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油菜杂交种合油杂2号纯度鉴定的SSR引物筛选 被引量：14
1
作者 兰刚 董军刚 +2 位作者 孟倩 黎亚萍 董振生 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期74-78,共5页
以陕西渭北旱塬最新审定的双低油菜品种合油杂2号以及亲本为试验材料,用SSR标记技术研究杂种与双亲之间的扩增谱带多态性以甄别真假杂种。结果发现,200对SSR引物先用亲本进行预选,有45对引物可以特异区分两亲本,进一步反复筛选,其中引物... 以陕西渭北旱塬最新审定的双低油菜品种合油杂2号以及亲本为试验材料,用SSR标记技术研究杂种与双亲之间的扩增谱带多态性以甄别真假杂种。结果发现,200对SSR引物先用亲本进行预选,有45对引物可以特异区分两亲本,进一步反复筛选,其中引物CB10524分别在杂交种和其双亲之间存在扩增条带的多态性,表现为杂交种条带均为父母本的互补型,很适合做杂交种纯度鉴定。用该引物对合油杂2号杂交种进行SSR纯度鉴定,所测纯度分别为93%,与田间实测纯度94.27%非常接近,表明开发的SSR标记技术在合油杂2号油菜杂交种子纯度室内快速检测中具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 合油杂2号 SSR标记 杂交种纯度鉴定
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基于ITS2序列及其二级结构对矩镰荚苜蓿和近缘种的分子鉴定 被引量：2
2
作者 王霞 刘艳 +1 位作者 贾秀秀 方强恩 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期397-405,共9页
为准确鉴定矩镰荚苜蓿(Medicagoarchiducis-nicolai)及其近缘种花苜蓿(M.ruthenica)、阔荚苜蓿(M.platycarpos)和毛荚苜蓿(M.edgeworthii),利用DNA条形码技术对4个物种的ITS2序列进行注释、比对、检验,计算种内种间遗传距离,邻接法(neig... 为准确鉴定矩镰荚苜蓿(Medicagoarchiducis-nicolai)及其近缘种花苜蓿(M.ruthenica)、阔荚苜蓿(M.platycarpos)和毛荚苜蓿(M.edgeworthii),利用DNA条形码技术对4个物种的ITS2序列进行注释、比对、检验,计算种内种间遗传距离,邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,通过RNAfoldwebserver预测4个近缘种的ITS2二级结构。结果显示,矩镰荚苜蓿及其近缘种的ITS2序列长度为220~221 bp,稳定性好;种间遗传距离(0.00455~0.02273)明显大于种内遗传距离(均为0),存在明显的“BarcodingGap”区域;NJ系统发育树显示,毛荚苜蓿聚为一支,矩镰荚苜蓿、花苜蓿和阔荚苜蓿聚为另一支,然后矩镰荚苜蓿与阔荚苜蓿又各自形成单系;在二级结构中,矩镰荚苜蓿与阔荚苜蓿、毛荚苜蓿存在明显差异,但与花苜蓿极为相似,难以区分。分析表明:除花苜蓿外,以ITS2序列作为条形码并辅以二级结构,可以达到对矩镰荚苜蓿、阔荚苜蓿和毛荚苜蓿准确、快速鉴定的目的。 展开更多
关键词 矩镰荚苜蓿 its2序列 二级结构 分子鉴定
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牛病毒性腹泻病毒陕西分离株的鉴定及E2基因的克隆与序列分析
3
作者 王凯茸 丁雨欣 +4 位作者 于皓同 马永杰 张淑霞 张琪 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2024年第12期14-19,共6页
为分析陕西省牛病毒性腹泻病毒(BVDV)分子变异情况,采集陕西省某牛场腹泻患牛粪便样品,经处理后接种至MDBK细胞后,进行病毒分离鉴定并对分离的BVDV进行E2基因的克隆和遗传进化分析。结果显示,样品经过RT-PCR鉴定后接毒,第4天出现明显的... 为分析陕西省牛病毒性腹泻病毒(BVDV)分子变异情况,采集陕西省某牛场腹泻患牛粪便样品,经处理后接种至MDBK细胞后,进行病毒分离鉴定并对分离的BVDV进行E2基因的克隆和遗传进化分析。结果显示,样品经过RT-PCR鉴定后接毒,第4天出现明显的细胞病变(CPE),通过设计特异性引物对收获的病毒成功扩增出BVDV E2基因,证明分离的病毒为BVDV。对该病毒的E2基因进行序列分析,所得序列与GenBank上已发表的BVDV毒株的核苷酸序列同源性为84.5%~100%,氨基酸序列同源性为82.1%~100%。结果表明,成功分离到牛病毒性腹泻病毒并进行了E2基因的克隆与序列分析,研究结果可为陕西地区BVDV的流行病学、致病性及生物学特性研究提供依据,为BVDV的区域流行及有效防控提供参考,为新疫苗的研发提供地方种毒。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 分离鉴定 E2基因 序列分析
