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基于主判别变量法的近红外光谱STR基因分型专家系统
1
作者
张斌
鲁辉
+4 位作者
汪雪娇
胡海燕
刘玲
谢洪平
顾炳仁
《理化检验（化学分册）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期516-520,523,共6页
基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过...
基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过两次聚合酶链反应(PCR)平行扩增,以扩增产物的近红外光谱作为判别变量建立判别模型。最后,基于该基因座6种基因型的总核心重复序列数的差异来构建其基因分型专家系统。结果表明:方法适用于不同差异程度的基因型分型,预测准确率高且稳健性好,这为建立其他基因座的分型专家系统提供了可行性。
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关键词
短串联重复序列
近红外光谱
主判别变量
基因分型专家系统
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职称材料
题名
基于主判别变量法的近红外光谱STR基因分型专家系统
1
作者
张斌
鲁辉
汪雪娇
胡海燕
刘玲
谢洪平
顾炳仁
机构
苏州大学医学部药学院
苏州市药品检验所
出处
《理化检验（化学分册）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期516-520,523,共6页
基金
国家大学生创新性实验计划(编号111028537)
文摘
基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过两次聚合酶链反应(PCR)平行扩增,以扩增产物的近红外光谱作为判别变量建立判别模型。最后,基于该基因座6种基因型的总核心重复序列数的差异来构建其基因分型专家系统。结果表明:方法适用于不同差异程度的基因型分型,预测准确率高且稳健性好,这为建立其他基因座的分型专家系统提供了可行性。
关键词
短串联重复序列
近红外光谱
主判别变量
基因分型专家系统
Keywords
Short tandem repeats
Near-infrared spectroscopy
Principal discriminate variate
Genotyping dendrogram
分类号
O657.33 [理学—分析化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于主判别变量法的近红外光谱STR基因分型专家系统
张斌
鲁辉
汪雪娇
胡海燕
刘玲
谢洪平
顾炳仁
《理化检验（化学分册）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
0
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