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NMF模型在挖掘基因功能关系中的研究与应用
被引量：
2
1
作者
孙泽强
谢红薇
郝晓燕
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2014年第4期1471-1475,共5页
为了充分利用现有的生物医学文献和基因组信息来确定基因之间的功能关系,开发了一个基于Web的生物信息学软件环境,叫做基因功能关系助手(GFRA)。该软件使用了非负矩阵因子分解(NMF)的算法,便于发现基因之间的功能关系并根据基因之间的...
为了充分利用现有的生物医学文献和基因组信息来确定基因之间的功能关系,开发了一个基于Web的生物信息学软件环境,叫做基因功能关系助手(GFRA)。该软件使用了非负矩阵因子分解(NMF)的算法,便于发现基因之间的功能关系并根据基因之间的相关程度将其分类。使用3个手动构建的基因文档集合来测试GFRA,准确率达到一定的精度。GFRA实现了从文本流和文本库(如MEDLINE)中挖掘知识,鉴定新基因之间的功能关系,对于验证和分析由微阵列实验提出的基因关联有很大帮助。
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关键词
基于文献
非负矩阵因子分解
概念特征值
基因功能关系
基因
分类
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职称材料
题名
NMF模型在挖掘基因功能关系中的研究与应用
被引量：
2
1
作者
孙泽强
谢红薇
郝晓燕
机构
太原理工大学计算机科学与技术学院
出处
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2014年第4期1471-1475,共5页
基金
山西省回国留学基金项目(2011-028)
山西省基础研究基金项目(2012011011-2)
山西省科技基础条件平台建设基金项目(2013091003-0103)
文摘
为了充分利用现有的生物医学文献和基因组信息来确定基因之间的功能关系,开发了一个基于Web的生物信息学软件环境,叫做基因功能关系助手(GFRA)。该软件使用了非负矩阵因子分解(NMF)的算法,便于发现基因之间的功能关系并根据基因之间的相关程度将其分类。使用3个手动构建的基因文档集合来测试GFRA,准确率达到一定的精度。GFRA实现了从文本流和文本库(如MEDLINE)中挖掘知识,鉴定新基因之间的功能关系,对于验证和分析由微阵列实验提出的基因关联有很大帮助。
关键词
基于文献
非负矩阵因子分解
概念特征值
基因功能关系
基因
分类
Keywords
literature-based
NMF model
concept features
gene function relations
gene classification
分类号
TP319 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
NMF模型在挖掘基因功能关系中的研究与应用
孙泽强
谢红薇
郝晓燕
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2014
2
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