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2023年黑龙江地区某鹅场鹅星状病毒分离鉴定及ORF2基因序列分析
4
作者 徐烨 朱庆贺 +1 位作者 高旭 孙东波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2024年第2期50-56,106,共8页
为调查2023年黑龙江地区某鹅场中鹅星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)的感染及遗传进化情况,采集发病鹅的内脏组织样品进行RT-PCR检测,检测阳性样本通过鹅胚接种进行病毒分离,并利用RT-PCR以及电镜进行鉴定,利用二代测序技术进行分离... 为调查2023年黑龙江地区某鹅场中鹅星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)的感染及遗传进化情况,采集发病鹅的内脏组织样品进行RT-PCR检测,检测阳性样本通过鹅胚接种进行病毒分离,并利用RT-PCR以及电镜进行鉴定,利用二代测序技术进行分离毒株的全基因组测序,运用MEGA6软件对ORF2基因进行遗传进化分析。结果显示,在15份样品中,GoAstV的阳性率为6.67%(1/15)。阳性样本处理后接种鹅胚进行病毒分离,盲传至第5代时,尿囊膜增厚,出现尿酸盐沉积,鹅胚在120 h内死亡率达到83.33%(20/24),死亡鹅胚尿囊液进行GoAstV RT-PCR检测,结果为阳性。电镜观察结果显示,可观察到30 nm左右的病毒粒子。提取第5代病毒尿囊液RNA进行全基因组测序,并对该毒株ORF2基因进行同源性分析和系统发育进化树分析,结果显示,鉴定的毒株与其他GoAstV的ORF2基因核苷酸同源性为54.7%到96.6%,与GoAstV LYG2株的核苷酸同源性最高,为96.6%,而其与GoAstV FLX株差异较大,为54.7%。系统发育进化树结果显示,试验鉴定的毒株属于GoAstV G2型,与火鸡星状病毒遗传关系较近。研究对黑龙江地区某鹅场GoAstV进行分离鉴定并对ORF2基因进行序列分析,为黑龙江省GoAstV遗传进化及其分子流行病学调查研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 GoAstV RT-PCR ORF2基因 分离鉴定 序列分析
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犬细小病毒临床病例中VP2基因序列分析
5
作者 王艳红 赵勇 +1 位作者 付朋飞 洪军 《特产研究》 2025年第2期84-88,共5页
为了解犬细小病毒临床分离株VP2基因的遗传进化规律。本研究采集1例疑患细小病毒病的犬粪便样品,通过提取样品中的病毒基因组,采用PCR扩增及测序,将序列与不同种的细小病毒VP2基因序列进行核苷酸和氨基酸比对,并进行遗传进化分析。结果... 为了解犬细小病毒临床分离株VP2基因的遗传进化规律。本研究采集1例疑患细小病毒病的犬粪便样品,通过提取样品中的病毒基因组,采用PCR扩增及测序,将序列与不同种的细小病毒VP2基因序列进行核苷酸和氨基酸比对,并进行遗传进化分析。结果显示,该粪便样品CPV/LS-01中扩增出的VP2核苷酸序列为CPV-2c型,与参考毒株MF467242(CPV-2c)的核苷酸同源性最高为99.9%,与M38245(CPV-2)同源性较低(98.8%),与其它参考毒株的同源性为99.0%~99.7%。对VP2蛋白中氨基酸变异情况分析显示,CPV/LS-01样品中的VP2蛋白的I447M位氨基酸位点出现了CPV-2c型细小病毒的独特突变。本研究中所鉴定的犬腹泻粪便中的细小病毒属于CPV-2c型,与目前河南分离毒株(ON322797)VP2中具有相同的突变位点(A5G和I447M),该研究为犬细小病毒流行趋势的研究提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 犬细小病毒 鉴定 VP2基因 序列分析
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兔出血症病毒2型的分离鉴定与序列分析 被引量：27
6
作者 魏后军 胡波 +5 位作者 范志宇 宋艳华 仇汝龙 陈萌萌 薛家宾 王芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期404-409,共6页
