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基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析
被引量：
1
1
作者
刘宇佳
李莉
+4 位作者
胡晓平
钟里科
李晶晶
黄萍
张轶雯
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2019年第8期852-859,共8页
目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制。方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用Strin...
目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制。方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释。随后对关键节点基因进行生存分析。结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3K-AKT信号通路等。PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移。对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05)。结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据。
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关键词
胃癌
生物信息学
差异
基因
PPI网络
基因功能富集及注释
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职称材料
题名
基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析
被引量：
1
1
作者
刘宇佳
李莉
胡晓平
钟里科
李晶晶
黄萍
张轶雯
机构
浙江省肿瘤医院药剂科
浙江省头颈肿瘤转化医学研究重点实验室
杭州市淳安县第一人民医院
浙江省肿瘤医院腹部内科
出处
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2019年第8期852-859,共8页
基金
国家自然科学基金(81503165)
浙江省医药卫生科技计划项目(2017RC001,2018KY148)
文摘
目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制。方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释。随后对关键节点基因进行生存分析。结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3K-AKT信号通路等。PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移。对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05)。结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据。
关键词
胃癌
生物信息学
差异
基因
PPI网络
基因功能富集及注释
Keywords
gastric cancer
bioinformatics
differential gene
protein-protein interaction network
gene enrichment and annotation
分类号
R965.2 [医药卫生—药理学]
R573 [医药卫生—消化系统]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析
刘宇佳
李莉
胡晓平
钟里科
李晶晶
黄萍
张轶雯
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2019
1
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