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澳洲异尾涡虫再生过程的基因共表达网络及关键基因的调控模式分析
1
作者
蒲忠棋
姚立杰
+2 位作者
常欣瑶
孙雪
李语丽
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第11期73-88,共16页
针对原始双侧对称动物再生机制尚不明晰的现状,为解析澳洲异尾涡虫(Heterochaerus australis)这一无肠目(Acoela)典型动物再生过程分子机制的关键科学问题,本研究基于澳洲异尾涡虫各再生时期的头部组织与尾部组织表达谱数据,使用加权基...
针对原始双侧对称动物再生机制尚不明晰的现状,为解析澳洲异尾涡虫(Heterochaerus australis)这一无肠目(Acoela)典型动物再生过程分子机制的关键科学问题,本研究基于澳洲异尾涡虫各再生时期的头部组织与尾部组织表达谱数据,使用加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)技术,解析了头部组织与尾部组织再生过程中共有的关键基因调控网络。通过基因差异表达分析以及基因共表达模块相似性分析,鉴定出头部组织与尾部组织相似的基因共表达模块。基于KEGG功能分析发现,这些模块的基因参与细胞增殖、DNA复制、细胞能量平衡维持以及细胞异常增殖抑制等生物学过程,这表明这些模块共同保障澳洲异尾涡虫头部组织与尾部组织的正确再生。进一步,通过细分基因共表达网络子模块枢纽基因的功能以及表达模式,本研究揭示了澳洲异尾涡虫再生过程中头部组织与尾部组织共有的基因调控网络的级联表达模式。
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关键词
澳洲异尾涡虫
加权
基因
共表达
网络分析(WGCNA)
转录组
再生
基因共表达模块
枢纽
基因
差异
表达
基因
在线阅读
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职称材料
猪基因共表达网络模块的构建及功能分析
被引量：
2
2
作者
魏凯
张婷婷
马磊
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2205-2215,共11页
旨在构建猪(Sus scrofa)的基因共表达网络模块,挖掘功能基因。基于权重基因共表达网络分析技术(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),利用猪的多组织转录组测序数据,构建了24个猪的基因共表达模块,并对模块进行生物学...
旨在构建猪(Sus scrofa)的基因共表达网络模块,挖掘功能基因。基于权重基因共表达网络分析技术(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),利用猪的多组织转录组测序数据,构建了24个猪的基因共表达模块,并对模块进行生物学过程、KEGG通路、疾病和组织特异性分析。结果显示,模块具有功能特异性,与器官的发育阶段、代谢通路有关,且同一模块中的信号通路间呈现调控关系;模块可富集与代谢、神经系统、癌症相关的疾病基因;模块可定位于特定组织。分析发现,钙调通路、PI3K-Akt通路、MAPK通路、泛素介导通路等在模块中呈现关键作用,催产素通路、昼夜节律通路内的相关基因对繁殖调控具有重要作用,SIX1、PRKAG3等基因的局部网络涉及肌肉发育。综上表明,在基因组水平上,构建和分析基因表达调控网络,可为探究中国地方猪品种特有的基因资源信息、丰富分子育种理论,提供新思路和新途径。
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关键词
基因
共表达
网络
模块
功能协同性
组织特异性
猪
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职称材料
加权基因共表达网络探究链状亚历山大藻爆发性生长的分子机制
被引量：
1
3
作者
刘源
隋正红
+1 位作者
刘昊昕
Sadaf RIAZ
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期66-76,共11页
链状亚历山大藻(Alexandrium pacificum)作为典型的产毒赤潮甲藻,分布广泛,而对其爆发性生长的研究将有助于探究由其引发的赤潮的分子机制。本研究通过模拟赤潮爆发的条件对链状亚历山大藻进行表达谱测序,利用表达谱测序后得到的基因表...