兔出血症(Rabbit hemorrhagic disease,RHD)是由兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus,RHDV)引起的一种具有高度传染性、急性致死性兔病。兔出血症病毒2型(RHDV2)引起的RHD主要在欧洲流行,病兔的死亡率高达90%,而用经典RHDV... 兔出血症(Rabbit hemorrhagic disease,RHD)是由兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus,RHDV)引起的一种具有高度传染性、急性致死性兔病。兔出血症病毒2型(RHDV2)引起的RHD主要在欧洲流行,病兔的死亡率高达90%,而用经典RHDV毒株制备的疫苗几乎不能预防家兔感染RHDV2,从而给世界养兔业造成了巨大的经济损失。2020年4月,中国四川省某兔场首次发生由疑似RHDV2引起的RHD,笔者所在实验室通过红细胞凝集试验(Hemagglutination,HA)、逆转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增、vp60基因序列分析和病毒复制试验,对采集的病死家兔肝脏样本进行病原鉴定。HA结果显示,部分病死家兔的肝脏样本不能引起血凝现象;RT-PCR结果显示,样品中出现了RHDV2的特异性条带。对新发现毒株cDNA的RT-PCR产物进一步分析发现,所扩增vp60基因核苷酸序列与经典RHDV vp60基因核苷酸序列的一致性为77.5%~80.1%,与RHDV2 vp60基因核苷酸序列的一致性为93.6%~96.1%,并且与RHDV2处于同一个进化分支。病毒复制试验结果显示,用病死家兔肝脏组织与磷酸缓冲盐溶液(Phosphate buffer saline,PBS)按1 g∶10 ml混合后制成的悬液分别人工感染5只非免疫25日龄未断奶仔兔和5只2月龄兔,在24~48 h全部死亡。基于以上试验结果,确定本研究新发现的RHDV毒株为RHDV2,并将其命名为SC2020,这是在中国首次发现RHDV2毒株,应引起高度重视。 展开更多
关键词 兔出血症 兔出血症病毒2型(RHDV2) VP60基因 鉴定 序列分析
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基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物 被引量：36
7
作者 罗焜 马培 +3 位作者 姚辉 宋经元 陈科力 刘义梅 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2012年第1期1153-1158,共6页
本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利... 本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。 展开更多
关键词 川贝母 its2序列 分子鉴定
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鸭瘟病毒的分离鉴定及其UL2、TK基因序列分析 被引量：12
8
作者 刘荣昌 黄瑜 +7 位作者 卢荣辉 傅秋玲 江斌 万春和 傅光华 程龙飞 施少华 陈红梅 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第12期1257-1261,共5页
2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒... 2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 分离鉴定 UL2基因 TK基因 序列分析
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基于ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品 被引量：14
9
作者 郭力城 胡志刚 +6 位作者 凃媛 张卫东 金慧子 孙伟 贺海波 马孝熙 黄必胜 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2014年第2期307-312,共6页
