BF66-16可以作为潜在的抗氧化菌株应用于制药和食品工业中。 展开更多
关键词 双歧杆菌 重复基因外回文序列-聚合酶链式反应 胞外多糖 抗氧化活性
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猪源肠出血性大肠杆菌的分离、鉴定及特性研究 被引量：6
7
作者 满晓营 吴斌 +5 位作者 张璇 余腾 罗勇 刘峰 金梅林 陈焕春 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期984-987,共4页
目的探讨猪源肠出血性大肠埃希菌病原学特征。方法对所分离的菌株进行生化鉴定、药敏试验,并使用聚合酶链反应(PCR)技术检测毒力基因、耐药基因,同时对致病性的菌株进行外膜蛋白分型、REP-PCR和ERIC-PCR分析。结果从315株大肠杆菌中筛... 目的探讨猪源肠出血性大肠埃希菌病原学特征。方法对所分离的菌株进行生化鉴定、药敏试验,并使用聚合酶链反应(PCR)技术检测毒力基因、耐药基因,同时对致病性的菌株进行外膜蛋白分型、REP-PCR和ERIC-PCR分析。结果从315株大肠杆菌中筛选到山梨醇阴性的EHEC21株,其中含有stx1基因的菌株有4株,含有stx2基因3株,含有eae基因的17株,外膜蛋白分型属于三个型,其中OMP-1型最多,有15株,OMP-2型3株,OMP-3型3株,REP-PCR和ERIC-PCR结果显示这些致病性菌株带型差异性较大,分属于不同的亚群。结论华中地区是养殖业比较发达的地区,而且人均消费猪肉比例也较高,EHEC的存在对人是一种潜在的威胁,应加强监测力度,防止该菌在人群中感染和流行。 展开更多
关键词 肠出血性大肠杆菌 外膜蛋白 肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链式反应(ERIC-pcr)和重复一致回文序列 聚合酶链式反应(REP—pcr)
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