链状亚历山大藻(Alexandrium pacificum)作为典型的产毒赤潮甲藻,分布广泛,而对其爆发性生长的研究将有助于探究由其引发的赤潮的分子机制。本研究通过模拟赤潮爆发的条件对链状亚历山大藻进行表达谱测序,利用表达谱测序后得到的基因表达量数据,采用加权基因共表达网络(WGCNA)构建方法探究链状亚历山大藻的爆发性生长的分子机制。通过计算基因间表达量的相关性得到了35个基因共表达模块,将基因共表达模块与链状亚历山大藻爆发性生长性状相关联,在爆发性生长阶段,有6个显著性相关的模块,基于KEGG及GO功能富集分析,这些模块涉及蛋白质的加工合成、核糖体的合成,电子传递,碳水化合物代谢等过程,表明了细胞代谢能力的提升,为细胞增殖提供了物质基础。此外有大量的未知功能的枢纽基因被发现,基因模块可以用于推测这些基因的功能,从而为以后挖掘新基因,探究潜在的调控机制提供了基础。
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关键词
链状亚历山大藻
赤潮
WGCNA
基因共表达模块
枢纽
基因
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职称材料
题名
澳洲异尾涡虫再生过程的基因共表达网络及关键基因的调控模式分析
1
作者
蒲忠棋
姚立杰
常欣瑶
孙雪
李语丽
机构
中国海洋大学海洋生命学院
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第11期73-88,共16页
基金
国家自然科学基金项目(32222085)资助。
文摘
针对原始双侧对称动物再生机制尚不明晰的现状,为解析澳洲异尾涡虫(Heterochaerus australis)这一无肠目(Acoela)典型动物再生过程分子机制的关键科学问题,本研究基于澳洲异尾涡虫各再生时期的头部组织与尾部组织表达谱数据,使用加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)技术,解析了头部组织与尾部组织再生过程中共有的关键基因调控网络。通过基因差异表达分析以及基因共表达模块相似性分析,鉴定出头部组织与尾部组织相似的基因共表达模块。基于KEGG功能分析发现,这些模块的基因参与细胞增殖、DNA复制、细胞能量平衡维持以及细胞异常增殖抑制等生物学过程,这表明这些模块共同保障澳洲异尾涡虫头部组织与尾部组织的正确再生。进一步,通过细分基因共表达网络子模块枢纽基因的功能以及表达模式,本研究揭示了澳洲异尾涡虫再生过程中头部组织与尾部组织共有的基因调控网络的级联表达模式。
关键词
澳洲异尾涡虫
加权
基因
共表达
网络分析(WGCNA)
转录组
再生
基因共表达模块
枢纽
基因
差异
表达
基因
Keywords
Heterochaerus australis
weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)
transcriptome analysis
regeneration
WGCNA module
hub gene
differentially expressed gene
分类号
Q751 [生物学—分子生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
猪基因共表达网络模块的构建及功能分析
被引量：
2
2
作者
魏凯
张婷婷
马磊
机构
石河子大学生命科学学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2205-2215,共11页
基金
国家自然科学基金(31272416
31560310)
文摘
旨在构建猪(Sus scrofa)的基因共表达网络模块,挖掘功能基因。基于权重基因共表达网络分析技术(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),利用猪的多组织转录组测序数据,构建了24个猪的基因共表达模块,并对模块进行生物学过程、KEGG通路、疾病和组织特异性分析。结果显示,模块具有功能特异性,与器官的发育阶段、代谢通路有关,且同一模块中的信号通路间呈现调控关系;模块可富集与代谢、神经系统、癌症相关的疾病基因;模块可定位于特定组织。分析发现,钙调通路、PI3K-Akt通路、MAPK通路、泛素介导通路等在模块中呈现关键作用,催产素通路、昼夜节律通路内的相关基因对繁殖调控具有重要作用,SIX1、PRKAG3等基因的局部网络涉及肌肉发育。综上表明,在基因组水平上,构建和分析基因表达调控网络,可为探究中国地方猪品种特有的基因资源信息、丰富分子育种理论,提供新思路和新途径。
关键词
基因
共表达
网络
模块
功能协同性
组织特异性
猪
Keywords
gene co-expression network modules
functional cooperativity
tissue specifieity
pig
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
加权基因共表达网络探究链状亚历山大藻爆发性生长的分子机制
被引量：
1
3
作者
刘源
隋正红
刘昊昕
Sadaf RIAZ
机构
中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室
Department of Microbiology
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期66-76,共11页
基金
国家自然科学基金项目(41676091
41176098)资助~~
文摘
链状亚历山大藻(Alexandrium pacificum)作为典型的产毒赤潮甲藻,分布广泛,而对其爆发性生长的研究将有助于探究由其引发的赤潮的分子机制。本研究通过模拟赤潮爆发的条件对链状亚历山大藻进行表达谱测序,利用表达谱测序后得到的基因表达量数据,采用加权基因共表达网络(WGCNA)构建方法探究链状亚历山大藻的爆发性生长的分子机制。通过计算基因间表达量的相关性得到了35个基因共表达模块,将基因共表达模块与链状亚历山大藻爆发性生长性状相关联,在爆发性生长阶段,有6个显著性相关的模块,基于KEGG及GO功能富集分析,这些模块涉及蛋白质的加工合成、核糖体的合成,电子传递,碳水化合物代谢等过程,表明了细胞代谢能力的提升,为细胞增殖提供了物质基础。此外有大量的未知功能的枢纽基因被发现,基因模块可以用于推测这些基因的功能,从而为以后挖掘新基因,探究潜在的调控机制提供了基础。
关键词
链状亚历山大藻
赤潮
WGCNA
基因共表达模块
枢纽
基因
Keywords
Alexandrium pacificum
HABs
WGCNA
gene module
hub genes
分类号
S917.3 [农业科学—水产科学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
澳洲异尾涡虫再生过程的基因共表达网络及关键基因的调控模式分析
蒲忠棋
姚立杰
常欣瑶
孙雪
李语丽
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪基因共表达网络模块的构建及功能分析
魏凯
张婷婷
马磊
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
加权基因共表达网络探究链状亚历山大藻爆发性生长的分子机制
刘源
隋正红
刘昊昕
Sadaf RIAZ
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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