目的:应用ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法:通过对金沸草、旋覆花等药材的3个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA提取、PCR扩增ITS2序列并双向测... 目的:应用ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法:通过对金沸草、旋覆花等药材的3个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA提取、PCR扩增ITS2序列并双向测序,用CodonCode Aligner对测序峰图进行拼接后,用MEGA5.0软件进行相关数据分析,并构建NJ系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果:各基原物种ITS2序列变异位点稳定,其种内平均K2P距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P距离;基于ITS2序列的NJ树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论:ITS2序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。 展开更多
关键词 金沸草 旋覆花 its2序列 鉴定 近缘物种
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ITS2序列鉴定筋骨草及其近缘种 被引量：16
10
作者 韩建萍 石林春 +3 位作者 陈士林 钱俊 罗焜 陈科力 《世界科学技术-中医药现代化》 2008年第6期86-89,81,共5页
本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得... 本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得筋骨草、白苞筋骨草、夏枯草和白毛夏枯草的ITS2片段长度分别为312bp,304bp,303bp,304bp。四个物种ITS2片段序列的遗传距离(Kimura2)为0.010～0.175,各个筋骨草种内的不同产地该序列无差异。用MP法根据ITS2序列的遗传距离建立系统发生树,聚类结果和形态分类相符。根据ITS2序列特征,能有效区分筋骨草和其他易混中药材。ITS2具有做为鉴定的条形码序列的潜力。应用该序列可以有效鉴定筋骨草及其近缘种。 展开更多
关键词 its2序列 筋骨草 序列分析 鉴定
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基于ITS2条形码序列鉴定中药材佩兰及其混伪品 被引量：8
11
作者 邬兰 陈科力 +5 位作者 孙伟 胡志刚 凃媛 马孝熙 林韵涵 周红 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期410-414,共5页
目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距... 目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距离,并构建系统发育树。结果:佩兰药材的ITS2序列长度为218 bp;佩兰种内最大K2P距离为0.009,与混伪品种间最小K2P距离为0.024。ITS2序列的NJ系统聚类树可明显区分佩兰药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定中药材佩兰与其混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术方法。 展开更多
关键词 佩兰 its2序列 鉴定 混伪品
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ITS2序列鉴定大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品 被引量：7
12
作者 张景景 祁晓婷 +3 位作者 张超 朱莉敏 杜康 胡志刚 《世界中医药》 CAS 2016年第10期2126-2129,共4页
目的:应用ITS2序列鉴别大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品,以保障临床用药准确。方法:收集大蓟、小蓟药材的基原物种蓟和刺儿菜及其近缘混伪品,经DNA提取、PCR扩增、测序和序列拼接等步骤,获得ITS2序列,结合Gen Bank载序列共14个物种54条序... 目的:应用ITS2序列鉴别大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品,以保障临床用药准确。方法:收集大蓟、小蓟药材的基原物种蓟和刺儿菜及其近缘混伪品,经DNA提取、PCR扩增、测序和序列拼接等步骤,获得ITS2序列,结合Gen Bank载序列共14个物种54条序列,用MEGA6.0对序列进行比对分析,计算种内种间K2P(Kimura 2-Parameter)遗传距离,构建系统邻接(NJ)树。结果:ITS2序列分析表明,蓟和刺儿菜种内变异位点数均远小于其与混伪品种间变异位点,以上2个物种种内最大(平均)K2P距离均小于其与混伪品种间最小(平均)K2P距离;基于ITS2序列的系统NJ树可以将蓟和刺儿菜及其近缘混伪品很好地区分开,且各物种均单独成支。结论:ITS2序列可以很好地鉴定大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品。 展开更多
