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1株鸡滑液囊支原体的分离鉴定与全基因组分析
被引量：
9
1
作者
许李锋
贾晨宇
+4 位作者
陈福再
方梦园
刘孝丹
陈吉龙
李训良
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期2663-2676,共14页
鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)能引起家禽呼吸道疾病、传染性滑膜炎、蛋壳顶端异常及生长迟缓等,给全球养禽业带来巨大的经济损失。然而不同国家和地区MS的耐药性和致病性存在差异,因此本研究旨在挖掘福建MS菌株的特征。作者...
鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)能引起家禽呼吸道疾病、传染性滑膜炎、蛋壳顶端异常及生长迟缓等,给全球养禽业带来巨大的经济损失。然而不同国家和地区MS的耐药性和致病性存在差异,因此本研究旨在挖掘福建MS菌株的特征。作者采集福建省疑似患MS的病鸡关节腔内容物,对菌株进行分离鉴定,并利用三代联合二代测序技术对其进行全基因组测序。结果显示,该分离株病原特性稳定,已保藏至中国典型培养物保藏中心,保藏编号为CCTCC No.:M 2021210,并将其命名为MS-FJ01。MS-FJ01基因组全长为795381bp,GC含量为28.39%;预测编码基因数为704个,占整个基因组的90.48%;并在COG、GO和KEGG数据库分别注释到476、382、425个基因。通过各数据库的分析,注释了40个耐药相关基因,4个碳水化合物相关酶基因,136个病原与宿主互作相关基因,47个毒力因子相关基因,106个膜转运蛋白相关基因,25个限制修饰相关基因。通过与MS HN01和MS 5-9基因组进一步比较发现,MS-FJ01与这两个中国菌株均存在良好的共线性关系,且与MS 5-9的亲缘关系更近。本研究阐明了福建MS菌株的基因组结构、通过相关数据库的分析,预测和注释了其基因的功能,为深入研究MS提供参考依据。
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关键词
鸡滑液囊支原体
分离鉴定
全
基因
组测序
基因功能注释分析
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职称材料
过敏性鼻炎伴哮喘综合征患者细胞分裂周期相关蛋白5基因表达和临床意义
被引量：
10
2
作者
王麒淇
张旭
+1 位作者
王向东
张罗
《中国耳鼻咽喉头颈外科》
CSCD
2019年第8期441-444,共4页
目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据...
目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据集筛选正常人和过敏性哮喘患者差异表达基因,并对基因进行功能注释,根据基因注释结果筛选参与过敏性哮喘调控的重要基因。对筛选出的细胞分裂周期相关蛋白5(cell division cycle associated 5,CDCA5)基因在过敏性鼻炎、CARAS患者外周血淋巴细胞中验证其表达水平,并分析其表达水平与过敏性鼻炎和哮喘之间的关系。结果 GSE104472数据库分析过敏性哮喘患者与正常人外周血淋巴细胞共有2971个差异表达的基因。KEGG通路富集分析发现有16个差异基因参与胰岛素信号通路调节。GO基因功能注释分析发现有191个基因参与无膜细胞器的构成。CDCA5基因参与无膜细胞器构成和细胞分裂的调控,并在过敏性鼻炎和CARAS患者升高。CDCA5高表达组患CARAS的概率明显高于CDCA5低表达组。结论 CDCA5在CARAS患者外周血淋巴细胞表达水平显著增高,并可能与哮喘疾病进展相关。
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关键词
鼻炎
变应性
常年性
哮喘
基因
cdc
过敏性鼻炎伴哮喘综合征
细胞分裂周期相关蛋白5
基因功能注释分析
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职称材料
题名
1株鸡滑液囊支原体的分离鉴定与全基因组分析
被引量：
9
1
作者
许李锋
贾晨宇
陈福再
方梦园
刘孝丹
陈吉龙
李训良
机构
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院)
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期2663-2676,共14页
基金
福建省自然科学基金(2020J05025)
福建省中青年教师教育科研项目(JAT200093)
省级大学生创新创业训练计划项目(S202110389053)。
文摘
鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)能引起家禽呼吸道疾病、传染性滑膜炎、蛋壳顶端异常及生长迟缓等,给全球养禽业带来巨大的经济损失。然而不同国家和地区MS的耐药性和致病性存在差异,因此本研究旨在挖掘福建MS菌株的特征。作者采集福建省疑似患MS的病鸡关节腔内容物,对菌株进行分离鉴定,并利用三代联合二代测序技术对其进行全基因组测序。结果显示,该分离株病原特性稳定,已保藏至中国典型培养物保藏中心,保藏编号为CCTCC No.:M 2021210,并将其命名为MS-FJ01。MS-FJ01基因组全长为795381bp,GC含量为28.39%;预测编码基因数为704个,占整个基因组的90.48%;并在COG、GO和KEGG数据库分别注释到476、382、425个基因。通过各数据库的分析,注释了40个耐药相关基因,4个碳水化合物相关酶基因,136个病原与宿主互作相关基因,47个毒力因子相关基因,106个膜转运蛋白相关基因,25个限制修饰相关基因。通过与MS HN01和MS 5-9基因组进一步比较发现,MS-FJ01与这两个中国菌株均存在良好的共线性关系,且与MS 5-9的亲缘关系更近。本研究阐明了福建MS菌株的基因组结构、通过相关数据库的分析,预测和注释了其基因的功能,为深入研究MS提供参考依据。
关键词
鸡滑液囊支原体
分离鉴定
全
基因
组测序
基因功能注释分析
Keywords
Mycoplasma synoviae
isolation and identification
whole genome sequencing
gene function annotation analysis
分类号
S852.62 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
过敏性鼻炎伴哮喘综合征患者细胞分裂周期相关蛋白5基因表达和临床意义
被引量：
10
2
作者
王麒淇
张旭
王向东
张罗
机构
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属北京同仁医院鼻过敏科
出处
《中国耳鼻咽喉头颈外科》
CSCD
2019年第8期441-444,共4页
基金
国家自然科学基金青年基金项目(81800886)
北京市自然科学基金(7164247)
首都卫生发展科研专项基金(2016-4-1092)
文摘
目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据集筛选正常人和过敏性哮喘患者差异表达基因,并对基因进行功能注释,根据基因注释结果筛选参与过敏性哮喘调控的重要基因。对筛选出的细胞分裂周期相关蛋白5(cell division cycle associated 5,CDCA5)基因在过敏性鼻炎、CARAS患者外周血淋巴细胞中验证其表达水平,并分析其表达水平与过敏性鼻炎和哮喘之间的关系。结果 GSE104472数据库分析过敏性哮喘患者与正常人外周血淋巴细胞共有2971个差异表达的基因。KEGG通路富集分析发现有16个差异基因参与胰岛素信号通路调节。GO基因功能注释分析发现有191个基因参与无膜细胞器的构成。CDCA5基因参与无膜细胞器构成和细胞分裂的调控,并在过敏性鼻炎和CARAS患者升高。CDCA5高表达组患CARAS的概率明显高于CDCA5低表达组。结论 CDCA5在CARAS患者外周血淋巴细胞表达水平显著增高,并可能与哮喘疾病进展相关。
关键词
鼻炎
变应性
常年性
哮喘
基因
cdc
过敏性鼻炎伴哮喘综合征
细胞分裂周期相关蛋白5
基因功能注释分析
Keywords
Rhinitis,Allergic,Perennial
Asthma
Genes,cdc
combined allergic rhinitis and asthma syndrome
cell division cycle associated 5
gene function annotation analysis
分类号
R765.21 [医药卫生—耳鼻咽喉科]
R562.25 [医药卫生—呼吸系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
1株鸡滑液囊支原体的分离鉴定与全基因组分析
许李锋
贾晨宇
陈福再
方梦园
刘孝丹
陈吉龙
李训良
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
9
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职称材料
2
过敏性鼻炎伴哮喘综合征患者细胞分裂周期相关蛋白5基因表达和临床意义
王麒淇
张旭
王向东
张罗
《中国耳鼻咽喉头颈外科》
CSCD
2019
10
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职称材料
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