采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明...采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。展开更多
[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力。[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的...[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力。[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的100只主配公羊进行测序,并使用BWA、SAMTOOLS、PLINK v 1.90、Gmatrix v 2、Mega X等软件进行质控后高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点鉴定、主成分分析(PCA)、状态同源距离矩阵(identical by state,IBS)和G矩阵构建、群体进化树分析、亲缘系数计算及近交系数估计。[结果]GBS质控后共获得215926个高质量SNPs位点;共检测到8692条连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),长度在10.59~591.23 Mb之间,平均长度245.74 Mb。云上黑山羊主配公羊群体平均IBS遗传距离为0.118±0.011,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致。结合群体进化树和亲缘关系分析,100只云上黑山羊被分为三大支和28个家系,其中家系2、11、13、14、16、17、18、20、23、24、25仅有1只公羊,XD、ZY、ML、SB、TJ核心育种场分别有18、10、8、5和8个家系;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.099641,29只公羊的近交系数<0.0625,39只公羊的近交系数在0.0625~0.125之间,32只公羊近交系数>0.125,存在较大的近交累积。[结论]100只云上黑山羊主配公羊被分为28个家系,其中11个家系仅有1只公羊,应加强繁育防止其血统的流失,配种方案制定中应关注近交系数>0.125的个体,防止近交衰退,同时根据不同的育种目标合理进行种公羊的交换。展开更多
基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)因具有实现相对简单、成本较低、可产生高通量SNP的优点而受到青睐。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)因简单、快速、特异性强、稳定遗传、便于检测等特点已成为目前最...基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)因具有实现相对简单、成本较低、可产生高通量SNP的优点而受到青睐。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)因简单、快速、特异性强、稳定遗传、便于检测等特点已成为目前最广泛使用的分子标记之一。本文就利用GBS技术开发SNP分子标记近年来在亲缘关系评价、重要农艺性状鉴定、遗传多样性研究、遗传图谱构建以及基因定位等方面在国内外的研究进展进行综述,并对其今后的研究提出展望,以期为其在植物上的更广泛应用提供参考。展开更多
文摘采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。
文摘[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力。[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的100只主配公羊进行测序,并使用BWA、SAMTOOLS、PLINK v 1.90、Gmatrix v 2、Mega X等软件进行质控后高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点鉴定、主成分分析(PCA)、状态同源距离矩阵(identical by state,IBS)和G矩阵构建、群体进化树分析、亲缘系数计算及近交系数估计。[结果]GBS质控后共获得215926个高质量SNPs位点;共检测到8692条连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),长度在10.59~591.23 Mb之间,平均长度245.74 Mb。云上黑山羊主配公羊群体平均IBS遗传距离为0.118±0.011,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致。结合群体进化树和亲缘关系分析,100只云上黑山羊被分为三大支和28个家系,其中家系2、11、13、14、16、17、18、20、23、24、25仅有1只公羊,XD、ZY、ML、SB、TJ核心育种场分别有18、10、8、5和8个家系;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.099641,29只公羊的近交系数<0.0625,39只公羊的近交系数在0.0625~0.125之间,32只公羊近交系数>0.125,存在较大的近交累积。[结论]100只云上黑山羊主配公羊被分为28个家系,其中11个家系仅有1只公羊,应加强繁育防止其血统的流失,配种方案制定中应关注近交系数>0.125的个体,防止近交衰退,同时根据不同的育种目标合理进行种公羊的交换。
文摘基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)因具有实现相对简单、成本较低、可产生高通量SNP的优点而受到青睐。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)因简单、快速、特异性强、稳定遗传、便于检测等特点已成为目前最广泛使用的分子标记之一。本文就利用GBS技术开发SNP分子标记近年来在亲缘关系评价、重要农艺性状鉴定、遗传多样性研究、遗传图谱构建以及基因定位等方面在国内外的研究进展进行综述,并对其今后的研究提出展望,以期为其在植物上的更广泛应用提供参考。