关键词 大蓟 小蓟 its2序列 鉴定 近缘混伪品
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重庆地区猪圆环病毒2型的分离鉴定与序列分析 被引量：5
13
作者 梁望旺 曾政 +5 位作者 吴胜昔 凌洪权 蔺露 孙燕 候权书 向帆 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2013年第12期55-59,共5页
为了解2007年以来重庆地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行情况,对2007年—2013年重庆地区送检样品进行了PCV-2荧光定量PCR检测,并对阳性样品进行了病毒的分离鉴定,成功分离到12株PCV-2,对分离的12株PCV-2进行了全基因组克隆与序列分析。... 为了解2007年以来重庆地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行情况,对2007年—2013年重庆地区送检样品进行了PCV-2荧光定量PCR检测,并对阳性样品进行了病毒的分离鉴定,成功分离到12株PCV-2,对分离的12株PCV-2进行了全基因组克隆与序列分析。结果显示,所分离的PCV-2均处于PCV-2b分支,基因组全长均为1 767bp,与PCV-2b参考毒株（AF055394）的核苷酸同源性为96.2%-99.7%,与疫苗SH株的核苷酸同源性为96.0%-98.4%,而与疫苗LG株同源性仅为95.5%-95.8%。研究结果为PCV-2的研究及其感染的防控奠定了基础,也为重庆地区PCV-2疫苗毒株的选择提供了理论依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离 鉴定 序列分析
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种子类药材补骨脂及其混伪品的ITS2条形码序列鉴定 被引量：6
14
作者 周建国 马双姣 +3 位作者 黄玉龙 石林春 金钺 姚辉 《世界中医药》 CAS 2016年第5期786-790,共5页
目的:种子类药材补骨脂具有肝肾毒性,其混伪品曼陀罗子、天仙子、洋金花的种子、猪屎豆也含有毒性成分,且补骨脂与其混伪品外形相似,易导致混用误用,严重危害人体健康。本研究利用DNA条形码技术,分析补骨脂及其混伪品的ITS2序列,以期快... 目的:种子类药材补骨脂具有肝肾毒性,其混伪品曼陀罗子、天仙子、洋金花的种子、猪屎豆也含有毒性成分,且补骨脂与其混伪品外形相似,易导致混用误用,严重危害人体健康。本研究利用DNA条形码技术,分析补骨脂及其混伪品的ITS2序列,以期快速准确鉴定补骨脂及其混伪品,保证其用药安全及临床疗效。方法:对补骨脂及其混伪品样品进行DNA提取、PCR扩增ITS2序列,并进行双向测序,所有序列用MEGA6.0软件进行种间、种内Kimura2-parameter(K2P)遗传距离计算,并构建NJ系统聚类树。结果:补骨脂ITS2序列长度为233bp,G+C含量为69.5%,种内无变异位点。补骨脂与其混伪品种间变异位点较多,种间K2P最小距离为0.5321,远远大于其种内距离,NJ树显示可以将补骨脂及其混伪品完全分开。结论:ITS2条形码序列可准确鉴别种子类药材补骨脂及其混伪品,为保证补骨脂的临床用药安全和种质资源鉴定提供了良好的技术手段。 展开更多
关键词 补骨脂 its2序列 鉴定 DNA条形码 混伪品
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基于ITS2序列鉴定谷物芽类药材及其混伪品 被引量：5
15
作者 熊超 周红 +2 位作者 贺海波 胡志刚 刘合刚 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2014年第11期2343-2348,共6页
