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基于宏基因组长片段的基因预测算法基准
被引量：
1
1
作者
李瑞琳
尚秋明
+4 位作者
韩鑫胤
张裕
祝海栋
LI Weizhong
牛北方
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2019年第A01期143-149,共7页
目前,围绕宏基因组的模拟读长(reads)或片段、全基因组等不同类型的输入数据,新的基因预测算法、软件与工具层出不穷,但存在三方面的问题:一、基于模拟reads或片段得出的结果无法准确反映真实基因的预测效果,而基于全基因组得出的结果...
目前,围绕宏基因组的模拟读长(reads)或片段、全基因组等不同类型的输入数据,新的基因预测算法、软件与工具层出不穷,但存在三方面的问题:一、基于模拟reads或片段得出的结果无法准确反映真实基因的预测效果,而基于全基因组得出的结果不能实现未知物种的预测;二、模拟reads或片段大多小于真实基因的总长度,软件很难预测出完整的基因,甚至丢失部分真实基因;三、长片段基因预测的基准衡量研究较少,大大限制了基因预测在不同领域的应用。针对以上问题,提出基于真实数据长片段基因预测的基准衡量方法。首先,对两个包含20种细菌株的真实序列数据集进行过滤及组装处理;其次,利用组装后得到的长片段支架(scaffolds)作为输入,对6种软件进行基准性能评估;最后,基于评估结果进行错误率上限分析。实验结果表明,在覆盖度较高的数据集上,Prodigal、GeneMarkS-2、MetaGeneAnnotator和FragGeneScan这4种软件错误率接近且最低,在3.5%~22.8%变化;在低覆盖度的数据集上,GeneMarkS-2错误率最低,在27.1%~54.7%变化。
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关键词
宏基因组
基因预测
开放阅读框
组装
基准衡量
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职称材料
论外商投资立法的竞争性牵引与治理
被引量：
5
2
作者
杨力
《政法论丛》
CSSCI
北大核心
2021年第4期48-58,共11页
全国统一外商投资立法目标是高水平开放。国内自贸区改革是启动新一轮立法考量的逻辑起点,国际中美、中欧双边投资谈判,以及新区域主义出现,让外商投资立法面临多向度外部压力。对此,中国外商投资立法采取"渐进双轨"立场:既...
全国统一外商投资立法目标是高水平开放。国内自贸区改革是启动新一轮立法考量的逻辑起点,国际中美、中欧双边投资谈判,以及新区域主义出现,让外商投资立法面临多向度外部压力。对此,中国外商投资立法采取"渐进双轨"立场:既借助于双边谈判接近或接轨于高水平标准,又通过签订区域性多边投资协定,构建新的亚太法律框架。在此基础上,外商投资立法取得许多如何实现高水平开放的主要共识,同时又在评估负面清单质量,以及知识产权、竞争中立、劳工标准等议题上,要在两类标准的"竞争性牵引"下科学合理设定立法衡量的基准,其出发点就是"指向中国现实的接轨",尤其在推动国际化城市治理上既适度承认中国元素的有效性又不对此过分强调。
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关键词
外商投资法
竞争性牵引
立法
衡量
基准
国际化城市治理
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职称材料
题名
基于宏基因组长片段的基因预测算法基准
被引量：
1
1
作者
李瑞琳
尚秋明
韩鑫胤
张裕
祝海栋
LI Weizhong
牛北方
机构
中国科学院计算机网络信息中心
中国科学院大学
中国互联网络信息中心
克莱格文特研究所
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2019年第A01期143-149,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFC0503607,2018YFB0203903)
青海省科技成果转化专项(2016-SF-127)
+3 种基金
国家自然科学基金资助项目(31771466)
中国科学院信息化专项(XXH13504-08)
中国科学院战略性先导科技专项(A类)(XDA12000000)
中国科学院“百人计划”择优支持项目
文摘
目前,围绕宏基因组的模拟读长(reads)或片段、全基因组等不同类型的输入数据,新的基因预测算法、软件与工具层出不穷,但存在三方面的问题:一、基于模拟reads或片段得出的结果无法准确反映真实基因的预测效果,而基于全基因组得出的结果不能实现未知物种的预测;二、模拟reads或片段大多小于真实基因的总长度,软件很难预测出完整的基因,甚至丢失部分真实基因;三、长片段基因预测的基准衡量研究较少,大大限制了基因预测在不同领域的应用。针对以上问题,提出基于真实数据长片段基因预测的基准衡量方法。首先,对两个包含20种细菌株的真实序列数据集进行过滤及组装处理;其次,利用组装后得到的长片段支架(scaffolds)作为输入,对6种软件进行基准性能评估;最后,基于评估结果进行错误率上限分析。实验结果表明,在覆盖度较高的数据集上,Prodigal、GeneMarkS-2、MetaGeneAnnotator和FragGeneScan这4种软件错误率接近且最低,在3.5%~22.8%变化;在低覆盖度的数据集上,GeneMarkS-2错误率最低,在27.1%~54.7%变化。
关键词
宏基因组
基因预测
开放阅读框
组装
基准衡量
Keywords
metagenome
gene prediction
open reading frame
assembly
benchmark
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
论外商投资立法的竞争性牵引与治理
被引量：
5
2
作者
杨力
机构
上海交通大学智慧法院研究院、中国城市治理研究院
出处
《政法论丛》
CSSCI
北大核心
2021年第4期48-58,共11页
基金
作者主持的国家社科基金重点项目“企业社会责任立法边界、范围及国外经验”(16AZD024)的阶段性成果
文摘
全国统一外商投资立法目标是高水平开放。国内自贸区改革是启动新一轮立法考量的逻辑起点,国际中美、中欧双边投资谈判,以及新区域主义出现,让外商投资立法面临多向度外部压力。对此,中国外商投资立法采取"渐进双轨"立场:既借助于双边谈判接近或接轨于高水平标准,又通过签订区域性多边投资协定,构建新的亚太法律框架。在此基础上,外商投资立法取得许多如何实现高水平开放的主要共识,同时又在评估负面清单质量,以及知识产权、竞争中立、劳工标准等议题上,要在两类标准的"竞争性牵引"下科学合理设定立法衡量的基准,其出发点就是"指向中国现实的接轨",尤其在推动国际化城市治理上既适度承认中国元素的有效性又不对此过分强调。
关键词
外商投资法
竞争性牵引
立法
衡量
基准
国际化城市治理
Keywords
Foreign Investment Law
traction of competitive criteria
legislation measurement criteria
international urban governance
分类号
DF59 [政治法律—民商法学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于宏基因组长片段的基因预测算法基准
李瑞琳
尚秋明
韩鑫胤
张裕
祝海栋
LI Weizhong
牛北方
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
论外商投资立法的竞争性牵引与治理
杨力
《政法论丛》
CSSCI
北大核心
2021
5
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