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One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用: 1; 作者张羽张晓娟 +2 位作者王胜宝宋晓利李小刚《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期136-142,共7页; nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR... 展开更多; 关键词 nested–PCR 单核苷酸多态性基因型分型; 在线阅读下载PDF 职称材料

牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响被引量：3: 2; 作者李智何俊 +4 位作者蒋隽 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 过伟吴晓林《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期644-652,共9页; SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,... 展开更多; 关键词 SNP芯片基因型分型填充准确率检出率错误率; 在线阅读下载PDF 职称材料

稻瘟病抗性基因Pi-km的分子标记的选择被引量：3: 3; 作者张羽张晓娟 +2 位作者冯志峰王胜宝崔明珠《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2014年第3期252-259,共8页; 【目的】比较稻瘟病抗性基因Pi-km的不同分子标记,筛选能真实反映其表型的分子标记用于辅助育种选择。【方法】本研究利用与稻瘟病抗性基因Pi-km紧密连锁的1个SNP标记及Pi-km基因内部的2个Indel标记,对62份2012年长江上游国家水稻区域... 展开更多; 关键词稻瘟病 Pi-km 基因型分型分子标记; 在线阅读下载PDF 职称材料

STR基因座荧光标记复合扩增检测及其法医学应用被引量：2: 4; 作者李英碧吴谨 +4 位作者侯一平张霁廖淼张林陈国弟《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第2期96-99,共4页; 目的建立荧光标记复合扩增检测4个STR基因座的方法,应用于法医学亲权鉴定与个人识别。方法用6-FAM标记D3S1754引物,HEX标记D4S2366和D12S375引物,TMR标记D1S549引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScanAnalysi... 展开更多; 关键词 STR基因座荧光标记法医学应用检测 310基因分析仪 GENESCAN Analysis PCR复合扩增个人识别亲权鉴定分型结果基因型分型多态性研究自动收集扩增产物方法应用引物 HEX TMR 灵敏度稳定性电泳; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用: 1; 作者张羽张晓娟王胜宝宋晓利李小刚; 机构陕西理工学院生物科学与工程学院陕西省农业科学研究所; 出处《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期136-142,共7页; 基金陕西省科学技术厅农业科技攻关项目(2013K02–10–01) 陕西省科学技术厅农业科技创新项目(NKC01–01); 文摘 nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。; 关键词 nested–PCR 单核苷酸多态性基因型分型; Keywords nested–PCR single nucleotide polymorphism（SNP） genotyping; 分类号 Q789 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响被引量：3: 2; 作者李智何俊蒋隽 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 过伟吴晓林; 机构湖南农业大学动物科技学院美国怀俄明大学动物科学系美国纽勤公司生物信息与生物统计部美国威斯康星大学动物科学系; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期644-652,共9页; 基金湖南省百人计划项目湖南省重点研发计划项目(编号:2018NK2081) +1 种基金长沙市科技计划重点项目(编号:kq1801014)资助~~; 文摘 SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P>0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P<0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P<0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。; 关键词 SNP芯片基因型分型填充准确率检出率错误率; Keywords SNP chip genotyping imputation accuracy call rate error rate; 分类号 S823 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名稻瘟病抗性基因Pi-km的分子标记的选择被引量：3: 3; 作者张羽张晓娟冯志峰王胜宝崔明珠; 机构陕西理工学院生物科学与工程学院陕西省汉中市农业科学研究所郑州大学生物工程系; 出处《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2014年第3期252-259,共8页; 基金陕西省科技厅农业科技攻关项目(2013K02-10-01) 陕西省科技厅农业科技创新项目(NKC01-01); 文摘【目的】比较稻瘟病抗性基因Pi-km的不同分子标记,筛选能真实反映其表型的分子标记用于辅助育种选择。【方法】本研究利用与稻瘟病抗性基因Pi-km紧密连锁的1个SNP标记及Pi-km基因内部的2个Indel标记,对62份2012年长江上游国家水稻区域试验材料和97份陕西省水稻区试材料进行了基因型分析,并结合这些材料的稻瘟病抗性的田间鉴定结果,分析了基因型与抗病性之间的关系,对不同的分子标记辅助育种选择进行了评价。【结果】2类标记检测的基因型不完全一致,基于Pi-km基因序列设计的标记比与其连锁的标记作为辅助育种选择更准确。【结论】Pi-km基因的稻瘟病抗性与基因型有关,基因型为M1-M2-的材料比其他基因型材料抗病性趋势更强。; 关键词稻瘟病 Pi-km 基因型分型分子标记; Keywords rice blast Pi-km genotyping molecular marker; 分类号 S435.111.41 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名STR基因座荧光标记复合扩增检测及其法医学应用被引量：2: 4; 作者李英碧吴谨侯一平张霁廖淼张林陈国弟; 机构四川大学华西基础医学与法医学院; 出处《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第2期96-99,共4页; 基金四川省科技厅应用基础基金项目(03JY029-074-1) 纽约中华医学基金项目(CMB 2000-636); 文摘目的建立荧光标记复合扩增检测4个STR基因座的方法,应用于法医学亲权鉴定与个人识别。方法用6-FAM标记D3S1754引物,HEX标记D4S2366和D12S375引物,TMR标记D1S549引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScanAnalysisSoftware3.7NT计算扩增产物片段相对大小,Genotyper誖3.7NT软件进行样本基因型分型。将该方法应用于法医学亲权鉴定与个人识别。结果建立了荧光标记复合扩增检测4个STR基因座基因型的方法,具有良好的稳定性和较好的灵敏度,分型结果准确。结论研究建立的方法操作简便,分型结果稳定可靠,可用于遗传多态性研究和法医学亲权鉴定与个人识别。; 关键词 STR基因座荧光标记法医学应用检测 310基因分析仪 GENESCAN Analysis PCR复合扩增个人识别亲权鉴定分型结果基因型分型多态性研究自动收集扩增产物方法应用引物 HEX TMR 灵敏度稳定性电泳; Keywords multiplex polymerase chain reaction short tandem repeats typing labeled with fluorescence; 分类号 R394 [医药卫生—医学遗传学] R446.1 [医药卫生—诊断学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用	张羽张晓娟王胜宝宋晓利李小刚	《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2015	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响	李智何俊蒋隽 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 过伟吴晓林	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2019	3	在线阅读下载PDF 职称材料
3	稻瘟病抗性基因Pi-km的分子标记的选择	张羽张晓娟冯志峰王胜宝崔明珠	《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心	2014	3	在线阅读下载PDF 职称材料
4	STR基因座荧光标记复合扩增检测及其法医学应用	李英碧吴谨侯一平张霁廖淼张林陈国弟	《法医学杂志》 CAS CSCD	2005	2	在线阅读下载PDF 职称材料