目的:应用ITS2序列对2010版《中国药典》谷物芽类药材稻芽、谷芽、麦芽及其混伪品进行分子鉴定,以保证药材质量和临床疗效。方法:提取稻芽、谷芽和麦芽药材DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列并双向测序,应用Codon Code Aligne... 目的:应用ITS2序列对2010版《中国药典》谷物芽类药材稻芽、谷芽、麦芽及其混伪品进行分子鉴定,以保证药材质量和临床疗效。方法:提取稻芽、谷芽和麦芽药材DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列并双向测序,应用Codon Code Aligner软件对测序峰图进行校对拼接,并去除低质量序列及引物区,得到ITS2序列。用MEGA6.0软件对所有10个物种74条序列计算种内和种间K2P(Kimura 2-Parameter)遗传距离,分析变异位点并构建邻接(NJ)树。结果:稻芽、谷芽和麦芽的基原植物稻、粟和大麦的种内最大K2P遗传距离均远小于其与混伪品之间的种间最小K2P遗传遗传距离;NJ树结果显示稻、粟和大麦各自聚为一支,均与混伪品明显区分开,各混伪品物种也单独聚为一支。结论:ITS2序列能准确鉴别稻芽、谷芽、麦芽药材及其混伪品,该研究为保障谷物芽类药材临床准确用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 谷物芽类药材 its2序列 鉴定 混伪品
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ITS2序列鉴定“功劳叶”药材及其近缘混伪品 被引量：6
16
作者 夏叶 周红 +2 位作者 向丽 张秀桥 胡志刚 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2014年第11期2361-2365,共5页
目的:中药材同名异物现象对临床安全用药造成了潜在的威胁。本研究对两种"功劳叶"药材及其近缘混伪品进行分子鉴定,以确保临床准确用药。方法:本实验收集枸骨、阔叶十大功劳和细叶十大功劳及其近缘混伪品共9个物种45份实验样... 目的:中药材同名异物现象对临床安全用药造成了潜在的威胁。本研究对两种"功劳叶"药材及其近缘混伪品进行分子鉴定,以确保临床准确用药。方法:本实验收集枸骨、阔叶十大功劳和细叶十大功劳及其近缘混伪品共9个物种45份实验样品,用改良的CTAB法提取总DNA,扩增ITS2序列并双向测序,采用Condon Code Aligner V 4.2.4对测序峰图进行拼接,应用MEGA 6.0进行序列变异分析,计算种内种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离,构建系统邻接(NJ)树。结果:基于ITS2序列的序列变异、最近距离法和系统邻接树分析结果均表明,冬青属枸骨以及十大功劳属阔叶十大功劳和细叶十大功劳均能与其混伪品很好地区分开。结论:ITS2序列可有效区分两种"功劳叶"药材及其近缘混伪品,为临床准确用药提供依据。 展开更多
关键词 枸骨叶 功劳叶 its2序列 分子鉴定 近缘混伪品
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犬细小病毒YBYJ株的分离鉴定及VP2基因的序列分析 被引量：4
17
作者 张立媛 高旭 +2 位作者 陈海迪 于清洋 方爽 《安徽农业科学》 CAS 2014年第27期9370-9372,9401,共4页
[目的]为分离犬细小病毒（CPV）.[方法]采集疑似CPV感染病死犬的组织病料,用胎猫肾细胞（F81）进行病毒分离,并对分离的病毒进行回归动物试验、间接免疫荧光（IFA）及VP2基因PCR扩增鉴定.[结果]经盲传3代后FS1出现明显细胞病变（CPE）,... [目的]为分离犬细小病毒（CPV）.[方法]采集疑似CPV感染病死犬的组织病料,用胎猫肾细胞（F81）进行病毒分离,并对分离的病毒进行回归动物试验、间接免疫荧光（IFA）及VP2基因PCR扩增鉴定.[结果]经盲传3代后FS1出现明显细胞病变（CPE）,分离病毒可导致2～3月龄犬出现典型犬细小病毒病（CP）的临床症状和特征性病理变化,通过IFA观察到特异性的绿色荧光,PCR扩增到VP2基因全长为1 755 bp,编码584个氨基酸.它与国内外具有代表性的18株CPVVP2基因的核苷酸同源性为98.0％ ～ 99.8％,氨基酸同源性为96.1％ ～99.8％.[结论]用F81细胞成功分离到1株强毒CPV,命名为YBYJ株. 展开更多
关键词 犬细小病毒 VP2基因 分离鉴定 序列分析
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珠三角地区猪圆环病毒2型的分离鉴定及序列分析 被引量：2
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作者 黎丁滔 陈芳艳 +3 位作者 陈瑞爱 晏勇邦 冯金牛 王林川 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第5期5-9,共5页
为了解珠三角地区猪群中猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行变异情况,从2008年-2010年珠三角地区疑似PMWS病死猪组织中分离获得PCV-2流行毒株,用间接免疫荧光方法进行检测和用PCR方法对这些毒株进行全基因扩增及测序分析。结果显示,在接毒细... 为了解珠三角地区猪群中猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行变异情况,从2008年-2010年珠三角地区疑似PMWS病死猪组织中分离获得PCV-2流行毒株,用间接免疫荧光方法进行检测和用PCR方法对这些毒株进行全基因扩增及测序分析。结果显示,在接毒细胞内观察到了特异性免疫荧光,8株PCV-2分离株与GenBank中的其他PCV-2基因组同源性在91.2%~99.8%之间,毒株间同源性在94.2%~99.8%之间。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离 鉴定 序列分析
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峨眉山区桑科药用植物ITS2条形码序列鉴定 被引量：2
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作者 任瑶瑶 张良 +3 位作者 谢博文 江南屏 刘睿颖 谭睿 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2018年第1期140-145,共6页
目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山区桑科药用植物的鉴定作用。方法:于四川峨眉山地区采集桑科药用植物样本25个,提取DNA,对其ITS2序列进行PCR扩增并测序,从Gen Bank上下载23条同科ITS2序列;运用MEGA6.0对所有序列种间种内遗传... 目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山区桑科药用植物的鉴定作用。方法:于四川峨眉山地区采集桑科药用植物样本25个,提取DNA,对其ITS2序列进行PCR扩增并测序,从Gen Bank上下载23条同科ITS2序列;运用MEGA6.0对所有序列种间种内遗传距离进行计算分析,构建Neighbor Joining(NJ)系统进化树;利用TAXON DNA软件分析所有序列种内、种间变异并作barcoding gap分析;从ITS2数据库中预测并比较样本ITS2序列的二级结构差异。结果:桑科样本种间K2P最小遗传距离(0.041)大于种内最大距离(0.005),并有较为明显的barcoding gap;NJ树显示种各属样本分别聚为一大枝,种内之间于各属分支中各聚为一支;各属及各种样品ITS2二级结构存在明显差异。结论:以ITS2序列作为DNA条形码,能够对桑植物进行准确、快速的识别和鉴定,准确地弄清物种之间的系统进化关系,为峨眉山区该属药用植物的分布、种群及种群量研究提供指导,对其质量控制、安全用药及资源保护及合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 桑科 DNA条形码 its2序列 二级结构 鉴定 资源调查
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猪圆环病毒2型云南株分离鉴定及ORF2序列分析 被引量：2
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作者 李鹏 冯书章 +4 位作者 汤会琼 李文贵 柴俊 李作生 张以芳 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第5期103-107,共5页
本研究根据GenBank中已经发表的猪圆环病毒2型基因序列,设计了2对PCV2特异性引物,从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)感染病例中检测出3株云南省PCV2流行株,通过ve-ro细胞分离病毒,并用... 本研究根据GenBank中已经发表的猪圆环病毒2型基因序列,设计了2对PCV2特异性引物,从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)感染病例中检测出3株云南省PCV2流行株,通过ve-ro细胞分离病毒,并用透射电子显微镜观察到了约17nm的病毒样粒子的存在。经同源性比较分析,3个分离株之间核苷酸同源性为99.5%～99.8%,与甘肃省PCV2分离株核苷酸同源性最低(90.7%),浙江省分离株核苷酸同源性最高(99.7%),与南美洲分离株核苷酸同源性最低(92.0%),瑞典分离株核苷酸同源性最高(99.4%),这可能与云南省猪种引进有关。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离鉴定 序列分析
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